학교법인이 대학 및 병원 신축용의 토지를 취득한 이후 00시에서 도로를 개설하여 원고를 도시계획시설 사업시행자로 지정하는 등 적극적으로 협조하였음에도 2005년에야 체육대학 부지조성 관련 보상업무 위탁계약을 체결한 점이나, 실질적인 공사를 진행하지 않은 채 골재채취만을 하고 있는 점 등을 종합적으로 고려할 때, 취득 3년 이내에 정당한 사유없이 직접사용하지 않은 토지로 보아 감면된 취득세 등을 부과하여야 한다.

1. 기초사실

가. 원고는 부산광역시

사하구 하단2동 840번지 일대에서

동아대학교를 운영하는 학교법인이다.

나. 원고는 1998. 9. 1.부터 2003. 6. 27.까지 경상남도 진해시 두동 일원에

동아대학교보배캠퍼스를 조성하기 위하여

경상남도 진해시 두동 22-1번지 토지 외 135필지 503,122㎡(이하 ‘이 사건 토지’라고 한다)를 매매로 취득하였다.

다. 피고는 2006. 9. 6. 원고가 이 사건 토지를 취득한 후 취득일로부터 3년 이내에 학교부지로 사용하지 아니하였음을 이유로, 원고에게 취득세 264,237,720원, 농어촌특별세 24,221,540원, 등록세 331,533,280원, 지방교육세 60,780,870원을 부과고지하는 처분(‘이 사건 처분’이라고 한다)을 하였다.

라. 원고가 행정자치부장관에게 심사청구를 하여, 행정자치부장관은 2007. 1. 29. 이 사건 토지 중

경상남도 진해시 두동 35-1번지, 496번지, 496-1번지, 497번지, 142-2번지 합계 7,635㎡에 대하여는 지목이 전답이어서 그 등록세의 세율이 1000분의 10인데도 임야로 보아 1000분의 30의 세율을 적용한 부분에 잘못이 있다는 이유로 등록세를 321,948,260원, 지방교육세를 59,023,620원으로 감액하여야 한다는 결정을 하였고, 피고는 2007. 2. 15. 그 결정 취지에 따라 등록세 9,585,020원, 지방교육세 1,757,250원을 감액하는 결정을 하였다.

2. 당사자의 주장

원고는,

동아대학교 보배캠퍼스를 조성하는 데 필요한 토지의 필지가 많고, 그 면적이 방대하여 취득 비용이 많아 학교 용지 취득에 상당한 준비기일이 소요된 점, 원고가 한국감정원을 학교용지 매수대행자로 지정하여 조속한 토지매수에 최선을 다한 점, 피고가 이 사건 토지에 학교시설 설치가 용이하도록 도로와 수도 등 기반 시설을 건설해 주기로 협약을 체결하고서도 이러한 기반시설을 만들어 주지 않은 점에 비추어보면 원고가 이 사건 토지를 취득하고

지방세법 제107조에 규정한 3년 이내에 그 사업 목적에 사용하지 못한 데에는 정당한 이유가 있다고 주장한다.

3. 판단

관련 법령은 별지 기재와 같고, 갑 제3호증, 제4호증의 1, 2, 3, 제5호증의 1 내지 5, 제6호증, 제7호증의 1, 2, 을 제1호증 내지 제12호증, 제20호증 내지 제26호증의 기재와 이 법원의 현장검증 결과에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고와 피고는 1996. 10. 9. 원고가 2007년까지 경상남도 진해시 두동과 용원동 일원에 6개 단과대학과 병원 시설을 설립하기로 하는 기본 협약을 체결한 사실, 참가인이 1997. 10. 30. 경상남도 고시 제1997-322호로 보배캠퍼스 면적을 1,550,800㎡로 정한 진해시 도시계획(재정비) 변경결정을 고시하고, 피고가 2001. 2. 16. 보배캠퍼스 이전에 따른 도시기반시설 확충을 위하여 ‘두동마을 진입도로 개설공사’를 공사비 9억 1,100만 원을 투입하여 착공하여 2002. 2. 10. 이를 준공한 사실, 피고가 보배캠퍼스 일부만이라도 착공할 것을 원고에게 촉구한 다음 2002. 5. 20. 보배캠퍼스 체육대학 부지조성을 위하여 전체 계획 부지 중 일부인 경상남도 진해시 두동 산 224번지 일원 104,987㎡에 대하여 사업기간은 2002. 5.부터 2005. 5.까지, 사업시행자는 원고로 하는 내용의 도시계획사업실시계획인가결정을 하고 이를 고시한 사실, 원고가 위와 같은 인가를 받고도 착공을 하지 않고 있는 상태에서 주식회사 당우건설이 2005. 10. 7. 산림청으로부터 채석허가를 얻어 이사건 토지상에서 골재 채취를 하고 있는 사실, 원고는 피고와 보배캠퍼스 설립을 위한 기본 협약을 체결한 후 1998년부터 2000년까지 680,926㎡의 토지를 11, 068,284,000원을 투입하여 매입하고 그 이후로도 계속 매년 수억 원 내지 수천만 원을 투입하여 토지를 매입하고 있는 사실, 원고는 2005. 4. 14.에 이르러서야 한국감정원과 체육대학 부지조성과 관련하여 보상업무 위수탁협의계약을 체결한 사실이 인정되는바, 이에 원고가 2000년경 이미 상당량의 토지를 매입하여 보배캠퍼스 공사의 일부를 시행할 수 있었던 점, 피고가 2002년 원고의 그 캠퍼스 공사를 시행하는데 필요한 도로를 개설하고 원고를 도시계획시설 사업시행자로서 지정하는 등 원고의 공사에 적극적으로 협조한 점, 원고는 2002년에 도시계획시설 사업시행자로 지정되었음에도 2005년에서야 체육대학 부지조성 관련 보상업무 위탁계약을 체결하고 그 후로도 실질적인 공사를 진행하지 않은 채 골재채취만을 하고 있는 점 등을 고려하면, 원고가 이 사건 토지를 취득일로부터 3년 이내에 고유목적에 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있다고 볼 수 없다.

4. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 주문과 같이 판결한다.