구 지방세법 제107조 및 제127조 제1항에 의하면 부동산 취득·등기일로부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 취득·등기한 부동산의 전부 또는 일부를 그 사업에 사용하지 않은 경우 그 부분에 대하여는 취득세·등록세를 부과하는 것이라 비법인사단이 취득할 당시 3년 이내에 그 사업 내지 고유 업무에 직접 사용할 수 없는 법령상의 장애사유가 있음을 알았음이 명백하다면 취득세 등은 직접 사용하지 못한 정당한 사유에 해당하지 않는다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 2000. 7. 25. 학원선교사업, 이웃구제사업, 의료봉사업 등을 목적으로 설립된 사단법인이다.

나. 원고는 2002. 8. 1.

서울 강북구 수유동 47-68 대 674.5㎡ 및 그 지상 철근콘크리트조 평옥개 3층 의원 연면적 881.49㎡(이하 토지 및 건물을 합쳐 이 사건 부동산이라 한다)를 매수하고 2002. 10. 31. 그 소유권이전등기를 마쳤다.

다. 피고는 당초 원고가 이 사건 부동산을 취득하여 종교 목적인 청소년선교센터로 사용하는 경우로서 비과세에 해당하는 내용으로 취득신고 및 자진납부 세액계산서를 제출함에 따라, 2002. 11. 1. 등록세 6,300만 원, 취득세 4,200만 원을 비과세하였다.

라. 원고는 2003. 2.경 이 사건 건물 881.49㎡ 중 46% 가량인 403.37㎡의 용도를 의료시설에서 제2종 근린생활시설(학원)로 변경하고 이에 관한 취득세, 등록세 등 124,924,830원을 신고 납부하고 이를 임대하여 보습학원을 운영하도록 하였다.

마. 원고는 이 사건 부동산을 취득한 이후 취득세 등 비과세 요건인 3년의 유예기간 내에 이 사건 건물 중 나머지 54% 가량인 478.12㎡(이하 이 사건 쟁점 부분이라 한다)에 관하여도 본래의 종교 목적인 청소년선교센터로 사용하기 어렵게 되자 여기에 의료시설인 가정폭력상담소를 개설하기로 하고 2005. 10. 24. 그 개설 공사에 착수하였다.

바. 피고는 원고가 이 사건 쟁점 부분을 취득한 이후 3년 이내에 종교 목적으로 사용하지 않았다는 이유로 2006. 2. 13. 원고에 대하여 취득세 22,780,800원, 취득세 가산세 4,556,150원, 농어촌특별세 2,505,880원을 부과하였고, 또한 원고가 법인 설립이후 5년 이내에 이 사건 쟁점 부분을 취득하였다는 이유로 등록세에 관하여는 중과세율을 적용하여 부동산등기등록세 102,513,570원, 등록세 가산세 20,502,710원 및 지방교육세 22,552,980원을 부과하는 이 사건 처분을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 4, 5.

2. 처분의 적법여부

가. 원고의 주장

다음과 같은 이유로 이 사건 처분은 위법하다.

(1) 원고는 이 사건 쟁점 부분을 취득한 이후 3년 이내인 2005. 10. 24. 선교사업의 일환으로 가정폭력상담소로 사용하고자 공사에 착수함으로써 이 사건 쟁점 부분을 고유 업무에 직접 사용 하였다.

(2) 가사 원고가 이 사건 쟁점부분을 본래의 목적인 청소년선교센터로 사용하지 못하였고 그 대신 여기에 가정폭력상담소를 설치하는 것이 본래의 고유 업무에 직접 사용하는 것으로 인정받지 못한다고 하더라도, 이 사건 건물은 그 용도가 의료시설로서 원고가 이 사건 건물에 의료시설이면서 동시에 선교목적을 추구할 수 있도록 청소년선교센터를 건립하고자 한 것인데 2004. 예정되어 있던 지구단위계획구역 재조정이 2005.까지도 이루어지지 않음에 따라 원고가 이러한 청소년선교센터로 사용하지 못하게 된 것으로서 원고에게 이 사건 쟁점 부분을 고유의 목적에 직접사용하지 못한 잘못을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다.

(3) 원고가 2000. 7. 25. 법인설립등기를 마쳤으나 1970.경부터 이미 비법인사단으로 활동하여 왔고 1984. 9. 15. ‘한국기독대학인회(ESF)’라는 명칭을 사용하였으며 1995. 6. 29. 서울 서대문구 창천동 4-14 대지 및 건물을 취득하고 한국기독대학인회 명의로 소유권이전등기를 마쳤으므로 원고는 비법인사단으로 존재한 기간을 포함하여 실질적으로 설립된 지 5년이 경과된 이후 이 사건 부동산을 취득하였다고 할 것이므로 지방세법 상 등록세 등의 중과세 대상이 아니다.

나. 관계법령

구 지방세법(2002. 12. 30. 법률 제6838호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)

제107조 (용도구분에 의한 비과세) 다음 각 호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세를 부과한다.

1. 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득

제112조 (세율) ①취득세의 표준세율은 취득물건의 가액 또는 년부금액의 1,000분의 20으로 한다.

제127조 (용도구분에 의한 비과세) ①다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기·등록일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 등록세를 부과한다.

1. 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기

제131조 (부동산등기의 세율) ①부동산에 관한 등기를 받을 때에는 다음 각호의 표준세율에 의하여 등록세를 납부하여야 한다.

3. 제1호 및 제2호 이외의 원인으로 인한 소유권의 취득

(1) 농 지: 부동산가액의 1,000분의 10

(2) 기 타: 부동산가액의 1,000분의 30

제138조 (대도시 지역내 법인등기등의 중과) ①다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다. (단서 생략)

3. 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기

제260조의2 (납세의무자) 지방교육의 질적 향상에 필요한 지방교육재정의 확충에 소요되는 재원을 확보하기 위하여 이 법의 규정에 의한 등록세(제196조의2의 규정에 의한 자동차의 등록에 대한 등록세를 제외한다), 레저세, 주민세균등할, 재산세, 비영업용 승용자동차(비영업용 기타 승용자동차를 포함한다)에 대한 자동차세(국가 또는 지방자치단체를 제외한다), 담배소비세 및 종합토지세의 납세의무자는 지방교육세를 납부할 의무를 진다.

제260조의3 (과세표준과 세율) ①지방교육세는 다음 각 호의 1의 과세표준에 해당 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

과세표준

세율

1

이 법의 규정에 의하여 납부하여야 할 등록세액

100분의 20

구 지방세법 시행령(2002. 12. 30. 대통령령 제17849호로 개정되기 전의 것)

제78조의2 (수익사업의 범위) ①법 제107조 본문 단서에서 "대통령령이 정하는 수익사업"이라 함은 「법인세법」 제3조 제2항의 규정에 의한 수익사업을 말한다.

제79조 (비영리사업자의 범위) ①법 제107조제1호에서 "대통령령으로 정하는 비영리사업자"라 함은 다음 각호의 자를 말한다.

1. 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체

제102조 (대도시내 법인등 중과세의 범위와 적용기준) ②법 제138조 제1항 제3호에서 "법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기"라 함은 당해 법인 또는 지점등이 그 설립·설치·전입(수도권의 경우 서울특별시외의 지역에서 서울특별시내로의 전입은 대도시내로의 전입으로 본다. 이하 이 조에서 같다)이전에 취득하는 일체의 부동산등기(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산등기를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 말하며, "그 설립·설치·전입이후의 부동산등기"라 함은 법인 또는 지점등이 설립·설치·전입이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다. 이 경우 일체의 부동산등기에는 공장의 신설·증설, 공장의 승계취득, 당해 대도시내에서의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산취득등기를 포함하며, "지점등"이라 함은 행정자치부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다.

다. 판 단

(1) 원고의 고유 업무에 직접사용 한 경우에 해당하는지 여부

구 지방세법 제107조 및 제127조 제1항은 용도구분에 의한 취득세·등록세 비과세사유를 규정하면서 그 중의 하나로 제1호에서 공익사업을 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득 및 등기를 들고 있고, 각 본문 단서에서는 취득·등기일로부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 취득·등기한 부동산의 전부 또는 일부를 그 사업에 사용하지 아니한 경우에는 그 부분에 대하여는 취득세·등록세를 부과한다고 규정하고 있는바, 그 각 규정에서 비영리사업자가 당해 부동산을 '그 사업에 사용'한다고 함은 현실적으로 당해 부동산의 사용용도가 비영리사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻하고, '그 사업에 사용'의 범위는 당해 비영리사업자의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단되어야 한다(

대법원 2002. 10. 11. 선고 2001두878 판결 참조).

갑 8, 9, 갑 10의 1 ~ 8, 을 4의 1 ~ 9의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고가 이 사건 쟁점 부분에 가칭 ‘샬롬 정신건강상담소’라는 명칭으로 용도구분상 의료시설인 가정폭력상담소를 개설하기로 하고 이 사건 부동산 취득 후 3년이 경과되기 일주일 전인 2005. 10. 24. 단지 가정폭력상담소 시설을 설치하기 위한 공사에 착수하였으나 현재까지도 설치공사를 완성하지 않아 이 사건 쟁점부분을 가정폭력상담소로도 사용하지 않고 있는 사실을 인정할 수 있다.

위 인정사실에 의하면, 원고가 이 사건 쟁점부분을 취득한 지 3년 이내에 위와 같은 가정폭력상담소를 설치하기 위한 공사에 착수하였을 뿐, 실제로 이를 설치, 운영하지 않았을 뿐만 아니라 또한 위와 같은 가정폭력상담소는 의료시설에 불과하여 원고의 고유사업인 종교 내지는 선교사업에 직접 사용한 것에 해당한다고 볼 수 없다고 할 것이어서 원고의 이 부분 주장은 어느 모로 보나 이유 없다.

(2) 정당한 사유의 존부

구 지방세법 제107조에서 말하는 '정당한 사유'라 함은 법령에 의한 금지·제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 중과의 입법 취지를 충분히 고려하면서 당해 법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지 여부, 토지의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령·사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지의 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 한다.

공익성이 있는 사업을 수행하는 비영리법인이라고 할지라도 토지를 취득할 당시 3년 이내에 그 사업 내지 고유 업무에 직접 사용할 수 없는 법령상의 장애사유가 있음을 알았거나, 설사 몰랐다고 하더라도 조금만 주의를 기울였더라도 그러한 장애사유의 존재를 쉽게 알 수 있었던 상황 하에서 토지를 취득하였고, 취득 후 3년 이내에 당해 토지를 그 사업 내지 고유 업무에 직접 사용하지 못한 것이 동일한 사유 때문이라면, 취득 전에 존재한 법령상의 장애사유가 충분히 해소될 가능성이 있었고 실제 그 해소를 위하여 노력하여 이를 해소하였는데도 예측하지 못한 전혀 다른 사유로 그 사업에 사용하지 못하였다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 그 법령상의 장애사유는 당해 토지를 그 업무에 직접 사용하지 못한 데 대한 정당한 사유가 될 수 없다(

대법원 2002. 9. 4. 선고 2001두229 판결 참조).

원고가 이 사건 쟁점부분이 의료시설로서 취득할 당시 그 사업 내지 고유 업무에 직접 사용할 수 없는 법령상의 장애사유가 있음을 알고 있었다는 점에 관하여는 당사자 사이에 다툼이 없다. 한편 도시관리계획의 정비에 관한

국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제34조에 의하면, 특별시장·광역시장·시장 또는 군수는 5년마다 관할구역의 도시관리계획에 대하여 대통령령이 정하는 바에 따라 그 타당성 여부를 전반적으로 재검토하여 이를 정비하여야 한다고 규정하고 있다.

따라서 원고가 이 사건 부동산을 취득할 당시 3년 이내에 그 사업 내지 고유 업무에 직접 사용할 수 없는 법령상의 장애사유가 있음을 알았다고 할 것이고, 원고가 이 사건 쟁점 부분을 취득한 뒤 3년 내에 이 사건 부동산에 관한 지구단위계획구역 재조정이 이루어질 것으로 믿었는데 2005.까지도 그 재조정이 이루어지지 않았다는 사정이 있는 것만으로는 취득 전에 존재한 법령상의 장애사유가 충분히 해소될 가능성이 있었다고 보기 어려우므로 원고가 주장하는 법령상의 장애사유는 이 사건 쟁점 부분을 그 업무에 직접 사용하지 못한 데 대한 정당한 사유가 될 수 없다고 할 것이다.

따라서 원고의 이 부분 주장 또한 이유 없다.

(3) 원고가 설립된 지 5년이 경과하였는지 여부

원고가 2000. 7. 25. 법인설립등기를 마친 사실은 당사자 사이에 다툼이 없고, 한편 갑 14, 갑 15의 1, 2, 갑 16의 1 ~ 3, 갑 17의 1, 2, 갑 18, 19의 각 1 ~ 4, 갑 20, 21, 갑 22의 1, 2의 각 기재만으로는 원고의 대표자 또는 관리인이 1984. 9. 15.경 또는 1995. 6. 29.경

국세기본법 제13조 제2항에 정한 바에 따라 관할세무서장에게 비법인사단 신고를 하여 승인을 얻었다는 점을 인정하기 어려우므로 원고가 비법인사단으로 존재한 기간을 포함하여 실질적으로 설립된 지 5년이 경과되었으므로 지방세법 상 등록세 등의 중과세 대상이 아니라는 원고의 이 부분 주장 또한 이유 없다.

3. 결 론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 한다.