이 사건 기록과 원심판결 및 상고이유서를 모두 살펴보았으나, 상고인의 상고이유에 관한 주장은 상고심절차에 관한 특례법 제4조 제1항 각 호에 정한 사유를 포함하지 아니하거나 이유가 없다고 인정되므로, 같은 법 제5조에 의하여 상고를 기각하기로 하여 관여 법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

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【하급심-대구고등법원 2009. 10. 9. 선고 2009누172 판결】

【주문】 처분청승소

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

【이유】

1. 처분의 경위

가. 원고는 00대학교를 설치·운영하는 비영리법인인 학교법인으로서, 00대학교 구내(00시 00구 00동 135 외 261필지)에 지하 2층, 지상 5층의 연면적 16,886.58㎡{지하층 2,696㎡(주차장, 기계실 등), 1층 3,264.36㎡(국제회의장), 2층 1,242.03㎡(중회의실, 소회의실), 905㎡(식당), 3ㆍ4층 2,986㎡(게스트룸 60실), 5층 1,044㎡ (식당)}의 00대학교국제관(이하 ‘이 사건 건축물’이라 한다)을 건축하여 2007. 7. 26. 사용승인을 받았다.

나. 원고는 이 사건 건축물 중 식당과 숙소부분 9,483.85㎡(공용면적 포함, 이하 ‘이 사건 쟁점부분’이라 한다)에 대하여 2007. 8. 14. 주식회사 0000(이하 ‘이 사건 수탁회사’라 한다)에게 운영을 위탁하기로 하는 내용의 000국제관위탁운영계약을 체결하였다.

다. 원고는 2007. 8. 26. 피고에게 이 사건 건축물이 대학의 교육연구 및 학교구성원의 복지에 제공되는 시설로서 「지방세법」제107조 제1호에 의한 비과세대상에 해당한다는 이유로 지방세감면신청서를 제출하여 같은 달 31. 피고로부터 그 확인을 받았다.

라. 그런데 피고는 원고가 이 사건 쟁점부분을 수익사업인 부동산 임대사업에 사용하는 것으로 보아 그 임대개시일부터 30일 이내에 취득세를 납부하여야 한다는 통보를 하였고, 이에 원고는 2007. 9. 6. 전체 건축비 19,063,636,363원 중 이 사건 쟁점부분에 해당하는 건축비용 10,706,698,885원을 과세표준으로 하여 피고에게 취득세 214,133,970원, 농어촌특별세 21,413,390원, 등록세 85,653,590원, 지방교육세 17,130,710원을 신고한 다음 2007. 9. 12. 이를 납부하였으며, 그 후 2008. 1. 9. 추가공사 등에 든 전체 건축공사비 590,909,090원 중 이 사건 쟁점부분에 해당하는 건축비용 331,871,926원을 과세표준으로 한 취득세 6,637,440원, 농어촌특별세 663,750원, 등록세 2,654,970원, 지방교육세 531,000원을 신고·납부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2, 3, 4, 5, 6, 10호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 건축물의 신축목적, 위탁관리의 경위, 설치장소, 대상고객 및 이용 현황, 취급업종, 이용대금 및 판매가격의 결정, 운영실태 등을 종합적으로 고려해 보면, 이 사건 건축물은 그 전체가 국제학술활동, 세미나 등 각종 행사 개최에 따른 대학구성원들의 숙식과 회의 등을 효율적으로 지원하기 위한 목적으로 건립되었을 뿐만 아니라 실제 그 목적에 부합되게 운영되는 학교법인의 교육연구시설 및 후생복지시설로서 교육사업에 사용하는 부동산에 해당한다고 할 것이므로, 이 사건 건축물 중 이 사건 쟁점부분이 수익사업에 사용된다는 전제하에 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

⑴ 원고는 2007. 8. 14. 이 사건 건축물 중 이 사건 쟁점부분에 관하여 이 사건 수탁회사와 다음과 같은 내용의 000국제관위탁운영계약을 체결하였다.

한편, 원고와 이 사건 수탁회사간의 위탁운영자산관리에 관한 약정서에 의하면 수탁자는 영업활동 중 수익적 지출의 유지보수 및 손·망실 관련 지출에 대하여 책임을 다하고(제2항), 000국제관 위탁운영계약 일반약관에 의하면 수탁자는 선량한 관리자로서 위탁운영 자산의 관리책임을 지는 동시에 사용, 수익에 필요한 모든 비용을 부담하며(제5조 제1항), 수탁자는 위탁자의 이사회구성원 및 교직원들에게 적용할 할인율, 식대 등에 대하여 위탁자와 사전협의하여 운영하기로 되어있다(제7조 제3항).

⑵ 이 사건 수탁회사가 정한 이 사건 쟁점부분의 객실 이용료 및 식당의 주요 음식가격은 다음과 같다.

⑶ 이 사건 쟁점부분 중 객실의 2007. 8. 14.부터 2008. 6. 30.까지의 이용현황은 다음과 같다.

⑷ 원고는 이 사건 건축물 중 컨벤션 시설을 2007. 8. 14.부터 운영한 결과 2008. 3. 20.까지 약 7개월 동안 수입(컨벤션 사용료) 34,063,000원, 지출(운영비 지출내역) 87,451,000원으로 53,389,000원의 적자를 보았고, 이에 이 사건 쟁점부분의 위탁금액으로 운영비와 이 사건 건축물의 유지보수비에 투자할 계획으로 있다.

⑸ 한편, 이 사건 수탁회사는 이 사건 쟁점부분에서 일반인을 대상으로 한 결혼식 영업을 하였는데, 면학분위기 저해 및 포스텍의 대외이미지 실추 등의 문제가 불거지자, 00대학교총장은 2008. 1. 16. 이 사건 수탁회사에게 이 사건 건축물 내에서의 일반인을 대상으로 한 대규모 행사 및 결혼식 영업을 자제하고, 000 및 000 관련 인사에 한해서만 주말과 휴일에 결혼식 영업을 하도록 하며, 주차장 수용능력을 초과하는 인원이 참석하는 결혼식 및 각종 행사 등은 불허한다는 내용의 ‘000 국제관 대규모 행사 및 결혼식 영업자제 요청’이라는 문서를 발송하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제6, 7, 9, 11, 12호증, 갑 제13, 14호증의 각 1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

⑴ 「지방세법」제107조 제1호, 제127조 제1항 제1호, 지방세법시행령 제78조의2, 제79조, 제93조의2, 제94조에 의하면, 「지방세법」제107조 제1호, 제127조 제1항 제1호 소정의 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 경우 지방세법상 원칙적으로 취득세, 등록세, 농어촌특별세, 지방교육세 등을 부과하지 않도록 하되, 다만 위 부동산을 법인세법 제3조 제2항의 규정에 의한 수익사업에 사용하는 경우 등에는 위 각 세금을 부과하도록 규정하고 있고, 법인세법 시행령 제2조 제1항은 법인세법 제3조 제2항의 수익사업을 규정하면서 아울러 단서 제3호에 수익사업에서 제외되는 사업으로 "교육서비스업 중 유아교육법에 따른 유치원·초중등교육법 및 고등교육법에 의한 학교와 평생교육법에 의한 원격대학 형태의 평생교육시설을 경영하는 사업"을 규정하고 있다.

또한, 「지방세법」제107조 제1호, 제127조 제1항 제1호 소정의 비영리사업자가 부동산을 그 사업에 직접 사용하는 것인지 아니면 수익사업에 사용하는 것인지의 여부는 당해 비영리사업자의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 한다(대법원 2002. 4. 26. 선고 2000두3238 판결, 2006. 1. 13. 선고 2004두9265 판결, 2006. 12. 7. 선고 2005두10255 판결 등 참조).

⑵ 이 사건에서 원고가 이 사건 쟁점부분을 교육연구시설이나 후생복지시설 등 학교법인의 교육사업에 직접 사용하는 것인지 아니면 수익사업에 사용하는 것인지 여부에 대하여 판단하기 위해서는, 앞서 본 법리에 따라 이 사건 쟁점부분의 실제 사용관계(이용주체, 이용현황 등) 및 일반인의 접근 가능성 여부, 이 사건 쟁점부분의 운영과 학교법인의 교육사업과의 연관성, 시설 운영으로 인한 수익의 귀속 주체 및 그 규모 등의 제반사정을 종합적으로 고찰해야 할 것이다.

앞서 본 바와 같은 다음의 사정, 즉 ① 이 사건 건축물은 국제회의장 및 다수의 회의실과 식당, 객실로 이루어져 있는데, 원고는 이 사건 수탁회사에게 그 중 국제회의장, 중회의실, 소회의실 등 회의실을 제외한 식당 및 객실 부분을 전부 임대하였고, 수탁회사는 이에 대한 대가로 원고에게 연간 3억 5,640만 원의 위탁금액을 분기별로 89,100,000원씩 나누어 지급하기로 하였는바, 이러한 위탁금액은 기본적으로 이 사건 쟁점부분의 사용ㆍ수익에 대하여 지급되는 임료로 보이는 데다가 그 금액 역시 적지 아니하고, 원고는 이러한 수익금으로 이 사건 건축물 전체의 운영비와 유지보수비에 충당할 계획이라는 점, ② 이 사건 수탁회사는 원고에게 위탁금액과는 별도로 영업활동 중 수익적 지출의 유지보수 및 손·망실 관련 지출에 대하여 책임을 지는 등 Utility 및 사용료 납부의무까지 별도로 부담하고 있으며, 한편 이사회 구성원 및 교직원들에게 적용할 할인율, 식대 등에 대하여 원고와 사전협의하여야 하는 제한이 있고, 일반약관상으로 위탁목적 외 사용을 금지하는 규정이 있기도 하나, 어디까지나 이 사건 쟁점부분의 운영주체는 이 사건 수탁회사로서, 운영시간ㆍ운영형태ㆍ판매가격 등 시설운영에 대하여 광범위한 재량권을 가지면서 직접적인 수익활동을 하고 있고, 일반인 뿐만 아니라 교직원들이나 학생 등 대학구성원들로부터도 뒤에서 보는 바와 같이 적지 않은 사용료를 받으면서, 그에 대한 대가로 원고에게 앞서 본 바와 같은 상당한 금액의 돈을 지급하고 있는 점, ③ 이 사건 쟁점부분 중 숙소의 이용현황을 살펴보면, 순수한 대학구성원이나 대학연계고객의 이용비율은 59.1%(13.1%+46%)에 불과한 반면, 포스코 및 그 계열사, 포항시청과 관련된 고객의 이용비율은 23%, 일반회사 및 일반고객의 이용비율은 17.7%로서 학교법인의 교육사업으로만 보기 어려운 이용 역시 상당한 비중을 차지하고 있고(원고는 000 및 그 계열사의 이용이나 일반인들의 이용 역시 학교측과의 산학협력차원에서 이루어진 것이므로 교육사업과 무관하지 않다는 취지로 주장하나, 대학교수 및 학생, 교직원 등 학교 구성원들이 주체가 되어 학회 등 학교의 교육사업과 직접적으로 관련된 행사를 진행하면서 그에 수반하여 숙소를 이용하는 것은 학교의 교육사업 또는 후생복지에 사용한다고 볼 여지가 있으나, 그것이 아니라 000 등 회사나 일반인이 그들 자체의 독자적인 목적 하에 위 시설을 이용하는 것을 두고 학교법인이 직접 교육사업 또는 후생복지사업에 사용한다고는 볼 수 없으므로, 위 주장은 이유 없다), 식당 역시 대학구성원들 외에 일반인들도 상당한 비율로 이용하고 있는 것으로 보이는 점, ④ 숙소의 요금은 대학구성원 54,000원에서 94,500원, 일반인 64,000원에서 108,000원으로서, 비영리적인 운영으로 인식될 만큼 현저히 싼 것도 아닌데다가 대학구성원과 일반인 사이의 차이도 그다지 크지 아니하고, 식당의 요금은 대학구성원과 일반인 구별없이 모두 14,000원에서 45,000원으로 역시 인근의 일반 식당에 비하여 특별히 저렴한 것으로는 보이지 않는 점, ⑤ 앞서 본 바와 같은 이 사건 쟁점부분의 이용현황이나 수탁회사가 일반인을 상대로 결혼식 영업까지 한 점 등에 비추어 일반인들 역시 별다른 제약없이 이 사건 쟁점부분을 사용해 온 것으로 보이는 점(이 사건 건축물이 포항공과대학교 내에 위치하고 있다는 점만으로 일반인들의 이용이 현저히 제한된다고는 보기 어렵고, 앞서 본 바와 같이 학교측에서 이 사건 수탁회사에게 일반인을 대상으로 한 대규모 행사나 결혼식 영업을 자제해 줄 것을 요청하였다는 사정만으로 이 사건 쟁점부분에 대한 일반인들의 이용이 엄격히 통제된 것으로도 볼 수 없다) 등을 종합하여 보면, 원고는 이 사건 쟁점부분을 학교법인의 교육사업이나 후생복지사업에 직접 사용하였다기보다는 수익사업에 사용한 것으로 봄이 상당하다(한편, 원고는 00대학교 000플라자의 예를 들면서 이 사건 쟁점부분 역시 그와 마찬가지로 비과세되어야 한다는 취지로 주장하나, 위 타이거플라자는 스포츠바, 핫도그판매점, 우동전문점, 던킨도너츠, 스타벅스커피, 레스토랑 등이 입점한 건물로서, 주이용고객이 학생과 교직원들이고 그 임대수익금이 장학금으로 지급된다는 점 등에서 이 사건 건축물과는 그 목적이나 대상고객 및 이용현황, 취급업종, 이용대금 및 판매대금의 정도, 운영실태 등을 달리하므로, 타이거플라자와는 동일한 기준으로 판단할 수 없다).

그렇다면 이 사건 쟁점부분을 수익사업에 사용하는 것으로 본 피고의 이 사건 처분은 적법하다고 할 것이고, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 결국 이유 없어 이를 받아들이지 아니한다.

3. 결론

따라서 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하고, 원고의 항소는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

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【관계법령】

■ 지방세법

제107조 (용도구분에 의한 비과세)

다음 각 호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유 없이 취득물건의 전부 또는 일부를 그 사업에 사용하지 아니한 경우에는 그 부분에 대하여는 취득세를 부과한다.

1. 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득

제127조(용도구분에 의한 비과세)

① 다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기ㆍ등록일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 등록세를 부과한다.

1. 제사ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기

■ 지방세법시행령

제78조의2 (수익사업의 범위)

① 법 제107조 본문 단서에서 "대통령령이 정하는 수익사업"이라 함은 법인세법 제3조 제2항의 규정에 의한 수익사업을 말한다.

제79조 (비영리사업자의 범위)

① 법 제107조 제1호에서 "대통령령으로 정하는 비영리사업자"라 함은 다음 각 호에 게기하는 자를 말한다.

2. 초·중등교육법 및 고등교육법에 따른 학교, 경제자유구역 및 제주국제자유도시의 외국교육기관 설립·운영에 관한 특별법 또는 기업도시개발 특별법에 따른 외국교육기관을 경영하는 자 및 평생교육법에 의한 교육시설을 운영하는 평생교육단체

제93조의2 (수익사업의 범위)

법 제127조 제1항 단서에서 "대통령령이 정하는 수익사업"이라 함은 제78조의2의 규정에 의한 사업을 말한다.

제94조 (비영리사업자의 범위등)

① 법 제127조 제1항 제1호 본문에서 "대통령령으로 정하는 비영리사업자"라 함은 제79조의 규정에 의한 비영리사업자를 말한다.

■ 법인세법

제3조 (과세소득의 범위)

② 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

1. 제조업, 건설업, 도·소매 및 소비자용품수리업, 부동산·임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령이 정하는 것.

■ 법인세법 시행령

제2조 (수익사업의 범위)

① 법인세법 제3조 제2항 제1호에서 "대통령령이 정하는 것"이라 함은 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류(이하 "한국표준산업분류"라 한다)에 의한 각 사업중 수익이 발생하는 것을 말한다. 다만, 다음 각 호의 사업을 제외한다.

3. 교육서비스업 중 「유아교육법」에 따른 유치원ㆍ「초ㆍ중등교육법」및 「고등교육법」에 의한 학교와 「평생교육법」에 의한 원격대학 형태의 평생교육시설을 경영하는 사업. 끝.

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【하급심-대구지방법원 2008. 12. 10. 선고 2008구합1018 판결】

【주문】 처분청승소

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

【이유】

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 포항공과대학교를 설치운영하는 비영리법인인 학교법인으로서, 포항공과대학교 구내( 포항시 남구 지곡동 135 외 261필지)에 지하 2층, 지상 5층의 연면적 16,886.58㎡{지하층 : 2,696㎡(주차장, 기계실 등), 1층 : 3,264.36㎡ (국제회의장), 2층 : 1,242.03㎡(중회의실, 소회의실), 905㎡(식당), 3, 4층 : 2,986㎡(게스트룸 60실), 5층 :1,044㎡ (식당)}의 포항공과대학교국제관(이하 ‘이 사건 건축물’이라 한다)을 건축하여 2007. 7. 26. 사용승인을 받았다.

나. 원고는 이 사건 건축물 중 식당과 숙소부분 9,483.85㎡(공용면적 포함, 이하 ‘이 사건 쟁점부분’이라 한다)에 대하여 2007. 8. 14. 주식회사 베스트리드리미티드(이하 ‘이 사건 수탁회사’라 한다)에게 운영을 위탁하기로 하는 포스코국제관위탁운영계약을 체결하였다.

다. 원고는 2007. 8. 26. 피고에게 이 사건 건축물이 대학의 교육연구 및 학교구성원의 복지에 제공되는 시설로서 「지방세법」제107조 제1항에 의한 비과세대상에 해당한다고 지방세감면신청서를 제출하여 같은 달 31. 확인을 받았다.

라. 그런데 피고가 이 사건 쟁점부분을 수익사업에 사용하는 것으로 보아 그 임대개시일부터 30일 이내에 취득세를 납부하여야 한다는 통보를 하였고, 이에 원고는 2007. 9. 6. 전체 건축비 19,063,636,363원 중 이 사건 쟁점부분에 해당하는 건축비용 10,706,698,885원을 과세표준으로 하여 피고에게 취득세 214,133,970원, 농어촌특별세 21,413,390원, 등록세 85,653,590원, 지방교육세 17,130,710원을 신고한 다음 2007. 9. 12. 이를 납부하였고, 그 후 2008. 1. 9. 추가공사 등에 든 전체 건축공사비 590,909,090원 중 이 사건 쟁점부분에 해당하는 건축비용 331,871,926원을 과세표준으로 한 취득세 6,637,440원, 농어촌특별세 663,750원, 등록세 2,654,970원, 지방교육세 531,000원을 신고·납부하였다(이하 ‘이 사건 각 처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 2, 3, 4, 5, 6, 10호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 건축물의 신축목적, 위탁관리의 경위, 설치장소, 대상고객 및 이용 현황, 취급업종, 이용대금 및 판매가격의 결정, 운영실태 등을 종합적으로 고려해 보면, 이 사건 건축물 전체가 국제학술활동, 세미나 등 각종 행사개최에 따른 대학구성원들의 숙식과 회의 등을 효율적으로 지원하기 위한 목적으로 건립되었을 뿐만 아니라, 그 목적에 부합되게 운영되는 교육연구시설 및 복지시설로서, 학교사업에 사용하는 부동산에 해당한다고 할 것이므로, 이 사건 건축물 중 이 사건 쟁점부분이 수익사업에 사용된다는 전제하에 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관련법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

(1) 원고는 2007. 8. 14. 이 사건 건축물 중 이 사건 쟁점부분에 관하여 이 사건 수탁회사와 다음과 같은 내용의 포스코국제관위탁운영계약을 체결하였다.

[표생략]

원고와 이 사건 수탁회사간의 위탁운영자산관리에 관한 약정서에 의하면 수탁자는 영업활동 중 수익적 지출의 유지보수 및 손망실 관련 지출에 대하여 책임에 책임을 다하고(제2항), 포스코국제관 위탁운영계약 일반약관에 의하면 수탁자는 선량한 관리자로서 위탁운영 자산의 관리책임을 지는 동시에 사용, 수익에 필요한 모든 비용을 부담하며(제5조 제1항), 수탁자는 위탁자의 이사회구성원 및 교직원들에게 적용할 할인율, 식대 등에 대하여 위탁자와 사전협의하여 운영하기로 되어있다(제7조 제3항).

(2) 이 사건 수탁회사가 이 사건 쟁점부분의 객실 이용료 및 식당의 주요음식가격은 다음과 같다.

[표생략]

(4) 원고는 이 사건 건축물 중 컨벤션 시설을 2007. 8. 14.부터 운영한 결과 2008. 3. 20.까지 약 7개월 동안 수입(컨벤션 사용료) 34,063,000원, 지출(운영비 지출내역) 87,451,000원으로 53,389,000원의 적자를 보았고, 이에 이 사건 쟁점부분의 위탁금액으로 운영비와 이 사건 건축물의 유지보수비에 투자할 계획으로 있다.

(5) 한편, 이 사건 수탁회사가 이 사건 쟁점부분에서 일반인을 대상으로 한 결혼식 영업을 하였다가, 1,500여명 하객의 참석으로 면학분위기가 저해되고, 포스텍의 대외이미지 실추 등의 문제가 불거지자, 포항공과대학교총장은 2008. 1. 16. 이 사건 수탁회사에게 이 사건 건축물 내에서의 일반인을 대상으로 한 대규모 행사 및 결혼식 영업을 불허하고, 포스텍 및 포스코 관련 인사에 한해서만 주말과 휴일에 결혼식 영업을 하도록 하며, 주차장 수용능력을 초과하는 인원이 참석하는 결혼식 및 각종 행사 등은 불허한다는 내용의 회신을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 6, 7, 9, 11, 12호증, 갑 13, 14호증의 각 1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

(1) 「지방세법」제107조 제1호, 제127조 제1항 제1호, 지방세법시행령 제78조의2, 제79조, 제93조의2, 제94조에 의하면, 「지방세법」제107조 제1호, 제127조 제1항 제1호 소정의 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 경우 지방세법상 원칙적으로 취득세, 등록세, 농어촌특별세, 지방교육세 등을 부과하지 않도록 하되, 다만 위 부동산을 법인세법 제3조 제2항의 규정에 의한 수익사업에 사용하는 경우 등에는 위 각 세금을 부과하도록 규정하고 있고, 법인세법시행령 제2조 제1항은 법인세법 제3조 제2항의 수익사업을 규정하면서 아울러 단서 제3호에 수익사업에서 제외되는 사업으로 "교육서비스업 중 유아교육법에 따른 유치원초중등교육법 및 고등교육법에 의한 학교와 평생교육법에 의한 원격대학 형태의 평생교육시설을 경영하는 사업"을 규정하고 있다.

또한, 「지방세법」제107조 제1호, 제127조 제1항 제1호 소정의 비영리사업자가 부동산을 그 사업에 직접 사용하는 것인지 아니면 수입사업에 사용하는 것인지의 여부는 당해 비영리사업자의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 한다( 대법원 2002. 4. 26. 선고 2000두3238 판결, 2006. 1. 13. 선고 2004두9265 판결, 2006. 12. 7. 선고 2005두10255 판결 등 참조)

(2) 이 사건에서 보건대, 앞서 살펴 본 바에 의하면, ① 원고는 이 사건 수탁회사에게 이 사건 건축물 중 국제회의장, 중회의실, 소회의실 등 회의실을 제외한 거의 대부분을 임대하였고, 수탁회사는 원고에게 연간 3억 5,640만 원의 위탁금액을 분기별로 89,100,000원을 나누어 지급하기로 한 점, ② 수탁회사는 원고에게 위탁금액과는 별도로 영업활동 중 수익적 지출의 유지보수 및 손망실 관련 지출에 대하여 책임을 지는 등 Utility 및 사용료 납부의무를 별도로 부담하고 있는 점, ③ 이 사건 쟁점부분 중 숙소의 이용현황을 살펴보면, 순수한 대학구성원이나 대학연계고객의 이용비율은 59.1%(13.1%+46%)에 불과한 점, ④ 숙소의 요금은 대학구성원 54,000원에서 94,500원, 일반인 64,000원에서 108,000원으로 비영리적인 운영으로 인식될 만큼 현저히 싼 것도 아닌데다 대학구성원과 일반인 사이의 차이도 얼마되지 않는 점, ⑤ 식당의 요금도 대학구성원과 일반인 구별없이 14,000원에서 45,000원으로 인근 특급호텔 보다는 저렴하나 일반 식당에 비하여 저렴하다고 보이지 않는 점, ⑥ 이 사건 쟁점부분의 객실 이용현황이나 수탁회사가 일반인을 상대로 한 결혼식 영업을 한 점에 비추어 일반인들이 별다른 제약없이 이 사건 쟁점부분을 사용한 것으로 보이는 점 등을 종합하여 보면, 원고는 이 사건 쟁점부분을 학교법인의 교육사업에 직접 사용하기 보다는 수익사업에 사용한 것으로 보아야 할 것이므로, 원고의 주장은 이유 없다.

3. 결 론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.