1. 제1심판결의 인용

이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 이유는 제1심판결의 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

2. 결 론

그렇다면, 제1심판결은 정당하므로 피고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

【하급심-전주지방법원 2012. 6. 19. 선고 2012구합642 판결요약】

동일한 과세대상에 대하여 조세를 감면할 근거규정이 둘 이상 존재하는 경우에 어느 하나의 감면규정에 정한 감면요건이 충족되고 그 규정에 따른 감면에 대해서는 추징규정이 없거나 추징사유가 발생하지 아니하였다면 나머지 다른 감면규정에 부속된 추징사유가 발생하여 그 규정에 따른 추징처분은 가능하게 되었다고 하더라도 원래의 감면사유가 여전히 존재하는 이상 추징처분을 하는 것은 허용되지 않는다고 할 것인바( 대법원 2012. 1. 27. 선고 2010두26414 판결 참조), 앞서 본 바와 같이 원고의 ‘이 사건 건물의 취득’이라는 과세대상과 관련하여 여전히 지방세법 제276조 제1항에서 정한 취득세, 등록세의 감면요건이 충족되고 그 규정에 따른 감면에 대해서는 추징사유가 발생하지 아니한 이상, 다른 감면규정인 조세특례법 제119조 제3항 및 제120조 제3항에 부속된 추징사유가 발생하였다는 이유만으로 그에 따른 추징을 하는 것은 위법하다고 할 것이다. 이와 관련하여 피고는, 원고가 당초 지방세법상의 감면규정에 따른 취득세 및 등록세의 면제를 받으면서 피고에게 납부하였던 농어촌특별세를 2008. 9. 26. 도로 반환받아 간 이상, 원고는 이 사건 건물 취득과 관련하여 더 이상 지방세법 제276조 제1항이 아닌 조세특례제한법 제119조 제3항, 제120조 제3항만을 적용받게 되는 것이라고 주장하나, 원고는 명시적으로 조세특례제한법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22037호로 개정되기 전의 것) 제116조 제12항에 따른 감면신청을 한 적이 없을 뿐만 아니라, 단지 피고가 원고의 세입과오납금환부청구서를 선해하여 직권으로 그 감면의 범위에 있어 원고에게 더 유리하다고 보이는 조세특례제한법 소정의 감면규정을 적용하여 농어촌특별세를 반환하여 주었다는 사정만으로 지방세법 소정의 감면규정의 적용이 배제된다고 할 수도 없다. 따라서, 이 사건 각 처분 중 원고가 여전히 지방세법 제276조 제1항에 의하여 면제받을 수 있고 그 추징사유가 발생하지 아니한 취득세, 등록세 및 지방교육세2)2) 납부할 등록세액에 100분의 20의 세율을 곱한 금액이 부과된다( 지방세법 제260조의 2, 3). 에 대하여 이를 추징하는 부분은 위법하므로, 취소되어야 한다.3) 다만, 위 지방세법 소정의 감면규정에 의하면 원고로서는 감면되는 취득세 및 등록세의 각 100분의 20에 해당하는 금액을 농어촌특별세로 납부하여야 할 것인바(원고가 2008. 9. 26. 피고로부터 기 납부한 농어촌특별세를 환부받음으로써 결국 납부하지 않은 결과가 되었다), 이 사건 각 처분 중 농어촌특별세 2,027,340원을 부과하는 부분은 원고가 납부하여야 할 농어촌 특별세 392만 원 및 이에 대한 가산세의 금액 범위 내에 있다고 보이므로 이 부분은 취소하지 아니한다.