취득의 대상이 아닌 물건이나 권리에 관한 것이어서 당해 물건 자체의 가격이라고 볼 수 없는 것이라면 과세대상물건을 취득하기 위하여 당해 물건의 취득시기 이전에 그 지급원인이 발생 또는 확정된 것이라도 이를 당해 물건의 취득가격에 포함된다고 보아 과세표준으로 삼을 수는 없으므로, 일부 세금징수는 타당하다.

1. 처분의 경위

다음과 같은 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1호증, 제2호증, 제4호증의 1, 제7호증의 1, 2, 3, 제13호증, 제14호증, 을 제3호증의 1, 2, 제7호증의 1, 2, 제8호증, 제11호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 이를 인정할 수 있다.

가. 소외 주식회사

팀디앤씨(이하

팀디앤씨라고 한다)는 공동주택 건설사업을 하기 위하여, 2002. 5. 10. 한센병 환자들의 공동체인

용호농장과 사이에

용호농장 소유인 부산 남구

용호동 산 871 외 37필지 296,769㎡(이하 이 사건 제1토지라고 한다)에 관하여 대금을 160,000,000,000원으로 하는 매매계약을 체결하고, 같은 해 9. 10.

용호농장 및 주식회사

한국토지신탁과 사이에 이 사건 제1토지에 관하여 부동산처분신탁계약을 체결한 다음 같은 달 17. 주식회사

한국토지신탁에 위 신탁계약상의 신탁보수금 중 일부로 400,000,000원을 지급하였다.

나. 그 후

용호농장과

팀디앤씨와 사이에 위 매매계약과 관련하여 분쟁이 생기자,

용호농장은 2003. 6. 30. 원고와 사이에,

용호농장과

팀디앤씨와 사이의 위 매매계약의 효력이 소멸되는 것을 조건으로 하여, 이 사건 제1토지와 그에 인접한 부산 남구

용호동 산 204 외 53필지 116,453㎡(이하 인접토지라고 한다)에 관하여 ① 이 사건 제1토지의 매매대금을 160,000,000,000원으로 하고, ② 국공유지 또는 제3자 소유인 인접토지는 원고의 요청이 있으면

용호농장이 이를 그 소유자들로부터 매수하여 원고에게 양도하되, 매매대금 등 매수비용은 원고가 부담하며, ③ 원고는

용호농장에게 위 각 토지의 매매대금과는 별도로 인접토지 위에 있는

용호농장 또는 그 구성원 소유의 건물 보상금, 세입자이주비, 무허가건물 보상금, 묘지이장비, 불하권 보상금 및 이 사건 제1토지 내에 있는 교회건물 보상금(2,100,000,000원) 등으로 합계 51,600,000,000원을 지급하기로 하는 내용의 매매계약을 체결하였다.

다. 이에 원고는 위 계약내용 ③항에 따라

용호농장에게, 교회건물 보상금으로 2003. 12. 2. 2,100,000,000원을 지급하고, 이주비 및 연고권보상비로 2003. 12. 30. 500,000,000원, 2004. 9. 23. 3,000,000,000원, 같은 해 10. 20. 6,500,000,000원 등 합계 10,000,000,000원을 지급하였다.

라. 그리고 원고는

용호농장과

팀디앤씨 사이에 체결된 이 사건 제1토지에 관한 매매계약의 효력을 소멸시키기 위하여 2004. 3. 11.

팀디앤씨와 사이에,

팀디앤씨는 원고에게 공동주택 건설사업권을 대금 47,500,000,000원에 양도하고,

팀디앤씨가 위 사업과 관련하여

용호농장 등에게 이미 지급한 금원은 원고가 지급한 것으로 간주하며,

팀디앤씨가 이 사건 사업을 위하여 PF 방식으로 대출받은 194,000,000,000원에 대하여 원고가 중첩적 채무인수를 하기로 하는 내용의 사업양도양수약정을 한 후 위 약정에 따라 같은 달 21.

팀디앤씨에게 위 양도대금의 일부로 32,158,604,201원을 지급하였다.

마. 그 후 원고는 이 사건 제1토지를 대금 160,000,000,000원에, 인접토지 중 부산 남구

용호동 산 195-2 외 20필지 50,587㎡(이하 이 사건 제2토지라고 한다)를 대금 15,064,678,580원에 각 취득한 다음 피고에게 이 사건 제1토지와 제2토지의 취득가액을 합한 175,064,678,580원을 과세표준으로 하여 취득세 및 등록세를 신고납부하였다.

바. 이에 피고는 원고의 법인장부상 이 사건 제1, 2토지의 취득과 관련하여 합계 223,989,741,055원이 지출된 것으로 기재되어 있다는 이유로 2005. 10. 17. 원고에게 위 장부상 금액인 223,989,741,055원에서 원고가 신고한 과세표준액인 175,064,678,580원과 제세공과금 3,592,773,975원을 공제한 나머지 45,332,288,500원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 1,217,443,930원(본세 906,645,770원 + 신고불성실 가산세 181,329,150원 + 납부불성실 가산세 129,469,010원), 농어촌특별세 99,731,030원(본세 90,664,580원 + 가산세 9,066,450원), 등록세 1,826,165,910원(본세 1,359,968,660원 + 신고불성실 가산세 271,993,730원 + 납부불성실 가산세 194,203,520원), 지방교육세 338,033,800원(본세 271,993,730원 + 신고불성실 가산세 27,199,370원 + 납부불성실 가산세 38,840,700원) 등 합계 3,481,374,670원을 부과고지하였다.

사. 그 후 원고의 신청에 따라 개시된 이의절차에서 부산광역시장은 원고의 법인장부상 기재된 이 사건 제1, 2토지의 취득과 관련된 지출금 중

팀디앤씨가 지출한 건축관련 비용과 홍보비 및 사업성검토비 등 합계 7,527,883,883원, 에스케이건설 주식회사로부터의 차입금 2,158,000,000원,

용호농장 운영비 186,000,000원, 해군3함대사령부에 대한 변상금 38,368,499원 등 합계 9,910,252,382원은 이 사건 제1, 2 토지의 취득과 관련이 없는 금원이고, 원고가 보상금 2,100,000,000원을 지급한 교회건물에 관하여는 소유권이전등기를 하지 아니하였다는 이유로, 2006. 4. 17. 피고가 정한 과세표준액 45,332,288,500원에서 위 9,910,252,382원을 공제한 나머지 35,422,036,118원을 취득세의 과세표준으로 하고, 그것에다 교회건물 보상금 2,100,000,000원을 공제한 나머지 33,322,036,118원을 등록세의 과세표준으로 하여 피고가 부과한 위 각 세액을 취득세는 951,294,190원(각 가산세 포함)으로, 농어촌특별세는 77,928,470원(가산세 포함)으로, 등록세는 1,342,344,890원(각 가산세 포함)으로, 지방교육세는 248,475,740원(각 가산세 포함)으로 각 감액경정하는 내용의 결정(이하 위 결정에 의하여 감액경정된 피고의 2005. 10. 17.자 부과처분을 이 사건 처분이라고 한다)을 하였다.

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는, 원고의 법인장부상 이 사건 제1, 2토지의 취득과 관련하여 지출된 것으로 기재되어 있는 금원 중 교회건물 보상금 2,100,000,000원, 이주비 10,000,000,000원, PF 대출이자 3,835,342,196원, 신탁보수비 400,000,000원은 이 사건 제1, 2토지의 취득가격에 포함되지 아니하는 금원이므로, 이를 과세표준에 포함한 이 사건 처분은 위법하다고 주장한다.

나. 판단

(1) 취득세는 본래 재화의 이전이라는 사실 자체를 포착하여 거기에 담세력을 인정하고 부과하는 유통세의 일종으로 취득자가 재화를 사용수익처분함으로써 얻을 수 있는 이익을 포착하여 부과하는 것이 아니어서 취득자가 실질적으로 완전한 내용의 소유권을 취득하는가의 여부에 관계없이 사실상의 취득행위 자체를 과세객체로 하는 것인바,

지방세법 제111조 제1항은 ‘취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다’라고 규정하고 있고,

같은 법 시행령 제82조의3 제1항은 ‘취득세의 과세표준이 되는 취득가격은 과세대상물건의 취득의 시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 거래상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용{소개수수료, 설계비, 연체료, 할부이자 및 건설자금에 충당한 금액의 이자 등 취득에 소요된 직접간접비용(부가가치세를 제외한다)을 포함하되, 법인이 아닌 자가 취득하는 경우에는 연체료 및 할부이자를 제외한다}을 말한다’라고 규정하고 있다.

이와 같이 ‘취득가격’에는 과세대상물건의 취득시기 이전에 거래상대방 또는 제3자에게 지급원인이 발생 또는 확정된 것으로서 당해 물건 자체의 가격(직접비용)은 물론 그 이외에 취득자금이자, 설계비 등과 같이 실제로 당해 물건 자체의 가격으로 지급되었다고 볼 수 있거나, 소개수수료, 준공검사비용 등과 같이 그에 준하는 취득절차비용도 간접비용으로서 이에 포함된다고 할 것이나, 그것이 취득의 대상이 아닌 물건이나 권리에 관한 것이어서 당해 물건 자체의 가격이라고 볼 수 없는 것이라면 과세대상물건을 취득하기 위하여 당해 물건의 취득시기 이전에 그 지급원인이 발생 또는 확정된 것이라도 이를 당해 물건의 취득가격에 포함된다고 보아 과세표준으로 삼을 수는 없다 할 것이다.

그러므로 이러한 법리에 따라 원고가 주장하는 위 각 지출금이 이 사건 제1, 2토지의 취득가격에 포함되는지 여부를 차례로 판단하기로 한다.

(2) 교회건물 보상금

앞서 본 원고와

용호농장과의 매매계약상 교회건물 보상금 2,100,000,000원은 그것이 위치한 이 사건 제1토지의 매매대금과는 별도로 그 액수와 지급이 약정되어 있는 점에 비추어 보면, 위 보상금은 이 사건 제1토지 자체의 가격이라거나 그에 준하는 취득절차비용이라 할 수 없고 오히려 교회건물에 대한 취득대가 또는 교회건물의 철거에 대한 보상금으로 봄이 상당하므로, 이 사건 제1, 2토지의 취득가격에 포함되지 아니한다고 할 것이다.

(3) 이주비 및 연고권보상금

앞서 본 원고와

용호농장과의 매매계약상 인접토지는 국공유지 또는 제3자 소유로서 원고의 요청에 따라

용호농장이 이를 그 소유자들로부터 매수하여 원고에게 양도하되, 매매대금 등 매수비용은 원고가 부담하고, 이와 별도로 원고는

용호농장에게 인접토지 위에 있는

용호농장 또는 그 구성원 소유의 건물 보상금, 세입자이주비, 무허가건물 보상금, 묘지이장비, 불하권 보상금 및 이 사건 제1토지 내에 있는 교회건물 보상금 등으로 합계 51,600,000,000원을 지급하기로 약정한 점에 비추어 보면, 원고가

용호농장에게 지급한 이주비 및 연고권보상금 10,000,000,000원은 이 사건 제2토지 위에 있는 건물의 철거에 따른 보상금, 세입자이주비, 무허가건물 보상금, 묘지이장비, 불하권 보상금 등의 명목으로 지급된 것으로 보이는바, 그 중 불하권 보상금을 제외한 나머지 명목의 금원은 이 사건 제2토지 자체의 가격 또는 그에 준하는 취득절차비용이 아니라 다른 물건이나 권리에 관한 보상금이라 할 것이므로 이 부분 금원은 취득세 등의 과세표준이 되는 취득가격에 포함된다고 할 수 없고, 다만 위 금원 중 불하권 보상금에 해당되는 부분은 이 사건 제2토지 자체의 가격에 준하는 비용으로 볼 여지가 없지 아니하나, 그렇다 하더라도 원고가 지출한 위 10,000,000,000원 중 불하권 보상금으로 지급된 금원이 얼마인지에 관하여는 과세관청인 피고에게 입증책임이 있다 할 것인데 이를 인정할 아무런 증거가 없으므로, 위 금원 전체를 취득가격에서 제외할 수밖에 없다 할 것이다.

(4) PF 대출이자금

갑 제2호증, 제4호증의 2, 제8호증, 을 제7호증의 2의 각 기재에 의하면,

팀디앤씨는

용호농장 공동주택 건설사업을 위하여 PF 방식으로 합계 194,000,000,000원을 대출받아 그 중 160,000,000,000원은 이 사건 제1토지의 매입자금으로, 나머지 34,000,000,000원은 건설관련 비용 등 다른 용도로 사용하고, 그 대출수수료 및 이자로 합계 21,884,011,358원을 지급한 사실 및 원고는

팀디앤씨와의 앞서 본 사업양도양수약정 당시 위 대출금 채무를 중첩적으로 인수하는 것 외에

팀디앤씨가 이미 지출한 금원을 보전해 주고 사업권을 양도받는 대가로

팀디앤씨에게 47,500,000,000원을 지급하기로 약정하여 2004. 3. 21.

팀디앤씨에게 32,158,604,201원을 지급하였고, 위 32,158,604,201원에는 위 대출수수료 및 이자 21,884,011,357원에 대한 보전금이 포함되어 있는 사실을 인정할 수 있는바, 위 인정사실에 의하면, 위 이자 21,884,011,357원 중 이 사건 제1토지의 매입자금이 아니라 다른 용도로 사용된 대출금 34,000,000,000원에 대한 이자에 해당하는 3,835,342,196원( 21,884,011,357원 × 34,000,000,000원/194,000,000,000원)은 이 사건 토지의 취득가격에 포함되지 않는다 할 것이다.

(5) 신탁보수비

팀디앤씨가

용호농장 및 주식회사

한국토지신탁과 사이에 이 사건 제1토지에 관하여 부동산처분신탁계약을 체결하고 그 신탁보수금으로 주식회사

한국토지신탁에게 400,000,000원을 지급한 사실은 앞서 인정한 바와 같고, 을 제7호증의 2의 기재에 의하면 원고가 2004. 3. 21.

팀디앤씨에게 사업양도대금의 일부로 지급한 32,158,604,201원에는 위 신탁보수금에 대한 보전금도 포함되어 있는 사실을 인정할 수 있으나, 한편 갑 제14호증, 을 제11호증의 각 기재에 의하면,

팀디앤씨가

용호농장 및 주식회사

한국토지신탁과 사이에 체결한 위 부동산처분신탁계약의 주된 내용은 ①

용호농장이 이 사건 제1토지에 관하여 주식회사

한국토지신탁 앞으로 소유권이전등기 및 신탁등기를 경료하고, ② 신탁재산의 처분가격을 160,000,000,000원으로 하며, ③

팀디앤씨가 신탁재산의 처분대금을

용호농장에게 전액 지급하면 주식회사

한국토지신탁은

팀디앤씨에게 이 사건 제1토지에 관한 소유권이전등기를 경료한다는 것이고, 위 신탁재산의 처분대금과

팀디앤씨 사이의 이 사건 제1토지에 대한 매매대금의 액수 및 잔금지급기일이 상호 일치하는 사실을 인정할 수 있는바, 위 인정사실에 의하면, 위 신탁계약은

용호농장의

팀디앤씨에 대한 소유권이전등기의무의 이행 즉

팀디앤씨의

용호농장에 대한 소유권이전등기청구권의 완전한 실현을 확보하기 위하여 체결한 것이라 할 것이므로, 그 신탁보수금은 이 사건 제1토지가 아닌 다른 물건이나 권리에 관한 것이 아니라 이 사건 제1토지의 취득과 관련된 비용이라고 할 것이어서 이는 취득세 등의 과세표준인 취득가격에 포함된다고 할 것이다.

다. 정당한 세액

따라서 원고가 이 사건 제1, 2토지의 취득과 관련하여 신고누락한 취득가격 즉 이 사건 처분의 정당한 과세표준액은 이 사건 처분에서 취득세의 과세표준액으로 삼은 35,422,036,118원에서 교회건물 보상금 2,100,000,000원, 이주비 및 연고권보상금 10,000,000,000원, PF 대출이자금 3,835,342,196원을 공제한 나머지 19,486,693,922원이 되고, 이를 기초로 원고가 납부하여야 할 정당한 세액을 산정하면, 취득세는 389,733,878원(19,486,693,922원 × 20/1,000), 취득세 신고불성실 가산세는 77,946,775원(389,733,878원 × 20/100), 취득세 납부불성실 가산세는 55,653,997원(389,733,878원 × 3/10,000 × 476, 을 제3호증의 2, 제8호증의 각 기재에 의하면 피고는 취득일을 2004. 3. 11.로, 가산세 기준일을 2005. 7. 30.로 하여 납부지연일자를 476일로 산정한 사실이 인정되는데 원고가 이를 다투지 아니하므로 이에 따르기로 한다. 이하 같음), 농어촌특별세는 38,973,387원(389,733,878원 × 10/100), 농어촌특별세 가산세는 3,897,338원( 38,973,387원 × 10/100), 등록세는 584,600,817원(19,486,693,922원 × 30/1,000), 등록세 신고불성실 가산세는 116,920,163원(584,600,817원 × 20/100), 등록세 납부불성실 가산세는 83,480,996원(584,600,817원 × 3/10,000 × 476), 지방교육세는 116,920,163원(584,600,817원 × 20/100), 지방교육세 신고불성실 가산세는 11,692,016원(116,920,163원 × 10/100), 지방교육세 납부불성실 가산세는 16,696,199원(116,920,163원 × 3/10,000 × 476)이 된다.

3. 결론

그렇다면 이 사건 처분 중 위에서 인정한 정당한 세액인 취득세 389,733,878원, 취득세 신고불성실 가산세 77,946,775원, 취득세 납부불성실 가산세 55,653,997원, 농어촌특별세 38,973,387원, 농어촌특별세 가산세 3,897,338원, 등록세 584,600,817원, 등록세 신고불성실 가산세 116,920,163원, 등록세 납부불성실 가산세 83,480,996원, 지방교육세 116,920,163원, 지방교육세 신고불성실 가산세 11,692,016원, 지방교육세 납부불성실 가산세 16,696,199원을 초과하는 부분은 취소되어야 할 것이므로, 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.