과세청은 아무런 법적 근거도 없이 종합토지세 전산자료가 종합토지세과세대장과 동일하다거나 이에 갈음할 수 있는 것이라고 보이지 않음에도 이에 근거하여 등록세를 부과하였으므로 잘못이 있어 취소되어야 한다.

1. 처분 경위

가. 원고는 2001. 6. 4.

서울 강서구 외발산동 276외 22필지 40,917㎡(이하 이 사건 각 토지라 한다)를 취득하였다.

나. 원고는 2001. 6. 13. 이 사건 각 토지의 지목이 농지에 해당하는 것으로 보아 농지에 해당하는 세율 10/1,000으로 계산한 등록세 94,512,150원, 지방교육세 18,902,430원 등 합계 113,414,580원을 신고납부하였다.

다. 피고는 2005. 3. 10. 이 사건 각 토지의 지목이 농지가 아닌 기타 부동산에 해당한다는 이유로 등록세 226,829,160원, 지방교육세 41,585,340원, 합계 268,414,500원을 추가로 부과고지하였다(이하 이 사건 부과처분이라 한다).

(갑 8～12호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지)

2. 처분의 적법성

원고는 등록세와 더불어 지방교육세 부과처분의 취소를 구하고 있으나, 지방교육세는

구 지방세법(2001. 12. 29. 법률 제6549호로 개정되기 전의 것, 이하 구 지방세법이라 한다) 제260조의3 제1항에 따라 등록세액에 비례하여 부과되는 것이어서 이 사건 등록세 부과가 위법하여 취소되면 지방교육세도 당연히 취소된다 할 것이므로 이하에서는 등록세에 대하여만 판단한다.

가. 당사자들의 주장

(1) 원고의 주장

원고가 이 사건 각 토지를 취득할 당시 종합토지세과세대장에 갈음한 재산세과세대장에는 이 사건 각 토지의 지목이 전, 답으로 기재되어 있었으므로, 이 사건 각 토지가 농지임을 전제로 하여 신고납부한 원고의 등록세 납부행위는 적법한 것임에도, 피고는 아무런 법적 근거도 없이 종합토지세 전산자료나 이 사건 각 토지 취득 당시의 현황을 내세워 이 사건 부과처분을 하였으므로, 피고의 위와 같은 부과처분은 조세법률주의 등에 반하여 위법하다.

나아가 토지 취득 당시의 현황에 따른 등록세 부과처분이 적법하다 하더라도, 원고가 이 사건 각 토지를 취득할 당시 이 사건 각 토지의 현황은 여전히 농지로서 피고가 주장하는 것과 같은 대지 등이 아니였으므로, 피고의 이 사건 부과처분은 어느 모로 보나 위법하다.

그렇지 않다 하더라도 원고는 피고 소속 담당공무원의 적용세율 등에 관한 행정지도에 따라 이 사건 등록세를 신고납부한 것인데, 피고는 이와 같은 행정지도에 반하여 이 사건 부과처분을 하였으니, 피고의 이 사건 부과처분은 결국 신뢰의 원칙에 반하여 위법하다.

(2) 피고의 주장

피고는 이 사건 각 토지에 대한 종합토지세 전산자료의 지목에 따라 이 사건 부과처분을 한 것이고, 위와 같은 종합토지세 전산자료에 의한 부과처분이 적법하지 않다 하더라도

구 지방세법시행령(2001. 6. 30. 대통령령 제17267호로 개정되기 전의 것, 이하 구 지방세법시행령이라 한다) 제194조의17 제1항에 의하여 이 사건 각 토지의 현황에 따라 등록세를 부과한 것이므로 피고의 이 사건 부과처분은 적법하다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

구 지방세법 제131조,

구 지방세법시행령 제89조 제2항에 의하면, 부동산에 대한 등록세는 종합토지세과세대장의 지목에 따른 세율에 의하여 납부하여야 하고, 위에서 말하는 종합토지세과세대장은

구 지방세법시행규칙(2001. 12. 31. 행정자치부령 제154호로 개정되기 전의 것, 이하 구 지방세법시행규칙이라 한다) 제108호 서식인 종합토지세과세대장을 말하는 것이다.

(1) 종합토지세 전산자료에 의한 부과처분의 적법성에 대하여

위에서 본 구 지방세법과 구 지방세법시행령의 규정 내용과 아래의 여러 사정을 종합하면, 피고가 주장하는 종합토지세 전산자료가 위 종합토지세과세대장과 동일하다거나 이에 갈음할 수 있는 것이라고 보이지 아니하므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 있고, 피고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(가)

구 지방세법 제131조,

구 지방세법시행령 제89조 제2항이 명시적으로 종합토지세과세대장의 지목에 따른 세율에 의한 등록세 납부의무를 규정하고 있을 뿐이고, 종합토지세 전산자료에 의하여 종합토지세과세대장을 갈음할 수 있도록 한 근거 규정이 없는 점

(나) 종합토지세 과세의 전산관리는 2005. 1. 5. 개정된 지방세법 제87조에 근거하여 이루어진 것이므로 이 법이 시행되기 전에 작성된 종합토지세 전산자료는 법적 서식이 아닌 단순한 과세내역서에 불과한 것으로 정확한 세액 계산과 효율적 업무처리를 위한 내부자료에 불과한 것이라는 점

(다) 원고가 주장하는 종합토지세 전산자료인 2001년도 종합토지세 정기분 과세내역서(갑 12호증)의 표목이나 형식이

구 지방세법시행규칙 제108호서식에 따른 종합토지세과세대장의 그것과 전혀 다른 점

(2) 현황에 따른 부과처분의 적법성에 대하여

위에서 본 구 지방세법과 구 지방세법시행령의 규정 내용을 비롯하여 아래의 여러 사정을 종합하면, 이 사건 각 토지의 취득에 대한 등록세율은 종합토지세과세대장의 지목에 따라야 할 뿐 토지의 현황에 따를 수는 없다 할 것이므로, 이를 지적하는 원고의 이 부분 주장은 이유 있고, 이에 반하는 피고의 이 부분 주장은 더 나아가 살필 필요 없이 이유 없다.

(가)

구 지방세법시행령 제89조 제2항이 “법 제131조 제1항에서 농지라 함은 등기 당시 종합토지세 과세대장상의 지목이 전, 답, 과수원 또는 목장용지인 토지를 말한다”라고만 규정하고 있을 뿐, 현황에 따른 농지 인정 여부나 등록세율의 결정에 관하여 아무런 언급을 하고 있지 아니함은 물론 원고의 이 사건 각 토지 취득 당시의 법령 어디에도 이를 허용하고 있는 규정이 없는 점(

대법원 1997. 3. 25. 선고 96누11549 판결 참조)

(나)

구 지방세법시행령 제89조 제2항이 2003. 12. 30. 대통령령 제18194호에 의하여 “

법 제131조 제1항에서 농지라 함은 등기 당시 공부상 지목이 전·답·과수원 또는 목장용지인 토지로서 실제의 토지 현상이 농작물의 경작 또는 다년생 식물재배지로 이용되는 토지를 말한다”로 개정된 사정에 비추어 볼 때, 위 규정의 시행 이전에는 지방세법상 현황에 따른 등록세율의 결정이 허용되지 아니한 것으로 보이는 점

(다) 피고는

구 지방세법시행령 제194조의17 제1항의 “종합토지세의 과세대상 토지가 공부상 등재현황과 사실상의 현황이 다를 경우에는 사실상의 현황에 의하여 종합토지세를 부과한다”라는 규정을 근거로 하여 이 사건 토지에 대하여 현황과세의 적법성을 주장하는데, 위 규정은 종합토지세에 관한 규정일 뿐 이 사건과 같은 등록세에까지 적용되는 것이라고 볼 아무런 근거가 없는 점

3. 결론

그렇다면 피고의 이 사건 부과처분은 위법하므로 이를 취소하기로 하여 주문과 같이 판결한다.