토지 매수 이전에도 학교설립계획 승인신청을 하였으나 부지가 개발제한구역에 위치하고 있다는 이유로 승인불가 통보를 받았으므로 토지 지상에 학교를 설립할 수 없는 법령상의 장애가 있다는 것을 알고 있었으므로 토지를 취득한날로부터 3년 이내에 정하여진 업무에 사용하지 못한 것에 정당한 사유가 있다고 볼 수 없으므로 취득세 등의 부과처분은 타당하다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 2004. 12. 31.

한일물산 주식회사와 부산

기장읍 죽성리 825 공장용지 1,550㎡ 외 17필지 66,362㎡(이하 ‘이 사건 토지’라고 한다)에 관하여 매매대금을 9,438,467,000원으로 하여 매매계약을 체결하고, 소유권이전등기를 경료하였다.

나. 원고는 피고에게 이 사건 토지의 취득이 학술사업을 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위하여 취득한 것에 해당하므로 취득세와 등록세 등 지방세 감면신청을 하였고, 피고는 위 신청에 따라 원고에게 이 사건 토지에 관하여 취득세와 등록세(농어촌특별세와 지방교육세 포함, 이하 같다) 등 지방세를 부과하지 않았다.

다. 피고는 2008. 7. 11. 원고가 유예기간인 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 이 사건 토지를 학술사업 용도에 직접 사용하지 않았다는 이유로 원고에게 취득세 259,267,100원과 등록세 418,592,220원의 합계 677,859,320원을 부과(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다)하였다.

라. 원고는 2008. 9. 17. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2009. 7. 13. 위 심판청구를 기각하였고, 원고는 2009. 7. 27. 피고에게 가산세를 포함한 취득세 301,268,200원과 가산세를 포함한 등록세 486,404,080원 합계 787,672,280원을 납부하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 갑 제2호증의 1, 2, 갑 제3호증, 갑 제4호증의 1, 2, 을 제1호증의 1, 2, 을 제2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 이 사건 토지를 취득한 이후 학교설립용지로 사용하기 위하여 다음과 같은 노력을 하였으므로 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 않은 경우에 해당하지 않는다.

① 원고는 시온종단이 위치하고 있는 부산 기장읍에 자립형 사립학교를 설립하기 위해 약 30,000,000,000원의 기금을 마련하였다.

② 원고는 이 사건 토지를 취득한 이후 2005. 5. 5. 주식회사 한가람과 한일여고 도시관리계획결정용역계약을 체결하였다.

③ 원고는 부산광역시에 도시관리계획(학교)결정을 신청하였고, 부산광역시 도시계획위원회는 2005. 6. 30. 원고가 제출한 도시관리계획(학교)을 원안대로 가결하였다.

④ 도시관리계획이 개발제한구역 관리계획에 반영되기 위하여는 건설교통부의 승인이 필요하기 때문에 원고는 2005. 7. 16. 건설교통부에 부산광역시 개발제한구역 내 학교설립계획을 문의하였으나 건설교통부는 2006년도 부산광역시 개발제한구역관리계획(변경안)에 위 도시관리계획(학교)을 반영하는 것은 불가하다고 통보하였다.

⑤ 원고는 2005. 10. 18.

주식회사 삼이종합건축사사무소와 한일여고 교사신축 설계용역계약을 체결하였다.

⑥ 원고는 2006. 10. 27.경 부산광역시 건설교통부 도시국과 2011년 부산광역시 개발제한구역관리계획에 위 도시관리계획(학교)을 반영하기로 협의하였다.

⑦ 원고는 2007. 4. 13. 부산광역시 기장군에 한일여고 도시계획시설(학교)사업 실시계획의 인가를 신청하였으나, 한일여고 도시계획시설(학교)사업 실시계획 신청은 같은 달 16. 반려되었다.

⑧ 원고는 개발제한구역 해제를 위하여 지구단위계획을 수립하였으나, 이 사건 토지 중앙을 흐르는 죽성천의 유로 변경 문제로 ‘죽성천 하천정비 기본계획(변경)’을 우선 추진하였다.

⑨ 이 사건 처분이 있은 후 국토해양부는 2009. 12. 11. 도시계획시설(학교)결정이 포함된 2011년 부산광역시 개발제한구역관리계획(변경안)을 승인하였고, 부산광역시는 2010. 2. 16. 원고에게 도시관리계획(학교)결정이 가결되었음을 통보하였다. 이로 인하여 원고는 개발제한구역의 해제 없이도 학교를 설립할 수 있게 되었고, 현재 신축공사에 착공한 상태이다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 인정사실

(1) 원고는 2001. 11.경

한일물산 주식회사와 이 사건 토지를 포함한 67,793㎡에 관하여 매매가계약을 체결하였고, 원고는 2001. 11. 16. 부산광역시 교육청에 매매가계약한 위 토지에 학교를 설립하는 계획에 대한 승인신청을 하였다. 부산광역시 교육청은 2001. 12. 19. 매매가계약한 위 토지가 개발제한구역 내에 있는 임야이므로 학교를 신축할 수 없다는 사유로 승인불가 통보를 하였다. 원고는 이후 2002. 5. 29., 같은 해 7. 19., 2003. 4. 7.에도 부산광역시 교육청에 학교설립계획 승인신청을 하였으나, 부산광역시 교육청은 매번 같은 이유로 승인불가 통보를 하였다.

(2) 한편, 원고는 승인불가 사유 중 임야 문제를 해결하기 위해 원고가 속해 있는 종단의 한일영농조합법인을 통하여 매매가계약한 토지

67,793㎡ 중 부산

기장읍 죽성리 859-1 임야 1,431㎡의 지목을 전으로 변경하였다.

(3)

부산광역시장은 2004. 5. 20. 원고가 매매가계약한 토지가 포함된 부산 기장읍 원전마을 일대를 개발제한구역 조정가능지역으로 하는 2020년 부산권광역도시계획을 공고하였고, 이에 원고는 2004. 7. 14. 다시 학교설립계획 승인신청을 하였다. 당시 원고가 학교설립계획부지로 신청한 토지의 면적은 10,009㎡이고, 그 신청토지는 위에서 지목변경한 전 1,431㎡과 대지 1,130㎡, 공장용지 7,448㎡로 구성되어 있었다. 부산광역시 교육청은 2004. 8. 24. 원고에게 학교설립계획부지의 개발제한구역 해제를 정지조건으로 하되 2007. 8. 20.까지 해제가 되지 않으면 효력을 상실한다는 내용의 학교설립계획 조건부 승인을 하였다.

(4) 원고는 위 조건부 승인을 통지받은 후 2004. 12. 31.

한일물산 주식회사와 매매가계약한 토지 67,793㎡ 중 위에서 지목변경한 전 1,431㎡를 제외한 이 사건 토지 66,362㎡에 관하여 매매계약을 체결하였는데, 이 사건 토지 중 학교설립계획부지가 차지하는 면적은 7,287㎡(= 부산

기장읍 죽성리 857-1 공장용지 44㎡ + 같은 리 858-1 공장용지 236㎡+ 같은 리 859 공장용지 1,714㎡ + 같은 리 860-1 대지 429㎡ + 같은 리 860-3 공장용지 4,864㎡)이다.

(5) 원고는 2005. 5. 5. 주식회사 한가람과 한일여고 도시관리계획결정용역계약을 체결하였고, 같은 해 10. 18.

주식회사 삼이종합건축사사무소와 한일여고 교사신축 설계용역계약을 체결하였다. 원고가 부산광역시에 제출한 도시관리계획(학교)결정신청은 부산광역시 도시계획위원회에서 가결되었으나, 건설교통부는 2006년도 부산광역시 개발제한구역관리계획(변경안)에 위 도시관리계획(학교)을 반영하는 것이 불가하다고 통보하였다. 이에 원고는 2007. 3.경 2011년 부산광역시 개발제한구역관리계획(변경안)에 위 도시관리계획(학교)을 반영하기 위해 도시관리계획(학교)을 변경하여 부산광역시에 제출하였으나, 부산광역시는 위에서 지목변경한 전 1,431㎡에 대한 적정성을 문제삼아2011년 부산광역시 개발제한구역관리계획(변경안)에 반영하지 않았다.

(6) 부산광역시 교육청은 2007. 9. 5. 원고에게 학교설립부지에 대하여 개발제한구역의 해제가 되지 않았으므로 학교설립계획 승인의 효력이 상실되었음을 통보하였고, 이 사건 토지를 포함한 부산 기장읍 원전마을 일대는 여전히 개발제한구역에서 해제되지 않았다.

(7) 원고는 2009. 1. 22. 부산광역시에 다시 도시관리계획(학교)을 제출하였고, 국토해양부는 2009. 12. 11. 도시계획시설(학교)결정이 포함된 2011년 부산광역시 개발제한구역관리계획(변경안)을 승인하였으며, 부산광역시는 2010. 2. 16. 도시관리계획(학교)결정이 가결되었음을 통보하였다. 이로 인하여 원고는 개발제한구역의 해제 없이도 학교를 설립할 수 있게 되었고, 현재 신축공사에 착공한 상태이다.

[인정근거] 갑 제5, 6, 8, 11 내지 32, 36, 38호증, 을 제3호증의 1 내지 3, 을 제4호증의 1, 2, 을 제5, 6호증, 을 제7호증의 1 내지 3, 을 제8, 9호증의 각 1, 2, 을 제10, 11호증, 을 제12호증의 1 내지 18, 을 제14호증의 1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

‘정당한 사유’의 판단 기준은 법령에 의한 금지·제한 등 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적 사유도 포함한다 할 것이고, 나아가 그 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 그 중과세의 입법취지를 충분히 고려하면서 당해 법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지 여부, 토지의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령·사실상의 장애사유와 장애 정도，당해 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부，행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것이기는 하나(

대법원 1996. 3. 12. 선고 95누18314 판결등 참조)，법인이 토지취득시에 이미 유예기간 내에 고유업무에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유가 있음을 알고 있었고，취득 후에 당해 토지를 고유업무에 사용하지 못한 것도 동일한 사유 때문이라면 취득 전에 존재한 외부적 사유가 충분히 해소 가능한 것이고 실제 그 해소를 위하여 노력하고 이를 해소하였는데도 예측치 못한 전혀 다른 사유로 고유업무에 사용하지 못하였다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 외부적 사유는 당해 토지를 고유업무에 사용하지 못한 정당한 사유가 될 수 없는 것이다(

대법원 2002. 4. 26. 선고 2000두10038 판결 등 참조).

위 인정사실과 다음과 같은 사정, 즉 원고는 이 사건 토지 매수 이전에도 학교설립계획 승인신청을 하였으나 부지가 개발제한구역에 위치하고 있다는 이유로 승인불가 통보를 받았으므로 이 사건 토지 지상에 학교를 설립할 수 없는 법령상의 장애가 있다는 것을 알고 있었던 점, 원고가 유예기간인 3년 이내에 이 사건 토지에 학교를 설립하지 못한 것은 이 사건 토지가 개발제한구역 내에 있기 때문인 점, 부산광역시는 2020년 부산권광역도시계획에서 이 사건 토지를 개발제한구역 조정가능지역으로 공고하여 이 사건 토지가 개발제한구역에서 해제되는 시기가 불확실함에도 원고는 위 공고가 있은 후 같은 해 이 사건 토지를 매수한 점, 원고는 유예기간 내에 도시관리계획결정용역계약과 교사신축 설계용역계약을 체결한 것 외에는 이 사건 토지를 그 목적 사업에 직접 사용하기 위한 일련의 절차를 하였다고 보기 어려운 점, 원고는 이 사건 토지를 학교설립계획부지로 사용하기 위해 매수하였다고 주장하나 부산광역시 교육청에 제출한 계획서를 보면 실제 이 사건 토지 중 7,287㎡만 학교설립계획부지로 사용됨에도 학교설립계획부지로 사용되는 토지의 9배가 넘는 면적의 이 사건 토지 66,362㎡를 매수한 점 등을 종합하면 원고가 이 사건 토지를 그 취득일로부터 3년 이내에 정하여진 업무에 사용하지 못한 것에 정당한 사유가 있다고 볼 수 없다. 원고의 주장은 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.