이 사건 기록과 원심판결 및 상고이유서를 모두 살펴보았으나, 상고인의 상고이유에 관한 주장은 상고심절차에 관한 특례법 제4조에 해당하여 이유 없음이 명백하므로, 위 법 제5조에 의하여 상고를 기각하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

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【하급심-서울고등법원 2009. 4. 30. 선고 2008누31088 판결】

【주문】 처분청패소

1. 피고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 피고가 부담한다.

【이유】

1. 제1심 판결의 인용

이 사건 처분의 경위, 원고의 주장, 관계법령 부분은 제1심 판결을 그대로 인용한다.

2. 이 사건 처분의 적부

가. 인정사실

○ 원고는 2007. 1. 30. 김○○으로부터 이 사건 부동산을 450,000,000원에 매수하면서 3,000만 원은 현금으로, 나머지 420,000,000원은 김○○의 ○○협동조합에 대한 근저당권부 대출금채무를 승계하는 방법으로 각 지급하기로 합의하였고, 다음 날 소유권이전등기를 넘겨받았다.

○ 그러나 위 ○○농협이 원고가 금융사고가 빈번한 종교단체라는 이유로 채무의 승계에 동의할 수 없다고 하자, 원고는 제3의 금융기관으로부터 대출을 받아 위 채무를 변제하려 하였으나 이마저 여의치 않았다.

○ 이에 따라 원고는 2007. 3. 9. 김○○과 위 매매계약을 합의해제하고 이 사건 부동산에 관한 원고의 명의의 소유권이전등기를 말소하였으며, 같은 달 14. 원고 대표자의 처인 공○○ 명의를 빌려 재차 김○○으로부터 종전 매매계약과 동일한 조건으로 이 사건 부동산을 매수하는 계약을 체결한 후 같은 달 15. 공○○ 앞으로 소유권이전등기를 마친 다음, 같은 달 20. 위 ○○협동조합에 대한 근저당권부 대출금채무를 인수하였다.

【인정 근거】 다툼이 없는 사실, 갑 제4 내지 7호증의 각 기재, 증인 김○○의 증언, 변론 전체의 취지

나. 판단

피고는 당초 원고가 이 사건 부동산을 취득하는데 대하여 종교용에 직접 사용하는 부동산의 취득으로 보아 비과세 하였으나, 이 사건 부동산에 관한 원고 명의의 소유권이전등기가 말소되고, 그 소유권이전등기가 공○○에게 넘어가자 「지방세법」제107조 단서, 제127조 단서 중 "그 사용일로부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각한 경우"에 해당한다고 보아 이 사건 처분을 하였다.

위 각 단서규정은 당초 지방세법이 일정한 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득에 비과세혜택을 부여하였던 것인데, 그 사업에 일정기간 사용하지 아니한다면 비과세혜택을 부여한 취지가 몰각되므로, 이러한 경우에는 비과세혜택을 부여하지 않겠다는 취지로 해석된다.

위와 같은 규정의 취지 및 「지방세법」제82조에 의하여 지방세에 준용되는 실질과세 원칙의 정신에 비추어 보건대, 이 사건의 경우 종교단체인 원고가 이 사건 부동산을 교회로 사용하기 위하여 취득하였다가 금융기관에 대한 대출금채무를 인수하지 못하여 대금청산을 하지 못하는 지경에 이르자 소유권취득의 원인이 된 매매계약을 일단해제하고, 원고가 지급한 대금을 돌려받지 않은 채 대표자의 배우자로 하여금 원고의 매매계약과 동일한 내용의 매매계약을 체결하도록 한 다음 지방세법이 정하는 취득세·등록세를 납부하고 그 앞으로 소유권이전등기를 마치도록 한 것에 불과하여 원고의 위와 같은 행위가 비과세혜택을 부여한 취지를 잠탈하는 것으로 보이지 아니하므로, 원고가 매매계약해제를 통하여 이 사건 부동산에 관한 소유권이전등기를 말소한 행위를 "그 사용일로부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각한 경우"에 해당하는 것으로는 볼 수 없다.

따라서, 이 사건 처분은 위법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구를 인용할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이 하여 정당하므로, 피고의 항소를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

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【하급심-의정부지방법원 2008. 9. 30. 선고 2007구합5054 판결】

【주문】 처분청패소

1. 피고가 원고에게 2007. 4. 17. 한 취득세 7,203,710원, 농어촌특별세(취득세) 1,136,740원의 부과처분, 2007. 4. 20. 한 등록세 7,203,710원, 지방교육세 1,440,730원의 부과처분, 2007. 9. 13. 한 농어촌특별세(등록세) 416,370원의 부과처분을 각 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

【이유】

1. 처분의 경위

가. 원고는 2007. 1. 30. 김○○으로부터 종교시설로 사용할 목적으로 동두천시 ○○동 198-10 대 267㎡ 및 그 지상건물(이하, ‘이 사건 부동산’이라고 한다)을 취득하였고, 피고로부터 「지방세법」제107조, 제127조에 따라 위 부동산의 취득세 등에 관하여 비과세처분을 받았다.

나. 그 후 피고는, 원고가 정당한 사유 없이 이 사건 부동산을 사용일로부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 않고 2007. 3. 15. 위 부동산을 공○○에게 매각하였다는 이유로, 위 부동산의 취득가액 450,000,000원에 「지방세법」제112조 제1항, 같은 법 제131조 제1항 제3호의 세율을 적용하여 원고에게, 2007. 4. 17. 취득세 10,175,560원, 농어촌특별세 900,810원, 2007. 4. 20. 등록세 9,008,400원, 지방교육세 1,801,620원을 부과하였다.

다. 원고는 이에 불복하여 경기도지사에 이의신청을 하였으나 2007. 5. 28. 기각결정을 받았고, 행정자치부장관에게 심사청구를 제기하였는바, 행정자치부장관은 2007. 8. 27. 이 사건 부동산 중 주택에 해당하는 부분과 주택 이외의 부분을 구분하여 각각 과세시가표준액을 산정하여 세율을 적용한 세액을 산출한 후 지방세법 제273조의2에 따 라 주택부분의 산출세액의 100분의 50을 경감하여야 한다는 취지의 심사결정을 내렸다.

라. 피고는 위 심사결정의 취지에 따라 2007. 9. 13. 취득세 7,203,710원, 농어촌특별세 1,136,740원, 등록세 7,203,710원, 교육세 1,440,730원으로 감액하고 등록세에 대한 부가세로서 농어촌특별세 416370원을 부과하였으나(이하, 위 나.항 기재 처분에서 감액되고 남은 부분과 등록세 부가세로서의 농어촌특별세 부과처분을 ‘이 사건 처분’이라고 한다), 원고는 이에 불복하여 2007. 11. 15. 이 사건 소를 제기하였다.

[인정 근거] 다툼이 없는 사실, 갑 1, 2, 3호증, 을 1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 주장 및 판단

가. 원고의 주장

원고가 전 소유자인 김○○으로부터 이 사건 부동산을 취득하면서 금융기관에 부담하는 근저당권부 채무를 인수하는 방법으로 매매대금 일부를 지급하기로 합의하였는데, 금융기관 측에서 종교단체인 원고를 대출금 채무의 승계인으로 인정할 수 없고 대환대출 역시 불가능하다는 견해를 표명하여, 부득이하게 조영자와의 기존 매매계약을 해제하고, 원고 대표자의 배우자인 공○○ 명의로 이 사건 부동산을 재차 취득한 것에 불과하므로, 원고에 대하여 지방세법 소정의 취득세 등의 비과세 규정은 여전히 적용되어야 한다.

나. 관계 법령

지방세법

제107조 (용도구분에 의한 비과세)

다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세를 부과한다.

1. 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득

제127조 (용도구분에 의한 비과세)

①다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기·등록일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 등록세를 부과한다.

1. 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기

다. 인정사실

1) 원고는 2007. 1. 30. 김○○으로부터 이 사건 부동산을 450,000,000원에 매수하면서 3,000만 원은 현금으로, 나머지 420,000,000원은 김○○의 ○○협동조합(이하, ‘○○농협’이라고 한다)에 대한 근저당권부 대출금채무를 승계하는 방법으로 각 지급하기로 합의하였고, 다음 날인 31. 위 부동산에 관한 소유권이전등기를 마쳤다.

2) 그러나 ○○농협은 종교단체의 경우 금융사고가 빈번하기 때문에 근저당권부 채무의 승계인으로 인정할 수 없다는 취지의 의견을 표명하였고, 이에 원고는 제3의 금융기관으로부터 대환대출을 받아 ○○농협 명의의 근저당권을 말소시키는 방법을 모색하였으나 이 역시 여의치 않게 되었다. 그리하여 원고는 2007. 3.경 매도인인 김○○, 원고 대표자의 배우자인 공○○과 사이에, 원고와의 매매계약을 해제하고 대신 공○○ 명의로 새로운 매매계약을 체결하기로 합의하였다.

3) 원고는 2007. 3. 9. 김○○과의 매매계약을 합의해제하였고, 같은 달 14. 공○○ 명의를 빌려 재차 김○○으로부터 종전 매매계약과 동일한 조건으로 이 사건 부동산을 매수하는 계약을 체결한 후 같은 달 15. 공○○ 명의로 위 부동산의 소유권이전등기를 마쳤다.

4) 원고는 2007. 1. 31.경부터 지금까지 줄곧 위 부동산을 종교시설로 사용하고 있다.

[인정 근거] 다툼이 없는 사실, 갑 4 내지 7호증의 각 기재, 증인 김○○의 증언, 변론 전체의 취지

라. 판단

1) 「지방세법」제107조, 제127조는 종교사업을 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 사용할 목적으로 취득하는 부동산에 대하여는 취득세·등록세를 부과하지 아니하되, 그 사용일로부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우에는 해당

부분에 대하여 취득세·등록세를 부과한다고 규정하고 있다.

2) 피고는 공○○의 이 사건 부동산에 관한 소유권취득이 원고의 매각행위에 기인한 것으로 보아 「지방세법」제107조 단서, 제127조 단서 규정을 적용하여 원고에게 이 사건 처분을 내린 것으로 보인다. 그런데 위 각 규정의 취지는 비과세 대상 부동산을 취득하여 세제상의 혜택을 입은 자가 그 부동산을 해당사업 용도에 직접 사용하지 않고 취득일로부터 2년 이내에 제3자에게 재차 처분함으로써 비과세의 혜택을 부여한 취지를 잠탈하는 경우를 방지하기 위한 것이다. 그러므로 이 사건과 같이 종교단체인 원고가 위 부동산을 매수하면서 대금지급의 방법으로 종전 소유자인 김○○의 금융기관에 대한 대출금채무를 인수하는 것이 여의치 않아 김○○과의 기존 매매계약을 일단 해제한 후 원고 대표자의 배우자 공○○ 명의로 종전 계약과 동일한 조건으로 김○○으로부터 이 사건 부동산을 재차 매수하고, 원고가 위 부동산을 종교사업 목적으로 계속해서 사용함으로써 매매계약 해제 이후에도 위 부동산에 관한 실질 소유자로서의 지위를 여전히 보유하고 있다면, 이는 ‘당해 부동산을 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각한 경우’에 해당하지 않는다고 봄이 상당하다.

결국 이 사건의 경우 원고의 행위는 비과세 대상인 종교사업용 부동산을 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각한 경우에 해당되지 않으므로, 이 점을 지적하는 원고의 주장은 이유 있다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

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【관계법령】

지방세법

제107조 (용도구분에 의한 비과세)

다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세를 부과한다.

1. 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득

제127조 (용도구분에 의한 비과세)

①다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기·등록일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 등록세를 부과한다.

1. 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기