지방세법 제138조 제1항에서 정하는 중과제외업종을 목적사업으로 하고 있으므로 부동산의 취득은 지방세법 제138조 제1항 본문 제3호, 지방세법 시행령 제102조 제2항에 따라 ‘법인설립 이후 5년 이내에 취득하는 부동산 등기’에 해당한다고 할 것이다. 따라서 중과세율을 적용한 등록세 및 지방교육세의 부과처분은 타당하다.

1. 부과처분의 경위

가. 원고(2002. 3. 27. 주식회사

웹넷코리아에서 원고로 명칭이 변경되었다)는 1999. 6. 15. 서울

서초구 1627-1 교대벤처타워 602, 603호에 본점소재지를 두고 정보제공서비스업, 전자상거래업, 연구조사 및 기타 상거래 관련 리서치 및 리서치 대행, 인터넷 온라인 광고대행 서비스업, 인터넷 관련 컨설팅업, 소프트웨어 개발제고판매 등 유통업, 하드웨어 개발제조 및 유통업, 무역업, 도서출판업 등을 영위할 목적으로 설립되었다(2003. 3. 21. 임대업을, 2006. 3. 27. 디자인 용역개발업을 목적에 추가하였다).

나. 원고는 2000. 2. 28.

서울지방중소기업청장으로부터

벤처기업육성에 관한 특별조치법 제25조에 따른 벤처기업확인을 받았다.

그 후 원고는 2001. 12. 28. 주식회사

비투비코리아 (이하 ‘

비투비코리아 ’라 한다)와

인터패션플래닝 주식회사(이하 ‘

인터패션플래닝 ’이라 한다)를 흡수합병하였고(이하 위 두 회사를 모두 지칭할 경우 ‘소외 회사들’이라 한다), 소외 회사들의 자산 및 업무를 인수하였으며, 종업원들의 고용을 승계하였다.

다. 원고는 2002. 1. 30. [별지 1] 부동산 목록 기재 각 부동산(이하 위 부동산을 각 지칭할 경우 ‘601호’, ‘701호’라 하고, 위 부동산을 모두 지칭할 경우는 ‘이 사건 부동산’이라 한다)을 취득한 후 2002. 2. 15. 이 사건 부동산에 관하여 취득세 및 등록세의 감면신청을 하였다. 피고는 2002. 2. 18.

조세특례제한법(2002. 12. 11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제119조 제3항,

제120조 제3항에 따라 ‘벤처기업으로 확인받은 날부터 2년 이내에 취득하는 사업용 재산에 관한 등기’에 해당한다는 이유로 취득세와 등록세 등을 면제하였다. 한편, 원고는 2002. 2. 19. 이 사건 부동산으로 본점 소재지를 이전하였다.

라. 그런데 피고는 2003. 4. 13. 원고에게, 조세특례제한법 제6조 제4항 제1호를 적용하여원고가 2001. 12. 28. 소외 회사들을 흡수합병하였으므로 ‘창업벤처중소기업’에 해당하지 않는다는 이유로, 면제된 취득세 63,576,280원, 농어촌특별세 5,827,820원, 등록세 95,360,430원, 지방교육세 17,479,070원을 각 부과하였다(이하 ‘종전부과처분’이라 한다). 원고는 종전부과처분에 불복하여 2003. 7. 14. 심사청구를 하였으나, 2003. 8. 25. 기각결정을 받았고, 이에 대하여 행정소송을 제기하지는 않았다.

마. 그러던 중 원고는 2003. 8. 5. 위 601호를 김대철, 손은미에게, 701호를 신민철에게 각 매각하였다.

바. 피고는 2006. 6. 19. 원고에게 “원고는 2002. 1. 30. 이 사건 부동산을 취득한 후

지방세법 시행령 제101조 제1항의 규정에 의한 중과제외업종으로 등록세 표준세율로 납부하였다. 그런데

지방세법 제138조 제1항,

같은 법 시행령 제101조 제2항에 따르면 대도시 내에서 법인설립 후 5년 이내 취득하는 부동산에 대하여는 등록세 세율을 표준세율의 100분의 300으로 하도록 규정하고 있고, 부동산등기 후 1년 이내에 중과제외업종에 직접 사용하지 아니하거나, 2년 이상 당해 업종에 직접 사용하지 아니하고 매각하는 경우에는 중과세율을 적용하도록 규정하고 있는바, 이 사건 부동산 취득 후 2년 이내에 당해 업종에 직접사용하지 않고 매각하였으므로, 유보된 등록세 중과세율을 추징하고자 한다”는 내용의 과세예고를 하였다.

사. 피고는 2006. 8. 11. 원고에게 등록세 190,728,860원, 지방교육세 34,966,950원을 부과하는 이 사건 부과처분을 하였다.

아. 한편, 피고는 이 사건 소송에 이르러, 앞서 본 ‘2년 이상 당해 업종에 직접 사용하지 아니하고 매각하는 경우’에 해당한다는 위 처분사유 외에 ‘원고는

지방세법 제138조 제1항에서 정하는 중과제외업종에 해당하지 않는다‘는 부과처분의 사유를 선택적으로 추가하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1, 2호증, 갑 3 내지 5호증의 각 1, 2, 갑 6, 7호증, 을 1호증의 1, 2, 을 2, 3호증, 을 4호증의 1 내지 3의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 부과처분의 적법 여부

가. 당사자들의 주장

⑴ 원고

㈎

조세특례제한법 제6조는 소득세, 법인세 등 국세에 관한 조세특례규정이고, 등록세 등 지방세에 관한 조세특례를 규정하고 있는

같은 법 제119조 제3항 제1호,

제120조 제3항에는 ‘창업벤처중소기업’의 창업에 관한 아무런 정의나 제한이 없으므로,

위 제119조 제3항 제1호,

제120조 제3항에서 정한 ‘창업벤처중소기업’인지 여부는

조세특례제한법 제6조 제4항 제1호에 의하여 판단할 것이 아니다.

또한,

조세특례제한법 제6조 제4항의 입법취지는

제6조 제4항이 정하는 형태로 창업을 가장하여 조세감면 등의 혜택을 받는 것을 방지하고자 함에 있다. 그런데 원고는 1999. 6. 15. 설립되었고 그로부터 2년 이내인 2000. 2. 28. 벤처기업으로 확인을 받은 후 2001. 2. 28. 비로소 합병을 하였다. 즉 원고는 합병으로 창업을 가장하고 벤처기업으로 확인받은 것이 아니다. 그럼에도 불구하고, 피고는 위 제6조 제4항의 입법취지나 합병의 시기 등을 무시한 채 원고가 단지 합병을 하였다는 이유만으로

조세특례제한법 제6조 제4항을 적용한 다음 이를 전제로 하여 종전부과처분을 한 것이다.

따라서 원고가 소외 회사들을 합병하였다는 사정만으로 지방세의 조세감면을 배제할 수는 없다 할 것이므로,

조세특례제한법 제6조 제4항 제1호에 근거하는 종전부과처분은 위법하고, 이와 같이 면제된 등록세의 추징사유가 없음에도 더 나아가 등록세 등을 중과세한 이 사건 부과처분 또한 위법하다.

㈏ 원고는

지방세법 시행령 제101조 제1항에서 정한 등록세 중과제외업종이 아니다. 즉 원고는 산업자원부장관이 고시하는 첨단기술산업을 영위하는 회사가 아니므로, 이를 전제로 하는 이 사건 부과처분은 위법하다.

㈐ 설령, 원고가 중과제외업종에 해당한다고 하더라도, 원고는

조세특례제한법 제6조 제2항에서 정한 창업벤처중소기업이므로,

지방세법 제131조,

제138조가 적용되는 것이 아니라, 그 특례에 해당하는

조세특례제한법 제119조 제3항,

제120조 제3항이 적용되어야 한다. 따라서

지방세법 제131조,

제138조를 근거로 한 이 사건 부과처분은 조세법률주의를 위반한 것으로 위법하다.

㈑ 원고가 중과제외업종에 해당한다고 하더라도 이 사건 부동산을 매각한 것에는

지방세법 시행령 제101조 제2항에서 정한 다음과 같은 정당한 사유가 있다. 따라서 이를 간과한 이 사건 부과처분은 위법하다.

①

지방세법 제138조 제1항 제3호는 대도시로의 인구집중이나 공해를 방지하기 위하여 대도시 내에서의 법인설립, 부동산취득 등을 억제하기 위한 취지에서 마련된 것이다. 원고는 설립 당시나 벤처기업으로 확인을 받을 때부터 이미 대도시 내에 설립되어 있었으므로, 원고가 이 사건 부동산으로 본점소재지를 이전하였다고 하더라도 위와 같은 인구유입이나 산업집중효과가 새로 유발되었다고 볼 수는 없다.

② 원고는 종전부과처분에 대한 세액을 충당하기 위하여 이 사건 부동산을 매각하였고, 그 대금으로 종전부과처분에 대한 세액을 납부하였다. 또한 원고는 이 사건 부동산을 환매특약부로 매도하면서 동시에 매수인들과 사이에 임대차계약을 체결하였고, 이후 2006. 8.경 이 사건 부동산을 다시 매수하였다.

③ 원고는 이 사건 부동산을 취득한 때부터 현재까지 당해 사업에 직접 사용하고 있다.

⑵ 피고

㈎ 원고가 종전부과처분에 대하여 행정소송 등을 통하여 다투지 아니하다가 이 사건 소송에 이르러 비로소 종전부과처분의 위법성을 주장하는 것은 실권의 원칙 및 금반언의 원칙에 반한다.

㈏ 원고가 소외 회사들을 흡수합병한 이상 원고의 사업목적 범위는 소외 회사들의 목적범위로 확장되는 것이고, 이는 조세특례제한법상 창업에 해당하지 않으며, 동시에 지방세법 시행령에서 정한 중과제외업종에 해당하지 않는다. 즉 원고는 산업발전법상 첨단기술산업을 영위하는 회사가 아니므로,

지방세법 제131조 제1항 제3호의 (2),

제138조 제1항 본문에 의하여 등록세 등의 중과요건에 해당하므로, 이에 따른 이 사건 부과처분은 적법하다.

㈐ 설령 원고가 중과제외업종에 해당한다고 하더라도,

지방세법 제138조 제1항 제3호,

지방세법 시행령 제101조 제1항 제7호, 제2항 중 “……2년 이상 당해 업종에 직접 사용하지 아니하고 매각하는 경우…“이므로,

지방세법 제138조 제1항 본문을 적용한 이 사건 부과처분은 적법하다.

나. 관계법령

[별지 2] 관계법령 기재와 같다.

이 사건 부동산을 취득한 이후 등록세 등 면제 여부에 관하여는 취득(2002. 1. 30.) 당시 법률이, 추징사유가 발생하였는지 여부에 관하여는 위 사유 발생(2001. 12. 28.) 당시의 법률이 각 적용되어야 할 것이고, 이 사건 부과처분에는 그 과세요건 구비 여부가 문제되는 시점 즉 이 사건 부동산의 취득(2002. 1. 30.) 또는 매각(2003. 8. 5.) 당시의 법률이 적용되어야 할 것이다

(대법원 1992. 6. 9. 선고 91누10725 판결 참조 등 참조)

다. 인정사실

⑴ 원고는 멀티미디어, 뉴미디어 영상시스템 제작 등의 산업을 영위한 사실이 없고, 창업 이후 패션관련 의류, 구두, 핸드백, 액세서리 등을 취급하는 온라인 쇼핑몰을 운영하여 왔을 뿐 산업발전법에 의하여 산업자원부장관이 고시하는 첨단기술산업에 의한 업종을 영위하지 않았다.

⑵ 원고는 2000. 2. 22.

서울지방중소기업청장에게 다음과 같은 내용의 벤처기업확인서발급신청을 하여, 앞서 본 바와 같이 2000. 2. 28. 벤처기업확인을 받았다.

-다음-

[벤처기업확인서 발급신청서 양식]

업종 : 서비스

주생산품 : 정보제공, 전자상거래

벤처기업 요건 : 벤처캐피탈 투자기업(확인관련서류 : 창업투자회사, 한국벤처투자조합 또는 신기술사업금융회사 등이 증명한 서류)

[기업의 현황 및 실태조사표 양식]

주생산품 : 패션 쇼핑몰

업종 : 전자상거래, 소프트웨어 개발 및 판매

⑶ 위 신청 당시 첨부된 사업자등록증에 기재된 원고의 업종은 정보제공, 전자상거래, 소프트웨어 개발 및 유통 등이었다.

⑷

비투비코리아 는 2000. 3. 15. 원고와 동종의 사업인 정보제공서비스업, 전자상거래업, 연구조사 및 기타 상거래 관련 리서치 및 리서치 대행, 인터넷 온라인 광고대행 서비스업, 인터넷 관련 컨설팅업, 소프트웨어 개발제조판매 및 유통업, 하드웨어 개발제조판매 및 유통업, 무역업, 도서출판업 등을 목적으로 설립되었다가 위와 같이 2001. 12. 28. 원고에 의해서 흡수합병되었다.

인터패션플래닝 은 1989. 2. 28. 패션 디자인 연구사업 및 동 용역업, 패션디자인 종합정보수집 및 처리용역업, 섬유, 의류제품, 견본품 제작 및 판매업, 섬유 및 의류제품의 전시회 및 전시장 설치 용역사업, 섬유제품 제조업, 부동산임대업, 의복제품 제조업, 소프트웨어 개발 제조 및 판매업 등을 목적으로 설립되었다가 역시 2001. 12. 28. 원고에 의해서 흡수합병되었다. 그런데 소외 회사들의 대표이사는 박풍언으로 동일하였다.

원고는 소외 회사들을 흡수합병하면서 목적에 임대업을 추가하고, 부동산임대업을 영위하였다.

⑸ 원고는 2003. 7. 16.

김대철,

손은미에게 601호를,

신민철에게 701호를, 각 매매대금 1,850,000,000원(부가가치세 별도)에 환매조건부로 매도하기로 하는 내용의 매매계약을 체결하였다(잔금지급일 2003. 8. 5.). 동시에 원고가

김대철,

손은미로부터 601호를,

신민철로부터 701호를 각 임대차보증금 500,000,000원, 임대차기간 2년, 차임 월 12,500,000원(부가가치세 별도)으로 정하여 임차하기로 하는 내용의 임대차계약을 체결하였다. 위 각 매매계약 체결 당시 잔금지급일로부터 3년 후에 매수인이 매도인에게 환매를 청구할 수 있도록 약정하였고, 그 경우에 환매청구의 의사표시가 통지된 때로부터 30일 이내에 환매대금을 지급하도록 하였다(각 매매계약 제8조).

⑹ 그 후 원고는 2006. 8. 21. 601호를

김대철,

손은미로부터 매수하였고, 701호를

신민철로부터 매수하였으며 이에 따른 취득세, 등록세 등을 납부하였다.

⑺ 원고는 1999. 6. 16.부터 2007. 3.경까지의 기간 동안 당기순손실이 발생하였고, 법인세 납부실적은 없었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 2호증, 갑 3 내지 5호증의 각 1, 2, 갑 8 내지 10호증의 각 1, 2, 갑 11, 12호증의 각 1 내지 3, 갑 13, 14호증의 각 1, 2, 갑 15호증, 갑 17호증의 1, 2, 을 2, 3호증, 을 4호증의 1 내지 3, 을 5 내지 7호증의 각 기재 및 영상, 증인

유미옥의 증언, 이 법원의

서울지방중소기업청장에 대한 사실조회결과, 변론 전체의 취지

라. 판단

⑴ 처분사유 추가의 허용 여부

과세처분취소소송의 소송물은 과세관청이 결정한 세액의 객관적 존부이므로, 과세관청으로서는 소송 도중 사실심 변론종결시까지 당해 처분에서 인정한 과세표준 또는 세액의 정당성을 뒷받침할 수 있는 새로운 자료를 제출하거나 처분의 동일성이 유지되는 범위 내에서 그 사유를 교환변경추가할 수 있는 것이고, 반드시 처분 당시의 자료만에 의하여 처분의 적법 여부를 판단하여야 하거나 처분 당시의 처분사유만을 주장할 수 있는 것은 아니다(

대법원 2001. 8. 24. 선고 2000두4873 판결,

2002. 10. 11. 선고 2001두1994 판결 등 참조).

이 사건으로 돌아와 살피건대, 피고는 앞서 본 바와 같이 이 사건 소송에 이르러, 이 사건 부과처분에 관한 처분사유로 ‘2년 이상 당해 업종에 직접 사용하지 아니하고 매각하는 경우’에 해당한다는 당초의 처분사유 외에 ‘원고는

지방세법 제138조 제1항에서 정하는 중과제외업종에 해당하지 않는다‘는 부과처분의 사유를 선택적으로 추가하였는바, 이 사건 부과처분 시점과 변론종결 시점을 비교할 때 이 사건 부동산의 취득이나 매각, 부동산의 사용관계 등에 관한 사실이 달라지는 것이 아니어서 당초의 과세표준과 세액의 변동이 없을 뿐만 아니라 세목을 달리하는 경우가 아니므로, 위 처분사유의 선택적 추가는 처분의 동일성이 유지되는 범위 내라고 인정된다. 따라서 위 부과처분사유의 선택적 추가는 허용된다.

⑵ 종전부과처분과 이 사건 부과처분과의 관계

㈎ 종전부과처분과 이 사건 부과처분의 과세요건효과적용법률상의 차이는 다음과 같다.

이와 같이 부과처분의 과세요건효과적용법률이 전혀 다른 경우에 있어 조세법규의 엄격해석의 원칙상 지방세법에 의한 등록세의 중과요건을 판단함에 있어서 조세특례제한법에서 정한 등록세 등의 추징요건에의 해당 여부가 그 전제조건이 된다고 할 수는 없다(

대법원 1995. 6. 30. 선고 94누7768 판결 등 참조). 즉, 지방세법에서 정한 등록세의 중과요건은 지방세법에 의하여 판단하여야 하는 것이고, 조세특례제한법상의 등록세 등 추징요건에 해당하여야 비로소 지방세법에서 정한 등록세를 중과할 수 있다고 볼 수 없다.

따라서 이 사건 부과처분은 불가쟁력이 발생한 종전부과처분과 전혀 별개의 처분이라고 할 것이어서, 종전부과처분의 적법 여부가 이 사건 부과처분의 전제가 되어야 한다거나 피고가 조세특례제한법이 아닌 지방세법을 적용한 것이 조세법률주의를 위반한 것이라는 취지의 원고의 주장은 이유 없다.

⑶

지방세법 제138조 제1항 본문의 적용 여부

㈎ 대도시 지역내 법인등기 등의 중과 및 중과제외업종 등의 입법취지

지방세법 제138조 제1항은 대도시지역 내의 과도한 인구집중을 억제하고 대도시와 지방의 균형 있는 발전을 유도할 목적에서 대도시 내에서의 법인의 설립이나 지점 등의 설치를 위한 법인등기나 이와 관련하여 취득하는 부동산 등기에 관하여 통상의 등록세율보다 가중된 세율을 적용하도록 하면서도, 사업의 성격상 입지를 제한할 수 없거나 해당 산업을 지원할 정책적 필요가 있는 업종에 대하여는 같은 항 단서와 이에 따른

지방세법 시행령 제101조 제1항 각호를 통하여 중과세율의 적용대상에서 제외하고 있는데(중과제외업종), 중과제외업종에 해당하는 경우라도

시행령 제101조 제2항은

같은 조 제1항 각호에서 정한 중과세율 적용의 예외를 통하여

법 제138조 제1항의 입법취지를 잠탈하는 것을 막기 위하여 “……등기 또는 등록일로부터 정당한 사유없이 1년이 경과할 때까지 당해 업종에 직접 사용하지 아니하거나 다른 업종에 사용 또는 겸용하는 경우와 2년 이상 당해 업종에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 업종에 사용 또는 겸용하는 경우에 그 해당부분에 대하여는

지방세법 제138조 제1항 본문의 규정을 적용한다. 다만, ……”고 규정하고 있다. 즉 대도시 지역 내 법인등기 등의 경우에 중과제외업종에 해당하지 않는 한 원칙적으로 지방세법

제138조 제1항 본문이 적용되고, 중과제외업종에 해당하여도 일정한 경우에는

지방세법 제138조 제1항 본문이 적용된다.

㈏ 원고가 중과제외업종인지 여부

그런데 원고의 업종은 산업발전법에 의하여 산업자원부장관이 고시하는 첨단기술산업에 해당하지 않아

지방세법 제138조 제1항에서 정하는 중과제외업종에 해당하지 않음은 당사자 사이에 다툼이 없다.

결국, 원고의 이 사건 부동산 취득은

지방세법 제138조 제1항 본문 제3호,

지방세법 시행령 제102조 제2항에 따라 ‘법인설립 이후 5년 이내에 취득하는 부동산 등기’에 해당하여 등록세 등의 중과요건에 해당한다고 할 것이다.

⑷ 소결

따라서 피고의 이 사건 부과처분은 적법하고, 원고가 중과제외업종을 영위한 것이 아닌 이상

지방세법 시행령 제101조 제2항에서 정한 정당한 사유를 갖추었는지 여부에 관한 원고의 주장에 대하여 더 나아가 판단할 필요없이 원고의 주장은 모두 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 받아들이지 아니하기로 하여 주문과 같이 판결한다.