이 사건 기록과 원심판결 및 상고이유서를 모두 살펴보았으나, 상고인의 상고이유에 관한 주장은 상고심절차에 관한 특례법 제4조에 해당하여 이유 없으므로, 위 법 제5조에 의하여 상고를 기각하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

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【하급심-서울고등법원 2009. 10. 29. 선고 2009누3127 판결】

【주문】 처분청패소

1. 피고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 피고가 부담한다.

【이유】

이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 이유는, 제1심에서 제출된 각 증거들에 의하여 인정되는 사정들, 즉 2003. 1. 17.자 이 사건 각 토지에 관한 감정평가액은 3,062,400,000원이었으나 2003. 5. 20. 원고가 그 소유자들과 사이에 이 사건 약정을 체결하면서 실제로 매수하여 이 사건 취득세 등을 납부한 대상은 이 사건 각 토지 중 각 1,740분의 1,033.8 지분일 뿐인 점, 2003년 8월경 분양이 개시된 후에도 이 사건 각 토지에 관한 예전 소유자가 소송을 제기하여 이 사건 토지에 예고등기가 경료되고 당초 설계가 축소변경되는 바람에 상가분양이 매우 저조하였고 원고의 건축자금 조달까지 타격을 입는 등 공사가 중단될 위기에 놓이자 토지소유자들이 수분양자와의 법적 분쟁 등으로 인한 재산권 손실을 우려하여 그 확보책으로 원고 회사의 임원에 취임한 것으로 보이고 이러한 과정에서 당초 작성된 정산합의서의 내역과는 다른 경위로 매매대금의 지급이 실제 이루어진 것으로 보이는 점 등의 사정에 비추어 보면, 피고가 당심에서 보완한 주장 및 자료들을 모두 고려하더라도, 원고가 2003. 5. 20.자 이 사건 약정에 따라 각 토지의 소유자들에게 지급할 최대 금액인 34억 원을 기준으로 취득세 등을 추가 납부하였으나 그 후 상가 분양의 실패 등으로 이 사건 각 토지 중 위 각 지분에 대한 매매대금을 6억 8,000만 원으로 정산한 것이라는 제1심의 사실인정을 뒤집기 어렵다는 점을 보태는 외에는 제1심 판결 이유란의 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조에 의하여 이를 그대로 인용한다.

그렇다면 제1심 판결은 정당하므로 피고의 항소를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

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【하급심-수원지방법원 2008. 11. 26. 선고 2008구합458 판결】

【주문】 처분청패소

1. 피고가 2007. 10. 18. 원고에 대하여 한 취득세등록세 과오납금 환급거부처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

【이유】

1. 처분의 경위

다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제4호증, 갑 제9호증의 1 내지 3, 갑 제10호증의 1, 2, 을 제1, 2, 4호증의 각 기재에 의하여 인정할 수 있다.

가. 원고는 2003. 6. 28. 용인시 기흥구 언남동 408 답 497㎡, 같은 동 408-3 답 665㎡, 같은 동 409전 570㎡, 같은 동 409-2전 8㎡(이하 ‘이 사건 각 토지’라고 한다.) 중 각 1,740분의 1,033.8 지분에 관하여 2003. 5. 20. 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳤다.

나. 원고는 이 사건 각 토지 중 1,740분의 1,033.8 지분의 취득과 관련하여 2003. 6. 28. 취득가액 340,000,000원을 과세표준으로 하여 취득세 6,800,000원, 농어촌특별세 680,000원, 등록세 3,400,000원, 지방교육세 680,000원을, 2003. 7. 3. 취득가액 3,060,000,000원을 과세표준으로 하여 취득세 61,200,000원 농어촌특별세 6,120,000원, 등록세 36,720,000원, 지방교육세 6,732,000원을 각 신고하고, 그 무렵 위 각 세금(이하 ‘취득세 등’이라고 한다.)을 각 납부하였다.

다. 원고는 2007. 8. 27.과 2007. 8. 29. 피고에게 원고가 이 사건 각 토지의 소유자들인 이건행, 조명순, 한태남(이하 ‘ 이건행 등’이라고 한다.)으로부터 이 사건 각 토지를 680,000,000원에 매수하되 상가를 건축하여 분양하는 개발사업이 성공적으로 완료될 경우 위 소유자들에게 개발이익을 배분하기로 하고 이 사건 각 토지의 소유자들에게 지급할 최대 금액인 3,400,000,000원을 기준으로 취득세 등을 납부하였으나 사업계획의 변경 및 상가 분양의 실패에 따라 이 사건 각 토지에 대한 매매대금을 680,000,000원으로 정산하였고, 이에 따른 이 사건 각 토지 중 1,740분의 1,033.8 지분의 취득가액은 2003. 6. 28. 신고한 바와 같이 340,000,000원이라는 이유로 과오납한 취득세 등을 환급해 줄 것을 요청하였다. 이에 대하여 피고는 2007. 8. 29. 원고에게 원고의 위와 같은 주장을 신뢰하기 어렵다는 이유로 취득세 등의 환급이 불가능함을 통보하였다.

라. 원고는 2007. 10. 2. 피고에게 다시 원고가 과오납한 취득세 등에 대한 환부신청을 재검토해 줄 것을 요청하였으나, 피고는 2007. 10. 18. 원고에게 원고가 수차 제출한 법인장부가액 및 부동산 매매계약서 내용이 상위하여 객관적으로 신뢰하기 어렵다는 이유로 취득세 등의 환급이 불가능함을 재통보하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다.).

2. 본안전 항변에 대한 판단

가. 피고의 주장

(1) 이 사건 처분은 사실관계의 존부를 확인하는 것으로 행정소송의 대상이 되는 처분이 아니므로 이의 취소를 구하는 이 사건 소는 부적법하다.

(2) 이 사건 소는 사실상 취득세 등 부과처분에 대한 취소를 구하는 것으로 제소기간을 도과하여 부적법하다.

나. 판단

(1) 첫 번째 주장에 대한 판단

살피건대, 「지방세법」제71조 제1항은 지방세법에 의한 신고납부기한 내에 지방세를 신고납부한 자가 다음 각 호의 1에 해당하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령이 정하는 날부터 60일 이내에 수정신고할 수 있다고 규정하면서, 그 제1호로 신고납부한 후에 과세표준액 및 세액 계산의 근거가 되는 면적가액 등이 공사비의 정산, 건설자금의 이자계산, 확정판결 등에 의하여 변경되거나 확정된 경우를, 제2호로 신고납부 당시에 있어서 증빙서류의 압수 또는 법인의 청산 기타 부득이한 사유로 인하여 과세표준액 및 세액을 정확하게 계산할 수 없었으나 그 후 당해 사유가 소멸한 경우를 각 들고 있다. 이와 같은 지방세법상 수정신고제도는 국세기본법상의 경정청구제도와 같이 납세자의 권리를 보호한다는 취지에서 신고납부 후의 후발적 사유를 원인으로 한 수정신고를 인정한다는 것이므로, 위의 규정에 의한 수정신고 사유를 해석함에 있어서는 납세자의 권리보호 측면에서 과세요건 성립 후의 특별한 사정변경으로 신고납부사항을 변경할 수밖에 없는 사유가 있는 경우를 널리 포함함이 상당하다고 할 것이며, 한편 이와 같은 수정신고 중 감액수정신고의 경우 그 경정청구에 의하여 곧바로 당초의 신고로 인한 납세의무에 변동을 가져오는 것은 아니고, 과세관청이 이를 받아들여 과세표준 또는 납부세액을 감액결정하여야만 그로 인한 납세의무확정의 효력이 생기게 되는 것이어서, 만약 과세관청이 그 법정기한 내에 조사, 결정이나 통지를 하지 아니하는 경우에는 납세자로서는 이를 과세관청이 경정청구를 거부한 처분으로 보아 이에 대한 항고소송을 제기하여 그 거부처분을 취소받음으로써 비로소 납세의무를 확정지을 수 있게 되는 것이다( 대법원 2003. 6. 27. 선고 2001두10639 판결 등 참조).

따라서 원고가 2007. 7.경 이건행 등과 사이에 이 사건 각 토지의 매매대금을 680,000,000원으로 정산하기로 하였고, 이에 따라 이 사건 각 토지 중 1,740분의 1,033.8 지분의 취득가액을 3,400,000,000원으로 계산하여 납부한 취득세 등에 대하여 감액수정신고를 하는 취지로 2007. 10. 2.자 환부신청을 하였다고 주장하는 이 사건에 있어서, 위 환부신청은 감액수정신고로 볼 수 있어 이를 거부한 이 사건 처분에 대하여는 항고소송을 제기하여 다툴 수 있다고 할 것이므로, 피고의 위 본안전 항변은 이유 없다.

(2) 두 번째 주장에 대한 판단

살피건대, 이 사건 소는 원고의 2007. 10. 2.자 환부신청을 감액수정신고로 보고 이를 거부한 이 사건 처분의 위법성을 다투는 것으로, 제소기간 90일이 경과하기 이전인 2008. 1. 14. 제기되었음이 역수상 명백하므로, 피고의 위 본안전 항변 역시 이유가 없다.

3. 본안에 대한 판단

가. 원고의 주장

원고는 2003. 5. 20. 이 사건 각 토지 지상에 상가를 건축분양하기 위하여 이 사건 각 토지의 소유자들인 이건행 등으로부터 이 사건 각 토지를 680,000,000원에 매수하되 개발사업이 성공적으로 완료될 경우 위 소유자들에게 개발이익을 배분하기로 약정하였다. 원고는 이 사건 각 토지 중 각 1,740분의 1,033.8 지분의 취득과 관련하여 2003. 6. 28. 340,000,000원을 과세표준으로 하여 취득세 등을 신고납부하였다가, 정산결과에 따라 이 사건 각 토지에 관한 취득가액을 위 계약에 따른 최대 약정금액인 3,400,000,000원으로 수정신고하기 위하여 2003. 7. 3. 3,400,000,000원에서 이미 취득세 등을 신고납부한 340,000,000원을 제외한 나머지 3,160,000,000원을 과세표준으로 하여 취득세 등을 신고하고 그 무렵 이를 납부하였다. 이 사건 각 토지 지상에 건축한 상가의 분양에 실패함에 따라 원고와 이건행 등은 2007. 7.경 이 사건 각 토지의 매매대금을 680,000,000원으로 정산하였다. 따라서 원고가 이 사건 각 토지 중 1,740분의 1,033.8 지분의 취득가액이 340,000,000원 상당이라는 이유로 감액수정신고를 하는 취지로 2007. 10. 2.자 과오납 취득세 등에 대한 환급신청을 하였는바, 이에 대하여 피고가 이 사건 처분을 한 것은 실질과세의 원칙에 위반되어 위법하다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 인정사실

다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제3호증의 1, 2, 갑 제6호증의 1 내지 8, 갑 제7, 8, 13호증, 갑 제12호증의 2 내지 5의 각 기재 및 증인 문성주의 증언에 의하여 인정할 수 있다.

(1) 원고는 2003. 5. 20. 이건행 등과 사이에 원고가 이건행 등 소유의 이 사건 각 토지 지상에 건물을 신축분양하여 그 수익을 배분하기로 하는 내용의 약정을 체결하였다. 위 약정에 따르면 원고는 분양성공 여부와 관계없이 이건행등에게 최소한의 토지대금으로 680,000,000원을 지급하고, 원고가 제시한 조건에 따라 신축건물의 분양이 완료될 경우에는 위 최소 보장금을 포함한 3,400,000,000원을 지급하기로 약정하였다.

(2) 원고는 2003. 6. 28. 이 사건 각 토지 중 각 1,740분의 1,033.8 지분에 관하여 2003. 5. 20. 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳤다.

(3) 원고와 이건행 등은 2007. 8. 20. 이 사건 각 토지의 매매대금을 680,000,000원으로 확정하고 조명순에 대하여 별도로 위로금 명목으로 30,000,000원을 지급하는 것을 내용으로 하는 정산합의를 하였다. 이에 따라 원고는 2007. 8. 28. 이건행 등에게 최종 정산금 12,000,000원(= 680,000,000원 - 2003. 5. 20. 340,000,000원 - 2003. 11. 27. 30,000,000원 - 2003. 12. 26. 50,000,000원 - 2004. 3. 2. 53,000,000원 - 2004. 9. 6. 159,000,000원 - 2005. 2. 21. 18,000,000원 - 2005. 3. 4. 18,000,000원)과 위로금 30,000,000원을 각 지급하고, 이를 기업회계기준에 따라 법인장부에 기장하였다.

(4) 원고는 2007. 8. 30. 이 사건 각 토지 중 각 1,740분의 706.2 지분에 관하여 2003. 5. 20. 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳤다.

(5) 원고는 이 사건 각 토지 중 1,740분의 706.2 지분의 취득과 관련하여 2007. 8. 30. 취득가액 340,000,000원을 과세표준으로 하여 취득세 6,800,000원, 농어촌특별세 680,000원을 각 납부하였다.

다. 판단

(1) 살피건대, 「지방세법」제71조 제1항 제1호는 지방세법에 의한 신고납부기한 내에 지방세를 신고납부한 자에게 신고납부한 후에 과세표준액 및 세액 계산의 근거가 되는 면적가액 등이 공사비의 정산, 건설자금의 이자계산, 확정판결 등에 의하여 변경되거나 확정되는 사유가 발생한 경우 대통령령이 정하는 날부터 60일 이내에 수정신고를 할 수 있다고 규정하고, 「지방세법 시행령」제53조 제1호는 「지방세법」제71조 제1항 본문에서 ‘대통령령이 정하는 날’이라 함은 공사비의 정산 및 건설자금의 이자계산으로 인한 경우에는 기업회계기준에 따라 장부에 기장한 날을 말한다고 규정하고 있다.

(2) 위 인정사실에 의하면 이 사건 각 토지 중 1,740분의 1,033.8 지분의 취득과 관련하여 신고납부기한 내에 취득세 등을 신고납부한 후에 과세표준액 및 세액 계산의 근거가 되는 이 사건 각 토지 중 각 1,740분의 1,033.8 지분에 대한 취득가액이 개발사업의 완료로 인한 정산에 의하여 340,000,000원으로 감액확정되었고, 원고는 이 사건 각 토지의 매매대금을 정산하고 이를 장부에 기장한 2007. 8. 28.로부터 60일 이내에 감액수정신고를 하는 취지로 2007. 10. 2.자 과오납 취득세 등에 대한 환급신청을 하였는바, 사정이 이와 같은데도 피고가 감액수정신고 사유를 인정하기 어렵다는 이유로 위 환급신청을 거부하는 이 사건 처분을 한 것은 위법하다.

4. 결 론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.