1. 처분의 경위

다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1, 4, 5호증, 갑 제7호증의 1, 2, 3, 제8, 13호증, 을 제1, 2호증의 각 1, 2, 제3호증의 1 내지 4의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하여 인정할 수 있고, 반증이 없다.

가. 원고 회사는 체육시설업 및 의약품제조에 관한 사업, 공중위생업 및 식품위생법에 관한 사업, 주차장업, 폐차장업 및 부동산에 관한 사업, 위 각 사업에 부대하는 일체의 사업 등을 목적으로 하는 법인으로서, 1996. 9. 5. 소외 ○○○ 등으로부터 경주시 ○○○동 341-1대 1,834㎡, 같은 동 341-2 대 209㎡, 같은 동 341-19 대 301㎡ 등 합계 2,344㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)와 위 341-1 지상 건물 6동 합계 494.88㎡를 매수하여 원고 명의로 소유권이전등기를 마쳤다.

나. 원고 회사는 1997. 4. 15.경부터 이 사건 토지 중 341-1 토지상에 있던 기존 건물 3동에 대한 증개축공사를 시작하여, 1997. 9. 13. 이를 완공한 후 피고로부터 연면적 438.02㎡의 근린생활시설(일반음식점 및 한의원, 이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)의 사용승인을 받았다.

다. 피고는 이 사건 건물의 부속토지인 이 사건 토지가 이 사건 건물의 바닥면적 438.02㎡에 그 용도지역인 상업지역에 적용하는 배율인 3배를 곱한 면적인 1,314.06㎡를 1,029.94㎡(이하 ‘이 사건 쟁점토지’라 한다) 초과할 뿐만 아니라, 이 사건 쟁점토지를 취득일로부터 1년 이내에 고유업무에 직접 사용하지 아니함으로써 별지 2. 구 지방세법시행령(이하 ‘시행령’이라고만 한다) 제84조의4 제1항 제1호, 제3항 제5호 소정의 비업무용토지에 해당한다고 보아, 이 사건 토지의 취득가액 10억 5,200만원에서 이 사건 토지 중 위 초과면적이 차지하는 비율을 안분한 462,242,695원을 과세표준으로 삼아, 2000. 12. 15. 원고 회사에게 취득세 72,109,860원, 농어촌특별세 6,610,060원을 부과고지하는 이 사건 처분을 하였다.

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

피고는 위 처분사유 및 관계 법령을 들어 이 사건 처분이 적법하다고 주장하고, 이에 대하여 원고 회사는, ① 이 사건 쟁점토지는 이 사건 건물의 효용과 편익을 위해서가 아니라 그와는 별개로 원고 회사의 고유업무인 주차장업에 사용하기 위하여 이 사건 쟁점토지상에 노외주차장을 설치하여 이를 사용하고 있으므로 이 사건 건물의 부속토지로 볼 수 없고, 따라서 시행령 제84조의4 제3항 제5호 소정의 비업무용토지에 해당되지 아니하고, ② 또한 원고 회사가 이 사건 쟁점토지상에 노외주차장을 설치하기 위하여 1996. 10. 26. 그 지상에 있던 노후건물을 철거한 후 멸실신고를 하고 1997. 4. 15.경부터 건물개축공사 및 주차장설치공사를 시작하여 1997. 7. 1.경부터 소외 ○○○에게 주차장의 관리를 맡김으로써, 이 사건 쟁점토지를 취득일로부터 1년 이내의 유예기간 내에 원고 회사의 고유업무에 직접 사용하였으므로 시행령 제84조의4 제1항 제1호 소정의 비업무용토지에도 해당되지 아니하여 이 사건 처분은 위법하다고 주장한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제9, 10, 14, 15호증, 제16호증의 1 내지 4, 제17호증, 제19호증의 1, 2, 3, 제20호증의 1, 2, 을 제4, 5, 6, 7호증, 제8호증의 1 내지 6, 제10호증의 1, 2, 3, 제13호증의 1 내지 11, 제16호증의 1, 2, 3,제17호증의 1 내지 5, 제18호증, 제19호증의 1, 2, 제25호증, 제27호증의 1 내지 7의 각 기재, 증인 ○○○, ○○○의 각 증언에 변론의 전취지를 종합하여 인정할 수 있고, 반증이 없다.

(1) 원고 회사는 1996. 9. 5. 이 사건 토지를 취득한 후, 1996. 10. 26. 이 사건 쟁점토지상의 기존 건물 3동 면적 합계 56.86㎡를 철거하여 멸실신고를 하고, 1997. 4. 14. 피고로부터 이 사건 토지 중 341-1 토지상의 이 사건 건물에 대한 건축허가를 받아, 1997. 4. 15.경부터 이 사건 건물에 대한 증개축공사와 철거된 건물 3동이 위치한 부분과 이전에 마당으로 사용하던 부분을 합한 이 사건 쟁점토지상에 노외주차장을 설치하기 위하여 아스팔트 포장공사 등을 시작하여, 1997. 9. 13. 위 각 공사를 완료한 후 피고로부터 이 사건 건물에 대한 사용승인을 받았다.

(2) ○○○는 원고 회사에게 매월 임료를 지급하기로 하고 원고 회사로부터 위 노외주차장에 대한 관리를 위탁받아, 1998. 3. 27. 피고에게 ‘○○○주차장’(이하 ‘이 사건 주차장’이라 한다)이라는 상호로 노외주차장신고를 한 후 1998. 12.경까지 이를 운영하다가 그만두었고, 이에 원고 회사는 1998. 12. 24. 자신의 명의로 이 사건 주차장의 관리자변경신고를 한 후 1999. 5. 17.경 소외 ○○○에게 다시 임대하였으며, 한편 원고 회사의 1997년도 회계장부상에는 이 사건 주차장의 임대료수입으로 60만원이 기장되어 있다.

(3) 소외 ○○○는 1998. 9. 2.경 원고 회사로부터 이 사건 건물 중 식당 부분을 임차하여 ‘○○○’이라는 상호로 식당을 운영하였고, 그 후 소외 ○○○가 2001. 5. 1.경부터 원고 회사로부터 위 식당을 임차하여 ‘○○○’라는 상호로 식당을 운영하고 있다.

라. 판단

(1) 시행령 제84조의4 제3항 제5호 소정의 비업무용토지에 해당하는지 여부

시행령 제84조의4 제3항 제5호에 의하면, 지상정착물의 부속토지로서 그 지상정착물의 바닥면적에 용도지역별 적용배율(상업지역의 경우 3배)을 곱하여 산정한 면적을 초과하는 토지 부분은 비업무용토지로 본다라는 취지로 규정하고 있는바, 위 법조 소정의 지상정착물의 부속토지란 지상정착물의 효용과 편익를 위해 사용되고 있는 토지를 말하고, 부속토지인지 여부는 필지 수나 공부상의 기재와 관계 없이 토지의 이용현황에 따라 객관적으로 결정되는 것이므로, 여러 필지의 토지가 하나의 지상정착물의 부속토지가 될 수 있는 반면, 1필지의 토지라도 그 일부가 지상정착물의 효용과 편익을 위해서가 아니라 명백히 별도의 용도로 사용되고 있는 경우에는 그 부분은 지상정착물의 부속토지라고 볼 수 없다 할 것이며( 대법원 1995. 11. 21. 선고 95누3312 판결 참조), 위와 같은 부속토지는 지상정착물이 업무용으로 사용되어지는 한 원칙적으로 고유업무에 직접 사용한다고 보아 비업무용토지에서 제외되어야 할 것이고 다만 일정한 기준면적을 초과하는 경우에는 고유업무에 직접 사용한다고 하더라도 법인의 비업무용토지로 보아야 할 것이다.

위 인정사실에 의하면, 원고 회사는 주차장업, 부동산에 관한 사업 등을 목적사업으로 하는 법인으로서 1996. 9. 5. 한방병원, 진입로, 주차장 등으로 사용하기 위해 이 사건 쟁점토지를 포함한 이 사건 토지와 그 지상 건물을 취득하여 그 지상 건물은 이를 증개축하여 식당 등으로, 이 사건 쟁점토지는 1997. 10.경부터 이 사건 주차장으로 사용하고 있으므로(이 사건 쟁점토지의 면적은 1,029.94㎡로 이 사건 주차장의 신고면적 1,020㎡과는 9.94㎡ 정도 차이가 있으나 전체적으로 볼 때 위 9.94㎡도 이 사건 주차장으로 사용되고 있다고 볼 것이다), 이 사건 쟁점토지 부분은 이 사건 건물의 부속토지라 할 수 없고 따라서 시행령 제84조의4 제3항 제5호 소정의 비업무용토지에 해당되지 아니한다고 할 것이다.

(2) 시행령 제84조의4 제1항 제1호 소정의 비업무용토지에 해당하는지 여부

시행령 제84조의4 제1항 제1호에 의하면, 법인이 토지를 취득한 날로부터 1년의 유예기간 내에 정당한 사유 없이 당해 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 토지는 비업무용토지로 보되, 다만 건축공사중에는 고유업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는 것으로 보고 정당한 사유 없이 건축공사를 중단한 기간을 합한 기간이 1년을 초과하는 경우에는 그러하지 아니하다는 취지로 규정하고 있다.

위 인정사실에 의하면, 원고 회사가 이 사건 쟁점토지상에 이 사건 주차장을 설치하기 위하여 1996. 10. 26. 이 사건 쟁점토지상의 기존 건물 3동을 철거하고 멸실신고를 한 점, 원고 회사가 1997. 4. 15.경부터 이 사건 주차장에 연접한 이 사건 건물에 대한 증개축공사를 한 점, 원고 회사의 1997년도 회계장부상 이 사건 주차장에 대한 임대료수입으로 3개월분인 60만원이 기장되어 있는 점 등에 비추어 보면, 원고 회사가 유예기간 내인 1996. 10. 26.경부터 이 사건 주차장의 설치를 위한 건물철거공사에 착수하여 1997. 9. 13.경까지 이를 완성하였다고 할 것이므로, 원고 회사가 이 사건 쟁점토지상에 유예기간 내에 건물철거 등 주차장 설치공사에 착공함으로써 고유업무에 직접 사용하지 못한데에 정당한 사유가 있다고 할 것이고, 더욱이 시행령 제84조의4 제1항 제1호 소정의 ‘정당한 사유’라 함은 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함한다고 할 것이고, 그 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 그 중과세의 입법취지를 충분히 고려하면서 토지의 취득목적에 비추어 고유업무에 사용하는 데 소요되는 준비기간의 장단, 고유업무에 사용할 수 없는 법령상사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 유예기간 경과 후의 토지의 이용현황 등을 아울러 참작하여야 할 것인바, 원고 회사가 유예기간 경과일로부터 불과 1개월여가 지난 1997. 10.경부터 이 사건 쟁점토지상에서 이 사건 주차장을 운영함으로써 원고 회사의 고유업무에 직접 사용한 점 등에 비추어 보면 위 시행령 소정의 정당한 사유가 있다고 할 것이므로, 이 사건 쟁점토지는 시행령 제84조의4 제1항 제1호 소정의 비업무용토지에도 해당되지 아니한다 할 것이다.

3. 결론

그렇다면, 이 사건 처분은 위법하므로 원고 회사의 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.