공동주택에 대한 감면신청 당시 주택건설사업자였던 원고가 임대사업자 등록요건이 미비하다는 사실을 고지받았다면 감면조례 제12조 제1항 제1호, 제2호의 규정에 따라 그 즉시 또는 30일 이내에 임대사업자로 등록하였을 것이며, 이를 확인하지도 않고 감면처분을 한 공무원의 귀책이 인정되는 이상, 기 감면한 취득세 등을 추징한 처분은 타당하지 않다.

1. 처분의 경위

가. 주택건설사업자인 원고는, 2001 9. 5.과 2001. 9. 19.

경상남도 진해시 마천동 148-11번지 외 17필지 토지 합계 4,373㎡(‘제1토지’라고 한다)를 취득하여 그 지상에 임대아파트(

청안그린빌 아파트) 신축공사를 시행하여 2002. 8. 8. 사용검사필증을 교부받고, 2002. 9. 10.

경상남도 진해시 두동 1296-1번지대지 9,503㎡(‘제2토지’라고 한다)를 취득하여 그 지상에 임대아파트(

청안해오름 아파트) 신축공사를 시행하여 2004. 3. 4. 사용검사필증을 교부받았다.

나. 피고는

구 경상남도세감면조례(2005. 1. 13. 조례 제3078호로 개정되기 전의 것, ‘감면조례’라고 한다) 제12조 제1항에 따라, 2002. 8. 9. 원고가 취득한 제1토지와 그 지상 아파트 건물에 대하여 취득세와 등록세를 감면하는 처분을 하고, 2004. 3. 4. 원고가 취득한 제2토지와 그 지상 아파트 건물에 대하여도 취득세와 등록세를 감면하는 처분(‘이 사건 각 감면처분’이라고 한다)을 하였다.

다. 그런데 피고는 2006. 1. 3. 원고가

임대주택법(2005. 7. 13. 법률 제7598호로 개정되기 전의 것) 제2조 제4호에 의한 임대사업자에 해당하지 아니할 뿐만 아니라 부동산 취득일로부터 30일 이내에 임대사업자로 등록하지 아니하였는데도 이 사건 각 감면처분을 한 것은 잘못되었다면서 이 사건 각 감면처분으로 감면되었던 취득세 532,908,380원, 농어촌특별세 4,173,740원, 등록세 259,114,730원, 지방교육세 48,264,510원을 원고에게 부과하는 처분(‘이 사건 처분’이라고 한다)을 하였다.

2. 원고가 제1항 기재 취득세, 농어촌특별세, 등록세, 지방교육세의 취소를 청구하는 소를 제기하였음에 대하여, 피고는 이 사건 소 중 농어촌특별세와 지방교육세의 취소를 구하는 부분은 행정자치부 장관의 심사결정통지를 받은 날로부터 90일 이내에 제기되지 아니하여 부적법하다고 주장하므로 살피건대, 갑 제1호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 2006. 3. 14. 행정자치부장관을 상대로 이 사건 처분에 관하여 심사청구를 하였다가 2006. 4. 24. 심사청구가 기각되고 그 결정문을 2006. 5. 2. 송달받아 그로부터 90일 이내인 2006. 7. 21. 이 사건 소를 제기하면서 그 소장에는 취득세 537,082,120원과 등록세 307,379,240원의 부과처분의 취소를 구하였지만, 그 취득세에는 농어촌특별세가 포함되고, 등록세에는 지방교육세가 포함되어 있었고, 원고가 2006. 10. 13. 청구취지를 주문 제1항과 같이 변경하였던바, 청구취지 변경 전후에 비추어 당초 원고의 청구에는 농어촌특별세와 지방교육세를 포함한 이 사건 처분 모두에 대하여 그 취소를 구하는 취지가 포함되어 있었던 것이 분명하므로 피고의 주장은 이유 없다.

3. 이 사건 처분의 적법성에 관하여 살피건대,

감면조례 제12조 제1항 제1호와 제2호는 “

임대주택법 제2조 제4호에 의한 임대사업자(임대용 부동산 취득일로부터 30일 이내에 임대사업자로 등록한 경우를 포함한다. 이하 ‘임대사업자’라 한다)가 임대할 목적으로 전용면적 60㎡ 이하의 공동주택을 취득하는 경우에는 당해 공동주택에 대하여 취득세와 등록세를 면제하고, 전용면적 60㎡ 초과 85㎡ 이하의 임대주택을 취득하는 경우에는 취득세와 등록세의 100분의 25를 경감한다.”고 규정하고,

임대주택법 제2조 제4호는 “임대사업자라 함은 ... 또는 제6조의 규정에 의하여 주택임대사업을 하기 위하여 등록한 자를 말한다.”고 규정하고 있으며,

제6조 제1항과 제3항은 “대통령령이 정하는 호수 이상의 주택을 임대하고자 하는 자는 시장군수 또는 구청장에게 등록을 신청할 수 있고, 등록 및 신고의 기준과 절차 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.”고 규정하고 있고,

임대주택법 시행령 제6조 제2항 제1호는 “법 제6조 제1항에 규정에 의하여 임대사업자로 등록할 수 있는 자로서

주택법 제9조의 규정에 의하여 등록한 주택건설사업자”를 규정하고 있는바,

감면조례 제12조 제1항 제1호, 제2호에 따라 지방세를 감면받기 위해서는 “공동주택의 취득 당시”에

임대주택법 제2조 제4호에서 정한 임대사업자에 해당하거나 공동주택의 취득일로부터 30일 이내에 임대사업자로 등록하여야 함은 분명하지만, 갑 제6, 7, 9, 10, 11, 12호증, 을 제9호증의 1 내지 29, 제10호증의 1 내지 49의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정 즉, ① 원고는 피고로부터 2001. 6. 15.과 2002. 10. 12. 주택건설 사업계획 승인을 받아 임대아파트 건설사업을 시행한 점, ② 피고는 2002. 8. 9. 원고의 제1토지와 그 지상 아파트 건물에 대한 지방세 감면신청에 대하여

감면조례 12조 제1항에 따라 그 요건을 심사하여 그 신청이 요건에 해당하지 아니함을 이유로 거부하거나 감면조례에 따라 공동주택 취득일로부터 30일 이내에 임대사업자 요건을 구비할 것을 조건으로 감면처분을 하여야 할 것인데도 그러한 조치를 하지 않은 채 원고의 감면신청이 감면조례의 요건에 해당하는 것으로 인정하여 감면처분을 하고, 2004. 3. 4.에는 제2토지와 그 지상 아파트 건물에 대하여도 같은 취지의 감면처분을 하였던 점, ③ 원고는 감면신청 당시 주택법 제9조 규정에 따라 등록한 주택건설사업자였으므로 원고가 그 무렵 피고로부터 임대사업자 등록요건이 미비하다는 사실을 고지받았더라면 바로 임대사업자 등록을 하거나 부동산 취득일로부터 30일 이내에 손쉽게 임대사업자의 등록을 할 수 있었던 것으로 보이고, 임대사업자 등록을 하지 아니한 것에 대하여 원고에게 귀책사유가 있었다고 보이지 아니하며, 원고가 임대사업자 등록요건을 갖추었는지 여부는 피고의 담당 공무원이 조금만 주의를 기울였더라면 쉽게 알 수 있었던 사항이었던 점, ④ 원고는 이 사건 처분 이전인 2005. 12. 15.

임대주택법 제2조 4호에 따라 임대사업자로 등록한 점, ⑤ 그 밖에 임대주택의 건설 및 공급을 원활히 하기 위하여 임대사업자에게 지방세 감면혜택을 준다는 감면조례의 입법취지 등을 종합적으로 고려하여 보면, 피고가 2002. 8. 9.과 2004. 3. 4. 원고가 임대사업자임을 전제로 감면조례에 따라 이 사건 각 감면처분을 하고도 2006. 1. 9.에 와서야 원고가 감면신청 당시 임대사업자로 등록되어 있지 않았고, 부동산 취득일로부터 30일 이내에 그 등록을 하지도 않았다는 이유로 이 사건 각 감면처분을 취소하는 취지로 이 사건 처분을 한 것은 이 사건 각 감면처분을 취소할 만한 정당한 사유 없이 한 처분으로서 위법부당하다고 할 것이다.

4. 그렇다면 이 사건 처분의 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 있으므로 주문과 같이 판결한다.