토지가 농지가 아닌 기타 부동산에 해당하여 1,000분의 30으로 표준세율을 부과 하였으나 아무런 법적 근거도 없이 종합토지세 전산자료가 종합토지세과세대장과 동일하다거나 이에 갈음할 수 있는 것이라고 보이지 않음에도 이에 근거하여 등록세를 부과하였으므로 잘못이 있어 취소되어야 한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2001. 6. 4.

서울 강서구 외발산동 276외 22필지 40,917㎡(이하 이 사건 각 토지라 한다.)를 취득하였다.

나. 원고는 2001. 6. 13. 이 사건 각 토지가 농지에 해당한다고 보아 농지에 해당하는 세율인 부동산가액의 1,000분의 10으로 계산한 등록세 94,512,150원, 지방교육세 18,902,430원 합계 113,414,580원을 신고ㆍ납부하였다.

다. 피고는 2005. 3. 10. 이 사건 각 토지가 기타 부동산에 해당한다는 이유로 등록세 226,829,160원, 지방교육세 41,585,340원 합계 268,414,500원을 추가로 부과ㆍ고지하는 이 사건 부과처분을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제8호증의 1, 2, 갑 제10호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 부과처분의 적법 여부에 대한 판단

원고는 등록세와 더불어 지방교육세 부과처분의 취소를 구하고 있으나, 지방교육세는

지방세법 제260조의3 제1항 제1호에 따라 등록세액에 비례하여 부과되는 것이어서 이 사건 부과처분 중 등록세 부분이 위법하면 지방교육세 부분도 당연히 위법하게 되므로 이하에서는 등록세 부분에 대하여만 판단한다.

가. 당사자의 주장

(1) 원고의 주장

원고가 이 사건 각 토지를 취득할 당시 피고는 지방세법령상의 공부인 종합토지세과세대장을 작성ㆍ보유하지 않으면서 종전의 재산세과세대장에 지목을 수기로 기재하여 사용하고 있었는데, 이 사건 각 토지에 대한 등록세율을 정함에 있어서는 재산세과세대장상의 지목에 따라 농지에 해당하는지 여부를 판단해야 함에도, 피고는 법적 근거 없이 종합토지세 전산자료나 토지 취득 당시의 현황을 내세워 이 사건 부과처분을 하였으므로 피고의 이 사건 부과처분은 조세법률주의 등에 반하여 위법하다.

나아가 토지 취득 당시의 현황에 따른 등록세 부과처분이 적법하다 하더라도, 원고가 이 사건 각 토지를 취득할 당시 그 현황은 여전히 농지로서 피고가 주장하는 것과 같은 대지가 아니었으므로 피고의 이 사건 부과처분은 어느 모로 보나 위법하다.

그렇지 않다 하더라도 원고는 피고 소속 담당공무원의 적용세율 등에 관한 행정지도에 따라 이 사건 등록세를 신고ㆍ납부한 것인데, 피고는 이와 같은 행정지도에 반하여 이 사건 부과처분을 하였으니, 피고의 이 사건 부과처분은 결국 신뢰보호의 원칙에 반하여 위법하다.

(2) 피고의 주장

피고는 이 사건 각 토지에 대한 종합토지세 전산자료의 지목에 따라 이 사건 부과처분을 한 것이고, 이와 같은 종합토지세 전산자료에 의한 부과처분이 적법하지 않다 하더라도

구 지방세법시행령(2005. 1. 5. 대통령령 제18669호로 개정되기 전의 것) 제194조의17 제1항에 의하여 이 사건 각 토지의 현황에 따라 등록세를 부과한 것이므로 피고의 이 사건 부과처분은 적법하다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1)

구 지방세법(2005. 1. 5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것, 이하 같다.) 제131조 제1항은 “부동산에 관한 등기를 받을 때에는 다음 각 호의 표준세율에 의하여 등록세를 납부하여야 한다.”라고 규정하면서

제3호에서 소유권의 유상취득의 경우 농지는 부동산가액의 1,000분의 10, 기타 부동산은 부동산가액의 1,000분의 30으로 표준세율을 규정하고 있는 한편,

구 지방세법시행령(2003. 12. 30. 대통령령 제18194호로 개정되기 전의 것, 이하 별도의 표시가 없으면 같다.) 제89조 제2항은 “

법 제131조 제1항에서 농지라 함은 등기 당시 종합토지세과세대장상의 지목이 전ㆍ답ㆍ과수원 또는 목장용지인 토지를 말한다.”라고 규정하고 있으며, 위에서 말하는 종합토지세과세대장은

구 지방세법시행규칙(2003. 12. 31. 행정자치부령 제213호로 개정되기 전의 것, 이하 같다.) 제104조의20에 의한 별지 제108호 서식에 따른 종합토지세과세대장을 말하는 것이다.

(2) 먼저 종합토지세 전산자료에 의한 부과처분의 적법성에 대하여 살피건대,

구 지방세법 제131조 제1항,

구 지방세법시행령 제89조 제2항이 명시적으로 종합토지세과세대장상의 지목에 따른 세율에 의한 등록세 납부의무를 규정하고 있을 뿐이고, 종합토지세 전산자료에 의하여 종합토지세과세대장을 갈음할 수 있도록 한 근거 규정이 없는 점, 종합토지세 과세의 전산관리는 2005. 1. 5. 법률 제7332호로 지방세법이 개정되면서 신설된

같은 법 제87조에 근거하여 이루어진 것이므로 이 법이 시행되기 전에 작성된 종합토지세 전산자료는 법적 서식이 아닌 단순한 과세내역서에 불과한 것으로 정확한 세액 계산과 효율적 업무처리를 위한 내부자료에 불과한 것이라는 점, 피고가 주장하는 종합토지세 전산자료인 2001년도 종합토지세 정기분 과세내역서(을 제5호증)의 명칭이나 형식이

구 지방세법시행규칙 제104조의20에 의한 별지 제108호 서식에 따른 종합토지세과세대장의 그것과 전혀 다른 점 등의 사정을 종합해 보면, 피고가 주장하는 종합토지세 전산자료가 위 종합토지세과세대장과 같다거나 이를 갈음할 수 있는 것이라고 보이지 아니하므로 원고의 이 부분 주장은 이유 있고, 피고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(3) 다음으로 토지 현황에 따른 부과처분의 적법성에 대하여 살피건대,

구 지방세법시행령 제89조 제2항이 “

법 제131조 제1항에서 농지라 함은 등기 당시 종합토지세과세대장상의 지목이 전ㆍ답ㆍ과수원 또는 목장용지인 토지를 말한다.”라고만 규정하고 있을 뿐, 현황에 따른 농지 인정 여부나 등록세율의 결정에 관하여 아무런 언급을 하고 있지 아니함은 물론, 원고의 이 사건 각 토지 취득 당시의 법령 어디에도 이를 허용하는 규정이 없는 점(

대법원 1997. 3. 25. 선고 96누11549 판결 참조),

구 지방세법시행령 제89조 제2항이 2003. 12. 30. 대통령령 제18194호에 의하여 “

법 제131조 제1항에서 농지라 함은 등기 당시 공부상 지목이 전ㆍ답ㆍ과수원 또는 목장용지인 토지로서 실제의 토지현상이 농작물의 경작 또는 다년생식물재배지로 이용되는 토지를 말한다.”라고 개정되었음에 비추어 이 개정규정의 시행 이전에는 지방세법령상 현황에 따른 등록세율의 결정이 허용되지 아니한 것으로 보이는 점, 피고는

구 지방세법시행령 (2005. 1. 5. 대통령령 제18669호로 개정되기 전의 것) 제194조의17 제1항의 “종합토지세의 과세대상토지가 공부상 등재현황과 사실상의 현황이 다를 경우에는 사실상의 현황에 의하여 종합토지세를 부과한다.”라는 규정을 근거로 이 사건 각 토지에 대한 현황과세의 적법성을 주장하는데, 이 규정은 종합토지세에 관한 규정일 뿐이고, 이 사건과 같은 등록세에까지 이 규정이 적용된다고 볼 아무런 근거가 없는 점 등의 사정을 종합해 보면, 이 사건 각 토지에 대한 등록세율은 종합토지세과세대장상의 지목에 따라 정해야 할 뿐, 토지의 현황에 따라 정할 수는 없다고 보아야 하므로 이를 지적하는 원고의 이 부분 주장은 이유 있고, 이에 반하는 피고의 이 부분 주장은 더 나아가 살펴볼 필요도 없이 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 피고의 이 사건 부과처분은 위법하므로 그 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론이 같아 정당하므로 피고의 항소를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.