이 사건 기록과 원심판결 및 상고이유서를 모두 살펴보았으나, 상고인의 상고이유에 관한 주장은 상고심절차에관한특례법 제4조에 해당하여 이유 없음이 명백하므로, 위 법 제5조에 의하여 상고를 기각하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

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【하급심-부산고등법원 2007. 7. 20. 선고 2006누5199 판결】

【주문】 처분청승소

1. 제1심 판결을 취소하고, 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송총비용은 원고가 부담한다.

【이유】

1. 처분의 경위

다음의 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1호증의 1, 2, 을 제1호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있다.

가. 원고는 수산업법 제41조 제1항 등에 의한 근해어업 중 잠수기어업을 경영하는 어업인이 구성원이 되어 수산업협동조합법 제17조에 의하여 설립된 업종별수산업협동조합(비영리 사단법인)이다.

나. 원고는 임차하고 있던 00시 00동 253-2 지상 00지소 위판장을 다른 곳으로 이전하기 위하여 2004. 4. 9. 새 위판장의 부지로 00시 00동 2가 122-1, 122-2 각 토지(666.8㎡, 이하 이 사건 토지라 한다)를 취득하였다.

다. 피고는 2005. 9. 9. 원고에 대하여, 이 사건 토지의 취득일로부터 1년 내에 정당한 사유 없이 고유 업무에 직접 사용하지 않았다는 이유로 지방세법 제266조 제5항 단서에 의하여 청구취지 기재 취득세 등을 추징·부과(이하 이 사건 처분이라 한다)하였다.

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 처분은 다음과 같은 사유로 위법하므로 취소되어야 한다.

(1) 원고는 2005. 3. 2.경 이 사건 토지상에 건축허가를 받았으므로 취득 후 1년 이내에 원고의 고유 업무에 직접 사용한 경우에 해당한다.

(2) 그렇지 않다 하더라도, 원고는 피고의 요청으로 00어시장 일원의 태풍피해 복구공사에 따른 자재를 적재하기 위하여 공사기간인 2004. 7. 5.부터 2004. 11. 1.까지 피고에게 이 사건 토지를 무상으로 사용하도록 승낙하였는데, 그 이후에도 피고측은 공사자재 등을 이 사건 토지에 적재(전체 면적의 2/3 차지)한 채 수거하지 아니하여 원고의 거듭된 수거 요구가 있자 2005. 11. 9. 비로소 수거를 완료하는 바람에 원고는 그 다음날 새 위판장 신축공사에 착수하여 2006. 5.경 사용승인을 받았으므로, 원고가 취득 후 1년 내에 이 사건 토지를 고유 업무에 직접 사용하지 못한 데에는 정당한 사유가 있다.

나. 관계 법령

지방세법 제266조 제5항은, ‘수산업협동조합법에 의하여 설립된 조합 등이 고유 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(임대용 부동산을 제외한다. 이하 이 항에서 같다)에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 고유 업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세를 면제한다. 다만, 그 취득일부터 1년 내에 정당한 사유 없이 고유 업무에 직접 사용하지 아니하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다’고 규정하고 있고, 지방세법 제260조의2는 ‘지방교육의 질적 향상에 필요한 지방교육재정의 확충에 소요되는 재원을 확보하기 위하여 이 법의 규정에 의한 등록세(제196조의2의 규정에 의한 자동차의 등록에 대한 등록세를 제외한다)의 납세의무자는 지방교육세를 납부할 의무를 진다’고 규정하고 있으며, 농어촌특별세법 제4조 제2호는 ‘농어민 또는 농어민을 조합원으로 하는 단체(농업·농촌기본법에 의한 영농조합법인 및 농업회사법인과 수산업법에 의한 영어조합법인을 포함한다)에 대한 감면으로서 대통령령이 정하는 것은 농어촌특별세를 부과하지 아니한다’고 규정하고 있고, 농어촌특별세법 시행령 제4조 제1항 제3호는 법 제4조 제2호에서 "대통령령이 정하는 것"의 하나로 ‘지방세법 제266조 제3항 내지 제5항의 규정에 의한 감면’을 포함하고 있다.

다. 인정사실

갑 제2 내지 14, 16, 18, 19호증, 갑 제21, 23 내지 29호증, 을 제2 내지 10호증(각 가지번호 포함)의 각 기재와 영상, 제1심 증인 강명대의 증언 및 제1심 법원의 현장검증결과에 변론 전체의 취지를 종합하면 아래의 사실을 인정할 수 있고, 이에 반하는 갑 제15호증의 1 내지 8, 갑 제17호증의 1, 2, 갑 제20호증, 갑 제22호증의 1의 각 기재와 제1심 증인 박00, 당심 증인 양00의 각 증언은 믿지 아니하며, 달리 반증이 없다.

(1) 원고는 2003. 4. 30.경 제2차 이사회에서 00지소 건물을 처분하기로 의결한 다음 같은 해 7. 29.경 부동산매각공고 및 입찰을 실시하였으나 유찰되었고, 그 후 2004. 4. 9. 이 사건 토지를 취득하게 되었는데 새 위판장 신축자금을 마련하기 위하여 2004. 5. 17.경 다시 부동산매각공고 및 입찰을 실시하였으나 유찰되었다.

(2) 원고는 2004. 5. 21.경 또 부동산매각공고 및 입찰을 실시하였으나 유찰되었고, 한편 2004. 7. 21.경 피고(소관: 하수도과)로부터 00어시장 일원의 태풍피해 복구공사에 따른 자재를 적재하기 위하여 이 사건 토지를 무상으로 사용하게 해 달라는 협조요청을 받고 이를 승낙하였다.

(3) 피고는 2004. 7. 5.경부터 위 복구공사에 착수하여 2004. 9. 22.경 공사를 완료한 후 남은 공사자재(플륨관 19개)를 이 사건 토지의 경계선 및 이와 바로 인접한 00시 00동 2가 122-3 토지 쪽에다 적재하여 두었는데 그 차지하는 면적은 약 9평이었다.

(4) 한편, 원고는 2005. 2. 16.경 새 위판장 신축설계용역계약을 체결하고, 2005. 3. 2.경 피고로부터 이 사건 토지상에 건축허가를 얻었는데 자금사정으로 시공사조차 선정하지 못하였고, 2005. 5. 18. 수산업협동조합중앙회로부터 이 사건 토지의 취득으로 인하여 고정자산이 자기자본을 초과하였다는 이유로 경영개선 권고를 받자 2005. 8. 16. 00지소 건물을 매각하였으며, 2005. 9.경 개인사정을 들어 위 건축허가 취소원을 제출하였다.

(5) 피고는 이에 따라 2005. 9. 6. 위 건축허가를 취소하였고, 원고가 이 사건 토지 중 122-2만으로 건축규모를 축소하여 다시 건축허가를 신청하자 같은 달 9. 이를 허가하였다. 00 주식회사가 2005. 10. 28. 새 위판장 신축공사의 시공사로 낙찰되었고 2005. 11. 10. 착공하여 2006. 5. 2.경 사용승인을 받았다.

(6) 원고는 2005. 9. 9.자로 위 건축허가를 받음에 따라 피고에게 2005. 10. 19. 및 11. 7. 각 서면으로 공사자재 제거요청을 하였을 뿐 그 전에는 적극적인 요구를 하지 않았다.

라. 판단

(1) 구 지방세법 시행령(1994. 12. 31. 대통령령 제14481호로 개정되기 전의 것) 제84조의4 제1항은 법인이 토지를 취득한 후 유예기간 내에 정당한 사유 없이 그 법인의 고유 업무에 직접 사용하지 아니하는 토지를 취득세 중과대상인 법인의 비업무용 토지로 규정하고 있는바, 법인이 고유 업무에 사용하기 위한 건축 등의 공사를 하였다고 하더라도 그것만으로는 고유 업무에 직접 사용하기 위한 준비단계에 불과하고 당해 토지를 현실적으로 고유 업무에 직접 사용하였다고 볼 수 없다.

그리고 취득세가 중과되는 법인의 비업무용 토지인지 여부의 판단 기준이 되는 위 시행령 제84조의4 제1항 소정의 '정당한 사유'라 함은 법령에 의한 금지·제한 등 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적 사유는 물론 고유 업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적 사유도 포함한다 할 것이고, 나아가 그 정당 사유의 유무를 판단함에 있어서는 그 중과의 입법 취지를 충분히 고려하면서 당해 법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지 여부, 토지의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령·사실상의 장애사유와 장애정도, 당해 법인이 토지를 고유 업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 한다(대법원·2000. 10. 24.·선고·99두9315·판결·등 참조).

(2) 이 사건으로 돌아와 살피건대, 먼저 원고가 고유 업무에 사용하기 위하여 건축허가를 받았다고 하더라도 그것만으로는 고유 업무에 직접 사용하기 위한 준비단계에 불과하고 이 사건 토지를 현실적으로 고유 업무에 직접 사용하였다고 볼 수 없다고 할 것이므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 첫째 주장은 이유 없다.

한편 앞서 본 바와 같이 원고가 비영리법인이기는 하나, 외부차입이 불가능하여 00지소 건물이 매각되어야만 새 위판장 신축자금을 마련할 수 있음을 잘 알면서도 그 매각 전에 무리하게 이 사건 토지를 취득한 점, 이로 인하여 상급기관으로부터 경영개선 권고를 받은 점, 이 사건 토지 취득 후 11개월만에 건축허가를 받았고 자금사정으로 시공사조차 선정하지 못한 점, 건축계획의 졸속추진으로 계획변경이 불가피해지자 건축허가 취소원까지 내었으며 건축규모를 축소하여 다시 건축허가를 받은 후 00지소 건물의 매각으로 자금이 생기자 비로소 착공하여 6개월만에 신축공사를 완료한 점, 위 공사자재(플륨관 19개)가 차지하는 면적과 위치, 원고의 소극적인 태도 등에 비추어 그 적재로 인하여 건축공사가 방해를 받았다고 보기 어려운 점 등 제반 사정을 종합하여 보면, 원고가 취득 후 1년 내에 이 사건 토지를 고유 업무에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있다고 보기는 어렵다고 할 것이므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 둘째 주장도 이유 없다.

3. 결 론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 피고의 항소를 받아들여 이를 취소하고 원고의 청구를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

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【하급심-창원지방법원 2006. 10. 12. 선고 2006구합611 판결】

【주문】 처분청패소

1. 피고가 2005. 9. 9. 원고에게 취득세 28,398,870원, 농어촌특별세 2,544,080원, 등록세 42,598,300원, 지방교육세 7,825,820원을 부과한 처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

【이유】

1. 피고는 2005. 9. 9. 원고가 2004. 4. 9. 취득한 경상남도 00시 00동 2가 122-1번지, 122-2번지 토지(‘이 사건 토지’라고 한다)를 정당한 사유 없이 고유 업무에 직접 사용하지 않는다는 이유로 지방세법 제266조 제5항에 따라 면제되었던 주문 기재 취득세 등을 원고에게 부과하는 처분을 하였다.

2. 살피건대, 지방세법 제266조 제5항은 수산업협동조합법에 의하여 설립된 조합(어촌계를 포함한다)이 고유업무(법령에서 개별적으로 규정하는 업무와 법인등기부에 목적사업으로 정하여진 업무를 말한다)에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(임대용 부동산을 제외한다)에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하나, 그 취득일부터 1년 내에 정당한 사유 없이 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 고유업무에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있고, 지방세법 제260조의2는 지방교육의 질적 향상에 필요한 지방교육재정의 확충에 소요되는 재원을 확보하기 위하여 이 법의 규정에 의한 등록세(제196조의2의 규정에 의한 자동차의 등록에 대한 등록세를 제외한다)의 납세의무자는 지방교육세를 납부할 의무를 진다고 규정하고 있으며, 농어촌특별세법 제4조 제2호는 농어민 또는 농어민을 조합원으로 하는 단체(농업·농촌기본법에 의한 영농조합법인 및 농업회사법인과 수산업법에 의한 영어조합법인을 포함한다)에 대한 감면으로서 대통령령이 정하는 것은 농어촌특별세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있고, 농어촌특별세법 시행령 제4조 제1항 제3호는 법 제4조 제2호에서 "대통령령이 정하는 것"의 하나로 ‘지방세법 제266조 제3항 내지 제5항의 규정에 의한 감면’을 포함하고 있다.

3. 그런데 갑 제2호증, 제3호증의 1, 2, 제4호증의 1, 2, 3, 4, 제5, 6, 7, 8, 11, 12호증, 제13호증의 1 내지 18, 제14호증, 제16호증의 1, 2, 3, 4의 기재와 증인 박00, 강00의 증언에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 2004. 4. 9. 새로운 위판장을 신축할 부지로 사용하기 위하여 이 사건 토지를 취득하고, 제2항 기재 관련 법령에 따라 취득세 등을 면제받은 사실, 경상남도 00시는 00어시장 일원의 해수인수파이프 이설공사를 위한 자재를 적재하기 위하여 공사기간(2004. 7. 5.부터 2004. 11. 1.까지) 동안 원고의 동의를 받아 이 사건 토지를 무상으로 사용하고, 00어시장 하수도내 폐기물 처리용역 공사를 하면서 그 공사기간(2004. 11. 6.부터 2004. 12. 15.까지 (실제로는 2004. 12. 말경 공사가 끝났다.))동안 원고의 동의를 받지 않고 철거된 폐관을 이 사건 토지에 적재해 두었던 사실, 원고가 2005. 3.경부터 경상남도 00시에 여러 차례 이 사건 토지에 적재되어 있던 공사자재 등을 수거하도록 요청하였는데도 경상남도 00시는 2005. 11. 9.에서야 공사자재 등을 모두 수거한 사실, 원고는 경상남도 00시가 공사자재 등을 모두 수거한 다음날인 2005. 11. 10. 예정하고 있던 위판장 신축 공사에 착수하여 2006. 5.경 사용승인을 받은 사실이 인정되는바, 이에 따르면 원고가 이 사건 토지를 취득일부터 1년 내에 고유업무에 직접 사용하지 아니한 데에는 정당한 사유가 있다고 봄이 상당하므로 이와 다른 견지에서 한 이 사건 처분은 위법하다.

4. 그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 주문과 같이 판결한다.