벤처기업육성법에 의하여 지정된 벤처기업집적시설인 부동산을 취득하여 입주한 벤처기업에 해당한다고 볼 것이므로,부동산 취득등기에 대하여는 지방세법 제280조 제3항에 의거 같은 법 제138조 제1항 소정의 중과세율을 적용할 수 없다.

이 유

1. 처분의 경위

이 법원에서 이 부분에 관하여 설시할 이유는 제1심 판결 제2면 19행의 “2002. 1. 30.” 다음에 “(이는 취득세 부과에 있어서 납세의무의 성립시기인 취득일로 보게 되는 잔금 지급일로 보이고 소유권이전등기일은 2002. 2. 25.이다)”를 추가하고, 제1심 판결 제4면 3행의 “원고에게” 다음에 “

지방세법 제138조 제1항 소정의 중과세율을 적용한 세액에서 종전부과처분상의 세액을 차감한”을 추가하며, 제1심 판결 제4면 8행의 “추가하였다” 다음에 “(위와 같은 각 처분사유의 내용 등에 비추어 위 처분사유의 선택적 추가는 처분의 동일성이 유지되는 범위 내라고 인정되므로 처분사유의 위와 같은 변경은 허용된다고 할 것이다)”를 추가하는 외에는 제1심 판결 이유 해당 부분 기재([별지 1] 부동산 목록 포함)와 같으므로,

행정소송법 제8조 제2항,

민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

2. 처분의 적법 여부

가. 당사자들의 주장

(1) 원고

㈎

조세특례제한법 제6조는 소득세, 법인세 등 국세에 관한 조세특례규정이고, 등록세에 관한 면제를 규정하고 있는

같은 법 제119조 제3항 제1호에는 ‘창업벤처중소기업’의 창업에 관한 아무런 정의나 제한이 없으므로,

위 제119조 제3항 제1호에서 정한 ‘창업벤처중소기업’인지 여부는

조세특례제한법 제6조 제4항 제1호에 의하여 판단할 것이 아니다.

또한,

조세특례제한법 제6조 제4항의 입법취지는

제6조 제4항이 정하는 형태로 창업을 가장하여 조세감면 등의 혜택을 받는 것을 방지하고자 함에 있다. 그런데 원고는 1999. 6. 15. 설립되었고 그로부터 2년 이내인 2000. 2. 28. 벤처기업으로 확인을 받은 후 2001. 12. 28. 비로소 소외 회사들을 합병하였다. 즉 원고는 합병으로 창업을 가장하고 벤처기업으로 확인받은 것이 아니다. 그럼에도 불구하고 피고는

위 제6조 제4항의 입법취지나 합병의 시기 등을 무시한 채 원고가 단지 합병을 하였다는 이유만으로

조세특례제한법 제6조 제4항을 적용한 다음 이를 전제로 하여 종전부과처분을 하였다. 따라서 원고가 소외 회사들을 합병하였다는 이유만으로 면제된 등록세를 추징한 종전부과처분은 위법하다고 할 것인데, 이와 같이 면제된 등록세의 추징사유가 없음에도 더 나아가 등록세를 중과세한 이 사건 부과처분은 위법하다.

㈏ 원고는 벤처기업육성에관한특별조치법(이하 ‘벤처기업육성법’이라 한다)에 의하여 지정된 벤처기업집적시설인 이 사건 부동산에 입주한 벤처기업에 해당하고, 따라서 원고의 이 사건 부동산 취득등기에 대하여는

지방세법 제280조 제3항에 의거

같은 법 제138조 제1항 소정의 중과세율을 적용할 수 없으므로 이 사건 부과처분은 위법하다.

㈐ 가사 그렇지 않다고 하더라도 원고는 산업자원부장관이 고시하는 첨단기술산업을 영위하는 회사가 아니어서

지방세법 제138조 제1항 단서,

같은 법 시행령 제101조 제1항에서 정한 등록세 중과제외업종에 해당하지 아니하므로 원고가 등록세 중과제외업종에 해당함을 전제로 하는 이 사건 부과처분은 위법하다. 가사 원고가 중과제외업종에 해당한다고 하더라도 이 사건 부동산을 매각한 데 정당한 이유가 있으므로 이 사건 부과처분은 위법하다.

(2) 피고

㈎ 종전부과처분과 이 사건 부과처분은 그 과세요건, 효과, 적용 법률이 전혀 다른 별개의 처분이라고 할 것이므로 면제된 등록세의 추징요건이 충족되어야만 지방세법에 의한 등록세 중과를 할 수 있다고 볼 수는 없다. 가사 그렇지 않다고 하더라도 등록세에 대한 면제 규정인

조세특례제한법 제119조 제3항 제1호상의 ‘창업벤처중소기업’에 해당하는지 여부를 판단함에 있어

같은 법 제6조 제3항,

제4항이 적용된다. 원고가 소외 회사들을 흡수합병한 이상 원고의 사업목적 범위는 소외 회사들의 목적범위로 확장되는 것이므로 이로써

같은 법 제6조 제4항에 의거 조세특례제한법상 창업에 해당하지 않는다. 또한 원고는 설립 이래 인터넷 의류 쇼핑몰을 영위하여 온 회사이므로

같은 법 제6조 제3항 소정의 ‘창업벤처중소기업’의 범위에도 해당하지 아니한다. 따라서 원고의 이 사건 부동산 취득등기에 관하여 당초 면제된 등록세의 추징요건도 충족된다고 할 것이다.

㈏ 원고는 산업발전법상 첨단기술산업을 영위하는 회사가 아니므로 지방세법 시행령에서 정한 중과제외업종에 해당하지 않는다. 따라서 원고의 이 사건 부동산 취득등기에 대하여는

지방세법 제138조 제1항 본문이 적용되어 등록세의 중과 대상에 해당하므로 이에 따른 이 사건 부과처분은 적법하다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 인정사실

다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제2 내지 5, 8 내지 15, 17호증, 을 제2 내지 7호증의 각 기재 또는 영상, 제1심 증인

유미옥의 증언, 제1심 법원의

서울지방중소기업청장에 대한 사실조회결과에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있다.

(1) 원고는 설립 이후 패션관련 의류, 구두, 핸드백, 액세서리 등을 취급하는 인터넷 쇼핑몰을 운영하여 왔을 뿐 산업발전법에 의하여 산업자원부장관이 고시하는 첨단기술산업에 의한 업종을 영위하지 않았다.

(2) 원고는 2000. 2. 22.

서울지방중소기업청장에게 다음과 같은 내용의 벤처기업확인서발급신청을 하여, 앞서 본 바와 같이 2000. 2. 28.

벤처기업육성법(2001. 12. 31. 법률 제6590호로 개정되기 전의 것) 제2조 제1항 제1호 소정의 벤처캐피탈 투자기업으로서 벤처기업확인을 받았다.

[벤처기업확인서 발급신청서 양식]

ㆍ업종 : 서비스

ㆍ주생산품 : 정보제공, 전자상거래

ㆍ벤처기업 요건 : 벤처캐피탈 투자기업(확인관련서류 : 창업투자회사, 한국벤처투자조합 또는 신기술사업금융회사 등이 증명한 서류)

[기업의 현황 및 실태조사표 양식]

ㆍ주생산품 : 패션 쇼핑몰

ㆍ업종 : 전자상거래, 소프트웨어 개발 및 판매

(3) 위 신청 당시 첨부된 사업자등록증에 기재된 원고의 업종은 정보제공, 전자상거래, 소프트웨어 개발 및 유통 등이었다.

(4)

비투비코리아는 2000. 3. 15. 원고와 동종의 사업인 정보제공서비스업, 전자상거래업, 연구ㆍ조사 및 기타 상거래 관련 리서치 및 리서치 대행, 인터넷 온라인 광고대행 서비스업, 인터넷 관련 컨설팅업, 소프트웨어 개발ㆍ제조ㆍ판매 및 유통업, 하드웨어 개발ㆍ제조ㆍ판매 및 유통업, 무역업, 도서출판업 등을 목적으로 설립되었다가 위와 같이 2001. 12. 28. 원고에 의해서 흡수합병되었다. 인터패션플래닝은 1989. 2. 28. 패션 디자인 연구사업 및 동 용역업, 패션디자인 종합정보수집 및 처리용역업, 섬유, 의류제품, 견본품 제작 및 판매업, 섬유 및 의류제품의 전시회 및 전시장 설치 용역사업, 섬유제품 제조업, 부동산임대업, 의복제품 제조업, 소프트웨어 개발 제조 및 판매업 등을 목적으로 설립되었다가 역시 2001. 12. 28. 원고에 의해서 흡수합병되었다. 원고는 소외 회사들을 합병한 후에도 종전에 영위하여 왔던 인터넷 의류 쇼핑몰 운영사업만을 영위하여 왔다.

(5) 원고는 2003. 7. 16.

김대철,

손은미에게 601호를,

신민철에게 701호를, 각 매매대금 1,850,000,000원(부가가치세 별도)에 환매조건부로 매도하기로 하는 내용의 매매계약을 체결하였다(잔금지급일 2003. 8. 5.). 동시에 원고가

김대철,

손은미로부터 601호를,

신민철로부터 701호를 각 임대차보증금 500,000,000원, 임대차기간 2년, 차임 월 12,500,000원(부가가치세 별도)으로 정하여 임차하기로 하는 내용의 임대차계약을 체결하였다. 위 각 매매계약 체결 당시 잔금지급일로부터 3년 후에 매수인이 매도인에게 환매를 청구할 수 있도록 약정하였고, 그 경우에 환매청구의 의사표시가 통지된 때로부터 30일 이내에 환매대금을 지급하도록 하였다(각 매매계약 제8조). 그 후 원고는 2006. 8. 21. 601호를

김대철,

손은미로부터, 701호를

신민철로부터 각 매수하였고 이에 따른 취득세, 등록세 등을 납부하였다.

라. 판단

(1) 종전부과처분의 확정에도 불구하고 이 사건 부과처분의 위법을 다툴 수 있는지 여부

창업벤처중소기업 등의 사업용재산 등기에 대한 등록세의 면제를 규정하고 있는

조세특례제한법 제119조 제3항 제1호, 대도시 내에서의 법인 설립 이후의 부동산등기 등에 대하여 등록세의 중과세율을 적용하도록 규정하고 있는

지방세법 제138조 제1항 제3호 등 관련 규정의 내용이나 그 취지를 종합하여 보면,

지방세법 제138조 제1항에 따라 중과세율에 의한 등록세를 추징하기 위하여는 먼저 면제된 등록세의 추징요건을 충족함을 전제로 한다고 보이므로 면제된 등록세의 추징요건에 해당되지 아니하면 나아가 등록세 중과규정에 따른 추징도 할 수 없다고 할 것이다(

대법원 1993. 3. 23. 선고 92누8019 판결 참조).

이 사건에서 면제된 등록세를 표준세율에 의하여 부과한 종전부과처분이 그 불복기간의 도과 등으로 불가쟁력이 발생하여 더 이상 다툴 수는 없다고 하더라도 면제대상이거나 추징요건에 해당하지 않음을 사유로 하여 중과세율에 의하여 등록세를 부과한 이 사건 부과처분의 위법을 다툴 수는 있다고 봄이 상당하다.

(2) 등록세 면제대상인지 여부

㈎

조세특례제한법 제6조는 제2항에서 “

벤처기업육성법 제2조 제1항의 규정에 의한 벤처기업 중 대통령령이 정하는 기업으로서 창업 후 2년 이내에

동법 제25조의 규정에 의하여 벤처기업으로 확인받은 기업(이하 ‘창업벤처중소기업’이라 한다)의 경우에는 … 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.”고 규정하여 창업벤처중소기업에 관하여 정의하면서,

같은 조 제3항에서 “창업중소기업과 창업벤처중소기업의 범위는 제조업, 광업, 부가통신업, 연구 및 개발업, 방송업(종합유선방송법에 의한 종합유선방송국 및 프로그램공급업과 방송프로그램제작업에 한한다. 이하 같다), 대통령령이 정하는 엔지니어링사업(이하 ‘엔지니어링사업’이라 한다), 대통령령이 정하는 정보처리 및 컴퓨터운용관련업(이하 ‘정보처리 및 컴퓨터운용관련업’이라 한다)과 대통령령이 정하는 물류산업(이하 ‘물류산업’이라 한다)을 영위하는 중소기업으로 한다.”고 규정하여 창업벤처중소기업 등의 범위를 제한하고 있고,

같은 조 제4항에서 “

제1항 내지

제3항의 규정을 적용함에 있어서 내국인이 합병·분할·현물출자 또는 사업의 양수를 통하여 기존사업을 승계 또는 인수하거나 거주자가 영위하던 사업을 법인으로 전환하여 새로운 법인을 설립하는 경우에는 창업으로 보지 아니한다.”고 하여

같은 조 제2항의 창업으로 보지 않는 경우를 규정하고 있으므로,

조세특례제한법 제6조 이하에서 ‘창업벤처중소기업’에 해당하는지 여부에 관하여는

같은 법 제6조가 적용된다고 할 것이고, 따라서

같은 법 제119조 제3항 제1호 소정의 ‘창업벤처중소기업’에의 해당 여부도

같은 법 제6조 규정에 의하여 판단하여야 한다(

대법원 2007. 4. 26. 선고 2006두18614 판결 참조).

㈏ 이 사건에서 위와 같은 법리의 관점에서 우선 원고가

조세특례제한법 제6조 제3항 소정의 창업벤처중소기업의 범위에 포함된다고 볼 수 있는지 여부를 살펴본다. 창업벤처중소기업에 대하여 등록세 등을 면제하는 취지 등에 비추어 볼 때 원고가

같은 법 제6조 제3항 소정의 창업벤처중소기업에 해당하는지 여부를 판단함에 있어서는 법인등기부나 사업자등록증상의 형식적 기재만을 가지고 판단할 것이 아니라 실제 영위하는 사업의 실질적인 내용에 따라 판단하여야 할 것이다.

원고는 설립 이래 인터넷 의류 쇼핑몰 운영사업을 영위하고 있고 법인등기부상 목적사업으로 등재된 소프트웨어 개발 및 공급업 등을 영위한 바 없다고 자인하고 있고 이는 제1심 증인

유미옥의 증언 등에 의하여 뒷받침되고 있다. 원고의 위와 같은 실제 사업 내용 등에 비추어 보면 원고는

조세특례제한법 제6조 제3항이 규정하고 있는 창업벤처중소기업의 범위에 포함된다고 볼 수 없다고 보인다. 따라서 원고의 이 사건 부동산 취득등기에 대하여는 더 나아가 살펴볼 필요 없이 등록세가 면제된다고 볼 수 없어 잘못 면제된 등록세를 적법하게 부과할 수 있다고 할 것이다.

(3) 등록세 중과대상에 해당하는지 여부

㈎

지방세법 제138조 제1항은 대도시지역 내의 과도한 인구집중을 억제하고 대도시와 지방의 균형 있는 발전을 유도할 목적에서 대도시 내에서의 법인의 설립이나 지점 등의 설치에 따른 부동산등기나 그 법인 설립 등 이후의 부동산등기 등에 대하여 통상의 등록세율보다 가중된 세율을 적용하도록 하면서도, 사업의 성격상 입지를 제한할 수 없거나 해당 산업을 지원할 정책적 필요가 있는 업종에 대하여는 같은 항 단서와 이에 따른

지방세법 시행령 제101조 제1항 각호를 통하여 중과세율의 적용대상에서 제외하고 있는데(중과제외업종), 중과제외업종에 해당하는 경우라도

같은 법 시행령 제101조 제2항은

같은 조 제1항 각호에서 정한 중과세율 적용의 예외를 통하여

지방세법 제138조 제1항의 입법취지를 잠탈하는 것을 막기 위하여 “… 등기 또는 등록일로부터 정당한 사유없이 1년이 경과할 때까지 당해 업종에 직접 사용하지 아니하거나 다른 업종에 사용 또는 겸용하는 경우와 2년 이상 당해 업종에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 업종에 사용 또는 겸용하는 경우에 그 해당부분에 대하여는

지방세법 제138조 제1항 본문의 규정을 적용한다. 다만, ……”고 규정하고 있다. 위와 같은 관련 규정의 취지와 그 내용 등에 비추어 보면 대도시지역 내 부동산등기 등의 경우에 중과제외업종에 해당하지 않는 한 원칙적으로

지방세법 제138조 제1항 본문이 적용되고, 중과제외업종에 해당하여도

지방세법 시행령 제101조 제2항 소정의 사유가 있는 경우에는

지방세법 제138조 제1항 본문이 적용된다고 해석된다.

이 사건에서 원고의 업종은 산업발전법에 의하여 산업자원부장관이 고시하는 첨단기술산업에 해당하지 않아

지방세법 제138조 제1항 단서에서 정하는 중과제외업종에 해당하지 않음은 당사자 사이에 다툼이 없으므로 원고의 이 사건 부동산 취득등기는

지방세법 제138조 제1항 본문 제3호,

지방세법 시행령 제102조 제2항에 따라 ‘대도시 내에서의 법인설립 후 5년 이내에 취득하는 부동산등기’에 해당하여 일응 등록세의 중과요건에 해당할 여지가 있다.

㈏ 그런데

지방세법(2002. 2. 4. 법률 제6656호로 개정되기 전의 것) 제280조 제3항은 “벤처기업육성법에 의하여 지정된 벤처기업집적시설 등에 입주하는 벤처기업에 대하여 등록세 등을 과세함에 있어서는

제138조 제1항 등의 세율을 적용하지 아니한다.”고 규정하고 있다. 지방세법은 위 ‘벤처기업’의 의미에 관하여 구체적으로 규정하고 있지는 아니하나, 위 규정의 내용이나 취지 등에 비추어 보면

지방세법 제280조 제3항 소정의 ‘벤처기업’은

벤처기업육성법(2001. 12. 31. 법률 제6590호로 개정되기 전의 것) 제2조 제1항 소정의 벤처기업을 말한다고 할 것이다.

갑 제21 내지 24호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 보태어 보면, 서울특별시장은 2001. 10. 29. 이 사건 부동산을 포함한 서울

강남구 역삼동 703-33 소재 파라다이스벤처타워 건물을

벤처기업육성법 제18조에 따라 벤처기업집적시설로 지정한 사실(서울특별시장은 그 후 2001. 11. 12. 및 2002. 12. 17. 2회에 걸쳐 벤처기업집적시설 지정변경을 하였으나 여전히 이 사건 부동산은 벤처기업집적시설에 포함된 것으로 보인다), 원고는 중소기업창업투자회사 등의 원고에 대한 주식인수총액이 원고의 자본금의 100분의 10을 초과하는 회사에 해당되어 앞서 본 바와 같이 2000. 2. 28.

서울지방중소기업청장으로부터

벤처기업육성법 제2조 제1항 제1호 및

같은 법 시행령 제2조 제1항 소정의 벤처캐피탈 투자기업으로서 벤처기업확인을 받은 사실을 인정할 수 있고, 원고는 2002. 2. 25. 이 사건 부동산에 관하여 그 명의로 소유권이전등기를 마치고 그 즈음 이 사건 부동산에 입주하여 원고의 본점으로 사용하고 있음은 앞서 본 바와 같다.

위 인정 사실에 의하면 원고는 벤처기업육성법에 의하여 지정된 벤처기업집적시설인 이 사건 부동산을 취득하여 입주한 벤처기업에 해당한다고 볼 것이므로 결국 원고의 이 사건 부동산 취득등기에 대하여는

지방세법 제280조 제3항에 의거

같은 법 제138조 제1항 소정의 중과세율을 적용할 수 없다고 할 것이다.

이에 대하여 피고는 원고가 이 사건 부동산을 취득한 후 2년 이상 사용하지 아니하고 매각한 이 사건에서는

지방세법 제280조 제3항을 적용할 수 없다는 취지로 주장하나,

지방세법 제280조는 중소기원 지원을 위한 지방세의 감면을 규정하고 있는데 그 중

제3항은 벤처기업육성법에 의하여 지정된 벤처기업집적시설에 입주하는 벤처기업에 대하여 과세의 특례를 인정하고 있고 다른 항과는 달리 과세의 특례를 인정함에 있어 부동산의 사용 및 그 기간 등에 별다른 제한을 가하지 않고 있으므로 조세법률 엄격해석의 원칙상 원고가 이 사건 부동산을 취득한 후 2년 이상 사용하지 아니하고 매각하였다고 하여

지방세법 제280조 제3항의 적용이 배제된다고 할 수는 없다. 따라서 피고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(4) 소결

그렇다면 원고의 이 사건 부동산의 취득등기에 대하여

지방세법 제138조 제1항에 따라 중과세율에 의하여 등록세를 부과한 이 사건 처분은 위법하다고 할 것이므로 원고의 주장은 이유 있다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 원고의 항소를 받아들여 이를 취소하고 원고의 청구를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.