대출취급수수료는 금융기관으로부터 자금을 차입하면서 지급하는 금원으로서 법인장부상 비용계정에 처리한 여부와 관계없이 부동산의 취득을 위해 소요된 간접비용에 해당하는 바, 지방세법 시행령 제82조의3 제1항에 의거 이를 과세표준에 포함하여 취득세 등을 부과한 처분은 정당하다.

1. 처분 경위

가. 원고는 2005. 8. 23. 아파트 신축을 위하여

용인시 기흥구 하갈동 366 외 49필지 면적 합계 59,676.71㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 매수하여 2005. 11. 22. 매매대금을 모두 지급하였다. 원고는 그 무렵 이 사건 토지에 관한 소유권이전등기를 마치고, 피고에게 취득세, 농어촌특별세, 등록세 및 지방교육세 등을 신고·납부하였다.

나. 원고는 2005. 11. 21. 주식회사

하나은행으로부터 프로젝트파이낸싱 자금대출로 50,000,000,000원을 차용하여 이 사건 토지 매매대금 등으로 지급하였고, 그 과정에서 2005. 11. 22.경 대출취급수수료 500,000,000원, 담보신탁보수비 100,000,000원 등 합계 600,000,000원(이하 ‘이 사건 수수료 등’이라 한다)을 대출을 위하여 지급하였다.

다. 피고는 2009. 7. 14.경 실시한 원고에 대한 세무조사 결과 원고가 위 취득세 등을 신고·납부할 때 이 사건 수수료 등을 취·등록세 과세표준에서 누락하였음을 확인하고, 2009. 9. 14. 가산세를 포함하여 취득세 19,288,800원, 농어촌특별세 1,320,000원, 등록세 19,288,800원, 지방교육세 3,617,760원을 각 부과하였다(이하 통틀어 ‘이 사건 처분’이라 한다).

라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2009. 11. 19. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2010. 9. 14. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2, 5호증, 을 제1, 8호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고 주장

1) 이 사건 수수료 등에 대하여 원고는 기업회계기준에 따라 비용(지급이자)계정으로 회계처리하였는데, 취득세와 등록세의 부과에 있어 행정자치부의 일관된 유권해석에 따르면, 건설자금이자와 관련하여 법인장부상으로 기업회계기준에 따라 자산계정으로 회계처리된 경우에는 취득세와 등록세의 과세표준에 산입되는 반면, 비용(지급이자)계정으로 회계처리된 경우에는 취득세와 등록세의 과세표준에 산입되지 않는다. 이로써 기업회계상 비용처리된 건설자금이자에 대하여는 취득세와 등록세를 부과하지 않는 비과세관행이 성립하였다. 그러다가 행정자치부가 건설자금이자의 취득세와 등록세의 과세표준 산입 여부가 쟁점이 되었던 2006. 1. 23.자 심사결정에서 건설자금이자를 법인의 회계처리와 관계없이 취득세와 등록세의 과세표준에 포함시켜야 한다고 결정하고, 이어 2007. 9. 15. 같은 취지로 위 심사결정일인 2006. 1. 23. 이후 발생한 건설자금이자부터 취득세 과세표준에 포함하여야 한다는 내용의 유권해석을 하였다. 피고는 이 사건 수수료 등이 2006. 1. 23. 이전에 발생하였음에도 종전의 비과세관행에 반하여 과세표준에 이를 포함시켜 과세하였으므로, 이 사건 처분은 신뢰보호원칙에 반하여 위법하다(이하 ‘제① 주장’이라 한다).

2) 이 사건 수수료 등이 과세표준에 포함된다고 하더라도 원고는 행정자치부장관과 질의회신 등을 신뢰하여 그 부분에 대한 취득세 등을 납부하지 아니한 것이므로,

국세기본법 제48조 제1항의 ‘정당한 사유’에 해당하고, 따라서 가산세를 부과하는 것은 위법하다(이하 ‘제② 주장’이라 한다).

나. 쟁점 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 제① 주장에 관한 판단

앞서 본 바와 같이 이 사건 수수료 등은 원고가 이 사건 토지의 매수대금 상당액을 은행으로부터 대출받는데 지급한 금원 및 이 사건 토지를 취득하는데 지급한 금원이다. 설령 원고가 이를 기업회계상 비용으로 계상하였다고 하더라도

지방세법 시행령(2005. 12. 31. 대통령령 19254호로 개정되기 전의 것) 제82조의3 제1항 소정의 비용으로 보아야 할 것이고, 세무회계는 법인에 대한 과세자료를 제공하는 것을 1차적인 목적으로 한다는 점에서 기업회계기준과 반드시 일치하여야 하는 것이 아니다.

또한 일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위해서는 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고,

국세기본법 제18조 제3항(세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다)에서 말하는 비과세관행이 성립하려면 상당한 기간에 걸쳐 과세를 하지 아니한 객관적 사실이 존재할 뿐만 아니라 과세관청 자신이 그 사항에 관하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정 때문에 과세하지 않는다는 의사가 있어야 하며, 위와 같은 공적 견해나 의사는 명시적 또는 묵시적으로 표시되어야 한다(

대법원 1995. 11. 14. 선고 95누10181 판결 등 참조).

취득가격의 범위에 관한 위

지방세법 시행령 제82조의3 제1항은 2000. 12. 29. 대통령령 제17052호로 개정되면서 취득가격에 포함되는 비용 중 하나로서 종전의 ‘

법인세법 제16조 제11호의 규정에 의한 건설자금에 충당한 금액의 이자’ 부분이 ‘건설자금에 충당한 금액의 이자’로 변경되었다. 갑 제6호증의 1 내지 7의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더해 보면, 행정자치부(현 행정안전부)장관은 위

지방세법 시행령 제82조의3 제1항이 위와 같이 개정된 이후 2005. 9. 7. 행정자치부 지방세정팀-2538호를 비롯하여 수차례에 걸쳐

위 개정 지방세법 시행령 제82조의3 제1항의 규정에도 불구하고 건설자금이자에 관하여 법인이 기업회계기준에 따라 자산으로 회계처리한 경우에는 취득세의 과세표준에 포함되고 지급이자 등 비용으로 회계처리한 경우에는 취득세의 과세표준에서 제외하여야 하나, 이에 해당하는지의 여부는 과세권자가 법인장부 등을 사실조사하여 판단할 사항이라는 내용의 유권해석을 일관되게 해 오다가, 2007. 9. 15. 행정자치부 지방세정팀-3812호로 종전의 유권해석과 달리 피고 등 각 지방자치단체장에게 기업의 회계처리 방법에 상관없이 건설자금이자를 모두 취득세의 과세표준에 포함하되, 다만 2006. 1. 23. 이후 발생분부터 취득세 과세표준에 포함시키도록 하는 내용의 새로운 지침을 시달한 사실이 인정된다.

그러나 취득세와 등록세의 과세권은 원칙적으로 지방자치단체에 있다고 할 것인데, 피고가 행정자치부장관의 위와 같은 유권해석을 따라 이 사건 수수료 등이 발생한 2005년 무렵에도 취득세와 등록세의 납세의무자인 법인이 자신의 회계기준에 따라 수수료 등을 비용계정으로 회계처리한 경우 그 수수료 등을 취득세와 등록세의 과세표준에서 제외하여 취득세와 등록세를 부과하였는지 여부에 관하여 이를 인정할 아무런 증거가 없다. 따라서 앞의 인정사실만으로 법인이 자신의 회계기준에 따라 수수료 등을 비용으로 회계처리한 경우 그 수수료 등을 취득세와 등록세의 과세표준에서 제외하는 내용의 비과세관행이 있었다고 보기 어렵다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다(농어촌특별세는 취득세 납세의무자에게, 지방교육세는 등록세 납세의무자에게 부가하여 부과되는 세목이므로 따로 살피지 않는다).

2) 제② 주장에 관한 판단

지방세법(2010. 12. 27. 법률 제10416호로 개정되기 전의 것) 제27조의2 제2항에 의하면 ‘지방자치단체의 장은 이 법에 의하여 부과하였거나 부과할 가산세에 있어서 그 부과의 원인이 되는 사유가 천재·지변·사변·화재 그 밖에 이와 유사한 사유로서 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 때에는 이를 면제한다’고 규정하고 있고, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의, 과실은 고려되지 아니하는 것이며 법령의 부지 따위는 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없다(

대법원 1995. 11. 7. 선고 95누92 판결 등 참조).

앞서 본 바와 같이, 원고가 이 사건 수수료 등이 아닌 건설자금이자에 대한 구 행정자치부장관의 유권해석만을 근거로 하여 이 사건 수수료 등을 취득세 과세표준에 포함시키지 아니하고 신고한 것은 법령의 부지 내지는 세법의 이해부족에 불과하므로, 가산세를 면제할 정당한 사유에는 해당되지 아니한다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각한다.