특정연구기관육성법에 의하여 과학기술처장관의 허가를 받아 설립된 관리본부가 그 고유업무에 직접사용하기 위하여 토지를 취득하였으므로 취득세 등의 감면대상에 해당한다는 주장이나, 심사청구 결정서의 정본을 송달받은 날로부터 90일 이내에과세처분의 취소를 구하는 소송을 제기하지 않아 제소기간을 준수하지 못하였으므로 부적법하여 각하한다.

1. 과세처분의 경위

가. 원고의 전신인 재단법인 대덕전문연구단지관리본부(이하 ‘관리본부’라고 한다)는 1994. 8. 12.

특정연구기관육성법 제8조, 그

시행령(2005. 7. 27. 대통령령 제18969호로 개정되기 전의 것) 제12조의 규정에 의하여 설립된 법인인데, 그 후 2005. 8. 31.

『대덕연구개발특구 등의 육성에 관한 특별법』제46조 내지 제69조 및 같은 법 부칙

제3조 제1항 내지

제5항의 규정에 의하여 원고가 설립됨에 따라, 그 사무재산 및 인력 등을 원고에게 이관하고 2005. 9. 13. 해산하였다.

나. 관리본부는 해산하기 전인 2004. 12. 30.

주식회사 스마트시티와 사이에

대전 유성구 도룡동 4-26 대 6,611.9㎡(2004. 12. 29. 같은 동 4-19 대 30,893.2㎡에서 분할되었다)를 무상양여받기로 약정한 후, 같은 날 피고에게 위 부동산 취득 및 등록에 따른 취득세 198,357,000원 및 농어촌특별세 19,835,700원과 등록세 148,767,750원 및 지방교육세 29,753,550원을 신고함과 아울러 피고로부터 그 납부고지서를 수령한 다음, 2005. 1. 31. 피고에게 취득세 및 농어촌특별세 전액을 납부하였다.

다. 그 후 관리본부가 무상 양여받은 위

도룡동 4-26토지의 분할선에 착오가 있음을 이유로 위 토지가 2005. 2. 7. 위 4-19 토지에 합병되었다가, 같은 달 19. 위 4-19 토지에서 다시 같은 동 4-27 대 6,611.9㎡가 분할됨(위 4-26 토지와 번지수만 다를 뿐 나머지는 변동사항이 없다)에 따라, 관리본부는 같은 달 23. 위 스마트시티와 양여 목적물을 위 4-27 토지로 변경하기로 약정한 다음, 피고에게 같은 달 24. 위 부동산 등록에 따른 등록세 148,767,750원 및 지방교육세 29,753,550원을 신고하고, 다음날인 2. 25. 위 등록세 및 지방교육세 전액을 납부하였다.

라. 한편 관리본부는 위 나.항 기재와 같이 취득세 등을 납부하기에 앞서, 관리본부가

법 제288조 제2항이 정하는 ‘기술진흥단체’에 해당하고 무상 양여받은 위

도룡동 4-26 토지가 ‘관리본부의 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산’에 해당한다면서 위 취득세, 농어촌특별세, 등록세 및 지방교육세 등이 감면대상에 해당함을 이유로 2005. 1. 11. 피고에게

같은 법 제292조에 따라 감면신청을 하였다. 그러나 피고 소속 세무담당 공무원에 의하여 위 감면신청이 거부됨에 따라, 관리본부는 위 다.항 기재와 같이 등록세 등을 납부한 다음, 같은 해 4. 15. 대전광역시장에게 위 취득세 등은

법 제288조 제2항에 따라 모두 감면되어야 한다면서 이의신청을 하였으나, 같은 해 6. 10. 기각되었고, 다시 같은 해 8. 3. 행정자치부 장관에게 같은 취지로 심사청구를 하였으나 같은 해 9. 26. 역시 기각되었다.[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1, 2, 갑 제2, 3호증, 갑 제4, 5호증의 각 1, 2, 갑 제6호증, 갑 제7, 10호증의 각 1, 2, 을 제1호증의 1 내지 4, 을 제2호증의 1 내지 7, 을 제3호증의 1 내지 5, 을 제4호증의 1 내지 8의 각 기재, 변론 전체의 취지.

2. 본안 전 항변 및 그에 대한 판단

가. 피고는 이 사건 과세처분의 취소청구가 제소기간을 도과한 것으로서 부적법하므로 이 사건 소는 각하되어야 한다고 주장한다.

나. 일반적으로 취득세 및 등록세는 신고납세방식의 조세로서 이러한 유형의 조세에 있어서는 원칙적으로 납세의무자가 스스로 과세표준과 세액을 정하여 신고하는 행위에 의하여 조세채무가 구체적으로 확정되므로 납세의무자는 신고와 함께 세액을 납부할 의무가 있는 것이나{이 때 납세의무자의 납부행위는 신고에 의하여 확정된 구체적 조세채무의 이행에 불과하다(

대법원 2006. 1. 13. 선고 2004다64340 판결 등 참조)}, 지방세의 경우 신고에 의하여 세액이 확정되었다 하더라도 이를 다투고자 하는 납세의무자의 권리구제기회를 확대하기 위하여 법 제72조 제1항은 “지방세법에 의한 처분(신고납부 또는 수정신고납부를 한 경우에는 그 신고납부를 한 때에 처분이 있었던 것으로 본다)으로서 위법 또는 부당한 처분을 받았거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 이의신청 및 심사청구를 할 수 있다.”고 규정함과 아울러 법 제73조 제1항은 “이의신청을 하고자 할 때에는 그 처분이 있은 것을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 통지를 받은 날)로부터 90일 이내에…(중략)…하여야 한다”고 규정하고 있다.

한편,

행정소송법 제20조 제1항은 취소소송은 처분 등이 있음을 안 날로부터 90일 이내에 제기하여야 하고 다만 위 기간은 행정심판청구를 할 수 있는 경우에는 그 재결서의 정본을 송달받은 날부터 기산한다고 규정하고 있으므로, 확정된 신고세액을 다투고자 하는 지방세 납세의무자는 처분으로 보게 되는 신고를 한 때로부터 90일 이내에 행정소송을 제기하여야 하되, 이의신청 등 전심절차를 거친 경우에는 그 재결서의 정본을 송달받은 날로부터 90일 이내에 행정소송을 제기하여야 한다. 그리고 청구취지를 변경하여 구 소가 취하되고 새로운 소가 제기된 것으로 변경되었을 때에 새로운 소에 대한 제소기간의 준수 등은 원칙적으로 소의 변경이 있은 때를 기준으로 하여야 한다(

대법원 2004. 11. 25. 선고 2004두7023 판결 참조).

다. 돌이켜 이 사건에 관하여 보건대, 원고는 앞서 본 바와 같이 위 취득세, 농어촌특별세, 등록세 및 지방교육세 등에 대한 2005. 1. 11.자 감면신청이 거부되었음을 전제로, 제1심에서는 위 거부처분의 취소를 구하는 것을 그 청구취지로 삼았다가, 항소심에 이르러 이 사건 과세처분의 취소를 구하는 것으로 청구취지를 변경하였고, 그 변경일자가 2006. 8. 25.임은 기록상 명백하다.

그런데 을 제14호증의 기재에 의하면, 원고의 심사청구에 대한 결정서 정본이 원고에게 송달된 일자는 2005. 11. 9.인 사실이 인정되는바, 그러하다면 원고가 위 결정서를 송달받은 날로부터 이 사건 과세처분의 취소를 구하는 것으로 그 청구취지를 변경하기까지는 이미 90일이 경과하였음이 역수상 명백하므로, 원고로서는 위 결정서의 정본을 송달받은 날로부터 90일 이내에 이 사건 과세처분의 취소를 구하는 소송을 제기하지 아니함에 따라, 결국 그 제소기간을 준수하지 못하였다 할 것이다(원고가 당초 취소를 구한 취득세 등 감면신청거부처분과 이 사건 과세처분은 그 취소소송의 경제적 목적은 동일하다 할지라도 법적 성질을 달리하는 별개의 처분임이 명백하므로, 설령 원고가 위 감면신청거부처분의 취소를 구하는 소를 제기하면서 제소기간을 준수하였다 하더라도 그러한 사정만으로 이 사건 과세처분의 취소청구에 관한 제소기간까지 준수하였다고 볼 수는 없다).

라. 나아가 이 사건 과세처분 중 취득세 및 농어촌특별세의 신고행위는 2004. 12. 30.에 있었고, 원고의 대전광역시장에 대한 이의신청은 2005. 4. 15.에 있었음은 앞서 본 바와 같으므로, 위 이의신청은 처분으로 보는 위 신고행위일로부터 90일이 경과하여 제기되었음이 역수상 명백하므로, 위 취득세 및 농어촌특별세에 있어서의 위 이의신청은 그 신청기간이 도과된 후에 제기된 것으로서 부적법하여 그에 따른 재결을 기준으로 제소기간을 산정할 수는 없어, 이 사건 과세처분의 취소청구 중 위 취득세 및 농어촌특별세에 관하여는 적법한 전심절차를 거치지 아니하고 그 취소소송을 제기한 경우에 해당하게 된 결과, 원고로서는 위 처분이 있음을 안 날로부터 90일 이내에 소송을 제기하지 아니함에 따라, 이 부분에 있어서도 결국 그 제소기간을 준수하지 못하였다고 할 것이다.

마. 따라서 원고는 이 사건 과세처분에 대하여 그 제소기간을 준수하지 못하였으므로, 이 사건 소는 부적법하고, 이 점을 지적하는 피고의 본안전 항변은 이유 있다.

3. 결론

그렇다면, 이 사건 소는 부적법하므로 각하되어야 할 것인바, 이와 결론을 같이 한 제1심 판결은 결과적으로 정당하므로 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.