목회인력 양성교육 및 성도교육 등을 목적사업으로 하는 종교법인이 신축한 건축물을 '기숙사'로 용도변경 하였으나, 지하는 성전 및 교육장, 지상은 해외식구, 선교사 등의 방문시 기도실 등으로 사용한 사실이 확인되는 등 종교목적에 직접사용한 여부가 확인된 이상, 기 감면된 취득세 등을 부과한 처분은 취소되어야 한다.

1. 처분의 경위

가, 원고는 예배, 선교, 교육, 구제, 봉사 등을 통하여 세상을 구원하는데 그 목적을 두고, 이러한 목적을 달성하기 위하여 목회인력 양성교육 및 성도교육 등의 사업을 행하는 비영리 종교단체이다.

나. 원고는 2001. 11. 5. 이사회 결의를 통하여

성남시 수정구 시흥동 47-7 외 2필지 면적 합계 2,722㎡(2005. 8. 5. 같은 동 47-7로 합병되었다, 이하 ‘이 사건 토지’라고 한다) 지상에 ‘집회장소’ 용도의 건축물을 신축하기로 하고, 같은 날 위 토지에 관하여매매계약을 체결하였다.

다. 그러나 이웃 주민들의 반대에 부딪히게 된 원고는 2002. 1. 18. 이사회의 결의를 통하여 건물의 용도를 ‘교육연구 및 복지시설’로 변경한 후 2002. 5. 4. 건물의 명칭을 ‘하나님의 교회 교육원’, 주용도를 ‘교육연구 및 복지시설’로 하여 건축허가를 받았고, 2002. 6. 21. 이 사건 토지에 관하여 소유권이전등기를 마쳤으며, 이 사건 토지에 대하여 지방세법 제107조 제1호 및 제127조 제1항 제1호에 해당하는 종교용 부동산으로 취득신고하여 피고로부터 취득세 및 등록세를 비과세 받았다.

라. 그후 또다시 이웃 주민들의 반대에 부딪히게 된 원고는 2004. 1. 15. 이사회 결의를 통하여 건물의 용도를 ‘기숙사’로 변경하되, 지하는 성전 및 교육장으로, 지상은 해외식구, 선교사 등 방문시의 기도실 등으로 사용하기로 결의하고, 2004. 5. 20. 건물 명칭을 ‘하나님의 교회 기숙사’, 용도를 ‘공동주택(기숙사)’로 변경하여 새로 건축허가를 받았다.

마. 원고는 2004. 7. 31. 신축공사에 착공하여 이 사건 토지 위에 철근콘크리트구조 경사지붕 지층 1,929.79㎡, 1층 745.66㎡, 2층 668.76㎡, 3층 668.85㎡, 옥탑 57.21㎡(이하, ‘이 사건 건물’이라 한다)을 준공하고 2005. 6. 27. 피고로부터 사용승인을 받았으며, 2005. 7. 29. 취득신고 및 2005. 9. 2. 소유권보존등기를 각 마치고

지방세법 제107조 제1호 및

제127조 제1항 제1호에 의하여 취득세 및 등록세를 비과세 받았다.

바. 원고는 2006. 4. 7. 일반건축물대장상 지하 1층 중 949.06㎡ 부분의 용도를 ‘종교집회장’으로 변경하고, 2006. 5. 4. 이 사건 건물의 주용도를 ‘문화 및 집회시설(종교집회장)’으로 변경하여 사용승인서를 교부받았다.

사. 피고는 2005. 하반기 지방세 비과세 감면 일제조사를 하면서 이 사건 건물 중 지하 1층 예배당 부분 1,286.53㎡를 제외한 나머지 지층 일부 및 1~3층 2,783.74㎡(이하 ‘이 사건 쟁점건물’이라고 한다)를 고유목적인 종교 용도에 직접 사용하지 아니하고 기숙사 용도로 전용한 것으로 보아 2005. 11. 22. 원고에게 지방세법 제107조 단서 및 제127조 제1항 단서에 의하여 감면되었던 지방세를 추징한다는 내용의 과세예고통지를 하였고, 2006. 2. 8. 원고에게 이 사건 쟁점건물 및 이에 안분한 부속토지 1,861.58㎡에 대하여 주문 제2항 기재와 같은 세금을 부과고지하였다.

아. 피고는 같은 취지로 이 사건 토지 및 쟁점건물에 대하여 주문 제3항 및 청구취지 기재 각 재산세를 부과고지하였다.

자. 원고는 위 사.항 부과처분에 대하여 2006. 3. 31. 행정자치부장관에게 심사청구를 하였고, 행정자치부장관은 2006. 6. 27. 이를 기각하였는바, 원고는 같은 해 7. 7.경 이를 통지받았다.

[인정근거] : 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1 내지 4, 갑 제2, 8, 11호증의 각 1 내지 3, 갑 제4, 5호증의 각 1, 2, 갑 제3, 6, 7, 9, 10, 13, 15, 17, 18호증, 을 제1호증의 1 내지 7의 각 기재

2. 소의 적법 여부에 대한 판단

직권으로 이 사건 소 중 피고가 원고에 대하여 한 2005. 9. 9.자 2005년도 토지분 재산세 7,378,070원의 부과처분 취소청구부분 소의 적법 여부에 대하여 판단하건대, 행정소송법 제20조 제1항에 의하면 취소소송은 처분 등이 있음을 안 날로부터 90일 이내에 제기하여야 하는데, 갑 제2호증의 1의 기재에 의하면 원고는 2005. 9. 9.자 재산세 7,378,070원을 2005. 9. 28. 납부한 사실을 인정할 수 있는바, 그렇다면 원고는 늦어도 2005. 9. 28. 위 부과처분의 존재를 알았다고 봄이 상당하고, 이 사건 소는 그로부터 90일이 경과한 후인 2006. 9. 29. 제기된 사실은 기록상 명백하므로 원고의 이 부분 청구는 부적법하다.

3. 처분의 적법성 판단

가. 원고의 주장

피고는, 종교단체가 취득하는 부동산이 비과세 대상이 되는 것은 종교의식예배선교축전종교교육선교 등 종교목적으로 직접 사용되는 부동산에 한정되는데, 이 사건 쟁점건물은 기숙사로 사용되고 있어 그 용도에 직접 사용되지 않는 부동산이라고 판단하여 이 사건 각 부과처분을 하였는바, ① 비록 이 사건 쟁점건물의 건축물대장상 용도는 ‘기숙사’로 되어 있지만 실제 원고는 이를 종교교육시설로 활용하고 있고, ② 설령 이 사건 쟁점건물을 대장상의 용도 기재에 따라 기숙사로 본다 하더라도 이는 예배당 및 종교교육시설에 부속한 시설로서 종교목적에 직접 사용되고 있으므로 이 사건 각 부과처분은 위법하다.

나. 관계법령

■ 지방세법

제107조 (용도구분에 의한 비과세)

다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세를 부과한다.

1. 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득

제127조 (용도구분에 의한 비과세)

①다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기·등록일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 등록세를 부과한다.

1. 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기

제186조 (용도구분에 의한 비과세)

다음 각호에 규정하는 재산(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 재산세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 당해 재산이 유료로 사용되는 경우의 그 재산 및 당해 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대하여는 그러하지 아니하다.

1. 제사·종교·자선·학술·기예 그 밖의 공익사업을 목적으로 하는 대통령령이 정하는 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하는 부동산. 이 경우 그 사업에 직접 사용할 건축물을 건축중인 경우와 건축허가후 행정기관의 건축규제조치로 인하여 건축에 착공하지 못한 경우의 그 건축예정 건축물의 부속토지는 이를 그 사업에 직접 사용하고 있는 것으로 본다.

제260조의2 (납세의무자)

지방교육의 질적 향상에 필요한 지방교육재정의 확충에 소요되는 재원을 확보하기 위하여 이 법의 규정에 의한 등록세(제196조의2의 규정에 의한 자동차의 등록에 대한 등록세를 제외한다), 레저세, 주민세균등할, 재산세, 비영업용 승용자동차(비영업용 기타 승용자동차를 포함한다)에 대한 자동차세(국가 또는 지방자치단체를 제외한다) 및 담배소비세의 납세의무자는 지방교육세를 납부할 의무를 진다.

■ 지방세법 시행령

제79조 (비영리사업자의 범위)

①법 제107조 제1호에서 "대통령령으로 정하는 비영리사업자"라 함은 다음 각호의 자를 말한다.

1. 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체

제94조 (비영리사업자의 범위등)

①법 제127조 제1항 제1호 본문에서 "대통령령으로 정하는 비영리사업자"라 함은 제79조의 규정에 의한 비영리사업자를 말한다

제136조 (수익사업의 범위 등)

①법 제186조 각호 외의 부분 단서에서 "대통령령이 정하는 수익사업"이라 함은 제78조의2의 규정에 의한 사업을 말한다.

②법 제186조 제1호에서 "대통령령이 정하는 비영리사업자"라 함은 제79조의 규정에 의한 비영리사업자를 말한다

■ 농어촌특별세법

제2조 (정의)

①이 법에서 "감면"이라 함은 조세특례제한법·관세법 또는 지방세법에 의하여 소득세·법인세·관세·취득세 또는 등록세가 부과되지 아니하거나 경감되는 경우로서 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다.

1. 비과세·세액면제·세액감면·세액공제 또는 소득공제

제3조 (납세의무자)

다음 각호의 1에 해당하는 자는 이 법의 규정에 의하여 농어촌특별세를 납부할 의무를 진다.

1. 제2조 제1항 본문에 규정된 법률에 의하여 소득세·법인세·관세·취득세 또는 등록세의 감면을 받는 자

제4조 (비과세)

다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 농어촌특별세를 부과하지 아니한다.

12. 기술 및 인력개발, 저소득자의 재산형성, 공익사업등 국가경쟁력의 확보 또는 국민경제의 효율적 운영을 위하여 농어촌특별세를 비과세할 필요가 있다고 인정되는 경우로서 대통령령이 정하는 것

■ 농어촌특별세법 시행령

제4조 (비과세)

⑥법 제4조 제12호에서 "대통령령이 정하는 것"이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 감면을 말한다.

5. 「지방세법」 제106조 제2항, 제107조 제1호·제2호 및 제5호, 제109조, 제126조 제2항, 제127조 제1항 제1호 내지 제3호, 제127조의2 제2항, 제266조 제2항(「농어촌정비법」에 의하여 국가 또는 지방자치단체의 농업생산기반정비계획에 따라 취득·소유하는 농업기반시설용 토지와 그 시설물에 한한다), 제268조의2, 제269조 제5항, 제270조 제1항·제4항, 제271조 제3항, 제272조 제1항·제2항·제5항·제274조, 제275조, 제278조 제1항, 제282조, 제284조 제1항(「항공법」에 의하여 면허를 받은 정기항공운송사업에 직접 사용하기 위하여 2002년 12월 31일까지 취득하는 항공기에 한한다), 제287조, 제288조 제1항·제2항 및 제4항, 제289조 제4항·제6항 및 동법 시행령 제96조 제3호 및 제5호의 규정에 의한 감면

다. 판단

지방세법 제107조 제1호,

제127조 제1항 제1호,

제186조 제1호는 종교를 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대하여는 취득세, 등록세, 재산세를 부과하지 아니하되, 다만 그 목적에 직접 사용하지 아니하고 다른 용도로 사용하는 경우에는 과세를 하도록 규정하고 있는바, 위 각 규정에서 종교를 목적으로 하는 단체가 당해 부동산을 ‘그 사업에 사용’한다고 함은 현실적으로 당해 부동산의 사용용도가 비영리사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻하고, ‘그 사업에 사용’의 범위는 당해 비영리사업자의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 한다(

대법원 2002. 4. 26. 선고 2000두3238 판결,

2002. 10. 11. 선고 2001두878 판결 등 참조).

원고는 그 목적을 달성하기 위하여 선교 차원에서 신학교육 및 성도교육 등의 사업을 행하고 있는 사실, 원고가 2004. 1. 15. 이사회 결의를 통하여 이 사건 건물의 용도를 ‘기숙사’로 변경하면서도 지하는 성전 및 교육장으로, 지상은 해외식구, 선교사 등 방문시의 기도실 등으로 사용하기로 결의한 사실은 앞서 본 바와 같고, 갑 제21호증의 35 내지 66, 갑 제22 내지 26호증의 각 기재 내지 영상에 변론 전체의 취지를 종합하면 원고는 이 사건 건물에서 3~10일에 걸쳐 해외 파송 선교사 집체교육, 종교활동 관련 세미나, 예비목회자 세미나, 동역자 교육, 해외신자 중 방문자 교육 등을 계속하여 실시한 사실, 이 사건 건물 1, 2층은 이러한 교육 내지 세미나 참가자들이 숙소로 사용된 사실, 이 사건 건물 3층은 담임목사, 부목사, 전도사, 교수 등 위 예배당과 종교교육시설을 유지관리하거나 교육을 실시하는 사람들의 숙소로 사용되고 있는 사실을 인정할 수 있는바, 그렇다면 원고는 처음부터 원고의 목적사업인 예배 및 종교교육에 활용하기 위하여 이 사건 건물을 건축하였고, 이 사건 쟁점건물은 원고가 실시하는 각종 교육과정에 참가하거나 이를 준비하는 사람들의 숙소로서 예배당 내지 종교교육시설과 일체를 이루어 원고의 선교사업에 직접 이용된다고 할 것이며, 숙소 부분만을 따로 떼어내어 종교사업에 직접 사용하고 있지 않다고 할 수는 없다.

그렇다면 이 사건 쟁점건물이 원고의 종교사업에 직접 사용되고 있지 않다는 점을 전제로 한 이 사건 각 부과처분(다만, 피고가 원고에 대하여 한 2005. 9. 9.자 2005년도 토지분 재산세 7,378,070원의 부과처분 제외)은 위법하다.

4. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 소 중 피고가 원고에 대하여 한 2005. 9. 9.자 2005년도 토지분 재산세 7,378,070원의 부과처분 취소청구 부분은 부적법하여 이를 각하하고, 원고의 나머지 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.