건물들은 모두 종교를 목적으로 하는 비영리사업자가 종교사업에 사용하기 위하여 취득하였고, 실제로 취득일 또는 등기일로부터 3년 이내에 그 용도에 직접 사용하고 있는 부동산에 해당하여 취득세, 등록세 등의 비과세 대상이라 할 것이므로 부과처분은 취소되어야 한다.

1. 기초사실

가.

정읍시 하모동 27-1,

30-1,

34-7 지상 철근콘크리트조 경량철골트러스지붕 지하 3층, 지상 7층 문화 및 집회시설(종교집회장) 6,549.98㎡, 철근콘크리트조 스라브지붕 3층 사택 736.92㎡(이하 ‘이 사건 건물들��이라 한다)는 2002. 5. 7. 그 용도를 예배실, 교육관 등으로 하여 사용승인이 되고, 2002. 9. 30. 원고 명의로 소유권보존등기가 경료되었다.

나. 피고는, 원고가 이 사건 건물들의 취득에 따른 취득세를 신고납부하지 않자, 2002. 9. 2. 원고에 대하여 취득세 130,103,350원, 농어촌특별세 11,926,130원을 부과ㆍ고지하였으며, 원고는 같은 달 30. 등록세 47,216,800원, 지방교육세 9,443,360원을 각 신고ㆍ납부하였다(

지방세법 72조 1항에 의하면, 신고ㆍ납부 방식의 지방세의 경우 신고ㆍ납부한 때에 처분이 있었던 것으로 보므로 이하 위 취득세, 농어촌특별세등록세, 등록세, 지방교육세의 각 신고ㆍ납부 및 부과ㆍ고지를 모두 합하여 ‘이 사건 처분��이라 한다).

[인정 근거 : 다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 갑제5호증의 1, 2, 갑 제6호증의 2, 갑 제7호증의 2, 변론 전체의 취지]

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

(1) 원고의 주장

원고는 종교단체인 ‘대한예수교장로회

정읍성광교회’와 실질적으로 동일한 단체이고, 이 사건 건물들은 위 교회의 수입으로 건설비용 등을 마련하여 건축된 것으로서 위 교회가 원시취득한 재산이며, 원고는 위 교회와 형식상으로는 별개 단체이나 실질적으로는 동일한 하나의 단체이고, 그 규약상 목적, 조직 및 제도, 재정 및 재산 등이 모두 종교를 목적으로 하는 종교단체임이 분명하므로

지방세법 제107조 제1호 등에 의하여 취득세 등이 면제되어야 함에도 불구하고 피고가 원고에 대하여 취득세 등을 부과한 이 사건 처분은 실질과세원칙에 위반하여 위법하다.

(2) 피고의 주장

원고는 위 교회의 신도 일부를 구성원으로 하는 임의단체로서 등록시에도 9자리 숫자를 가진 기타단체(등록번호 3514-00313)로 등록된 점, 원고와는 별개의 종교단체인 정읍성광교회가 이 사건 건물에 대한 건축허가와 임시사용승인을 받는 등 종교단체로 엄연히 활동하고 있는 점 등에 비추어 볼 때 원고는 지방세법상 취득세 등이 면제되는 비영리사업자에 해당하지 아니하고, 또한 이 사건 건물들 중 사택은 종교사업에 직접 사용되는 부동산이 아니며, 원고 명의의 위 소유권보존등기는 부동산실권리자명의등기에관한법률에 위반한 명의신탁행위로서 허용되지 아니하므로 이 사건 처분은 적법하다.

나. 관련법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

(1) 대한예수교장로회

정읍성광교회(이하 ‘정읍성광교회’라 한다)는 1946. 10. 10.경 설립되어

정읍시 연지동 50-6 대 1808㎡ 및 그 지상에 3동의 건물을 소유하여 이를 종교시설로 사용하여 왔는데 위 대지가 너무 좁고 건물이 노후되자 새로운 교회건물을 짓기 위하여 1995년경 이 사건 건물들의 부지를 매수하게 되었다.

(2) 그런데 위 교회가 이 사건 건물들의 부지들을 매수할 당시 지목이 농지라는 이유로 교회 명의로 등기할 수 없다는 문제가 있었고, 또 위 부지를 교회 이름으로 등기하면 교회법에 따라 교단총회 유지재단의 소유로 편입되므로 이를 피하기 위하여 당시 담임목사인

김도빈 및 정읍성광교회의 집사인

김종훈,

안영순 및 장로

김관옥 등은 서류상으로 정읍성광교회 신도회(이하 원고라고 한다)를 만들어 등록번호(3514-00313)를 부여받고, 1995. 6. 22. 위 부지들에 관하여 원고 앞으로 소유권이전등기를 경료하였다.

그런데 원고가 부여받은 등록번호등록증명서에는 유의사항으로 ‘이 증명서는 단체의 실체를 증명하는 서류가 아니라 단체의 등록번호를 증명하는 서면이므로 부동산등기신청용으로만 사용할 수 있다’고 기재되어 있다.

(3) 원고의 규약상 명칭이 ‘대한예수교장로회

정읍성광교회’에서 ‘

정읍성광교회 신도회’로 바뀌고, 시행일에 관하여 ‘1996. 1. 1.부터 시행한다’고 규정되어 있을 뿐 그 목적에 관하여 ‘본교회 목적은 예수 그리스도의 복음을 전파하여 택한 백성을 구원하고 웨스트민스터 신앙고백과 칼빈주의 교회정치로서 신도의 거룩한 생활을 통하여 하나님을 영화롭게 하여 재림하실 주님을 맞이함에 있다’, 그 구성원에 대하여 ‘공동의회는 흠없는 세례교인으로 조직한다’, 당회에 대하여 ‘담임목사가 당회의 회장이 된다’고 규정되어 있는 등 위 교회의 규약과 완전히 같은 내용으로 이루어져 있다.

(4) 원고는 위와 같이 조직된 이래 위 교회부지들 및 이 사건 건물들에 관하여 원고 앞으로 소유권이전등기를 경료한 외 어떤 모임을 갖거나 위 교회와 별도로 활동을 한 바는 없다.

(5) 위 교회는 1996. 8. 5. 건축주를 ‘대한예수교장로회

정읍성광교회’로 하여 건축허가를 받은 후 이 사건 건물들을 건축하게 되었는바, 그 건축공사 도급계약은 위 교회 명의로 작성되었고, 계약서상의 공사명도 ‘

정읍성광교회 예배당 신축공사’로 기재되었으며, 건축에 필요한 자금은 모두 위 교회의 재산 및 위 교회의 신자들로부터의 교회건축헌금으로 조달되어 위 교회 이름으로 지출되었고, 건축회사도 위 교회 앞으로 영수증을 작성하여 주었다.

(6) 그런데 이 사건 건물들의 부지들이 원고 앞으로 등기되어 있는 반면 건축주 명의는 ‘정읍성광교회’로 되어 있어 이를 일치시킬 필요성이 대두되어 2001. 10. 18. 건축주 명의가 원고로 바뀌게 되었고, 한편 2002. 5. 9. 이 사건 건물들의 부지는 종교용지로 지목이 변경되었다.

(7) 위 교회에는 담임목사 1인 및 담임목사를 보좌하여 예배, 성경공부, 선교 등 종교활동을 담당하는 부목사 4인, 전도사 3인, 사찰집사 1인, 선교사 등이 있는데 이 사건 건물들 중 사택은 그들의 주택으로 사용되고 있는 한편 3층의 연결통로를 통하여 교회의 본 건물과 연결되어 있어 왕래가 가능하고, 모든 신도들에게 개방되어 있어 그곳에서 신앙상담, 소규모 집회활동, 신앙교육, 교회관리 등도 이루어지고 있다.

(8) 위 교회는 국제통화기금(IMF) 구조금융사태 등으로 인해 재정적으로 심한 어려움을 겪은 끝에 이 사건 건물들을 완공하기는 하였으나 공사대금채무 등 약 20억원 상당의 부채를 지게 되어 2002. 9. 30. 위에서 본 바와 같이 이 사건 건물들에 관하여 원고 앞으로 소유권보존등기를 경료하는 한편 같은 날 이 사건 건물들 및 부지들을 담보로 위 교회를 채무자로 하여 농업협동조합중앙회로부터 금 20억 원을 대출받아 공사대금채무를 변제하였고, 이후 위 교회의 신도들로부터 받은 헌금으로 위 대출금채무를 변제해 나가고 있다.

(9)

정읍성광교회는 이 사건 소송이 계속중이던 2004. 7. 4. 공동의회를 열어 이 사건 건물들 및 그 부지들을 포함한 원고 명의의 부동산을 원고 명의에서 위 교회 명의로 변경하기로 결의하고, 2004. 9. 21. 위 건물들 및 부지에 관하여 같은 달 17. 증여를 원인으로 원고로부터 위 교회 앞으로 소유권이전등기를 경료하였다.

(10) 이 사건 건물들의 대지들이 1995. 6. 22.부터 2004. 9. 21.까지 원고 명의로 등기되어 있었으나 피고는 현재까지 취득세, 등록세, 종합토지세 등을 전혀 부과하지 않았다.

[인정근거 : 일부 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 8 내지 51, 61 내지 68, 70, 71, 72, 74, 75, 76호증(각 가지번호 포함), 갑 제58, 59호증의 각 1, 3, 11, 을 제2호증, 을 제4호증의 1, 2의 각 기재, 제1심 증인 노점수의 증언, 제1심 법원의 정읍시장에 대한 사실조회결과, 변론 전체의 취지]

라. 판단

먼저, 원고가 종교단체인지 여부에 관하여 살피건대, 위 인정사실에 의하면, 비록 이 사건 처분 당시 이 사건 건물들에 대한 사용승인과 소유권보존등기가 원고 명의로 되어 있었다 하더라도 원고는 위 교회의 구성원과 동일한 구성원으로 이루어져 있으며, 위 교회와 독립하여 특별한 활동을 하고 있지 않는 점, 이 사건 건물들에 대한 사용승인신청서상의 용도가 예배실, 교육관 등으로, 건축공사 계약서상의 공사명도 ‘

정읍성광교회 예배당 신축공사’로 기재되어 있으며 실제 건축비용도 위 교회에서 부담한 점, 이 사건 건물들은 건축된 이후 위 교회의 종교사업을 목적으로 사용되고 있는 점 등에 비추어 볼 때 원고는

정읍성광교회와 실질적으로 동일한 단체로서 종교단체라 할 것이다(가사, 형식적으로 정읍성광교회와 별개로 등록되어 있는 점에 주목하여 원고를 위 교회와 별개의 단체라고 보더라도 원고는 규약상 원고의 목적 및 구성원 등에 관한 규정을 통하여 원고가 친목모임이 아닌 종교단체임을 천명하고 있고, 이 사건 건물들 및 그 부지들이 모두 종교시설로 사용되고 있는 점 등에 비추어 보면 원고는 종교단체임이 인정되고, 원고가 교회의 부지들 및 건물들을 자신의 명의로 등기하고 이를 유지, 관리함으로써 교회의 기능을 보조하기 위한 것도 종교사업을 목적으로 하는 것에 해당한다고 볼 것이다.)

다음으로 이 사건 건물들 중 사택이 종교사업에 직접 사용되지 않는 건물로서 취득세 등의 면제대상에 해당되지 않는지에 관하여 보건대, 위 인정사실에 의하면, 이 사건 건물들 중 사택은 사용승인이 된 후 줄곧

정읍성광교회에서 시무하는 담임목사 등의 주택으로 사용되었고 동시에 모든 신도들에게 개방되어 신앙상담 등의 종교활동에 사용되었는바, 그렇다면 이 사건 건물들 중 사택도 종교사업에 사용하기 위해 취득하여 이에 직접 사용되는 경우에 해당된다고 봄이 상당하다.

마지막으로 이 사건 건물이 부동산실권리자명의등기에관한법률에 위반하여 명의신탁되어 위법하므로 이 사건 처분은 적법하다는 취지의 피고의 주장에 관하여 보건대, 이 사건 처분의 적법여부는 원고가 종교를 목적으로 하는 비영리사업자로서 그 사업에 사용하기 위한 목적으로 이 사건 건물을 취득하였는지 및 이를 취득일 또는 등기일로부터 3년 이내에 그 용도에 직접 사용하였는지에 달려있다 할 것이고 이 사건 건물이 명의신탁되어 위법한지 여부는 그에 영향이 없다 할 것이므로 피고의 위 주장은 더 살필 필요 없이 이유 없다.

그렇다면, 이 사건 건물들은 모두 종교를 목적으로 하는 비영리사업자가 그 종교사업에 사용하기 위하여 취득하였고, 실제로 취득일 또는 등기일로부터 3년 이내에 그 용도에 직접 사용하고 있는 부동산에 해당하여

지방세법 제107조 제1호,

제127조 제1호,

구 지방세법 제260조의 2,

같은 법 시행령 제79조 제1호,

제94조,

농어촌특별세법 제4조 제12호,

같은 법 시행령 제4조 제5호에 의하여 취득세, 등록세 등의 비과세 대상이라 할 것이므로, 이 사건 처분은 실질과세의 원칙에 위배되어 위법하다

3. 결 론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용할 것인바, 이와 결론을 같이 한 제1심 판결은 정당하고 피고의 항소는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.