이 사건 기록과 원심판결 및 상고이유서를 모두 살펴보았으나, 상고인의 상고이유에 관한 주장은 상고심절차에 관한 특례법 제4조 제1항 각 호에 정한 사유를 포함하지 아니하거나 이유가 없다고 인정되므로, 같은 법 제5조에 의하여 상고를 기각하기로 하여 관여 법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

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【하급심-부산고등법원 2010. 7. 9. 선고 2010누1811 판결】

【주문】 처분청승소

1. 원고의 주위적 청구에 대한 항소를 기각한다.

2. 당심에서 추가된 원고의 예비적 청구를 기각한다.

3. 항소제기 이후의 소송비용은 원고가 부담한다.

【이유】

1. 처분의 경위

다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑제1호증, 갑제2호증의 1, 2, 갑제3호증, 갑제4호증의 1, 2, 을제1호증의 1, 2, 을제2호증, 을제12호증의 1 내지 18의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정된다.

가. 원고는 2004. 12. 31. 00물산 주식회사(이하 ‘00물산’이라 한다)로부터 00 00군 00읍 00리 825 공장용지 1,550㎡ 외 17필지 66,362㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 9,438,467,000원에 매수하여 같은 날 소유권이전등기를 경료하였다.

나. 원고는 2004. 12. 31. 피고에게 이 사건 토지의 취득은 지방세법(2010. 1. 1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제107조 제1호, 제127조 제1항 제1호에서 정한 ‘학술사업을 목적으로 하는 비영리사업자’가 그 사업에 사용하기 위하여 취득하는 경우에 해당한다는 이유로 취득세와 등록세 등 지방세 감면신청을 하였고, 이에 피고는 취득세 197,955,560원, 등록세 296,933,340원(농어촌특별세와 지방교육세 포함)을 감면하여 주었다.

다. ⑴ 피고는 2008. 7. 11. 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 이 사건 토지를 학술사업 용도에 직접 사용하지 않았다는 이유로 원고에게 취득세 및 가산세 235,697,380원, 농어촌특별세 및 가산세 23,569,720원, 등록세 및 가산세 353,546,090원, 지방교육세 및 가산세 65,046,130원을 부과고지하였다.

⑵ 원고가 소정의 납부기한 내에 위 고지세액을 납부하지 아니하자 피고는 2009. 7. 27. 원고에게 취득세 가산금 38,182,880원, 농어촌특별세 가산금 3,818,220원, 등록세 가산금 57,274,430원, 지방교육세 가산금 10,537,430원을 독촉하였다(이하 가산세를 포함한 취득세, 농어촌특별세, 등록세, 지방교육세 부과처분 및 그 가산금 징수처분을 모두 합하여 ‘이 사건 처분’이라 한다). 이에 원고는 같은 날 가산세 및 가산금을 포함하여 취득세 및 농어촌특별세 301,268,200원, 등록세 및 지방교육세 486,404,080원 합계 787,672,280원을 납부하였다.

라. 원고는 2008. 9. 17. 조세심판원에 당초의 2008. 7. 11.자 취득세 등 부과처분의 취소를 구하는 심판을 청구하였으나 2009. 7. 13. 기각되었다.

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 다음과 같이 이 사건 토지를 학교용지로 사용하기 위하여 노력하였으므로, 정당한 사유 없이 이 사건 토지를 그 용도에 직접 사용하지 않은 경우에 해당하지 않는다는 취지로 주장한다.

⑴ 원고는 이 사건 토지의 취득 이전부터 00종단이 위치한 00 00군 00읍에 자립형 사립학교를 설립하기 위해 약 30,000,000,000원의 기금을 마련한 상태에서 00물산과 이 사건 토지 등에 관한 매매가계약을 체결한 후, 2001. 11. 16. 00광역시 교육감에게 학교설립승인신청을 하였지만 이 사건 토지 등이 개발제한구역 내에 있는 임야라는 이유로 승인불가 통보를 받았으며, 그 후에도 수회에 걸쳐 학교설립승인신청을 하였지만 매번 같은 이유로 승인불가 통보를 받았다.

⑵ 그러다가 00광역시장이 2004. 5. 20. 이 사건 토지 일대를 개발제한구역 조정가능구역으로 하는 ‘2020년 00권광역도시계획’을 공고하였고, 이에 원고는 2004. 8. 24. 00광역시 교육감으로부터 조건부 승인을 받고서 2004. 12. 31. 00물산으로부터 이 사건 토지를 취득하였다.

⑶ 원고가 이 사건 토지를 취득한 이후 학교를 설립하기 위하여 설계용역계약 등을 체결하였을 뿐만 아니라 00광역시장 등과 개발제한구역 지정 해제 등에 관한 지속적인 협의를 하여 오던 중 뜻하지 않게 이 사건 토지를 가로지르는 ‘00천 유로변경 문제’로 00광역시와 협의가 늦어지게 되었으나, 결국 2010. 4. 5. 00광역시 교육감으로부터 이 사건 토지 중 5,203㎡에 6학급 규모의 00식품과학고등학교 설립계획승인을 받았다.

⑷ 따라서 주위적으로 이 사건 토지 전체에 대하여 취득세 등을 부과한 이 사건 처분의 취소를 구하고, 예비적으로 이 사건 처분 중 학교설립계획승인을 받은 5,203㎡에 해당하는 취득세 등의 취소를 구한다.

나. 관계 법령

별지와 같다.

다. 인정사실

다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑제4호증의 2, 갑제8, 11 내지 24, 갑제25호증의 1, 2, 갑제26 내지 40호증, 갑제43호증의 1, 2, 갑제44호증, 을제1호증의 3, 4, 을제2호증, 을제3호증의 1, 2, 3, 을제4호증의 1, 2, 을제5호증, 을제8, 9호증의 각 1, 2, 을제10, 11호증, 을제12호증의 1 내지 18, 을제14호증의 1, 2, 을제15, 16호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정된다.

⑴ 원고는 2001. 11.경 00물산과 이 사건 토지를 포함한 67,793㎡에 관하여 부동산매매가계약을 체결하고, 같은 달 16. 00광역시 교육감에게 위 토지 등에 00공업고등학교를 설립하는 계획승인을 신청하였다. 그런데 00광역시 교육감은 같은 해 12. 19. "법인 이사회의 동의가 없을 뿐만 아니라 학교설립 위치 전체가 개발제한구역 내에 있는 임야이므로 학교를 신축할 수 없다"는 사유로 승인불가 통보를 하였다.

⑵ 원고는 2002. 5. 29. 및 같은 해 7. 19. 00광역시 교육감에게 학교명을 00영재고등학교로 하여 학교설립계획 승인신청을 하였으나, 00광역시 교육감은 같은 이유를 들어 승인불가 통보를 하였다. 원고는 2003. 4. 7. 다시 00광역시 교육감에게 "2002. 4. 17. 00도 교육청으로부터 교사 및 체육장 부지로 매입하도록 조건부 허가를 받은 위 토지 67,793㎡ 중 현재 학교설립이 가능한 00광역시 00군 00읍 00리 860-3 외 6필지 10,979㎡에 교사 및 체육장 시설을 우선설치하여 2005. 3. 1. 개교할 예정이니 승인하여 달라"는 취지의 신청을 하였지만, 00광역시 교육감은 2003. 4. 16. "설립위치가 개발제한구역으로 이미 2회에 걸쳐 승인불가통보를 한 적이 있고, 개발제한구역 지정이 해제되지 않은 상태에서 학교를 설립하는 것은 불가능하다"는 이유를 들어 다시 승인불가 통보를 하였다.

⑶ 한편, 원고는 00광역시 교육감의 승인불가 사유 중 임야 문제를 해결하기 위해 원고가 속한 종단의 00영농조합법인을 통하여 2002. 12. 21. 피고에게 위 가계약 목적 토지 중 00물산 소유인 00 00군 00읍 00리 산 27-1 임야 1,431㎡(2003. 2. 3. 분할되어 같은 리 859-1로 되었다)에 관하여 개간을 위한 토지형질변경을 목적으로 한 개발행위허가신청을 하여 같은 달 24. 허가를 받고 지목을 전으로 변경하였다.

⑷ ㈎ 00광역시장은 2004. 5. 20. 위 가계약 목적 토지가 포함된 00 00읍 월전마을 일대 1.06㎢를 개발제한구역 조정가능지역으로 하는 ‘2020년 00권 광역도시계획’을 공고하였는데(00광역시 공고 제2004-307호), 그 공고내용 중에는 "조정가능지역은 도시기본계획→도시관리계획→지구단위계획 결정절차를 거친 후 해제한다"는 것도 포함되어 있다.

㈏ 원고는 2004. 7. 14. 다시 00광역시 교육감에게 ‘설립예정부지가 개발제한구역에서 해제되는 것을 조건으로’ 00여자고등학교 설립계획승인신청을 하였는데, 당시 원고가 학교설립계획부지로 신청한 토지의 면적은 10,009㎡로서 지목변경된 위 00리 산 27-1 전 1,431㎡와 대지 1,130㎡, 공장용지 7,448㎡로 구성되어 있고, ‘학교설립계획 승인 신청서(을제10호증)’에는 "단기적으로 개발제한구역해제조정가능지역에 포함되어 학교설립이 가능한 00 00군 00읍 00리 860-3 9필지 10,009㎡에 교사동과 운동장시설을 설치하여 2007. 3. 1. 개교하고, 장기적으로 위 학교설립부지 10,009㎡를 제외한 나머지 위 가계약 토지 57,784㎡는 00도 교육청으로부터 당초 허가조건을 변경하여 법인이 수익용으로 위 토지를 취득한 후 개발제한구역관리계획에 반영시켜 학교장기발전에 필요한 도서관, 음악홀, 외국어생활관 등을 건립하여 위 시설(토지, 건물)을 교육용 기본재산으로 편입시킨다"는 취지로 기재되어 있다.

㈐ 00광역시 교육감은 2004. 8. 24. 원고에게 "학교설립계획부지가 개발제한구역에서 해제되는 것을 정지조건으로 하되, 2007. 8. 20.까지 해제가 되지 않으면 승인의 효력을 상실한다"는 내용으로 조건부 학교설립계획승인을 하였다.

⑸ 원고는 00광역시 교육감으로부터 조건부승인을 받은 후 2004. 12. 31. 00물산과 위 가계약 목적 토지 67,793㎡ 중 지목변경된 위 00리 산 27-1 전 1,431㎡를 제외한 이 사건 토지 66,362㎡에 관하여 매매계약을 체결하였는데, 이 사건 토지 중 원고가 2004. 7. 14. 00광역시 교육감에게 학교설립계획승인신청을 하면서 학교부지로 사용하겠다고 밝힌 면적은 7,287㎡(=00 00읍 00리 857-1 공장용지 44㎡ + 같은 리 858-1 공장용지 236㎡ + 같은 리 859 공장용지 1,714㎡ + 같은 리 860-1 대지 429㎡ + 같은 리 860-3 공장용지 4,864㎡)이다. 한편 이 사건 토지 중 00 00군 00읍 00리 589-2, 938-26, 산 22-1, 산 23, 산 24-1, 산 24-2, 산 24-3, 산 25 등 8필지는 매매계약 당시 지목이 모두 임야였는데 그 면적 합계는 54,518㎡에 이른다.

⑹ ㈎ 원고는 2005. 4. 11. 00광역시장에게 위 학교예정부지 10,009㎡를 도시계획시설(학교)로 결정하여 줄 것을 제안하였고, 이에 00광역시장은 이를 받아들여 같은 해 5. 25. 00광역시 공고 제2005-355호로 도시관리계획안에 대한 열람공고와 같은 해 6. 30. 열린 00광역시 도시계획위원회의 심의를 거쳐 원안대로 가결되었다.

㈏ 원고는 같은 해 7. 16. 건설교통부 장관에게 "위와 같이 2004. 8. 24. 00광역시 교육감으로부터 학교설립인가를 받은 00여자고등학교를 개발제한구역 내에 설치할 수 있도록 개발제한구역관리계획을 변경하거나 위 계획에 반영할 수 있는지 여부"에 대한 질의를 하였는데, 건설교통부 장관은 "교육인적자원부가 2001. 11.경 통보한 학교설립계획에 의하면, 00광역시의 경우에는 개발제한구역 내에 9개의 학교만 설립가능하므로, 위와 같은 내용의 도시관리계획(학교)을 2006년도 00광역시 개발제한구역관리계획(변경안)에 반영하는 것은 불가능하다. 다만 절차를 거쳐 2011년도 00광역시 개발제한구역관리계획(안)에 반영할 수는 있다."는 취지로 통보하였다.

㈐ 이에 원고는 2007. 3. 16. 00광역시장에게 ‘2011년 00광역시 개발제한구역관리계획(변경안)‘에 위 도시관리계획(학교)을 반영하여 줄 것을 제안하였으나, 00광역시장은 위 00리 산 27-1 전 1,431㎡가 ’사위 기타 부정한 방법‘으로 형질변경허가를 받았다는 이유로 이를 ’2011년 00광역시 개발제한구역관리계획(변경안)‘에 반영하지 않았다.

⑺ ㈎ 원고는 2005. 5. 5. 주식회사 00(이하 ‘00’이라 한다)과 00여자고등학교 도시관리계획결정 용역계약을 체결하고, 2005. 10. 8. 주식회사 삼이종합건축사사무소와 00여자고등학교 교사신축공사 설계용역계약을 체결하였다.

㈏ 원고는 2007. 3. 16. 다시 00과 00여자고등학교 개발제한구역관리계획변경관련 경관영향분석 용역계약을 체결하고 독자적으로 개발제한구역 해제를 위한 지구단위계획을 수립하였는데, 00이 2007. 12. 작성한 ‘00리 지구단위계획 및 해안부 공업용지 개발 추진계획서(갑제23호증)’에는 "00리 지구단위계획구역인 00 00군 00읍 00리 신앙촌 일원 708,700㎡에 관하여는 개발제한구역을 해제하여 일반산업단지로 조성하는 것이 바람직하고, 해안부 공업용지구역인 00 00군 00면 0리 81-13 일원 294,200㎡에 관하여도 일반산업단지로 조성하는 것이 바람직하다"는 취지로 기재되어 있다.

㈐ 한편 원고 등이 독자적으로 수립·추진중인 ‘00리 지구단위계획’에 의하면, 지방2급 하천인 00천은 평균경사가 급하고 연장이 짧아 집중호우시 인근 농경지 및 공장시설이 상습적으로 침수되고 있으므로, 유로변경을 통하여 하천의 정화력과 홍수 대처능력을 향상하여 안전한 산업시설용지 확보 및 토지이용효율을 극대화하고, 환경친화적 자연형 하천으로 조성할 필요가 있는데, 이는 지구단위계획과는 별도로 하천정비기본계획을 수립하여 지방하천관리위원회의 심의를 받아야 한다. 이에 00물산은 2006. 12. 21. 00광역시장에게 00천 중 00 00군 00읍 청강리 신천교 지점에서 같은 읍 중성리 해안선까지 약 1.7㎞ 구간의 유로를 변경하는 것 등을 내용으로 한 ‘00천 하천정비기본계획(변경)’안을 제출하였다. 그러나 그와 같은 유로변경으로 인하여 하천구역으로 편입될 토지가 141,023㎡에 달하고 보상금이 16,000,000,000원에 달하자 그 보상금 및 공사비 부담문제를 둘러싸고 00광역시와 00물산 사이에 협의가 되지 않고 있다.

⑻ 원고는 2007. 6. 8. 00광역시 교육감에게 2004. 8. 24.자 조건부 승인에서 정한 기한인 2007. 8. 20.을 2년 연장하여 줄 것을 요청하였지만, 00광역시 교육감은 2007. 9. 5. 원고에게 "2007. 8. 20.까지 학교설립부지가 개발제한구역에서 해제되지 않았으므로, 2004. 8. 24.자 학교설립계획 승인의 효력이 상실되었다"는 취지의 통보를 하였다. 그 뒤에도 이 사건 토지를 포함한 00 00읍 월전마을 일대는 여전히 개발제한구역에서 해제되지 않았다.

⑼ ㈎ 원고는 이 사건 부과처분 이후인 2009. 1. 22. 00광역시장에게 이 사건 토지 중 00 00군 00읍 00리 860-3 일원 9,980㎡에 학년당 2학급, 학급당 학생수를 20명, 개교예정일을 2011. 3. 1.로 하여 00식품과학고등학교를 설립하는 것을 내용으로 한 도시관리계획(학교) 입안을 제안하였고, 같은 해 5. 29. 00광역시 도시계획위원회의 심의를 거쳐 피고는 같은 해 8. 3. 개발제한구역관리계획변경(안) 공고하였다(형질변경면적 9,720㎡, 00군 공고 제2009-924호).

㈏ 그러나 2009. 10. 29. 개최된 국토해양부 중앙도시계획위원회 심의에서 "정확한 수요를 도출하여 학교시설 규모를 도출하고, 원고가 소유한 전체부지가 표현된 도면을 제시하며, 기존 공장을 훼손하지 않고 학교를 신설하는 방안을 강구하고, 불필요한 연결통로를 없애 건물을 집약적으로 설계하며, 비현실적인 공유면적을 수정하고, 교육에 필요한 다양한 실습실을 구체적으로 반영한 후 재심의 받을 것"으로 의결하였다. ㈐ 원고는 2009. 12. 1. 00광역시장에게 중앙도시계획심의위원회의 심의결과에 따라 "교사동을 당초 3층에서 4층으로 집약적으로 설계하고, 학교설립부지에 포함된 공장용지를 460㎡ 감소하는 등 총부지 면적을 9,100㎡로 한다"는 내용의 조치계획을 제출하였다. 이에 중앙도시계획위원회는 2009. 12. 11. 위와 같은 도시계획시설(학교)결정이 포함된 ‘2011년 00광역시 개발제한구역관리계획(변경안)’을 승인하였고, 00광역시장은 2009. 12. 16. 이를 공고하였다(00광역시 공고 제2009-1323호).

㈑ 원고는 그 뒤 2010. 3. 2. 00광역시 교육감에게 원고 소유인 이 사건 토지 중 00 광역시 00군 00읍 00리 857-1 공장용지 59㎡, 같은 리 858-1 공장용지 280㎡, 같은 리 860-3 공장용지 4,864㎡ 등 합계 5,203㎡와 장차 00물산으로부터 매수할 같은 리 857-1 공장용지 625㎡ 등 10필지 면적 합계 3,897㎡ 등 9,100㎡ 토지상에 학년당 2학급, 학급당 학생수를 20명, 개교예정일을 2011. 3. 1.로 한 00식품과학고등학교 설립계획승인을 신청하였고, 00광역시 교육감은 2010. 4. 5. 이를 승인하였다.

라. 판단

⑴ 주위적 청구에 대하여

㈎ 「지방세법」제107조 및 제127조 제1항 각 단서에 규정된 ‘정당한 사유’의 판단 기준은 법령에 의한 금지·제한 등 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적 사유는 물론 목적사업의 용도에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적 사유도 포함한다 할 것이고, 나아가 그 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 비영리사업자에 의하여 수행되는 사업의 공익성을 감안하여 취득세 등을 과세하지 않는 입법취지를 충분히 고려하면서 부동산의 취득목적에 비추어 목적사업에 직접 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 목적사업의 용도에 사용할 수 없는 법령·사실상의 장애사유와 정도，당해 법인이 부동산을 목적사업에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부，행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것이지만(대법원 1996. 1. 26. 선고 95누13104 판결 등 참조), 법인이 토지 취득시에 이미 유예기간 내에 고유업무에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유가 있음을 알고 있었고，취득 후에 당해 토지를 고유업무에 사용하지 못한 것도 동일한 사유 때문이라면 취득 전에 존재한 외부적 사유가 충분히 해소 가능한 것이고 실제 그 해소를 위하여 노력하고 이를 해소하였는데도 예측치 못한 전혀 다른 사유로 고유업무에 사용하지 못하였다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 외부적 사유는 당해 토지를 고유업무에 사용하지 못한 정당한 사유가 될 수 없는 것이다(대법원 2002. 4. 26. 선고 2000두10038 판결 등 참조).

㈏ 앞서 본 증거들과 사실관계에 비추어 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 ① 원고는 이 사건 토지를 매수하기 이전에 00광역시 교육감으로부터 학교설립예정부지가 개발제한구역 내 임야라는 등의 이유로 승인을 받지 못하였고, 원고가 00영농조합법인을 통하여 2002. 12. 21. 00 00군 00읍 00리 산 27-1 임야 1,431㎡를 ‘사위 기타 부정한 방법’으로 형질변경허가를 받아 위 임야를 학교설립이 가능한 전으로 지목을 변경하는 등 원고로서는 개발제한구역, 특히 임야에는 사립학교설립이 불가능한 법령상의 장애가 있다는 사실을 알고 있었으며, 원고가 유예기간 3년 이내에 이 사건 토지에 학교를 설립하지 못한 것은 이 사건 토지가 개발제한구역 내에 있기 때문인 점, ② 비록 00광역시장이 2004. 5. 20. 이 사건 토지 일원이 개발제한구역 조정가능지역으로 공고하기는 하였지만, 그 공고문에는 "도시기본계획결정 등의 절차를 거쳐 개발제한구역에서 해제될 수 있다"는 취지도 함께 기재되어 있었고, 원고도 그와 같은 공고만으로 이 사건 토지가 개발제한구역에서 해제되는 것이 아니라는 사정과 함께 그 시기도 불확정적임을 알고 있었던 것으로 보임에도 불구하고 해제가능성만을 믿고 2004. 7. 14. 00광역시 교육감에게 개발제한구역 해제를 조건으로 한 학교설립계획승인을 신청하였고, 이에 같은 해 8. 24. 00광역시 교육감으로부터 조건부 승인을 받은 점, ③ 원고가 2004. 12. 31. 00물산으로부터 매수한 이 사건 토지 중에는 위와 같은 사유로 학교설립이 불가능한 임야가 54,518㎡(이 사건 토지 면적의 82.1%)나 포함되어 있고, 그나마 이 사건 토지 중 원고가 학교설립부지로 사용하겠다고 밝힌 토지 면적은 7,287㎡(이 사건 토지 면적의 10.1%)에 불과하며, 나아가 원고가 이 사건 토지를 매수한 이후인 2005. 4. 11. 학교설립부지로 사용하겠다고 밝힌 면적도 종전과 같은 10,009㎡에 불과한 점, ④ 원고가 이 사건 토지를 매수한 후 취득세 등 유예기간 중인 2005. 5. 5.과 같은 해 10. 8. 00 등과 설계용역계약 및 도시관리계획결정용역계약을 체결하기는 하였지만 그 유예기간 중의 00 등 용역업체의 활동사항은 미미하거나 불명확한 반면, 오히려 당초 원고가 2004. 7. 14. 00광역시 교육감에게 00여자고등학교 설립계획승인신청을 하면서 밝힌 개교예정일인 2007. 3. 1.이 지난 이후에는 00이 "이 사건 토지 일원을 개발제한구역에서 해제하여 일반산업단지로 조성하는 것이 바람직하다"는 등의 취지가 기재된 문서를 작성한 적이 있고, 또 원고의 2004. 7. 14. 승인신청서에도 "단기적으로 가계약 토지 67,793㎡ 중 10,009㎡에만 학교시설을 설치하고, 나머지 57,784㎡는 00도 교육청으로부터 당초 허가조건의 변경허가를 받아 수익용으로 취득한 후 나중에 교육용 재산으로 편입시킨다"는 취지로 기재되어 있는 점, ⑤ 비록 원고가 이 사건 처분 이후인 2010. 4. 5. 00광역시 교육감으로부터 00식품과학고등학교(면적 9,100㎡) 설립계획승인을 받기는 하였지만, 이 사건 토지 중 위 학교설립부지로 사용되는 면적은 5,203㎡(이 사건 토지의 약 7.8%)에 불과하고, 나머지 3,897㎡는 추가로 00물산으로부터 매수하여야만 하는 상황이 되었는바, 이는 이 사건 토지를 학교설립부지로 매수하였다는 원고의 주장과는 맞지 않는 점 등에 비추어 보면, 원고가 정상적인 노력을 다하였음에도 불구하고 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 것으로 보기 어려워 취득일로부터 3년 이내에 이 사건 토지를 그 용도에 직접 사용하지 아니한 것에 정당한 사유가 있다고 보기 어렵고, 원고가 학교설립을 추진하던 중인 2006. 12.경부터 ‘00천 하천정비기본계획’과 관련한 보상비 등을 둘러싸고 00광역시와 00물산 사이에 협의가 원만히 진행되지 못한 사정이 있다고 하더라도, 이러한 점만으로는 예측하지 못한 전혀 다른 사유로 원고가 이 사건 토지를 그 용도에 직접 사용하지 아니하게 되었다고 볼 수도 없다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

㈐ 따라서 원고의 주위적 청구는 이유 없다.

⑵ 예비적 청구에 대한 판단

원고가 이 사건 토지를 취득일로부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하였음은 앞서 본 바이고, 이 사건 처분 이후에 원고가 이 사건 토지 중 5,203㎡에 관하여 2010. 4. 5. 00광역시 교육감으로부터 학교설립계획승인을 받은 사실이 있다고 하더라도, 위 부분 토지에 관하여만 달리 볼 것은 아니다.

따라서 원고의 예비적 청구도 이유 없다.

3. 결 론

그렇다면 원고의 이 사건 주위적 청구는 이유 없어 이를 기각할 것이다. 제1심 판결은 이와 결론을 같이 하여 정당하므로, 이에 대한 원고의 항소를 기각하고, 당심에서 추가된 원고의 예비적 청구도 이유 없으므로, 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

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별지

【관계법령】

■ 지방세법(2010. 1. 1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것)

제107조 (용도구분에 의한 비과세)

다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세를 부과한다.

1. 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득

제127조 (용도구분에 의한 비과세)

① 다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기·등록일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 등록세를 부과한다.

1. 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기

■ 지방세법 시행령

제79조 (비영리사업자의 범위)

① 법 제107조 제1호에서 "대통령령으로 정하는 비영리사업자"라 함은 다음 각 호의 자를 말한다.

2. 「초ㆍ중등교육법」및 「고등교육법」에 따른 학교, 「경제자유구역 및 제주국제자유도시의 외국교육기관 설립ㆍ운영에 관한 특별법」또는 「기업도시개발 특별법」에 따른 외국교육기관을 경영하는 자 및 「평생교육법」에 의한 교육시설을 운영하는 평생교육단체

제94조 (비영리사업자의 범위등)

① 법 제127조 제1항 제1호 본문에서 "대통령령으로 정하는 비영리사업자"라 함은 제79조의 규정에 의한 비영리사업자를 말한다.

■ 개발제한구역의 지정 및 관리에 관한 특별조치법(2008. 3. 21. 법률 제8975호로 전부 개정되기 전의 것)

제11조 (개발제한구역에서의 행위제한)

① 개발제한구역에서는 건축물의 건축 및 용도변경, 공작물의 설치, 토지의 형질변경, 죽목의 벌채, 토지의 분할, 물건을 쌓아놓는 행위 또는 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제2조 제11호의 규정에 의한 도시계획사업(이하 "도시계획사업"이라 한다)의 시행을 할 수 없다. 다만, 다음 각호의 1에 해당하는 행위를 하고자 하는 자는 시장·군수 또는 구청장의 허가를 받아 이를 행할 수 있다.

1. 다음 각목의 1에 해당하는 건축물 또는 공작물로서 대통령령이 정하는 건축물의 건축 또는 공작물의 설치와 이에 따르는 토지의 형질변경

아. 학교·폐기물처리시설 및 전기공급시설 등 공익시설

■ 개발제한구역의 지정 및 관리에 관한 특별조치법 시행령(2008. 11. 28. 대통령령 제21139호로 전부개정되기 전의 것)

제13조 (허가대상 건축물 또는 공작물의 종류 등)

① 법 제11조 제1항 제1호의 규정에 의한 건축물 또는 공작물의 종류와 건축 또는 설치의 범위는 별표 1과 같다.

[별표 1] 건축물 또는 공작물의 종류와 건축 또는 설치의 범위(제13조 제1항 관련)

끝.

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【하급심-부산고등법원 2010. 3. 25. 선고 2009구합4150 판결】

【주문】 처분청승소

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

【이유】

1. 처분의 경위

가. 원고는 2004. 12. 31. 한일물산 주식회사와 부산 기장읍 죽성리 825 공장용지 1,550㎡ 외 17필지 66,362㎡(이하 ‘이 사건 토지’라고 한다)에 관하여 매매대금을 9,438,467,000원으로 하여 매매계약을 체결하고, 소유권이전등기를 경료하였다.

나. 원고는 피고에게 이 사건 토지의 취득이 학술사업을 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위하여 취득한 것에 해당하므로 취득세와 등록세 등 지방세 감면신청을 하였고, 피고는 위 신청에 따라 원고에게 이 사건 토지에 관하여 취득세와 등록세(농어촌특별세와 지방교육세 포함, 이하 같다) 등 지방세를 부과하지 않았다.

다. 피고는 2008. 7. 11. 원고가 유예기간인 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 이 사건 토지를 학술사업 용도에 직접 사용하지 않았다는 이유로 원고에게 취득세 259,267,100원과 등록세 418,592,220원의 합계 677,859,320원을 부과(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다)하였다.

라. 원고는 2008. 9. 17. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2009. 7. 13. 위 심판청구를 기각하였고, 원고는 2009. 7. 27. 피고에게 가산세를 포함한 취득세 301,268,200원과 가산세를 포함한 등록세 486,404,080원 합계 787,672,280원을 납부하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 갑 제2호증의 1, 2, 갑 제3호증, 갑 제4호증의 1, 2, 을 제1호증의 1, 2, 을 제2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 이 사건 토지를 취득한 이후 학교설립용지로 사용하기 위하여 다음과 같은 노력을 하였으므로 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 않은 경우에 해당하지 않는다.

① 원고는 시온종단이 위치하고 있는 부산 기장읍에 자립형 사립학교를 설립하기 위해 약 30,000,000,000원의 기금을 마련하였다.

② 원고는 이 사건 토지를 취득한 이후 2005. 5. 5. 주식회사 한가람과 한일여고 도시관리계획결정용역계약을 체결하였다.

③ 원고는 부산광역시에 도시관리계획(학교)결정을 신청하였고, 부산광역시 도시계획위원회는 2005. 6. 30. 원고가 제출한 도시관리계획(학교)을 원안대로 가결하였다.

④ 도시관리계획이 개발제한구역 관리계획에 반영되기 위하여는 건설교통부의 승인이 필요하기 때문에 원고는 2005. 7. 16. 건설교통부에 부산광역시 개발제한구역 내 학교설립계획을 문의하였으나 건설교통부는 2006년도 부산광역시 개발제한구역관리계획(변경안)에 위 도시관리계획(학교)을 반영하는 것은 불가하다고 통보하였다.

⑤ 원고는 2005. 10. 18. 주식회사 삼이종합건축사사무소와 한일여고 교사신축 설계용역계약을 체결하였다.

⑥ 원고는 2006. 10. 27.경 부산광역시 건설교통부 도시국과 2011년 부산광역시 개발제한구역관리계획에 위 도시관리계획(학교)을 반영하기로 협의하였다.

⑦ 원고는 2007. 4. 13. 부산광역시 기장군에 한일여고 도시계획시설(학교)사업 실시계획의 인가를 신청하였으나, 한일여고 도시계획시설(학교)사업 실시계획 신청은 같은 달 16. 반려되었다.

⑧ 원고는 개발제한구역 해제를 위하여 지구단위계획을 수립하였으나, 이 사건 토지 중앙을 흐르는 죽성천의 유로 변경 문제로 ‘죽성천 하천정비 기본계획(변경)’을 우선 추진하였다.

⑨ 이 사건 처분이 있은 후 국토해양부는 2009. 12. 11. 도시계획시설(학교)결정이 포함된 2011년 부산광역시 개발제한구역관리계획(변경안)을 승인하였고, 부산광역시는 2010. 2. 16. 원고에게 도시관리계획(학교)결정이 가결되었음을 통보하였다. 이로 인하여 원고는 개발제한구역의 해제 없이도 학교를 설립할 수 있게 되었고, 현재 신축공사에 착공한 상태이다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 인정사실

(1) 원고는 2001. 11.경 한일물산 주식회사와 이 사건 토지를 포함한 67,793㎡에 관하여 매매가계약을 체결하였고, 원고는 2001. 11. 16. 부산광역시 교육청에 매매가계약한 위 토지에 학교를 설립하는 계획에 대한 승인신청을 하였다. 부산광역시 교육청은 2001. 12. 19. 매매가계약한 위 토지가 개발제한구역 내에 있는 임야이므로 학교를 신축할 수 없다는 사유로 승인불가 통보를 하였다. 원고는 이후 2002. 5. 29., 같은 해 7. 19., 2003. 4. 7.에도 부산광역시 교육청에 학교설립계획 승인신청을 하였으나, 부산광역시 교육청은 매번 같은 이유로 승인불가 통보를 하였다.

(2) 한편, 원고는 승인불가 사유 중 임야 문제를 해결하기 위해 원고가 속해 있는 종단의 한일영농조합법인을 통하여 매매가계약한 토지 67,793㎡ 중 부산 기장읍 죽성리 859-1 임야 1,431㎡의 지목을 전으로 변경하였다.

(3) 부산광역시장은 2004. 5. 20. 원고가 매매가계약한 토지가 포함된 부산 기장읍 원전마을 일대를 개발제한구역 조정가능지역으로 하는 2020년 부산권광역도시계획을 공고하였고, 이에 원고는 2004. 7. 14. 다시 학교설립계획 승인신청을 하였다. 당시 원고가 학교설립계획부지로 신청한 토지의 면적은 10,009㎡이고, 그 신청토지는 위에서 지목변경한 전 1,431㎡과 대지 1,130㎡, 공장용지 7,448㎡로 구성되어 있었다. 부산광역시 교육청은 2004. 8. 24. 원고에게 학교설립계획부지의 개발제한구역 해제를 정지조건으로 하되 2007. 8. 20.까지 해제가 되지 않으면 효력을 상실한다는 내용의 학교설립계획 조건부 승인을 하였다.

(4) 원고는 위 조건부 승인을 통지받은 후 2004. 12. 31. 한일물산 주식회사와 매매가계약한 토지 67,793㎡ 중 위에서 지목변경한 전 1,431㎡를 제외한 이 사건 토지 66,362㎡에 관하여 매매계약을 체결하였는데, 이 사건 토지 중 학교설립계획부지가 차지하는 면적은 7,287㎡(= 부산 기장읍 죽성리 857-1 공장용지 44㎡ + 같은 리 858-1 공장용지 236㎡+ 같은 리 859 공장용지 1,714㎡ + 같은 리 860-1 대지 429㎡ + 같은 리 860-3 공장용지 4,864㎡)이다.

(5) 원고는 2005. 5. 5. 주식회사 한가람과 한일여고 도시관리계획결정용역계약을 체결하였고, 같은 해 10. 18. 주식회사 삼이종합건축사사무소와 한일여고 교사신축 설계용역계약을 체결하였다. 원고가 부산광역시에 제출한 도시관리계획(학교)결정신청은 부산광역시 도시계획위원회에서 가결되었으나, 건설교통부는 2006년도 부산광역시 개발제한구역관리계획(변경안)에 위 도시관리계획(학교)을 반영하는 것이 불가하다고 통보하였다. 이에 원고는 2007. 3.경 2011년 부산광역시 개발제한구역관리계획(변경안)에 위 도시관리계획(학교)을 반영하기 위해 도시관리계획(학교)을 변경하여 부산광역시에 제출하였으나, 부산광역시는 위에서 지목변경한 전 1,431㎡에 대한 적정성을 문제삼아2011년 부산광역시 개발제한구역관리계획(변경안)에 반영하지 않았다.

(6) 부산광역시 교육청은 2007. 9. 5. 원고에게 학교설립부지에 대하여 개발제한구역의 해제가 되지 않았으므로 학교설립계획 승인의 효력이 상실되었음을 통보하였고, 이 사건 토지를 포함한 부산 기장읍 원전마을 일대는 여전히 개발제한구역에서 해제되지 않았다.

(7) 원고는 2009. 1. 22. 부산광역시에 다시 도시관리계획(학교)을 제출하였고, 국토해양부는 2009. 12. 11. 도시계획시설(학교)결정이 포함된 2011년 부산광역시 개발제한구역관리계획(변경안)을 승인하였으며, 부산광역시는 2010. 2. 16. 도시관리계획(학교)결정이 가결되었음을 통보하였다. 이로 인하여 원고는 개발제한구역의 해제 없이도 학교를 설립할 수 있게 되었고, 현재 신축공사에 착공한 상태이다.

[인정근거] 갑 제5, 6, 8, 11 내지 32, 36, 38호증, 을 제3호증의 1 내지 3, 을 제4호증의 1, 2, 을 제5, 6호증, 을 제7호증의 1 내지 3, 을 제8, 9호증의 각 1, 2, 을 제10, 11호증, 을 제12호증의 1 내지 18, 을 제14호증의 1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

‘정당한 사유’의 판단 기준은 법령에 의한 금지·제한 등 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적 사유도 포함한다 할 것이고, 나아가 그 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 그 중과세의 입법취지를 충분히 고려하면서 당해 법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지 여부, 토지의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령·사실상의 장애사유와 장애 정도，당해 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부，행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것이기는 하나( 대법원 1996. 3. 12. 선고 95누18314 판결등 참조)，법인이 토지취득시에 이미 유예기간 내에 고유업무에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유가 있음을 알고 있었고，취득 후에 당해 토지를 고유업무에 사용하지 못한 것도 동일한 사유 때문이라면 취득 전에 존재한 외부적 사유가 충분히 해소 가능한 것이고 실제 그 해소를 위하여 노력하고 이를 해소하였는데도 예측치 못한 전혀 다른 사유로 고유업무에 사용하지 못하였다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 외부적 사유는 당해 토지를 고유업무에 사용하지 못한 정당한 사유가 될 수 없는 것이다( 대법원 2002. 4. 26. 선고 2000두10038 판결 등 참조).

위 인정사실과 다음과 같은 사정, 즉 원고는 이 사건 토지 매수 이전에도 학교설립계획 승인신청을 하였으나 부지가 개발제한구역에 위치하고 있다는 이유로 승인불가 통보를 받았으므로 이 사건 토지 지상에 학교를 설립할 수 없는 법령상의 장애가 있다는 것을 알고 있었던 점, 원고가 유예기간인 3년 이내에 이 사건 토지에 학교를 설립하지 못한 것은 이 사건 토지가 개발제한구역 내에 있기 때문인 점, 부산광역시는 2020년 부산권광역도시계획에서 이 사건 토지를 개발제한구역 조정가능지역으로 공고하여 이 사건 토지가 개발제한구역에서 해제되는 시기가 불확실함에도 원고는 위 공고가 있은 후 같은 해 이 사건 토지를 매수한 점, 원고는 유예기간 내에 도시관리계획결정용역계약과 교사신축 설계용역계약을 체결한 것 외에는 이 사건 토지를 그 목적 사업에 직접 사용하기 위한 일련의 절차를 하였다고 보기 어려운 점, 원고는 이 사건 토지를 학교설립계획부지로 사용하기 위해 매수하였다고 주장하나 부산광역시 교육청에 제출한 계획서를 보면 실제 이 사건 토지 중 7,287㎡만 학교설립계획부지로 사용됨에도 학교설립계획부지로 사용되는 토지의 9배가 넘는 면적의 이 사건 토지 66,362㎡를 매수한 점 등을 종합하면 원고가 이 사건 토지를 그 취득일로부터 3년 이내에 정하여진 업무에 사용하지 못한 것에 정당한 사유가 있다고 볼 수 없다. 원고의 주장은 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.