레미콘 제조업을 목적사업으로 하는 법인이 공장용지를 취득한 이후 꾸준히 레미콘을 제조, 판매하면서 그 중 일부를 대표이사가 동일한 소외 회사에서 처리하는 건설폐기물 등을 적치하거나 주차장으로 사용한 경우인 바, 이를 2년 이내 목적사업에 직접사용하지 않은 경우로 보아 감면된 취득세 등을 추징한 처분은 타당하지 않다.

1. 처분의 경위

다음과 같은 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1호증의 1, 2, 제2호증의 1 내지 6, 을 제1호증의 1 내지 6, 제3호증의 2, 3, 제4호증의 1의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 이를 인정할 수 있다.

가. 원고는 2003. 3. 17.

부산 영도구 청학동 1-15공장용지 12,874㎡ 중 3,951㎡와

같은 동 1-21 공장용지 4,884㎡ 및

같은 동 1-41잡종지 600㎡ 합계 9,435㎡(이하 이 사건 토지라고 한다)를

소외 주식회사 늘푸른환경(이하 소외 회사라고 한다)과 각 2분의 1 지분 비율로 취득한 다음, 피고에게 이 사건 토지 중 원고 소유 지분에 상당하는 4,717.5㎡는 창업중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 취득하는 사업용 재산이라고 신고하여 취득세 40,474810원, 등록세 60,712,201원을 면제받았다.

나. 피고는 2005. 3. 17.과 2006. 2. 8. 두 차례 현장조사를 실시한 다음, 원고가 이 사건 토지 중 레미콘 공장의 부지로 사용하고 있는 466㎡를 제외한 나머지 4,251.5㎡(이하 이 사건 부과대상 토지라고 한다)를 취득·등기일부터 2년 이내에 정당한 사유 없이 레미콘 제조업에 직접 사용하지 아니한 채 소외 회사로 하여금 폐기물 적재장으로 사용하도록 하고 있다는 이유로 2006. 3. 15. 취득세 36,456,160원, 농어촌특별세 3,645,610원, 등록세 54,684,250원, 지방교육세 10,936,850원을 부과하였다(이하 이 사건 부과처분이라고 한다).

2. 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

피고는, 이 사건 부과처분은 위 처분이유와 관계법령의 규정에 비추어 적법한 것이라고 주장하고, 이에 대하여 원고는, ① 피고는 2004. 5. 28. 원고에게 이 사건 부과처분과 동일한 사유로 취득세 등을 부과하였다가 법원으로부터 그 처분을 취소하는 판결을 선고받아 확정되었는데, 이 사건 부과처분은 위 확정판결에 의하여 취소된 종전의 처분과 동일한 처분으로서 확정판결의 기판력 또는 기속력에 반하는 것이어서 무효이고, ② 가사 그렇지 않다 하더라도 원고는 이 사건 부과대상 토지 부분을 레미콘 차량의 주차공간이나 레미콘의 원재료인 골재 야적장 등으로 활용하면서 레미콘을 생산하고 있으므로, 이 사건 부과처분은 위법하다고 주장한다.

나. 판단

(1) 이 사건 부과처분이 종전 처분과 동일한 처분인지 여부에 관한 판단

살피건대, 행정처분에 위법이 있어 이를 취소하는 판결이 확정된 경우 그 확정판결의 기판력은 거기에 적시된 위법사유에 한하여 미치는 것일 뿐만 아니라 행정처분의 적법 여부는 그 행정처분이 행하여진 때의 법령과 사실상태를 기준으로 하여 판단하는 것이므로, 행정청이 확정판결에 적시된 위법사유를 보완하여 행한 새로운 행정처분이나 확정판결의 사실심 변론종결 이후의 새로운 사실상태를 기준으로 하여 행한 행정처분은 확정판결에 의하여 취소된 종전의 처분과는 별개의 처분으로서 확정판결의 기판력이나 기속력에 저촉된다고 할 수 없다 할 것인바, 갑 제4호증의 1, 2의 각 기재에 의하면, 피고는 이 사건 부과처분에 앞서 2004. 5. 28. 원고에 대하여 원고가 이 사건 토지 중 원고 소유 지분에 상당하는 4,717.5㎡를 취득·등기일부터 2년이 경과하기 전에 레미콘 제조업에 직접 사용하지 아니한 채 소외 회사에 임대함으로써 처분하였다는 이유로 취득세 48,569,770원, 농어촌특별세 4,452,220원, 등록세 72,854,650원, 지방교육세 13,356,680원을 부과한 사실과 원고가 이에 불복하여 제기한 행정소송에서 위 부과처분을 취소하는 내용의 판결(이 법원 2005. 1. 6. 선고 2004구합2661 판결)이 확정된 사실을 인정할 수 있으나, 앞서 본 바와 같이 이 사건 부과처분은 종전 처분과는 달리 원고가 이 사건 토지를 취득한 날부터 2년 동안 이 사건 부과대상 토지 부분을 레미콘 사업에 직접 사용하지 아니하였다는 이유로 이루어진 것이므로, 이 사건 부과처분은 종전 처분과는 다른 새로운 사실상태하에서 이루어진 것이어서 종전 처분과는 별개의 처분이라고 봄이 상당하다고 할 것이고, 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(2) 원고가 이 사건 부과대상 토지를 레미콘 사업에 직접 사용하고 있는지 여부에 관한 판단

구 조세특례제한법(2004. 7. 26. 법률 제7216호로 개정되기 전의 것) 제119조 제3항 제1호,

제120조 제3항은 창업중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일부터 2년 이내에 취득하는 사업용 재산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하되, 다만 취득·등기일부터 2년 이내에 당해 재산을 정당한 사유 없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용·처분(임대를 포함한다)하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다고 규정하고 있다.

살피건대, 갑 제2호증의 8 내지 11, 제4호증의 1, 2, 을 제2호증의 4 내지 9, 제3호증의 2, 3, 제4호증의 1, 2, 제5호증의 1, 2, 제6호증의 1, 제7호증, 제12호증의 각 기재나 영상과 증인 최우곤의 일부 증언에 변론 전체의 취지를 종합하면, 소외 회사는 1996. 7. 4. 폐기물 수집운반업, 폐기물 재활용업 등을 목적으로 설립되었고, 원고는 2003. 2. 4. 레미콘 제조판매업 등을 목적으로 설립되었는데, 원고와 소외 회사는 사실상 모두 원성남이 운영하는 1인 회사인 사실, 피고가 2006. 2. 8. 이 사건 토지에 대한 현장조사를 할 당시 이 사건 토지 중 부과대상 토지를 제외한 나머지 466㎡ 지상에는 배쳐플랜트, 시멘트 사이로, 레미콘 믹서 등 레미콘 제조시설을 포함한 원고의 레미콘 공장이 건축되어 있고, 이 사건 부과대상 토지는 대부분 나대지로서 그 지상에는 소외 회사에서 처리하는 건설폐기물이 상당량 적치되어 있었던 사실, 소외 회사는 2004. 7. 1. 피고에게 이 사건 토지를 소외 회사의 건설폐기물 처리시설의 소재지로 기재하여 폐기물 중간처리업 허가의 변경을 요청한 사실, 원고는 레미콘 공장 앞 산업도로 등지에 레미콘 차량을 불법주차하였다가 2005. 3.경부터 2007. 3.경까지 100여 차례 주차위반으로 단속된 사실을 인정할 수 있으나, 위 인정사실만으로 원고가 이 사건 부과대상 토지를 당해 사업에 직접 사용하지 아니하였다고 단정하기 어렵고, 오히려 갑 제8호증 내지 제11호증의 22의 각 기재와 증인 최우곤의 증언에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 이 사건 토지의 일부에 레미콘 생산시설을 갖추고 직원을 고용한 다음 레미콘 제조에 착수하여 원고가 이 사건 토지를 취득한 날로부터 2년이 경과되기 전인 2004. 9.부터 현재까지 꾸준히 레미콘을 제조·판매하여 오면서 이 사건 부과대상 토지 중 일부를 레미콘 차량의 주차장 및 골재 야적장으로 사용해 오고 있는 사실을 인정할 수 있다.

따라서 원고가 이 사건 부과대상 토지 전체를 취득·등기일부터 2년 이내에 정당한 사유 없이 레미콘 제조업에 직접 사용하지 아니하였음을 사유로 하는 이 사건 처분은 위법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.