설립 목적 및 설립 진행 과정, 각 부동산과 주유소 시설의 인수 경위 및 그 후의 경과, 주유소 시설에 대한 임차 경위 및 차임 등 지급관계, 부동산 임대 경위 등에 비추어 납세의무자는 조세특례제한법 제119조 제3항 및 제120조 제3항 소정의 창업중소기업에 해당하지 아니하여 취득세 및 등록세 등의 감면 대상이 아니다. 또한 처분청이 등록세감면확인서를 발급하였으나 그 발급 경위 상 납세의무자에게 귀책사유가 없다고 보기 어렵고, 납세의무자가 등록세감면확인서 발급을 신뢰하고 이에 상응하는 어떠한 행위를 한 것이 없으므로, 당해 부과 처분이 신뢰보호의 원칙을 위반하였다고 볼 수 없다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 2000. 12. 4. 대전지방법원 천안지원에서 천안시

구룡동 1 외 9필지 토지 34,009㎡ 및 위 지상 건물 9,821.88㎡(이 사건 토지 및 건물, 이하 통틀어 ‘이 사건 각 부동산’이라 한다)에 관하여 대금 5,300,200,000원에 낙찰허가를 받아 2001. 8. 17. 그 대금을 완납하고, 같은 날 피고로부터 ‘

조세특례제한법 제119조 제3항에 의하여 창업중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일로부터 2년 이내에 취득하는 사업용 재산에 관한 등기로서 등록세를 면제’한다는 등록세감면확인서를 발급받아 이 사건 각 부동산에 관한 등기를 경료하였다.

나. 그 후 피고는 원고에 대하여 세무조사를 한 다음, 원고가 종전의 사업에 사용하던 자산을 인수 또는 매입하여 동종의 사업을 영위하고 있어 창업중소기업에 해당하지 않고, 이 사건 각 부동산을 자신의 당해 사업에 직접 사용하지 않은 채 타인에게 임대하고 있다는 이유를 들어, 2003. 10. 8. 원고에 대하여 청구취지 기재와 같이 취득세 및 등록세 등을 부과(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다. 농어촌특별세 및 지방교육세는 취득세 및 등록세에 부가하여 부과되는 세목이므로 이하 별도로 살피지 아니한다.)하였다.

다. 원고는 2004. 1.경 피고의 이 사건 처분에 불복하여 감사원에 심사청구를 하였으나 감사원은 2005. 9. 1. 기각결정을 하였고, 위 결정은 2005. 9. 9.경 원고에게 송달되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제5호증, 갑 제7호증, 갑 제9호증, 갑 제10호증 내지 갑 제12호증, 갑 제14호증, 갑 제15호증, 갑 제17호증, 을 제1호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 처분은 다음과 같은 사유로 위법하므로 취소되어야 한다.

(1) 원고는 2000. 6. 7. 자동차정류장임대 및 정류장사업 등을 영위할 목적으로 설립되어 화물터미널업을 영위하는 회사로서 중소기업창업지원법 소정의 창업중소기업에 해당한다.

(2) 피고는 2001. 8. 17. 원고에 대하여 ‘등록세감면확인서’를 발급하면서 이 사건 각 부동산이 ‘창업중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일로부터 2년 이내에 취득하는 사업용재산’이라는 점을 확인하고서도 이 사건 처분에 이른 것이므로, 이 사건 처분은 신뢰보호의 원칙에 위배되어 위법하다.

(3) 원고는 화물터미널업을 영위하는 창업중소기업으로서 화물터미널업은 화물의 집화ㆍ하역ㆍ분류ㆍ포장ㆍ보관 또는 통관 등이 이루어지는 화물터미널이라는 물적 시설을 운영하는 것인바, 운수회사, 창고회사 등이 화물터미널 운영업체와 임대차계약 등을 통해 터미널에 인력을 배치하고 고유 업무장비, 화물을 보관할 수 있는 사무실, 창고 등을 확보하는 것은 필수불가결한 일이므로 운수회사, 창고회사 등에 사무실, 창고 등을 임대하는 행위는 화물터미널업 고유의 목적대로 사용하고 있는 것이다.

(4) 설령 원고의 위 주장이 받아들여지지 않는다 하더라도, 취득세 등의 부과는 원고가 사용하지 않고 임대하고 있는 부분에 국한되어야 하고, 이 사건 각 부동산 전부를 과세대상으로 삼는 것은 부당하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

(1)

소외 주식회사 천안화물터미널(이하 ‘소외 회사’라 한다)은 1996. 12. 26. 화물터미널사업 등록을 하고 1997. 10. 이 사건 토지를 매입하여 그 지상에 이 사건 건물을 완공한 후 1999. 5.경 사업을 개시하였으나 경영상의 어려움으로 대출금채무에 대한 이자조차 지급하지 못하게 되었고, 이에 채권자인

산은이차유동화전문유한회사가 이 사건 각 부동산에 대한 임의경매를 신청하여 2000. 5. 25. 대전지방법원 천안지원 2000타경12029호로 경매절차가 개시되었다.

(2) 이에 담보권을 보유하지 아니한 소외 회사에 대한 공사대금채권자, 임차보증금 반환청구권자 등 26명은 이 사건 각 부동산이 경매되고 소외 회사가 그대로 폐업하는 경우 채권 회수가 어렵다고 판단하고 채권단을 구성하여 2000. 6.경 이 사건 각 부동산의 임차인들 등 채권단 구성원들로부터 화물터미널 운영을 위한 긴급운영유지비를 납부받아 화물터미널을 자치운영하기로 결의하였다.

(3) 아울러 채권단은 소외 회사에 대한 인수위원회를 결성하여 임의경매에서 이 사건 각 부동산을 낙찰받는 등의 방법으로 소외 회사의 재산을 인수하여 화물터미널을 직접 운영하기로 결정하고, 채권단 중 6인의 주도 아래 2000. 6. 7. 자동차정류장 임대 및 정류장 사업, 부동산임대업 등의 영위를 목적으로 하는 원고를 설립하였는데, 원고와 소외 회사의 법인등기부상 목적사업은 같다.

(4) 원고는 2000. 6. 23. 천안세무서장에게 주업태는 부동산, 주종목은 임대로 하는 사업자등록을 하였고, 2001. 9. 4. 사업장소재지를 천안시 구룡동 1로 변경하면서 사업목적을 주업태는 소매, 주종목은 주유소, 부종목은 임대로 변경 신청하였다.

(5) 원고는 2000. 6. 20. 소외 회사와 사이에, 원고가 소외 회사로부터 이 사건 각 부동산의 일부인 주유소 건축물(504.74㎡)과 화물터미널부지(33,872㎡, 이 사건 토지 대부분에 해당한다), 그리고 주유소시설(주유기 9대, 지하저장탱크 6기 등)에 대하여 월 임대료 없이 보증금 500만 원에 2003. 6. 30.까지 3년 동안 임차하되, 소외 회사가 원고의 주유소 영업에 필요한 석유판매업(주유소) 등록, 제조소 등 설치허가증, 이동탱크 저장시설의 설치 허가증 등 일체의 허가권상의 명의의 변경을 원고의 부담으로 완료해 주기로 하는 내용의 임대차계약을 체결하였고, 석유판매업을 영위할 목적으로 같은 해 6. 29. 천안세무서장에게 사업자등록을 하고 그 무렵 주유소 관련 일체의 허가 명의를 이전받았으며, 2000. 7. 1.경부터 주유소 영업을 하여 왔다.

(6) 원고는 이 사건 각 부동산의 부속시설물이나 경매 목적물에서 제외된 주유소 기계장치 및 탱크 등 구축물 전체를 일괄 구입하기로 하고, 2000. 6. 30. 소외 회사와 이에 관하여 매매대금 1,623,614,500원으로 하는 매매계약을 체결하였는데, 원고는 소외 회사에게 위 매매대금 1,623,614,500원을 현실적으로 지급하지 않고 추후 소외 회사의 채권자들로부터 소외 회사에 대한 채권 등을 출자 받고 이를 출자금으로 자본 전입할 때 위 매매대금과 상계처리하였다. 한편, 위 매매계약에 의하면, 위 매매목적물은 이 사건 각 부동산에 대한 소유권이전등기가 완료된 때에 명도하고, 원고가 이 사건 각 부동산에 대한 소유권이전등기를 하지 못하는 경우 이를 취소하는 것으로 되어 있다.

(7)

원고의 대표이사 김창식은 2000. 10. 4. 원고에 대해 출자를 약속한 채권자들에 대하여 “소외 회사 채권자 대표 겸 인수위원회 대표인 본인은 화물터미널 인수를 위한 준비작업으로 원고를 설립하여 소외 회사와 관리운영계약을 체결하고 현재 화물터미널을 운영하고 있고 경매에 대비한 준비를 진행중입니다. 낙찰에 대비하여 출자금액의 납부를 요청합니다.”라는 취지의 출자금액 납부 협조 요청서를 보냈다.

(8) 위 경매사건의 당사자는 채권자

산은이차유동화전문유한회사와 천안시, 임차인 58인, 근저당권자 2인, 가압류권자 7인, 압류권자 1인, 교부권자 2인, 배당요구권자 4인으로 구성되어 있었는데, 위 경매사건의 배당절차에서 실제 배당할 금액 5,297,631,243원이 1순위 임금채권자인

박홍양(선정당사자), 2순위 교부권자 천안시, 3순위 신청채권자

산은이차유동화전문유한회사에 100% 배당되었고, 나머지 4순위 이하 채권자에게는 배당되지 못하였다.

(9) 원고는 이 사건 각 부동산에 관한 낙찰허가결정이 나자 2000. 12. 6. 이 사건 각 부동산 중 창고시설 일부에 관한 기존 임차인인

삼성코닝 주식회사와 사이에 2000. 12. 5.부터 2001. 6. 30.까지를 계약기간으로 하는 임대차계약을 체결하는 등, 이 사건 각 부동산에 관하여 소외 회사가 폐업할 무렵인 2001. 3. 31. 당시 소외 회사의 기존임차인들 대부분과 임차목적물을 같이하는 임대차계약을 다시 체결하여, 결국 이 사건 각 부동산에 관한 낙찰대금을 완납한 2001. 8. 17. 이후 2003. 8. 16.까지 이 사건 건물 중 주유소시설을 제외한 나머지 대부분의 건물을 임대하고 있다.

(10) 원고는 2001. 9. 5. 피고에게 소외 회사 명의의 화물터미널사업등록에 관하여 상호 및 대표자를 변경하는 내용의 화물터미널사업 변경등록을 신청하였고, 피고는 같은 달 14일 위 변경등록 신청을 수리하여 원고에게 화물터미널사업등록증을 교부하였다.

(11) 원고는 위와 같이 이 사건 각 부동산에서 소외 회사가 운영하던 주유소업과 임대업을 계속 영위하고 있는데, 원고의 2000년도 수입내역은 주유소매출액 약 3억 5천만 원, 임대료 약 1,260만 원, 주차료 등 약 460만 원이고, 2001년도 수입내역은 주유소매출액 약 24억 원, 임대료 약 3억 3,800만 원이며, 2002년도 수입내역은 주유소매출액 약 34억 원, 임대료 약 4억 5,000만 원, 주차료 등 약 7,400만 원이다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증 내지 갑 제5호증, 갑 제9호증, 갑 제10호증, 갑 22호증, 갑 제27호증, 을 제2호증, 을 제3호증의 2, 을 제5호증, 을 제9호증 내지 을 제12호증, 을 제14호증, 을 제16호증, 을 제18호증 내지 을 제20호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

(1) 원고가 창업중소기업에 해당하는지 여부

㈎

구 조세특례제한법(2001. 12. 29. 법률 제6358호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘조세특례제한법’이라 한다) 제119조 제3항 제1호 및

제120조 제3항은 창업중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일로부터 2년 이내에 취득하는 사업용재산에 대하여 취득세 및 그 등기에 관한 등록세를 감면한다고 규정하고,

같은 법 제6조 제3항,

제4항은 창업중소기업의 범위는 대통령령이 정하는 물류산업을 영위하는 중소기업으로 하되, 내국인이 합병, 분할, 현물출자 또는 사업의 양수를 통하여 기존사업을 승계 또는 인수하는 경우에는 창업으로 보지 아니한다고 규정하며,

같은 법 시행령 제5조 제8항은 화물터미널시설운영업을 창업중소기업으로 규정하고 있다. 한편,

중소기업창업지원법 제2조 제1호는 창업이라 함은 중소기업을 새로이 설립하는 것을 말하고, 이 경우 창업의 범위는 대통령령으로 정한다고 규정하며,

같은 법 시행령(2005. 3. 31. 대통령령 제18766호로 개정되기 전의 것) 제2조 제1항은 타인으로부터 사업을 승계하여 승계 전의 사업과 동종의 사업을 계속하는 경우를 창업에서 제외하고 있다.

위 인정사실 및 이상의 규정에 의하면, 원고는

조세특례제한법 시행령 제5조 제8항 소정의 화물터미설시설운영업을 하는 중소기업에 해당한다 할 것이나, 원고가 소외 회사의 사업의 양수를 통하여 기존사업을 승계 또는 인수한 경우 혹은 소외 회사의 사업을 승계하여 승계 전의 사업과 동종의 사업을 계속하는 경우에 해당하는 때에는 창업중소기업의 범위에서 제외되어 취득세 및 등록세 면제 대상이 되지 아니한다 할 것이다.

㈏ 한편, ‘기존사업의 승계 또는 인수’라 함은 사업용 재산을 비롯한 물적ㆍ인적 시설 및 권리ㆍ의무 등을 포괄적으로 양수하여 사업의 동일성을 유지하면서 경영주체만을 교체시키는 것으로, 여기서 ‘사업의 동일성’이라 함은 영업재산의 조직적 일체성이 유지되어 양수인이 양도인과 같은 상태에서 영업을 계속할 수 있는 경우를 말한다고 할 것이고, 몇 단계 또는 자산별로 양도ㆍ양수 계약이 체결되었다 하더라도 그 개개의 행위가 전체로 보아 사업을 양수하겠다는 목적에 의하여 연결되어 있고 결과적으로 그 사업장의 사업 전부에 관하여 행하여진 것이라면, 통틀어 사업의 승계 또는 인수로 볼 수 있다 할 것이다.

또한,

조세특례제한법 제119조 제3항 및

제120조 제3항에서 창업중소기업에 대하여 등록세와 취득세를 감면하는 취지가 중소기업이 기존 사업이 아닌 새로운 사업을 영위하기 위하여 취득하는 사업용 재산에 대하여 조세지원을 하고자 하는 데 있는 점에 비추어 보면, 새로이 중소기업을 설립하는 것이 아니라 종전 사업자의 사업을 그대로 영위할 의도로 양수인이 사업용 자산의 일부를 실질상 매매에 해당하는 임의경매 집행절차에 의하여 낙찰받아 취득하면서 나머지 사업용 자산, 영업권 및 그 사업에 관한 권리와 의무를 양도인과의 별도의 양도계약 등에 의하여 연달아 취득하는 등으로 사회통념상 전체적으로 보아 양도인의 사업을 그대로 영위하는 것으로 평가할 수 있는 경우에는 조세감면의 혜택을 받는 창업에 해당하는 것으로 볼 수 없다 할 것이다.

㈐ 이 사건에 관하여 보건대, 위 인정사실에 의하여 인정되는 아래와 같은 원고의 설립 목적 및 설립 진행 과정, 이 사건 각 부동산과 주유소 시설의 인수 경위 및 그 후의 경과, 주유소 시설에 대한 임차 경위 및 차임 등 지급관계, 원고의 이 사건 각 부동산 임대 경위, 주유소 관련 허가 및 화물터미널사업등록 승계관계, 사업장 소재지, 원고의 사업 및 수입 내역 등, 즉 ① 이 사건 각 부동산에 관한 경매가 개시되자 담보권이 없어 경매를 통해서는 채권회수가 어려운 일반 채권자들로 구성된 채권단이 만들어졌고, 채권단은 화물터미널의 계속 운영을 통해 채권을 회수할 목적으로 소외 회사에 대해 인수위원회를 설립하였으며, 소외 회사의 화물터미널 인수를 위한 준비작업으로 원고가 설립되었고 원고와 소외 회사의 법인등기부상 목적사업이 동일한 점, ② 원고의 대표이사가 2000. 10. 4. 출자를 약속한 소외 회사 채권자들에게 2000. 6.경부터 소외 회사로부터 화물터미널 관리운영을 위탁받아 이를 운영하고 있고 화물터미널 인수를 위하여 원고를 설립하였으며 그 준비의 일환으로 이 사건 각 부동산에 관한 낙찰을 추진한다는 취지의 서면을 보낸 점, ③ 위 운영기간 중인 2000. 6. 20. 원고와 소외 회사 사이에 이루어진 주유소 시설 및 이 사건 토지 등에 관한 임대차계약은 그 조건이 3년 동안 월임료 없이 보증금 500만원에 불과하여 통상의 임대차계약이라고 보기 어렵고 실제로는 그 운영권을 이전한 것으로 보이는 점, ④ 원고가 소외 회사로부터 주유소 관련 일체의 허가명의를 승계받고 화물터미널사업등록도 승계하여 대표자와 상호만 변경한 점, ⑤ 원고는 2000. 6. 30. 소외 회사로부터 이 사건 각 부동산의 부속시설이면서 경매에서 제외된 주유소 기계장치 및 탱크 등 구축물 전체를 일괄구입하면서 이 사건 각 부동산을 취득하지 못하는 경우 이를 취소하기로 하였고, 그 대금을 실제로 지급하지 않고 원고에게 출자한 소외 회사 채권자들의 채권으로 상계한 점, ⑥ 원고가 2000. 12. 6. 소외 회사의 기존 임차인 삼성코닝 주식회사와 사이에 임대차계약을 체결하는 등 소외 회사의 대부분의 기존 임차인들과 임대차계약을 다시 체결하여 실질적으로 임대차관계를 승계하였다고 볼 수 있는 점, ⑦ 원고의 수입은 이 사건 각 부동산에 관한 임대료, 주유대금, 주차료 수입이 차지하고 있을 뿐으로 그 이외에 소외 회사와 달리 별도의 새로운 사업을 영위하고 있다거나 새로 인적ㆍ물적 투자를 하였음을 인정할 자료가 없는 점, ⑧ 이상으로 본 바와 같이 소외 회사의 이 사건 각 부동산에 관해 경매가 개시되고 소외 회사가 2001. 3. 31. 폐업한 후 현재에 이르기까지 원고가 소외 회사와 같은 장소에서 같은 사업용 자산 일체를 이용하여 같은 내용의 영업을 하여 온 점 등을 종합하면, 원고는 소외 회사의 사업을 그대로 영위할 의도로 그 사업용 자산의 일부인 이 사건 각 부동산을 실질상 매매에 해당하는 임의경매절차에 의한 낙찰로 취득하면서 나머지 사업용 자산 및 허가ㆍ등록 명의 등을 인수하여 사회통념상 전체적으로 보아 양도인인 소외 회사의 사업을 그대로 영위하고 있다고 보아야 할 것이어서 이는 조세특례제한법 제6조 제4항 소정의 기존사업의 승계 또는 인수에 해당한다 할 것이고, 소외 회사의 기존 채권자들 중 일부 채권자들에 대한 채무를 인수하지 아니하였다 하여 달리 볼 수 없다.

(2) 이 사건 처분이 신뢰보호의 원칙에 위배되는지 여부

신뢰보호의 원칙이 적용되기 위하여는, 첫째 행정청이 개인에 대하여 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 둘째 행정청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데에 대하여 그 개인에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째 그 개인이 그 견해표명을 신뢰하고 이에 상응하는 어떠한 행위를 하여야 하고, 넷째 행정청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 그 견해표명을 신뢰한 개인의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하며, 다섯째 종전 견해표명대로 행정처분을 할 경우 이로 인하여 공익 또는 제3자의 정당한 이익을 현저히 해할 우려가 없어야 할 것이다(

대법원 2006. 2. 24. 선고 2004두13592 판결 등 참조).

이 사건에 관하여 보면, 비록 피고가 원고에게 등록세감면확인서를 발급하였으나 그 발급 경위는 원고가 실질적으로 기존사업의 승계 또는 인수에 해당하는 이 사건에 관하여 창업임을 주장하면서 감면을 요청하였기 때문으로 원고에게 귀책사유가 없다고 보기 어렵고, 원고가 2001. 8. 17. 이후 위 등록세감면확인서 발급을 신뢰하고 이에 상응하는 어떠한 행위를 한 것이 없으므로, 이 사건 처분이 신뢰보호의 원칙을 위반하였다고 볼 수 없다.

(3) 소결론

따라서, 원고는 창업중소기업에 해당하지 아니하여 취득세 및 등록세 등의 감면대상이 아니고 이 사건 처분이 신뢰보호의 원칙에 위배된다고도 볼 수 없으므로, 원고의 나머지 주장은 더 나아가 살필 필요 없이 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.