창업중소기업이 창업일부터 2년 이내에 취득하는 사업용재산 등기에 대해서 취득세와 등록세를 면제하나, 취득일부터 2년 이내에 정당한 사유 없이 사업에 직접 사용하지 않는 등에 해당하는 경우에는 면제받은 세액을 추징하는바, 공장용 부동산을 취득하여 중소기업자에게 임대하는 것 역시 산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용하는 것으로 평가되므로 취득세등을 추징한 처분은 취소되어야 한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 2006. 12. 26. 제관ㆍ배관ㆍ전선부품ㆍ전기부품ㆍ기계부품 제조ㆍ판매업 및 임가공업 등을 목적으로 설립된 법인이다.

나. 원고의 대표이사였던

박상의(2011. 10. 12. 대표이사 사임)는

전주과학산업단지 내에 냉동기부품 제조공장을 신축하고자

한국토지공사로부터 위 산업단지 내에 소재한 전북

완주군 봉동읍 둔산리 868-13 공장용지 3,305㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 매수하여 2006. 11. 20. 이 사건 토지에 대한 소유권이전등기를 마쳤고, 원고는 이 사건 토지 지상에 건축면적 1,200㎡, 연면적 1,368㎡의 2층 공장건물 1동(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)을 신축하여 2007. 1. 23. 사용승인을 받은 뒤, 2007. 3. 22. 자신 명의로 소유권보존등기를 마쳤다.

다. 원고는 위와 같이 이 사건 건물을 취득하면서 피고로부터

지방세법(2010. 1. 1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제276조(산업단지 등에 대한 감면) 제1항에 의하여 취득세 1,400만 원 및 등록세 560만 원(지방교육세 포함)을 면제받는 한편, 2007. 2. 15.

농어촌특별세법(2010. 12. 30. 법률 제10422호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제5조 제1항 제1호에 따라 피고에게 위와 같이 감면받은 취득세 및 등록세액의 100분의 20에 해당하는 농어촌특별세 392만 원(= 280만 원 + 112만 원)을 납부하였다.

라. 그런데 원고는 2008. 9.경 피고에게 위 다.항과 같이 기 납부한 농어촌특별세 392만 원을 환부하여 달라는 취지의 ‘세입과오납금환부청구서’를 제출하였고, 이에 피고는 원고가 이 사건 건물의 취득과 관련한 세금 감면사유를 종전

지방세법 제276조(산업단지 등에 대한 감면) 제1항에 의한 감면에서

조세특례제한법 제119조 제3항 제1호 및

제120조 제3항에 의한 세금감면(창업중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일로부터 2년 이내에 취득하는 사업용재산에 대한 등록세 및 취득세의 면제등)1)1) 위 각 규정에 의하여 등록세 및 취득세가 면제되는 경우에는, 위 지방세법 규정에 의한 감면과 달리 농어촌특별세법 제4조 제3항에 따라 농어촌특별세도 부과되지 않는다.

으로 변경하여 달라는 신청을 한 것으로 보아 2008. 9. 26. 원고에게 위 농어촌특별세 기납부액 392만 원에 환부이자를 더한 합계 4,212,820원을 반환하였다.

마. 이후 원고는 2008. 10. 1.경 이 사건 건물 중 일부(면적 1,032㎡)를 주식회사

나우테크(이하 ‘

나우테크’라 한다)에 임대하고 이 사건 건물 내 원고의 사업장을 폐쇄하였으며, 2009. 11. 3. 이 사건 건물 전체를

나우테크에 매도한 뒤, 같은 달 6. 그 소유권이전등기를 경료하여 주었는데, 피고는 위와 같은 원고의 행위가

조세특례제한법(2007. 12. 31. 법률 제8827호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제119조 제3항 단서 및

제120조 제3항 단서에 각 규정된 ‘등기일 또는 취득일로부터 2년 이내에 당해 재산을 정당한 사유 없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용·처분(임대를 포함)한 경우 또는 정당한 사유 없이 최초 사용일부터 2년간 당해 사업에 직접 사용하지 아니하고 다른 목적으로 사용하거나 처분한 경우’로서 면제받은 세액을 추징할 사유에 해당한다는 이유로, 2011. 3. 10. 원고에 대하여 이 사건 건물에 대한 취득세 20,273,400원(가산세 6,273,400원 포함), 농어촌특별세 2,027,340원(가산세 627,340원 포함), 등록세 8,109,360원(가산세 2,509,360원 포함), 지방교육세 1,509,870원(가산세 389,870원 포함)을 각 부과하였다(이하 ‘이 사건 각 처분’이라 한다).

【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제1, 3호증, 갑 제5호증의 1, 2, 갑 제6, 10호증, 갑 제11호증의 12, 을 제1, 3, 4, 6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

피고는 원고가 이 사건 건물의 등기ㆍ취득일 내지 최초 사용일로부터 2년 이내에 그 중 일부를

나우테크에 임대한 것이

조세특례제한법 제119조 제3항 단서 및

제120조 제3항 단서에서 정한 추징사유에 해당한다는 이유로 이 사건 처분을 하였으나, 당초 원고는 이 사건 건물의 취득과 관련하여

지방세법 제276조(산업단지 등에 대한 감면) 제1항의 감면규정이 적용됨을 전제로 하여 농어촌특별세 392만 원을 자진납부하였는데, 이후 피고가 직권으로

조세특례제한법 제119조 제3항 제1호 및

제120조 제3항 소정의 창업중소기업에 대한 감면규정을 적용함으로써 농어촌특별세법 제4조 제3항에 따라 원고가 기 납부한 농어촌특별세를 환부하여 주었던 것인바, 원고가 적용한 위 지방세법 규정에 의하면 원고가 경영상의 어려움을 해소하기 위해 어쩔 수 없이 이 사건 건물의 일부를

나우테크에 임대한 것은 감면된 세액의 추징사유에 해당되지 않음에도, 위와 같이 피고가 직권으로 적용한 조세특례법 소정의 추징규정을 적용하여 원고가 감면받은 세액 전부를 환수토록 한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

1)

지방세법 제276조 제1항 본문은, 산업입지 및 개발에 관한 법률에 의하여 지정된 산업단지 등 안에서 산업용 건축물 등을 신축하거나 증축하고자 하는 자(공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하고자 하는 자를 포함한다)가 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다고 규정하면서, 그 단서에 사용일부터 2년 이상 산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용하지 아니하고 매각(당해 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우를 제외한다)하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세·등록세를 추징한다고 규정하고 있고,

조세특례제한법 제119조 제3항 본문 및

제120조 제3항 본문은, 창업중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일부터 2년 이내에 취득하는 사업용재산 및 그에 관한 등기에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다고 규정하면서, 그 단서에 취득일 또는 등기일부터 2년 이내에 당해 재산을 정당한 사유 없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용·처분(임대를 포함한다)하는 경우 또는 정당한 사유 없이 최초 사용일부터 2년간 당해 사업에 직접 사용하지 아니하고 다른 목적으로 사용하거나 처분하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다고 규정하고 있다.

위 각 규정에 비추어 이 사건에 관하여 살피건대, 갑 제1, 6호증, 을 제4호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 2006. 12. 26. 기계부품 제조 등을 목적으로 설립된 중소기업으로서 2007. 1. 23.경

전주과학산업단지 내에 소재한 이 사건 토지 지상에 냉동기부품 제조공장 용도의 이 사건 건물을 신축한 뒤 같은 해 3. 22. 그 소유권보존등기를 마친 사실, 이후 원고는 2008. 10. 1.경 자동차부품제조업 등을 영위하는 중소기업인

나우테크에 이 사건 건물을 임대하고 이 사건 건물 내 원고의 사업장은 폐쇄한 사실이 인정되는바, 위 인정사실에 의하면, 원고의 이 사건 건물 취득은

위 지방세법 제276조 제1항,

조세특례제한법 제119조 제3항 제1호 및

제120조 제3항 소정의 각 면제요건을 모두 충족하고 있으며, 다만 원고가 이 사건 건물 중 일부를 그 취득일, 등기일 또는 최초 사용일부터 2년 이내에

나우테크에 임대한 행위는 위 지방세법 규정에 의하면 감면세액의 추징사유에 해당하지 아니하나(위 규정에 의하면 공장용 부동산을 취득하여 중소기업자에게 임대하는 것 역시 산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용하는 것으로 평가된다), 앞서 본 조세특례제한법 규정에 의하면 그 정당한 사유가 인정되지 않는 한 면제받은 세액을 추징할 사유에 해당한다고 할 것이다.

2) 그런데, 동일한 과세대상에 대하여 조세를 감면할 근거규정이 둘 이상 존재하는 경우에 어느 하나의 감면규정에 정한 감면요건이 충족되고 그 규정에 따른 감면에 대해서는 추징규정이 없거나 추징사유가 발생하지 아니하였다면 나머지 다른 감면규정에 부속된 추징사유가 발생하여 그 규정에 따른 추징처분은 가능하게 되었다고 하더라도 원래의 감면사유가 여전히 존재하는 이상 추징처분을 하는 것은 허용되지 않는다고 할 것인바(

대법원 2012. 1. 27. 선고 2010두26414 판결 참조), 앞서 본 바와 같이 원고의 ‘이 사건 건물의 취득’이라는 과세대상과 관련하여 여전히

지방세법 제276조 제1항에서 정한 취득세, 등록세의 감면요건이 충족되고 그 규정에 따른 감면에 대해서는 추징사유가 발생하지 아니한 이상, 다른 감면규정인

조세특례법 제119조 제3항 및

제120조 제3항에 부속된 추징사유가 발생하였다는 이유만으로 그에 따른 추징을 하는 것은 위법하다고 할 것이다.

이와 관련하여 피고는, 원고가 당초 지방세법상의 감면규정에 따른 취득세 및 등록세의 면제를 받으면서 피고에게 납부하였던 농어촌특별세를 2008. 9. 26. 도로 반환받아 간 이상, 원고는 이 사건 건물 취득과 관련하여 더이상

지방세법 제276조 제1항이 아닌

조세특례제한법 제119조 제3항,

제120조 제3항만을 적용받게 되는 것이라고 주장하나, 원고는 명시적으로

조세특례제한법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22037호로 개정되기 전의 것) 제116조 제12항에 따른 감면신청을 한 적이 없을 뿐만 아니라, 단지 피고가 원고의 세입과오납금환부청구서를 선해하여 직권으로 그 감면의 범위에 있어 원고에게 더 유리하다고 보이는 조세특례제한법 소정의 감면규정을 적용하여 농어촌특별세를 반환하여 주었다는 사정만으로 지방세법 소정의 감면규정의 적용이 배제된다고 할 수도 없다.

따라서, 이 사건 각 처분 중 원고가 여전히

지방세법 제276조 제1항에 의하여 면제받을 수 있고 그 추징사유가 발생하지 아니한 취득세, 등록세 및 지방교육세2)2) 납부할 등록세액에 100분의 20의 세율을 곱한 금액이 부과된다(

지방세법 제260조의 2, 3).

에 대하여 이를 추징하는 부분은 위법하므로, 취소되어야 한다.

3) 다만, 위 지방세법 소정의 감면규정에 의하면 원고로서는 감면되는 취득세 및 등록세의 각 100분의 20에 해당하는 금액을 농어촌특별세로 납부하여야 할 것인바(원고가 2008. 9. 26. 피고로부터 기 납부한 농어촌특별세를 환부받음으로써 결국 납부하지 않은 결과가 되었다), 이 사건 각 처분 중 농어촌특별세 2,027,340원을 부과하는 부분은 원고가 납부하여야 할 농어촌 특별세 392만 원 및 이에 대한 가산세의 금액 범위 내에 있다고 보이므로 이 부분은 취소하지 아니한다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.