이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 이유는, ① 제1심 판결 제7면 제5행 다음에 "(한편, 피고는 원고가 이 사건 건물부분을 직접 사용하지 않고 임상빈에게 위탁운영하도록 하여 간접적으로 사용하고 있으므로 구 「지방세법」제107조 단서, 제127조 단서의 ‘그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니한’ 경우에 해당하여 과세대상이라는 취지의 주장을 하나, 구 「지방세법」제107조 단서, 제127조 단서에 정해진 ‘그 용도에 직접 사용’하는 경우라 함은 직접점유에 한정되는 것이 아니라 제3자에게 위탁운영하도록 하여 사용하는 경우도 포함된다고 할 것이고, 또한 피고가 드는 위 규정은 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 ‘매각’한 경우 비과세대상에 해당하지 않는다는 것으로 이 사건 건물부분이 매각되지 아니한 이 사건에는 적용되지 아니하므로 피고의 위 주장은 받아들이지 아니한다.)"를 추가하고, ② 제9면 제8행 다음에 "제93조의2 (수익사업의 범위) 법 제127조 제1항 단서에서 ‘대통령령이 정하는 수익사업’이라 함은 제78조의2의 규정에 의한 사업을 말한다."를 추가하는 이외에는 제1심 판결 이유 기재와 같으므로 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조에 의하여 이를 그대로 인용한다.

그렇다면, 제1심 판결은 정당하므로 피고의 항소를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

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【하급심-서울행정법원 2006. 5. 25. 선고 2006구합385 판결】

【주문】 처분청패소

1. 피고가 2005. 5. 10. 원고에 대하여 한 취득세 29,151,290원, 농어촌특별세 2,569,420원, 등록세 11,660,510원, 지방교육세 2,145,220원의 각 부과처분을 모두 취소한다.

2. 소송비용은 피고의 부담으로 한다.

【이유】

1. 이 사건 처분의 경위가. 원고는 보통교육 및 고등교육을 목적으로 설립된 학교법인으로서, 서울 00구 0005가 1-2에 00대학교 00캠퍼스를 운영하고 있는데, 2004. 8. 24. 학생 및 교직원을 위한 교육연구 및 복지시설 등으로 사용할 목적으로 서울 00구 00동5가 1-2 외 30필지 지상에 지하 1층, 지상 4층의 연면적 1,421.56㎡ 규모의 00대학교00 건물(이하 ‘이 사건 건물’이라고 한다)을 신축하고, 2004. 9. 6. 이 사건 건물이 원고가 수행하는 교육사업에 사용되는 부동산이라는 이유로 구 지방세법(2005. 12. 31. 법률 제7843호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제107조 및 제127조 등에 의한 비과세 신청을 하여 취득세, 등록세 등을 비과세 받았다.나. 원고는 2004. 10. 12. 임00과 사이에 이 사건 건물의 지하 1층부터 지상 3층(공부상 용도가 교육연구 및 복지시설로 되어 있다, 이하 ‘이 사건 건물부분’이라고 한다)에 대하여 위탁보증금 2억 5천만 원, 월 임대료 600만 원, 위탁기간 2004. 11. 1.부터 2009. 10. 31.까지로 정하여 위탁운영계약(이하 ‘이 사건 위탁운영계약’이라고 한다)을 체결하였고, 그에 따라 이 사건 건물부분의 지하 1층에는 ‘0하고(스포츠레스토랑)’가, 지상 1층에는 ‘000핫도그(핫도그판매점)’, ‘00끼보레(우동전문점), ‘00도너츠(도너츠판매점)’가, 지상 2층에는 ‘0000커피(커피전문점)’가, 지상 3층에는 ‘00프로방스(레스토랑)’가 각 입점하여 영업 중이다.다. 이에 피고는 지방세 세무조사를 거친 후 이 사건 건물부분은 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우에 해당하기 때문에 취득세 및 등록세의 과세대상이라는 이유로 2005. 5. 10. 원고에 대하여 주문 기재 취득세, 농어촌특별세, 등록세, 지방교육세를 각 부과하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다).[인정근거] 다툼없는 사실, 갑1, 2호증, 갑3호증의 1, 2, 갑8호증, 을9, 10호증의 각 기재2. 이 사건 처분의 적법 여부가. 당사자들의 주장(1) 원고의 주장이 사건 건물부분은 교직원 및 학생을 위한 레스토랑 등으로서 원고가 교육사업을 수행함에 있어 필수적인 후생복지시설인데, 원고는 단지 경영합리화 차원에서 이를 ○○○에게 위탁운영하도록 하고 있을 뿐이므로, 원고가 이를 직접 운영하지 아니하고 위탁보증금 및 임대료를 받는다고 하더라도 이를 수익사업에 사용하는 경우라고 할 수 없으므로, 이 사건 건물부분은 구 「지방세법」제107조 및 127조 등에 의한 취득세 및 등록세 등의 비과세대상에 해당함에도 불구하고, 이와 달리 보고 한 이 사건 처분은 위법하다.(2) 피고의 주장조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하는 것이 조세 공평의 원칙에 부합하는바, 이 사건 건물부분의 용도가 ○○○대학교 ○○○캠퍼스 내에서 학생 및 교직원이 이용하는 후생복지시설이라고 하더라도 원고가 ○○○에게 이 사건 건물부분을 위탁운영하도록 하여 임대료 수익을 얻는 이상 원고는 이 사건 건물부분을 교육사업에 사용하는 것이 아니라, 사실상 임대 수익사업에 사용하고 있다고 할 것이므로, 이 사건 건물부분은 취득세 및 등록세 등의 비과세대상에 해당하지 아니하고, 따라서 이 사건 처분은 적법하다.나. 관계법령별지 관계법령 기재와 같다.다. 인정사실(1) 원고는 00대학교 00캠퍼스 내의 부족한 교육연구 및 복지공간을 확보할 뿐만 아니라, 경제수준의 향상에 따라 높아지는 학생 및 교직원들의 후생복지시설에 대한 기대수준을 충족시키고, ○○○대학교의 국제화정책에 따라 2005년 2학기 기준으로 2,652명에 달하는 외국인 학생 및 교직원들을 위한 수준 높은 후생복지시설을 확보하기 위하여 2004. 8. 24. 이 사건 건물을 신축하였다.(2) 원고는 학교법인으로서 직접 이 사건 건물부분을 운영하는 것은 점포의 개설, 추가직원의 채용과 관리 등 재정과 시간의 낭비로서 무리라는 판단하에 효율적 운영을 위하여 이 사건 건물부분을 위탁운영하기로 하고, 그 운영자 선정을 위해 원고의 ‘위탁운영자선정에 관한 규정’에 따라 2004. 5. 10. 매일경제신문 등에 위탁운영자 선정공고를 하고 2004. 5. 14. 현장설명회를 개최한 뒤 제안서를 낸 업체 중 ‘0커뮤니티’라는 업체를 선정하였으나 0커뮤니티가 그 운영을 포기하자, 0000커피를 유치할 수 있다는 임00을 위탁운영자로 선정하여 위에서 본 바와 같은 내용의 이 사건 위탁운영계약을 체결하였다.(3) 이 사건 건물은 00대학교 00캠퍼스 내 서북쪽에 위치하고 있고, 그 옆에는 외국인 학생들이 이용하는 국제관이 위치하고 있으며, 교내주차장은 유료로 운영되고 있어 인근주민들이 이 사건 건물부분을 이용하는 경우는 거의 없고, 일반 학생과 교직원들이 주로 이용하고 있다.(4) 국내 다른 대학들도 교육본연의 업무에 많은 지장과 비능률·비생산성을 초래한다는 이유로 대부분 후생복지시설의 관리를 외부업체에 위탁하여 운영하고 있는 실정이다.(5) 원고와 임00 사이에 체결된 ‘교내복지시설 위탁운영계약서(갑2호증)’에 의하면, ○○○은 영업품목의 가격을 불가피한 경우를 제외하고는 시중가격보다 인하된 가격으로 원고와 합의하여 결정하기로 되어 있고(제6조 제1항), 이 사건 건물부분의 영업품목은 지하 1층이 스포츠바, 지상 1층이 푸드코트, 지상 2층이 커피점, 지상 3층이 레스토랑으로 각 지정되어 있으며(제6조 제2항), 원고는 임00의 위탁업소 운영에 대한 제반 지도·감독권을 가지고, 임00은 원고의 내부지침과 규정을 준수하며, 원고의 지시에 협조하여야 하고(제8조 제1항), 학교 내의 위탁운영업소로서 이용자에게 원활한 서비스가 제공될 수 있도록 항상 적정인원을 배치하여야 하며(제9조 제1항), 위탁운영과 관련하여 학교구성원에 최대한의 이용편의를 제공하고, 친절과 봉사정신으로 대해야 하며(제12조 제2항), 위탁운영계약상의 권리·의무를 제3자에게 양도하거나 담보로 제공하지 못하고, 영업장의 전부나 일부를 계약업체 이의 제3자에게 전대할 수 없으며(제13조 제1항), 원고는 가칭 식당운영위원회를 구성하여 그 운영과 관련된 사항을 심의·개선할 수 있고, ○○○은 이에 적극 협조하도록 되어 있으며(제21조), 이와 같은 계약에 의하여 이 사건 건물부분의 운영은 원고의 엄격한 통제를 받고 있다.(6) 원고가 임00으로로부터 받는 임대료 수입은 그 전액이 교비회계로 전입되어 학생들의 장학금으로 지급되고 있다.(7) 한국대학교육협의회에서 실시하는 대학종합평가에서는 학생편의·복지시설의 적절성, 학생편의·복지시설 및 운영의 만족도가 학부 교육여건 및 지원체제 영역의 평가지표가 되고 있다.[인정근거] 다툼없는 사실, 갑2, 4호증, 갑7 내지 15호증(가지번호 포함)의 각 기재, 증인 김범렬의 증언, 변론 전체의 취지라. 판단구 지방세법은 원고와 같이 고등교육 등을 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 경우 원칙적으로 취득세, 농어촌특별세, 등록세, 지방교육세 등을 부과하지 않도록 하되, 다만 위 부동산을 법인세법 제3조 제2항의 규정에 의한 수익사업에 사용하는 경우 등에는 위 각 세금을 부과하도록 규정하고 있으므로, 결국 이 사건 처분의 적법여부를 판단하는 관건은 원고가 이 사건 건물부분을 교육사업에 사용하는 것인지, 아니면 수익사업에 사용하는 것인지 여부라고 할 것이고, 이는 원고의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 할 것이다(대법원 2006. 1. 13. 선고 2004두9265 판결 참조).그런데 위 인정사실을 종합하면, 학생 및 교직원들을 위한 후생복지시설은 대학의 교육사업 수행에 있어 필수적인 요소라고 할 것인데, 이 사건 건물부분은 그 장소, 이용자, 영업품목, 이용가격, 운영실태, 위탁운영으로 인한 임대료수입의 용도 등에 비추어 원고가 운영하는 00대학교 00캠퍼스의 학생 및 교직원들의 후생복지를 위한 시설로서 원고의 교육사업에 사용되고 있다고 할 것이고, 비록 원고가 임00으로 하여금 이 사건 건물부분을 위탁운영하도록 하고 임00으로부터 위탁보증금 및 임대료를 받기로 하였다고 하더라도, 위와 같이 이 사건 건물부분이 학생 및 교직원들의 후생복지시설로 운영되고 있으며 이 사건 위탁운영계약에 의해 그로부터의 이탈이 엄격히 통제되고 있는 이상, 위와 같은 금원의 취득으로 인해 이 사건 건물부분의 사용이 교육사업으로서의 본질을 벗어나 수익사업으로 되는 것은 아니라고 할 것이다.따라서 이 사건 건물부분은 원고가 수행하는 교육사업에 사용되어 취득세 등의 비과세대상에 해당함에도 이와 달리 보고 한 이 사건 처분은 모두 위법하다.3. 결론그렇다면 원고의 이 사건 청구는 모두 이유 있어 주문과 같이 판결한다.