학교법인이 체육대학부지를 제외한 나머지 토지를 3년 이내에 고유목적 사업에 사용하지 못하였다 하더라도 그 사용하지 못한데 대하여 정당한 사유가 있다 할 것이다. 따라서 비영리사업자인 학교법인은 쟁점 토지를 3년 이내에 그 고유목적 사업에 사용하였거나 사용하지 못한데 정당한 사유가 있다 할 것이므로, 취득세 및 등록세를 부과한 처분은 위법하다.

1. 처분의 경위

다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑1호증의 1 내지 78, 갑2호증의 1ㆍ2, 을13호증의 1 내지 4, 을14ㆍ15ㆍ19호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있다.

가. 원고는 부산 사하구

하단2동 840 일대에서

동아대학교를 설치ㆍ운영하고 있는 학교법인이다.

나. 원고는 1998. 9. 1.부터 2003. 6. 27.까지 진해시 두동 일원에

동아대학교

보배캠퍼스(이하, ‘

보배캠퍼스’라고 한다)를 조성하기 위하여 진해시

두동 22-1 토지 외 135필지 503,122㎡(이하, ‘이 사건 토지’라고 한다)를 매매로 취득하면서

구 지방세법(2005. 12. 31. 법률 제7843호로 개정되기 전의 것 또는 2000. 12. 29. 법률 제6312호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제107조 등에 의한 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하기 위한 부동산의 취득이라 하여 취득세 등을 면제받았다.

다. 피고는 2006. 9. 7. 원고가 이 사건 토지를 취득한 후 취득일로부터 3년 이내에 학교부지로 사용하지 아니하였음을 이유로, 원고에게 취득세 264,237,720원, 농어촌특별세 24,221,540원, 등록세 331,533,280원, 지방교육세 60,780,870원 합계 680,773,410원을 부과ㆍ고지하는 처분(이하, ‘이 사건 처분’이라고 한다)을 하였다.

라. 이에 대하여 원고가

행정자치부장관에게 심사청구를 하자,

행정자치부장관은 2007. 1. 29. 이 사건 토지 중 진해시

두동 35-1, 496, 496-1, 497, 142-2 합계 7,635㎡에 대하여는 지목이 전ㆍ답이어서 그 등록세의 세율이 1000분의 10인데도 그 지목을 임야로 보아 1000분의 30의 세율을 적용한 부분에 잘못이 있다는 이유로 등록세를 321,948,260원, 지방교육세를 59,023,620원으로 감액하여야 한다는 결정을 하였고, 피고는 2007. 2. 15. 그 결정 취지에 따라 등록세 9,585,020원, 지방교육세 1,757,250원을 감액하는 결정을 하였다.

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는, ① 이 사건 토지 중 체육대학부지에 대하여는 3년 이내에 이미 공사에 착공하여 그 고유목적 사업에 직접 사용하였고, ② 나머지 토지에 대하여도 원고가 비영리 학교법인인 점, 토지의 취득이 학교부지인 점, 토지의 필지수와 면적 및 취득비용이 방대하여 학교 용지 취득에 상당한 준비기일이 소요된 점, 원고가 한국감정원을 학교용지 매수대행자로 지정하여 조속한 토지매수에 최선을 다한 점, 피고가 이 사건 토지에 학교시설 설치가 용이하도록 도로와 수도 등 기반 시설을 건설해 주기로 협약을 체결하고서도 이러한 기반시설을 만들어 주지 않은 점 등에 비추어보면, 원고가 이 사건 토지를 취득하고

구 지방세법 제107조등에서 규정한 3년 이내에 그 사업 목적에 사용하지 못한 데에는 정당한 이유가 있다고 주장한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑3ㆍ6ㆍ8ㆍ9ㆍ10ㆍ12ㆍ13ㆍ15ㆍ20ㆍ21ㆍ22ㆍ26ㆍ30 내지 33호증, 갑4ㆍ19호증의 각 1 내지 3, 갑5호증의 1 내지 5, 갑7ㆍ17ㆍ28ㆍ29호증의 각 1ㆍ2, 갑23호증의 1 내지 4, 을1ㆍ6 내지 9ㆍ20ㆍ21ㆍ26호증의 각 기재, 제1심 법원 및 이 법원의 각 현장검증 결과에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있다.

(1) 원고는 1996. 10. 9. 피고와 사이에 1996년부터 2007년까지 진해시 두동과

용원동 일원 582필지 1,575,200㎡(476,500평)의 토지에 학생 10,830명을 수용하는 6개의 단과대학 및 병원 시설을 설립하기로 하는 기본 협약을 체결하였는데, 위 협약서상 피고는 도시계획 시설 결정 및 지적고시를 하고 도시계획 사업 실시계획 협의 및 인가를 하며, 토지 매입은 토지수용법에 의거 추진될 수 있도록 협조하고, 교지와 접한 지역에 대한 도시기반시설의 설치에 협조할 뿐 아니라 학교개발계획과 인접지 개발계획을 연계 및 조정하도록 되어 있다.

(2) 이에 참가인은 1997. 10. 30. 경상남도 고시 제1997-322호로 위 협약서상 학교부지에 대하여 진해도시계획(재정비) 변경결정(교지면적 1,550,800㎡)을 고시하였다.

(3) 원고는 1998. 9. 1.부터 2003. 6. 27.까지 11,010,101,650원을 투입하여 136필지 503,122㎡의 이 사건 토지를 매입하고 그 이후에도 지속적으로 토지 매입에 나서 2006. 8월경까지 약 161억 원을 투입하여 210필지 822,539㎡의 토지(소유자 289명)를 학교부지로 매입하였다.

(4) 피고는 2002. 5. 20. 사업시행자로 원고를, 사업시행 면적을

보배캠퍼스 1,550,800㎡ 중 체육대학부지 조성사업 104,987㎡로, 기간은 2002. 5월부터 2004. 5. 30.까지로 하는 도시계획시설(학교)사업 사업시행자 지정 및 실시계획을 인가하였다.

(5)

재정경제부장관이 2003. 10. 30. 재정경제부 고시 제2003-20호로 부산 강서구 및 진해시 일원을 부산ㆍ진해 경제자유구역으로 지정함에 따라

보배캠퍼스 조성사업에 대한 관할관청이 진해시장에서 부산ㆍ진해경제자유구역청장으로 변경되었고, 부산ㆍ진해경제자유구역청장은 2004. 9. 10. 원고의 신청에 따라 사업면적을 당초 104,987㎡에서 168,430㎡로, 사업종료기간을 2004. 5. 30.에서 2006. 12. 31.까지로 변경하는 도시계획시설(학교)사업 실시계획(변경) 인가를 하였다.

(6) 원고는 2005. 4. 14. 한국감정원과 체육대학 부지조성사업에 관한 보상업무 위ㆍ수탁협약서를 체결하고 토지수용재결신청을 하여 추가로 토지를 매수하기 위한 노력을 기울이는 한편 법인이사회에서 2005. 5. 24. 진해

보배캠퍼스 규모를 47만평에서 26만평으로 축소하며 2015년까지 개발계획을 연장하는 학교 중장기 발전계획을 변경승인하였다.

(7)

재정경제부장관은 웅천도요지 복원사업부지가 이미 결정된

보배캠퍼스 조성 사업 부지의 중심에 계획됨에 따라 보배북측지구 신설, 웅천도요지 복원사업에 따른 북동측 부지의 편입, 소사－녹산간 도로 터널진입부의 제척, 대부분이 산지지역이어서 개발이 불가능한 남측부지의 제척 필요성 때문에 2007. 8. 30. 재정경제부 고시 제2007-42호로 당초의 보배지구를

동아대학교

보배캠퍼스 지구 785,100㎡(사업시행자 학교법인 동아학숙), 문화지구 165,000㎡(사업시행자 진해시장), 보배북측지구 478,000㎡(사업시행자 미정), 남측지구 271,500㎡로 나누는 부산ㆍ진해경제자유구역 보배지구 개발계획 변경 승인 고시를 하였고, 원고는 2007. 10. 11.

보배캠퍼스 지구 785,100㎡에 대한 환경영향평가서를 환경부에 제출하여 2008. 7. 25. 환경영향평가 협의를 완료하였다.

(8) 원고는 2002년과 2004년의 실시계획인가 및 변경인가시 체육대학부지 조성을 위한 설계ㆍ감리를 의뢰한

주식회사 한가람 및

주식회사 하나기술단 작성의 각 부지조성 현황 및 계획평면도 등에 따라 2002. 8. 23.

주식회사 경동과 부지조성공사계약을 체결하고 자체적으로 국도2호선에서 사업부지로의 도로를 개설하여 일부 공사를 시행해 오고 있는데, 이 사건 토지 중 체육대학부지에 편입된 토지는 진해시

두동 497-1 토지 외 28필지(편입면적은 153,675㎡이나, 필지 단위로 매수함에 따라 매입한 토지 면적은 모두 158,393㎡임, 이하 ‘이 사건 체육대학부지’라고 한다)이며, 그 중 1999. 8. 23. 이후 원고가 매입한 토지는 진해시

두동 산 210-2 토지 외 20필지이다.

(9) 원고는

주식회사 경동의 하도급업체인

당우건설 주식회사와 사업부지에서 생산되는 채석을

당우건설 주식회사가 판매하여 공사비에 대신하도록 하였고, 이에 따라

당우건설 주식회사는 2005. 9. 10. 원고 소유의 진해시

두동 산 224 토지 외 14필지(137,949㎡)에 대하여 도시계획사업(학교시설) 부지정지와 구역 내에서 부수적으로 생산되는 석재 채석을 위한 채석허가 신청을 하여

산림청장으로부터 채석허가를 득하여 골재를 생산하고 있다.

(10)

보배캠퍼스 조성 사업은 사업지구 서쪽에서 추진 중인 두동택지지구 개발사업(사업시행자 : 한국토지공사)과 연계ㆍ조정하여 시행하는 것이 단독으로 시행하는 것보다 단지조성비용이나 상ㆍ하수도 등 주요 기반시설비용 등의 막대한 절감효과를 거둘 수 있는데, 두동택지지구 개발사업은 인근의 마천지방산업단지에서 발생하는 악취 등의 영향으로 인하여 환경부의 사전환경성검토에서 부동의 되어 장기간 지연되다가 2008. 2. 18. 사전환경성검토 조건부 승인을 얻어 본격적으로 사업이 시행되고 있다.

라. 판단

(1) 3년 내 고유목적 사업에 사용

위 인정사실에 의하면, 원고는 이 사건 체육대학부지에 대하여 2002. 8. 23.경 체육대학부지 조성공사에 착공하였으므로, 이 사건 체육대학부지 중 1999. 8. 23. 이후에 매입한 진해시

두동 산 210-2 토지 외 20필지에 대하여는 이를 매입한 때로부터 3년 내에 고유목적 사업에 사용하였다 할 것이고(피고는 이 부분에 대하여 원고가 제1심에서 자백하였으므로 이를 다툴 수 없다고 주장하나, 원고가 이 부분에 대하여 고유목적 사업에 사용하였다는 법률적인 주장을 하지 아니하였다 하여 이 부분에 대한 공사착공을 하지 않았다는 사실에 대한 자백을 한 것으로 볼 수는 없으므로, 피고의 위 주장은 이유 없다), 반면 그 이전에 매입한 나머지 8필지 토지는 3년 내에 고유목적 사업에 사용하였다 할 수 없다.

(2) 정당한 사유의 존재

구 지방세법 제107조 제1호, 제127조 제1항 제1호및

구 지방세법 시행령(2006. 12. 30. 대통령령 제19817호로 개정되기 전의 것) 제79조 제1항 제2호에서는 ‘학교를 경영하는 자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득ㆍ등기에 대하여는 취득세 등을 비과세하지만, 수익사업에 사용하는 경우와 취득일로부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세 등을 부과한다’고 규정하고 있는데, 여기서 ‘정당한 사유’란 법령에 의한 금지ㆍ제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론이고 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어서 유예기간을 넘긴 사유를 포함하고 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 그 중과의 입법취지를 충분히 고려하면서 그 해당 법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지의 여부, 토지의 취득목적과 경위, 그 취득목적 과 규모에 비추어 이를 고유목적에 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령상ㆍ사실상의 장애사유 및 그 장애정도, 당해 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것이다(

대법원 1995. 12. 8. 선고 95누5257 판결,

대법원 2004. 7. 22. 선고 2002두11950 판결 등 참조).

그러므로, 이 사건 토지 중 3년 내 고유목적 사업에 사용된 위 21필지의 체육대학부지를 제외한 나머지 토지에 대하여 살펴보면, ① 원고는 비영리 학교법인이고 원고가 취득한 이 사건 토지는 교육용 기본재산으로 편입되어 교육과학기술부에 보고되었으므로, 이를 타 용도에 전용하거나 임의로 매도하여 그 차액을 취득하는 것은 사실상 곤란한 점(사립학교법 제28조에 의한 제한), ② 당초 이 사건 사업부지의 토지 필지수가 582필지이고 면적이 1,550,800㎡이어서 그 취득비용이 방대할 뿐 아니라, 현재 원고가 매입한 210필지의 토지소유자만도 289명에 이르러 그들과 접촉하여 위 토지를 전부 취득하는데는 많은 시간이 소요될 수밖에 없었던 점, ③ 그래서 토지수용절차에 의하여 사업을 추진하려고 해도 수용절차를 취하기 위해서는 관계 법령에 따라 대상토지의 3분의 2 이상에 해당하는 토지를 소유하고, 토지소유자 총수의 3분의 2 이상의 동의를 얻어 도시계획시설 사업시행자가 된 후에야 비로소 토지수용절차를 진행할 수 있는데 그러한 요건을 갖추기 위한 준비에도 많은 시간과 노력이 소요될 수밖에 없는 점, ④

보배캠퍼스 조성 사업은 대학캠퍼스의 특성상 순차적ㆍ부분적인 개발계획보다는 종합적ㆍ체계적인 개발계획이 더 필요하였다 할 것인데 사업시행지 군데군데 매입하지 못한 토지가 다수 발생한 상태였기 때문에 종합적ㆍ체계적인 개발계획을 수립하기가 쉽지 않았고, 그 전에 일부 매입이 완료된 토지부분만으로 공사를 시행하는 것은 비효율성과 예측불가능성 때문에 어려움이 따랐을 것으로 예상되는 점, ⑤ 원고가 이 사건 토지 매입 이후 법학전문대학원 도입이 예정되어 중ㆍ단기적인 학교발전계획의 현안으로 대두된 법학전문대학원의 설립인가 및 이를 위한 인프라 구축이 시급하였고 이를 위해 부산

서구 부민동에 있는 구 부산고등법원 부지 및 건물의 매입 등에 막대한 예산이 소요되는 사정변경이 발생하여 재정적 여유가 없었던 점, ⑥ 원고 또한 161억 원이라는 거액의 토지 매입자금을 투입하였음에도 이 사건 토지를 그 고유의 용도에 사용하여 사업을 빠른 시일 내에 확정짓지 못함으로서 상당한 경제적 손실을 입고 있는 점, ⑦ 학교시설에 반드시 필요한 도로ㆍ상하수도 등 기반시설은 두동택지지구 개발사업과 연계하여 시행하여야 함에도 원고의 귀책사유 없이 두동택지지구 개발사업이 지연되었던 점, ⑧

보배캠퍼스 조성 사업은 인접한 두동택지개발사업과 공동으로 시행할 경우 막대한 비용절감 효과를 거둘 수 있어 기본협약서에서도 인접지 개발과 연계ㆍ조정하기로 되어 있었음에도 두동택지개발 사업이 지연되어 원고 단독으로

보배캠퍼스 조성 사업을 시행하기 어려웠던 점, ⑨ 사업구역 내에 도요지가 발굴되는 바람에 사업구역 내에 문화지구가 별도로 지정되어 원고도 구역계획을 상당부분 조정해야 할 필요성이 있었던 점, ⑩ 비록 원고가 이 사건 토지를 매입한 이후 상당기간이 경과한 것은 사실이지만 원고는 이 사건 토지 매입 이후 체육대학부지에 대한 공사 착공, 미매입 토지에 대한 매입완료 및 환경영향평가 협의완료 등 일련의 과정을 전체적으로 관찰하면

보배캠퍼스 조성을 위해 필요한 절차를 진지하고 꾸준하게 밟아 나간 것으로 볼 수 있는 점 등에 비추어 보면, 원고가 이 사건 토지 중 위 21필지의 체육대학부지를 제외한 나머지 토지를 3년 이내에 고유목적 사업에 사용하지 못하였다 하더라도 그 사용하지 못한데 대하여 정당한 사유가 있다 할 것이다.

(3) 따라서, 원고는 이 사건 토지를 3년 이내에 그 고유목적 사업에 사용하였거나 사용하지 못한데 정당한 사유가 있다 할 것이므로, 이와 다른 전제에 선 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용하여야 할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로, 원고의 항소를 받아들여 제1심 판결을 취소하고 피고의 이 사건 처분을 취소하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.