이 사건 기록과 원심판결 및 상고이유서를 모두 살펴보았으나, 상고인의 상고이유에 관한 주장은 상고심절차에관한특례법 제4조 제1항 각 호에 정한 사유를 포함하지 아니하거나 이유가 없다고 인정되므로, 위 법 제5조에 의하여 상고를 기각하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

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【하급심-서울고등법원 2006. 7. 5. 선고 2005누24416 판결】

【주문】 처분청일부승소

1. 피고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 피고가 부담한다.

【이유】

1. 당원의 심판범위

원고가 청구취지 기재와 같이 별표 ①항 기재 각 일자의 별표 ④항 기재 각 세액의 부과처분의 각 취소를 구하는 청구를 하였는데, 제1심 법원은 2003. 4. 14.자 부과처분에 대한 취소청구를 기각하면서, 다만 2003. 3. 31.자 및 2003. 4. 1.자 부과처분을 취소하는 원고 일부승소 판결을 선고하였고, 이에 대하여 피고만이 불복하여 항소하였으므로, 원고의 청구 중 피고 패소부분인 2003. 3. 31.자 및 2003. 4. 1.자 부과처분의 취소를 구하는 부분만이 당원의 심판범위에 속한다고 할 것이다.

2. 제1심 판결의 인용과 추가판단

이 법원의 판결이유는 제1심 판결 5쪽 25행부터 6쪽 7행까지에 열거된 인정증거에 갑 제45호증의 1, 2, 갑 제46호증, 갑 제49호증의 1, 2, 갑 제51호증, 갑 제52호증의 1 2, 갑 제53호증, 갑 제54호증의 1 내지 32를 추가하고, 6쪽 6행의 "증인"을 "제1심 증인"으로 정정하며, 12쪽 19행과 20행 사이에 아래의 가.항의 설시를, 15쪽 14행과 15행 사이에 아래의 나.항의 설시를 추가하는 외에는 제1심 판결의 이유 중 2003. 3. 31.자 및 2003. 4. 1.자 부과처분 해당부분의 이유란 기재와 같으므로 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조에 의하여 이를 인용한다.

"가. 한편 ○○○건설은 원고와 파산자 한국부동산신탁 파산관재인 사이의 2005. 7. 22.자 합의에 기한 신탁정산이 늦어지자 ○○○대학교 이전사업에의 참여를 포기하였고, 그 대신 소외 ○○○산업 주식회사가 2005. 10. 13. 원고의 동의 아래 위 2004. 10. 26.자 사업약정상 ○○○건설의 지위를 그대로 승계하였으며, 2006. 4. 24. 현장사무소 등을 설치하고 용인캠퍼스의 잔여공사를 재개하였다.

"나. 피고는 이 사건 각 토지 1,008,341㎡ 중 수익용 기본재산으로 용도변경된 용인시 수지읍 죽전리 산 39토지 등 19필지 합계 587,627㎡(이하 수익용 토지들이라고 한다)는 목적 사업에 직접 사용되는 부분이 아니라고 주장한다.

구 「지방세법」제107조 단서, 제127조 제1항 단서에 의하면 학교법인이 취득한 토지를 교육사업에 직접 사용하는 경우에는 취득세 및 등록세를 부과하지 않도록 규정되어 있는 바, 위와 같은 과세요건인 학교 법인이 교육사업에 직접 사용하는지 여부는 당해 법인의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 할 것이다( 대법원 2002. 10. 11. 선고 2001두878 판결 등 참조).

그러므로 살피건대, 원고가 ○○○대학교 이전사업을 추진하던 중인 1998. 3.경 부도가 발생하여 1998. 4. 11. 및 1998. 5. 15. 교육부장관으로부터 용인캠퍼스 부지로 사용하기 위하여 취득한 이 사건 각 토지 중 수익용 토지들에 대하여 기본재산 용도변경 및 처분허가를 받아 1998. 6. 30.부터 1998. 7. 15.까지 수익용 토지들을 담보로 서울은행 ○○○지점으로부터 440억 원을 대출받아 교직원들의 급여지급 등 대학운영 자금으로 사용한 사실은 앞서 인정한 바와 같고, 갑 제28호증, 을 제12호증의 각 기재 및 제1심 증인 ○○○의 일부 증언에 변론 전체의 취지를 종합하면, 피고는 2003. 9. 22. 용인시 고시 제2003-220호로 이 사건 각 토지를 포함한 1,017,918m2에 ○○○대학교를 설치하기로 하는 내용의 도시계획시설결정을 하고, 2004. 8. 2. 용인시 고시 제2004-215호로 면적을 1,014,582㎡로 변경하는 내용의 도시관리계획(조성계획변경수립)변경결정 및 도시계획시설(학교)사업 실시계획인가를 고시한 사실, 한편 위 도시관리계획변경결정 지역 내 토지는 용인캠퍼스 부지로서 건축부지, 체육장부지, 도로부지, 주차장부지, 광장부지, 세부시설 미지정부지로 이용케되어 있는 사실, 수익용 토지들은 용인캠퍼스 부지 중 대부분 세부시설 미지정부지인 원형보전녹지에 포함되어 있는데, 취득 당시와 마찬가지로 현재도 자연림상태를 유지하고 있는 사실을 알 수 있고 달리 반증이 없다.

위 인정사실에 의하면, 비록 수익용 토지들이 교육용 기본재산에서 수익용 기본재산으로 용도가 변경되었다고 하더라도 이는 자금난으로 어려움을 겪던 원고가 교직원들의 급여지급 등 대학운영자금을 마련하는데 필요한 자금을 마련하기 위한 방편으로 부득이 교육부장관의 허가를 받아 용도변경을 하였을 뿐 실제로는 최초 취득한 상태 그대로 임야인데다가 종전과 마찬가지로 학교시설인 부지로 직접 사용할 예정이므로 결국 학교법인인 원고는 수익용 토지들을 교육목적 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하고, 또한 사업목적에 직접 사용하는 것이라고 할 것이므로 수익용 토지들을 원고가 직접 사용하고 있지 않다는 피고의 주장은 이유없다.

3. 결 론

그렇다면 제1심 판결은 정당하므로 피고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

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【하급심-수원지방법원 2005. 9. 28. 선고 2004구합4827 판결】

【주문】 처분청일부승소

1. 피고가 원고에 대하여 한 2003. 3. 31.자 등록세 1,747,557,270원, 지방교육세 320,385,490원의 각 부과처분 및 2003. 4. 1.자 취득세 1,232,097,620원, 농어촌특별세 112,942,280원의 각 부과처분을 각 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용은 이를 3분하여 그 1은 원고의, 나머지는 피고의 각 부담으로 한다.

【이유】

1. 처분의 경위

가. 원고는 사립학교법에 의하여 설립된 학교법인으로서 서울 ○○○ 산8의14 등에 ○○○대학교 등을 설립하여 운영하여 오던 중, ○○○대학교 ○○○캠퍼스를 용인으로 이전할 목적으로 1995. 7. 21.부터 1997. 1. 30.까지 사이에 용인시 ○○○ 산39 외 62필지 1,094,404.45㎡를 용인캠퍼스 부지로 취득한 다음 1996. 7. 19. 위 각 토지에서 용인캠퍼스 신축공사를 착공하였다.

나. 피고는 원고가 위와 같이 토지를 취득한 한 것이 구 지방세법(1997. 8. 30. 법률 제5406호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 지방세법’이라 한다) 제107조, 제127조 및 제234조의12의 규정에서 정한 취득세, 등록세, 종합토지세 등의 비과세대상에 해당한다고 보아 위 각 토지에 대한 취득세 등을 비과세하였으나, 원고가 1998. 6. 30. 용인캠퍼스 신축공사를 중단한 채 더 이상 공사를 진행하지 아니하자, 이는 구 「지방세법」제107조 단서, 제127조 제1항 단서, 제234조의12 단서의 규정에 의한 취득세 등의 추징대상에 해당할 뿐만 아니라 위 각 토지는 구 「지방세법」제112조 제2항 제6호 등이 정한 법인의 비업무용 토지에 해당한다는 이유로, 위 각 토지 중 학교시설부지에서 제외되거나 택지개발사업에 편입, 수용되어 이미 취득세 등이 중과된 29필지를 제외한 40필지 1,008,341㎡(이하 ‘이 사건 각 토지’라 한다)에 대하여, 2003. 3. 31. 등록세 1,747,557,270원, 지방교육세 320,385,490원을 부과하였고(이하 ‘이 사건 제1처분’이라 한다), 2003. 4. 1. 「지방세법」제112조 제2항의 중과세율을 적용하여 산출한 취득세 6,160,488,130원, 농어촌특별세 564,711,410원을 부과하였으며, 2003. 4. 14. 별표 ① 기재 각 세액의 종합토지세 등을 부과하였다.

다. 이에 불복하여 원고는 2003. 6. 3. 감사원에 심사청구를 하였고, 감사원은 2004. 5. 20. 위 2003. 4. 1.자 취득세 등 부과처분은 표준세율에 의하여 이를 경정하여야 한다는 내용의 결정을 하였으며, 그에 따라 피고는 위 2003. 4. 1.자 부과처분에 의한 세액을 취득세 1,232,097,620원, 농어촌특별세 112,942,280원으로 감액경정하였다(이하에서는 위 2003. 4. 1.자 부과처분 중 위와 같이 감액되고 남은 부분을 ‘이 사건 제2처분’이라 한다).

라. 한편 피고는 위 2003. 4. 14.자 종합토지세 등 부과처분 당시 원고의 소유가 아닌 용인시 ○○○ 묘지 2,790㎡를 과세대상 토지에 포함하여 1999년분 및 2000년분 종합토지세 등을 부과한 사실을 발견하고, 위 종합토지세 등 세액을 별표 ②항 기재와 같이 감액경정하였다(이하에서는 위 2003. 4. 14.자 부과처분 중 위와 같이 감액되고 남은 부분을 ‘이 사건 제3처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 갑 제3호증의 1 내지 4, 갑 제4호증의 1 내지 6, 갑 제5호증의 1, 2, 갑 제6호증, 을 제16호증의 1 내지 6의 각 기재, 변론의 전취지

2. 이 사건 제1 내지 3처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

피고는 이 사건 제1 내지 3처분이 관련법령에 따른 것으로서 적법하다고 주장함에 대하여, 원고는 다음과 같은 이유로 이 사건 제1 내지 3처분이 위법하다고 주장한다.

(1) 첫째, 원고가 이 사건 각 토지를 취득한 후 용인캠퍼스 신축공사를 진행하다가 중단하여 그 취득일 및 등기일로부터 3년 이내에 원고의 목적사업에 사용하지 아니하였더라도, 원고가 용인캠퍼스 신축공사를 중단한 채 장기간 재개하지 못하게 된 경위 등 제반사정에 비추어 이 사건 각 토지를 목적사업에 사용하지 못한 데에 구 「지방세법」제107조 단서, 제127조 제1항 단서가 정한 정당한 사유가 있었으므로, 이는 위 조항들이 정한 취득세, 등록세 등의 추징대상에 해당하지 않음에도 불구하고 원고에 대하여 취득세, 등록세 등을 추징한 이 사건 제1, 2처분은 위법하다.

(2) 둘째, 원고가 이 사건 각 토지에서 진행한 용인캠퍼스 신축공사는 위와 같이 중단되어 더 이상 진행되지 않고 있기는 하나 이미 토목공사 82.29%, 건축공사 33.7%의 공정을 마친 상태이고, 공사가 중단된 이후에도 원고가 매년 환경영향평가, 건축물의 구조안전진단, 건축물 설계변경 등을 시행하여 왔으며, 일부 부지에 연민기념관 건물을 준공하는 등 건축공사를 진행하였으므로, 이는 구 지방세법 제234의12 제2호가 정한 "그 사업에 직접 사용할 건축물을 건축 중인 경우"에 해당하여 종합토지세 비과세대상에 해당함에도 불구하고 원고에 대하여 1999년분 내지 2002년분 종합토지세 등을 부과한 이 사건 제3처분은 위법하다.

나. 관련법령

■ 구 지방세법

제107조 (용도구분에 의한 비과세) 다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년)이내에 정당한 사유 없이 취득물건의 전부 또는 일부를 그 사업에 사용하지 아니한 경우에는 그 부분에 대하여는 취득세를 부과한다.<개정 1991.12.14, 1994.12.22, 1995.12.6>

1. 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득

제127조 (용도구분에 의한 비과세)

① 다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기 또는 등록일로부터 1년(제1호의 경우에는 3년)이내에 정당한 사유 없이 전부 또는 일부를 그 사업에 사용하지 아니한 경우에는 그 부분에 대하여는 등록세를 부과한다.<개정 1991.12.14, 1994.12.22, 1995.12.6>

1. 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기

제234조의12 (용도구분에 의한 비과세) 다음 각호에 규정하는 토지(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 종합토지세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 당해 토지가 유료로 사용되는 경우의 그 토지 및 당해 토지의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 토지에 대하여는 그러하지 아니하다.<개정 1991.12.14, 1994.12.22>

2. 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리 사업자가 그 사업에 직접 사용하는 토지. 이 경우 그 사업에 직접 사용할 건축물을 건축 중인 경우와 건축허가 후 행정기관의 건축규제조치로 인하여 건축에 착공하지 못한 경우의 그 건축예정 건축물의 부속토지는 이를 그 사업에 직접 사용하고 있는 것으로 본다.

다. 인정사실

다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제7호증의 1 내지 3, 갑 제8호증의 1 내지 8, 갑 제9호증의 1 내지 5, 갑 제12호증, 갑 제13호증의 1 내지 13, 갑 제15호증의 1 내지 3, 갑 제16호증의 1 내지 8, 갑 제17호증의 1 내지 6, 갑 제18호증의 1 내지 8, 갑 제19호증의 1 내지 13, 갑 제20호증의 1 내지 8, 갑 제21호증의 1 내지 17, 갑 제22호증의 1 내지 5, 갑 제23호증의 1 내지 3, 갑 제24호증의 1 내지 56, 갑 제25호증의 1 내지 4, 갑 제29호증의 1 내지 16, 갑 제31호증, 갑 제32호증, 갑 제33호증의 1 내지 7, 갑 제44호증, 을 제5호증의 4, 을 제15호증의 1 내지 14의 각 기재 또는 영상 및 증인 정동석의 일부 증언에 변론의 전취지를 종합하면 인정할 수 있다.

(1) 원고는 1995. 4. 6. ○○○대학교 ○○○캠퍼스를 매각한 후 그 매각대금을 재원으로 하여 ○○○대학교 캠퍼스를 용인시 ○○○ 일대로 이전하는 내용의 ○○○대학교(○○○캠퍼스)이전계획에 대하여 수도권정비계획법에 따른 수도권정비위원회의 심의의결을 받았고, 1995. 6. 7. 교육부장관으로부터 위 학교 이전계획을 승인받았으며, 1996. 4. 16. 경기도지사로부터 용인시 ○○○ 산2-3 일원 1,017,918㎡에 ○○○대학교를 이전하기 위한 공공시설 입지승인을 받았다.

(2) 원고는 위 학교이전계획에 따라 1995. 7. 21.부터 1997. 1. 30.까지 사이에 용인캠퍼스 부지로 사용하기 위하여 이 사건 각 토지를 포함한 용인시 구성읍 죽전동 산2-3 외 62필지 1,094,404.45㎡를 대금 58,635,669,000원에 취득하였다.

(3) 원고는 위 학교이전사업을 추진하기 위하여 다음과 같은 계약을 각 체결하였다.

(가) 원고는 1996. 6. 28. 소외 한국부동산신탁 주식회사(이하 ‘ 한국부동산신탁’이라 한다)와 사이에, 한국부동산신탁이 원고의 ○○○캠퍼스를 대금 287,024,471,400원에 처분하여 그 처분대금을 원고에게 지급하되, 그중 1,300억원은 원고의 용인캠퍼스 신축공사대금으로 사용하기 위하여 유보하는 것을 내용으로 하는 부동산처분신탁계약 및 한국부동산신탁이 이 사건 각 토지를 포함한 용인캠퍼스 부지에 용인캠퍼스를 신축하여 이를 원고에게 공급하되, 그 신축공사대금을 ○○○캠퍼스 처분대금 중에서 유보한 1,300억원으로 충당하기로 하는 내용의 토지개발신탁계약을 체결하였다.

(나) 원고와 한국부동산신탁은 1996. 6. 28. 소외 ○○○ 주식회사(이하 ‘ ○○○’이라 한다)와 사이에, 원고의 ○○○캠퍼스를 ○○○에게 대금 287,024,471,400원에 매도하되, ○○○은 계약금 및 1, 2, 3차 중도금 명목의 1,570억원을 자신이 발행하고 용인캠퍼스 신축공사의 공동시공사인 소외 ○○○주식회사(이하 ‘ 극동’이라 한다)와 소외 주식회사 기산(이하 ‘ 기산’이라 한다)이 각 1/2씩 지급보증한 약속어음으로 지급하고, 나머지 1,300억원을 한국부동산신탁이 수행하는 용인캠퍼스 신축공사에 소요되는 사업비용 및 공사비로 공사진행 정도에 따른 각 지급시기에 따라 한국부동산신탁 또는 시공사들에게 지급하기로 하는 내용의 부동산매매약정을 체결하였다.

(다) 원고와 한국부동산신탁, ○○○, 극동, 기산은 ○○○대학교 ○○○캠퍼스를 용인시 ○○○ 산39 일대에 건설될 용인캠퍼스로 이전하고 ○○○캠퍼스 부지에 아파트 16개동, 2,039세대를 건설하기 위하여 1996. 6. 28. 다음과 같은 내용의 ‘ ○○○대 ○○○캠퍼스 건립공사 및 한남동 부지 아파트 건립공사 기본약정’을 체결하였다.

① 한국부동산신탁은 사업시행자로서 공사발주, 공사비 지급, 토지 처분 등을 담당하고, ○○○은 ○○○캠퍼스 부지의 매수예정자 겸 조합주택 건설사업 대행사로서 토지대금 지급 등의 임무를 수행하며, 극동과 기산은 공동시공사로서 공사에 관한 제반업무를 성실히 이행한다.

② 극동과 기산은 ○○○이 ○○○캠퍼스 부지의 매매대금 중 계약금 및 1, 2, 3차 중도금을 지급하기 위하여 원고를 수취인으로 하여 발행한 합계 금 1,570억원의 약속어음에 배서함으로써 그 지급을 보증한다.

③ ○○○대학교 용인캠퍼스를 건설하기 위한 토목, 건축, 기계설비 및 조경 등 공사일체에 대한 총공사비는 금 1,100억원을 기준으로 하고, 공사기간은 1998년 2학기부터 용인캠퍼스에서 수업이 가능할 수 있도록 1998. 6. 말까지 완공하는 것을 기준으로 한다.

④ 용인캠퍼스 공사비는 한국부동산신탁이 극동과 기산에게 기성에 따라 현금으로 지급하는 것을 원칙으로 하되, 한국부동산신탁이 도급계약금액의 50%까지 지급하고, 나머지 50%는 한국부동산신탁이 ○○○의 약속어음으로 지급하거나 ○○○이 약속어음으로 지급한다.

⑤ ○○○캠퍼스에 대한 토지대금의 정산이 완료되면 한국부동산신탁은 ○○○ 및 주택조합에게 ○○○캠퍼스 부지의 소유권을 이전함과 동시에 ○○○과 사이에 ○○○캠퍼스 부지에 대한 개발신탁계약을 체결하고, 한국부동산신탁과 ○○○은 ○○○캠퍼스 부지에 건설하는 일반분양아파트 등 건설공사 일체를 극동과 기산에게 도급한다.

⑥ 사업추진상 시공사의 추가 또는 교체선정이 필요한 경우 약정당사자가 협의하여 결정하되, 공동시공사인 극동과 기산의 전부 또는 일방이 정당한 이유 없이 이 약정상의 지급보증의무 등을 거부하거나 지연하는 경우 또는 사업추진을 중도 포기하거나 계속적인 추진이 불가능하다고 인정되는 경우, 한국부동산신탁과 ○○○ 및 원고는 극동과 기산에게 상당기간을 정하여 최고한 후 새로운 시공사를 선정 또는 대체할 수 있다.

⑦ 이 약정은 ○○○캠퍼스 부지에 관한 처분신탁등기 및 용인캠퍼스 부지에 관한 개발신탁등기를 경료한 때로부터 효력을 발생한다.

(4) 원고는 위 기본약정 등에 따라 한국부동산신탁 앞으로 ○○○캠퍼스 부지에 관한 처분신탁등기 및 용인캠퍼스 부지에 관한 개발신탁등기를 경료하였고, 공동시공사인 ○○○과 ○○○은 1996. 7. 19. 용인캠퍼스 부지조성공사를 착공하였으며, 원고는 1997. 4. 4. 용인시장으로부터 이 사건 각 토지의 일부인 용인시 ○○○ 산2-3 외 46필지 지상에 건축면적 42,910.042㎡, 연면적 144,890.606㎡인 교육연구시설(대학교) 15개동을 신축하기 위한 건축허가를 받았으며, 그 무렵부터 위 대학교 건물의 신축공사도 진행되었다.

(5) 그러던 중 1997. 말경 IMF 외환위기가 발생하였고, 공동시공사 중 극동은 1998. 1. 18., 기산은 1998. 5.경 각 부도 발생으로 용인캠퍼스의 토목공사 82.29%, 건축공사 27.51%( 극동의 공사구간) 및 39.88%( 기산의 공사구간)의 공정만을 마친 상태에서 공사를 중단하였으며, 1998. 6. 30. 위 시공사들의 감리원이 용인캠퍼스 신축현장에서 철수하였다. 결국 기산은 1998. 10. 21. 서울지방법원에서 파산선고를 받았고, 극동은 위 법원에서 1998. 7. 6. 회사정리절차개시결정을, 1998. 12. 9. 회사정리계획인가결정을 각 받았다.

그러자 한국부동산신탁은 1998. 7. 16.경 기산에 대하여, 1999. 1. 16.경 ○○○에 대하여 각 공사도급계약을 해지한다고 통보하였다.

(6) ○○○캠퍼스 부지의 매수인인 ○○○은 1998. 1. 12. 부도 발생으로 ○○○캠퍼스 부지에 대한 매매대금 약 2,870억원 중 계약금 및 1차 중도금 합계 1,200억원만을 지급한 채 더 이상 대금지급의무를 이행하지 아니하였고, 2000. 1.부터 2002. 7.까지 사이에 한국부동산신탁, 원고를 상대로 하여 ○○○캠퍼스 부지 또는 용인캠퍼스 부지에 관한 처분금지가처분, 가압류, 소유권이전등기절차 이행 등을 구하는 내용의 신청 또는 소송을 제기하였으며, 그 중 ○○○이 2001. 2. 6. 한국부동산신탁을 상대로 하여 서울지방법원 2001카단697호로 제기한 ○○○캠퍼스 부지 중 15필지에 관한 가압류신청, ○○○이 한국부동산신탁을 상대로 하여 2001. 2. 7. 수원지방법원 2001카합476호로 제기한 용인캠퍼스 부지 중 34필지에 곤한 가압류신청, ○○○이 2001. 10. 12. 한국부동산신탁을 상대로 하여 서울지방법원서부지원 2001카합855호로 제기한 ○○○캠퍼스 부지 중 4필지 합계 5,583㎡에 관한 부동산처분금지가처분신청, ○○○이 2001. 11. 23. 한국부동산신탁을 상대로 하여 서울지방법원서부지원 2001카합1033호로 제기한 ○○○캠퍼스 부지 중 1필지 72,260㎡에 관한 부동산처분금지가처분신청 등이 인용되었으나, ○○○이 2001. 10. 11. 한국부동산신탁, 원고를 상대로 하여 서울지방법원 2001가합73959호로 제기한 ○○○캠퍼스 부지 중 4필지 합계 5,583㎡에 관한 소유권이전등기청구소송에서 2003. 2. 14. 기각판결이 선고되었고, 그에 따라 같은 날 위 ○○○캠퍼스 부지에 관하여 내려진 각 처분금지가처분결정도 취소되었다.

(7) 교육부장관은 1998. 3.경 원고의 부도가 발생하자 원고에 대한 재정감사를 한 후, 1998. 4. 11. 용인캠퍼스 부지 중 용인시 ○○○ 산39 토지 등 16필지 합계341,189㎡와 ○○○캠퍼스 부지 중 서울 ○○○ 707-18 토지 등 10필지 및 그 지상 건물에 대하여 금 68,853,926,000원 이상을 처분금액으로 하여 교비차입금 상환, 법인 기채상환자금, 단기 차입금, 미지급금 및 법인 운영자금의 용도로 사용하도록 하는 내용의 수익용기본재산 처분허가를 하였고, 1998. 5. 15. 용인캠퍼스 부지 중 용인시 ○○○ 산42-1 토지 등 3필지 합계 246,438㎡ 및 수익용기본재산인 서울 ○○○동 97 토지 등 61필지 합계 96,845.32㎡와 그 지상 건물에 대하여 금 46,984,672,000원 이상을 처분금액으로 하여 단기 차입금 및 장기 차입금 상환 용도로 사용하도록 하는 내용의 교육용 기본재산 용도변경 및 처분허가, 수익용기본재산 처분허가를 하였으며, 1998. 6. 15. 위와 같이 처분허가를 한 용인시 ○○○ 산39 임야 8,033㎡ 등 16필지를 담보로 한 기채허가를 하였고, 이에 원고는 1998. 6. 30.부터 1998. 7. 15.까지 위 각 토지를 담보로 서울은행 ○○○지점으로부터 금 440억원을 차입하여 대학운영자금으로 사용하였다.

(8) 원고는 용인캠퍼스 신축공사가 중단된 이후 1998.부터 2002.까지 사이에 4차에 걸쳐 환경·교통·재해등에관한영향평가법에 따라 매년 사후영향평가를 수행하였고, 1999. 5.경부터 2002. 8.경까지 사이에 4차에 걸쳐 하절기 수해예방공사를, 3차에 걸쳐 건축물의 안전 유지를 위한 지하층 배수작업과 구조안전진단을 각 실시하였다.

(9) 원고는 1999. 8. 16.부터 2003. 5. 14.까지 사이에 학군단, 음악대학 등의 설계변경에 따른 용인캠퍼스 전체 건물에 대한 건축설계 또는 증축설계를 하였고, 1999. 2. 24. 용인시장으로부터 용인캠퍼스 부지에 연면적 548.039㎡인 연민기념관 건물을 추가로 신축하기 위한 건축허가를 받아 2000. 7. 18. 착공하여 2002. 5. 20. 준공하였다.

(10) 한국부동산신탁 또한 2001. 2. 2. 부도가 발생하였고, 원고는 한국부동산신탁과의 위 부동산처분신탁계약 및 토지개발신탁계약이 2001. 6. 28. 종료함에 따라, 2001. 4. 27. 한국부동산신탁에게 신탁계약이 종료되었음을 통보하였으며, 그 후 한국부동산신탁과 신탁수수료 등에 관한 정산 협의를 진행하였고, 그러던 중 한국부동산신탁이 2003. 6. 2. 수원지방법원에서 파산선고를 받게 되자, 2004. 4. 16. 파산자 한국부동산신탁의 파산관재인을 상대로 파산채권확정의 소를 제기하였다.

(11) 원고는 용인캠퍼스 신축공사가 중단된 이후 사업시행자인 한국부동산신탁에게 수차에 걸쳐 공사 재개를 촉구하는 내용의 공문을 보냈고, 1999. 4.경부터 2004. 1.경까지 사이에 용인캠퍼스 잔여공사 및 ○○○캠퍼스 부지 아파트 건설사업에 참여할 의향이 있는 소외 ○○○ 주식회사, ○○○주식회사, ○○○주식회사, ○○○건설 주식회사, 주식회사 ○○○건설(이하 ‘ ○○○건설’이라 한다) 등 국내 건설업체들을 대상으로 하여 시공사 선정협의를 진행하였으며, 2002. 4. 11. 포스코건설과 사이에 위 사업에 관한 사업약정을 체결하기도 하였으나, 원고와 한국부동산신탁 사이의 신탁계약 정산협의, 원고와 ○○○ 사이의 위 (6)항에서 본 바와 같은 분쟁의 미해결 등이 원인이 되어 새로운 시공사를 선정하는데 실패하였다.

(12) 그 후에도 원고는 포스코건설 등과의 시공사 선정협의를 계속 진행하여, 2004. 10. 26. 소외 주식회사 ○○○(이하 ‘○○○’이라 한다), ○○○건설과 사이에, 원고가 ○○○과 협의하여 기존 신탁계약의 해지 및 기존 이해관계인들과의 관계를 정산하고, ○○○과 ○○○건설이 주도적으로 설립할 ○○○법인이 ○○○캠퍼스 부지를 대금 325,000,000,000원에 매수하되, 용인캠퍼스 신축공사 및 ○○○캠퍼스 부지 아파트 신축공사를 시행하며, ○○○건설이 용인캠퍼스의 잔여공사를 시공하기로 하는 내용의 사업약정을 체결하였다.

(13) 원고는 2005. 7. 22. 파산자 한국부동산신탁 파산관재인과 사이에, 1996. 6. 28.자 부동산처분신탁계약, 토지개발신탁계약, 부동산매매약정, 기본약정에 기한 권리의무를 정산함과 동시에 위 계약들의 효력을 소멸시키기로 하는 내용의 합의를 체결하였다.

라. 판단

(1) 원고의 첫째 주장에 대한 판단

구 「지방세법」제107조 및 제127조 제1항은 용도구분에 의한 취득세·등록세 비과세를 규정하면서 그 하나로 각 제1호에서 종교 또는 학술 등 공익사업을 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득을 들고 있고, 각 본문 단서에서는 취득·등기일로부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 사업에 사용하지 아니한 경우에는 그 부분에 대하여는 취득세·등록세를 부과한다고 규정하고 있는 바, 여기에서 "정당한 사유"란 법령에 의한 금지, 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 사업에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다 하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 비영리사업자에 의하여 수행되는 사업의 공익성을 감안하여 취득세를 부과하지 않는 입법 취지를 충분히 고려하면서 부동산의 취득목적에 비추어 그 목적사업에 직접 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 목적사업에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유 및 장애 정도, 당해 법인이 부동산을 목적사업에 사용하기 위한 진지한 노력을 다 하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하는 것이 타당하다( 대법원 2005. 1. 27. 선고 2003두10213 판결 등 참조).

이 사건에 돌아와 살피건대, 원고가 위와 같이 이 사건 각 토지를 취득한 이후 용인캠퍼스 신축공사를 진행하다가 1998. 6. 30. 이후 더 이상 공사를 진행하지 못하게 된 것은 이 사건 각 토지의 취득일 및 등기일로부터 3년 이내에 이를 원고의 목적사업에 사용하지 못한 것이라고 할 것이나, 한편 위 인정사실에 의하여 알 수 있는 바와 같이, ① 원고는 비영리법인인 학교법인으로서 수도권심의위원회의 심의를 거쳐 교육부장관의 승인을 받은 ○○○대학교(○○○캠퍼스)이전계획에 따라 ○○○대학교 용인캠퍼스 부지로 사용할 목적으로 이 사건 각 토지를 취득하였고, 이 사건 각 토지는 학교용지로서 그 용도와 처분이 제한되어 있어 원고가 그 고유목적 외의 목적으로 이 사간 각 토지를 취득, 보유하고 있다고 할 수 없는 점, ② 원고의 위 학교이전계획이 ○○○대학교 ○○○캠퍼스의 매각과 용인캠퍼스의 신축을 동시에 진행하는 대규모 사업으로서 막대한 자본이 소요됨에 따라, 원고는 신탁회사, 매수회사, 시공사 등 여러 업체들과 관계하게 되었고, 당초에는 ○○○캠퍼스 매매대금의 지급과 용인캠퍼스 신축공사가 순조롭게 진행되어, 토목공사와 건축공사의 상당 부분의 공정이 진행되었으나, 1997. 말경 IMF 외환위기의 발생으로 매수회사인 ○○○, 시공사인 극동과 기산이 차례로 부도사태를 맞게 되어, 그로 인하여 위 시공사들이 용인캠퍼스 신축공사를 더 이상 진행하지 못하게 되었는바, 원고로서는 이와 같은 관계회사들의 부도로 인한 공사중단 사태를 미리 예견하거나 회피할 수 있었다고 보기 어려운 점, ③ 원고는 용인캠퍼스 신축공사가 중단된 이후 사업시행자인 한국부동산신탁에게 공사 재개를 촉구하는 한편 1999. 4.경부터 2004. 1.경까지 사이에 국내 건설업체들과 시공사 선정협의를 진행하는 등 잔여공사를 시공할 업체를 선정하기 위하여 노력하였으나, ○○○이 원고, 한국부동산신탁을 상대로 하여 ○○○캠퍼스 부지에 관한 소유권이전등기청구소송을 제기하고 ○○○캠퍼스 부지 및 용인캠퍼스 부지에 관한 처분금지가처분결정과 가압류결정을 받음에 따라, 위 소송사건 등이 종료되기 전에는 ○○○캠퍼스를 새로이 매각하거나 시공사를 다시 선정하는데 어려움을 겪을 수밖에 없었던 점, ④ 한국부동산신탁 또한 2001. 2. 2. 부도가 발생하였고, 급기야 2003. 6. 2. 파산선고를 받게 되었는바, 이에 원고는 한국부동산신탁과의 신탁계약 등의 종료를 위한 정산협의를 진행하였으나, 그 정산협의의 타결이 지연되었고, 이 또한 새로운 시공사 선정을 어렵게 하는 요인이 된 점, ⑤ 원고는 용인캠퍼스 신축공사가 중단된 이후 관계법령에 따라 매년 사후영향평가를 수행하였고, 수해예방조치 및 건축물의 안전 유지를 위한 조치를 시행하였으며, 용인캠퍼스 건물에 대한 건축설계 또는 증축설계를 진행하였고, 용인캠퍼스 부지의 일부에 연민기념관을 신축하는 등 용인캠퍼스 신축공사를 재개하기 위한 준비작업을 계속하여 온 점, ⑥ 원고는 2004. 10. 26. 소외 주식회사 ○○○(이하 ‘ ○○○’이라 한다), ○○○건설과 사이에 ○○○캠퍼스를 재매각하고, 용인캠퍼스 신축공사 및 ○○○캠퍼스 부지 아파트 신축공사를 계속 시행하기 위한 사업약정을 체결하는 등 시공사 선정을 위한 노력을 계속하고 있는 점, ⑦ 원고는 2005. 7. 22. 파산자 한국부동산신탁 파산관재인과 사이에, 1996. 6. 28.자 부동산처분신탁계약, 토지개발신탁계약, 부동산매매약정, 기본약정에 기한 권리의무를 정산함과 동시에 위 계약들의 효력을 소멸시키기로 하는 내용의 합의를 체결하여, 한국부동산신탁과의 기존 관계를 정산할 수 있게 된 점 등 제반사정을 종합하여 볼 때, 원고가 그와 같이 이 사건 각 토지를 목적사업에 사용하지 못하게 된 데에는 구 「지방세법」제107조 단서, 제127조 제1항 단서가 정한 정당한 사유가 있었다고 할 것이므로, 위 조항들에 의하여 원고에 대하여 취득세, 등록세 등을 부과한 이 사건 제1, 2처분은 위법하다고 할 것이니, 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

(2) 원고의 둘째 주장에 대한 판단

구 지방세법 제234조의12 제2호는 학술 등 공익사업을 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하는 토지에 대하여는 종합토지세를 부과하지 않는 것으로 규정하고 있고, 이 경우 그 사업에 직접 사용할 건축물을 건축 중인 경우 그 건축예정 건축물의 부속토지는 이를 그 사업에 직접 사용하고 있는 것으로 보도록 규정하고 있는바, 위 인정사실에 나타난 바와 같이, 이 사건 각 토지에서 진행된 용인캠퍼스 신축공사는 1998. 6. 30. 중단된 이후 별표 기재 각 종합토지세의 과세표준일 당시까지 재개되지 아니한 점, 원고가 위 공사 중단 이후 이 사건 각 토지에서 환경영향평가나 건축물의 안전 유지를 위한 조치를 시행하고, 용인캠퍼스 건물의 설계변경 등을 하여왔다고 하여 그것만으로는 원고가 용인캠퍼스 신축공사를 재개하였다고 할 수 없고, 원고가 2000. 7. 18. 용인캠퍼스 부지의 일부에 연면적 548.039㎡에 불과한 연민기념관 신축공사를 착공하였다고 하여 원고가 이 사건 각 토지 전체에서 공사를 재개하였다고 할 수 없는 점 등에 비추어 볼 때, 이 사건 각 토지가 별표 기재 각 종합토지세의 과세표준일 당시 원고의 목적사업에 직접 사용할 건축물을 건축 중인 토지라고 할 수 없으므로, 구 지방세법 제234조의12 제2호가 정한 종합토지세 비과세대상에 해당된다고 할 수 없으니, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

3. 결 론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있으므로 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.