사업인정고시일을 기준으로 1년 전부터 수용된 부동산의 소재지 및 연접한 시, 군 등에 계속하여 사업자등록한 법인에 해당하지 않으며, 해당 토지가 사업구역으로 편입되거나 00공사에 의해 수용되는 것을 피하고자 하였음에도 결국 협의매도하였다거나 이후 대체취득시에 00시 과세관청에서 도움을 주지 않았다 하여 신의성실의 원칙을 위배한 것으로 볼 수 없는 바, 부재부동산 소유자의 대체취득에 대해 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다.

1. 처분의 경위

가. 국토해양부장관은 2008. 7. 11.

화성시 동탄면 중리 468-1 대 6,936㎡, 같은 리 469 대 918㎡, 같은 리 833-167 도 135㎡, 같은 리 450-5 창 6,954㎡(이하 통틀어 ‘이 사건 토지’라 한다) 등을 포함한 동탄면 지역 일대에 관하여 화성 동탄2지구 택지개발계획을 승인, 고시하였다. 원고는 2009. 2. 3. 한국토지공사와 이 사건 토지에 관하여는 보상금을 9,246,068,650원으로 하여 공공사업토지 협의취득용 매매계약을, 그 지상에 있는 동탄 제1, 2물류센터 건물 연면적 합계 14,745.5㎡에 관하여는 보상금을 7,355,851,700원으로 하여 지장물(영업)보상합의 계약을 각 체결하였다.

나. 그 후 원고는 2009. 4. 15.

주식회사 영광물류로부터

이천시 마장면 덕평리 130 외 3필지 면적 합계 19,558㎡와 그 지상 4층 창고 연면적 16,418.4㎡(이하 ‘이 사건 대체물’이라 한다)를 16,016,480,000원에 매입한 후, 2009. 6. 5. 원고 앞으로 소유권이전등기를 마쳤다.

다. 원고는 2009. 6. 5. 이 사건 대체물에 관한 소유권이전등기 신청을 하면서 등록세 300,000,000원, 지방교육세 60,000,000원을 신고납부하였고, 2009. 7. 6. 취득세 300,000,000원, 농어촌특별세 30,000,000원을 신고납부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

라. 원고는 이에 불복하여 2009. 7. 20. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2010. 5. 25. 위 심판청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 갑 제6 내지 13호증의 각 기재, 변론 전체

의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1)

지방세법 시행령 제79조의3 제2항은

지방세법(2009. 6. 9. 법률 제9758호로 개정되기 전의 것) 제109조 제2항의 위임을 받아 ‘부재부동산 소유자’를 정의하면서 계약일 또는 사업인정고시일 현재 1년 전부터 계속하여 사업자등록을 하지 아니한 사업자를 예외 없이 모두 ‘부재부동산 소유자’로 보도록 규정하고 있는바, 이는 ‘사업자등록’이라는 형식적인 요건이 충족되지 않을 경우 실질적으로는 ‘부재부동산 소유자’에 해당하지 않더라도 무조건 ‘부재부동산 소유자’에 해당하게 규정한 것으로 모법인 지방세법의 위임취지에 반한 위법한 규정이다.

(2) 원고는 이 사건 토지를 취득하여 이를 원고의 업무를 위한 핵심적인 물류창고시설로 사용하여 왔음에도 그곳에 사업자등록이 되어 있지 않다는 이유만으로 원고를 ‘부재부동산 소유자’라고 판단하여 과세한 것은 실질과세원칙에 반하여 위법하다.

(3)

지방세법 시행령 제79조의3 제2항은

지방세법(2009. 6. 9. 법률 제9758호로 개정되기 전의 것) 제109조 제2항의 위임에 따라 ‘부재부동산의 소유자’에 관하여 규정하고 있는데, 위

지방세법 시행령 제79조의3 제2항은 1990. 12. 31. 대통령령 제13190호로 신설된 다음 2005. 12. 31. 대통령령 제19259호로 현행 시행령의 내용으로 개정된 것이다. 그런데 원고가 이 사건 토지를 취득하여 물류창고로 사용할 당시에는 비과세대상에서 제외되는 ‘부재부동산 소유자’는 주민등록을 하지 않았거나, 주민등록을 한 경우에도 사실상 거주하지 않은 거주자 또는 개인사업자를 의미하였고, 법인의 경우에는 ‘부재부동산 소유자’의 개념에서 제외되어 있었다. 원고는 이와 같은 규정을 신뢰하여 이 사건 토지를 취득하여 이를 물류창고시설로 사용하여 왔고, 신도시 건설이라는 국가시책에 부응하여 손해를 감수하고 위 물류센터를 이전하게 되었음에도, 피고는 원고의 신뢰에 반하여 취득세, 등록세 등을 부과하였으므로, 이 사건 처분은 신의성실원칙에 반하여 위법하다.

나. 쟁점 법령

별지 기재와 같다.

다. 관련 법리

지방세법(2009. 6. 9. 법률 제9758호로 개정되기 전의 것) 제109조 제1항은 “관계법령의 규정에 의하여 토지 등을 수용할 수 있는 사업인정을 받은 자에게 부동산이 매수 또는 수용되거나 철거된 자(공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률이 적용되는 공공사업에 필요한 부동산 등을 당해 공공사업의 시행자에게 매도한 자 및

동법 제78조 제1항 내지

제4항 및 제81조의 규정에 의한 이주대책의 대상이 되는 자를 포함한다)가 계약일 또는 당해 사업인정고시일 이후에 대체취득할 부동산 등의 계약을 체결하거나 건축허가를 받고 그 보상금을 마지막으로 받은 날부터 1년 이내에 이에 대체할 부동산 등을 취득한 때에는 그 취득에 대한 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 새로 취득한 부동산 등의 가액의 합계액이 종전의 부동산등의 가액의 합계액을 초과하는 경우에 그 초과액에 대하여는 취득세를 부과하며, 초과액의 산정기준과 방법 등은 대통령령으로 정한다.”고 규정하고 있고,

같은 조 제2항(이하 ‘이 사건 법률 조항’이라 한다)은 “

제1항의 규정에 불구하고

제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 취득한 경우와 대통령령이 정하는 부재부동산 소유자가 부동산을 대체취득하는 경우에는 취득세를 부과한다.”고 규정하고 있다.

지방세법 시행령 제79조의3 제2항(이하 ‘이 사건 시행령 조항’이라 한다)은 위

지방세법 제109조 제2항의 ‘대통령령이 정하는 부재부동산 소유자’를 “공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 등 관계법령의 규정에 의한 사업고시지구 내에 매수수용 또는 철거되는 부동산등을 소유하는 자로서 다음 각호에 규정하는 지역에 계약일 또는 사업인정고시일 현재 1년 전부터 계속하여 주민등록 또는 사업자등록을 하지 아니하거나 1년 전부터 계속하여 주민등록 또는 사업자등록을 한 경우에도 사실상 거주 또는 사업을 하고 있지 아니한 거주자 또는 사업자(법인을 포함한다)를 말한다.”고 규정하면서, 제2호에서는 “매수·수용 또는 철거된 부동산등이 농지가 아닌 경우에는 그 소재지 구시읍면 및 그와 연접한 구시읍면지역”을 각 규정하고 있다.

이 사건 시행령 조항은 1993. 12. 31. 대통령령 제14041호로 "그와 연접한 구시읍면 지역에 1년이상 주민등록을 하지 아니하거나, 1년이상 주민등록을 한 경우에도 사실상 거주를 하고 있지 아니한 자를 말한다."는 조항에서 "그와 연접한 구시읍면 지역에 1년이상 주민등록 또는 사업자등록을 하지 아니하거나, 1년이상 주민등록 또는 사업자등록을 한 경우에도 사실상 거주 또는 사업을 하고 있지 아니한 거주자 또는 개인사업자를 말한다."는 조항으로 개정되었고, 2005. 12. 31. 대통령령 제19259호로 "거주자 또는 개인사업자를 말한다."는 조항에서 "거주자 또는 사업자(법인을 포함한다)를 말한다."는 조항으로 개정되어 현행 시행령이 되었다. 그 개정 이유로종전에는 토지수용 등으로 인하여 대체취득한 부동산에 대한 취득세 및 등록세 비과세 대상에서 제외되는 부재부동산의 소유자의 범위에 거주자 및 개인사업자만 포함하였으나, 과세형평을 위하여 법인인 사업자도 포함하도록 한다고 되어 있다.

위와 같이 2005. 12. 31.

개정된 지방세법 시행령 부칙 제2조는 “

제79조의3의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 대체취득한 법인의 부동산부터 적용한다.”고 규정하고 있다.

한편,

부가가치세법 시행령 제4조 제2항은 “사업자가 자기의 사업과 관련하여 생산 또는 취득한 재화를 직접 판매하기 위하여 특별히 판매시설을 갖춘 장소(이하 "직매장"이라 한다)는 사업장으로 보며, 사업자가 재화의 보관ㆍ관리시설만을 갖추고 다음 각호의 사항을 기재한 하치장설치신고서를 하치장 관할세무서장에게 제출한 장소(이하 "하치장"이라 한다)는 사업장으로 보지 아니한다.”고 규정하고 있다.

라. 인정되는 사실 관계

갑 제1 내지 4호증, 갑 제6 내지 30호증의 각 기재(가지번호 포함)에 변론 전체의 취지를 종합하면, ① 원고는 1995. 3. 31. 설립된 이래 각종 의류제품판매 및 도소매업을 영위하여 오면서 서울 강남구 논현동에 위치한 본점과 강남세무서장, 중부세무서장, 김해세무서장, 의정부세무서장 관할의 지점 사업장 5곳에 사업자등록을 한 사실, ② 원고는 의류제품의 보관, 관리를 위하여 1999. 12. 21. 및 2002. 1. 25.부터 이 사건 토지에 동탄 제1물류센터와 동탄 제2물류센터를 설치하고 물류창고시설 등으로 사용한 사실, ③ 원고는 2006. 7. 16.부터 2008. 7. 15.까지 ‘삼정물류’(대표 정용주)와 사이에 물류대행 서비스 계약을 체결하고 ‘삼정물류’에게 물류대행업무를 위탁하여 온 사실, ④ 원고는 화성 동탄2지구 택지개발계획에 따라 2009. 2. 3. 한국토지공사와 사이에 이 사건 토지에 관하여는 공공사업토지 협의취득 매매계약을, 그 지상에 있는 동탄 제1, 2물류센터 건물에 관하여는 지장물(영업)보상합의 계약을 각 체결하였고, 그 후 2009. 4. 15. 이 사건 대체물을 매입한 후, 2009. 6. 5. 원고 명의로 소유권이전등기를 마친 사실, ⑤ 원고는 이 사건 토지를 물류창고시설 부지로 사용하면서 사업자등록을 하는 데 특별한 장애가 없었음에도 동탄 제1, 2 물류센터와 관련하여 부가가치세법에서 규정하는 사업자등록을 하거나 하치장설치신고를 하지 않았던 사실을 각 인정할 수 있다.

마. 판단

(1) 이 사건 시행령 조항의 위법 여부에 대한 판단

(가) 법리

조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적인 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않지만, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 허용된다고 할 것이다(

대법원 2008. 2. 15. 선고 2007두4438 판결 등 참조).

또한, 어느 시행령의 규정이 모법의 위임범위를 벗어난 것인지 여부를 판단함에 있어서 중요한 기준 중 하나는 예측가능성인바, 이는 당해 시행령의 내용이 이미 모법에서 구체적으로 위임하고 있는 사항을 규정한 것으로서 누구라도 모법 자체로부터 그 위임된 내용의 대강을 예측할 수 있는 범위 내에 속한 것임을 의미하고, 이러한 예측가능성의 유무는 당해 특정 조항 하나만을 가지고 판단할 것은 아니고 법률의 입법취지 등을 고려하여 관련 법 조항 전체를 유기적체계적으로 종합하여 판단하여야 한다(

대법원 2008. 11. 27. 선고 2006두19570 판결 참조).

(나) 판단

위 인정사실에 의하면, 원고가 이 사건 토지에 1999.경 및 2001.경부터 동탄 제1, 제2 물류센터를 설치하고 물류창고시설 등의 부지로 실질적으로 사업에 사용한 점, 원고가 이 사건 토지를 취득하고 물류창고시설 등의 부지로 사용한 이후인 2005. 12. 31. 대통령령 제19259호로 지방세법 시행령이 원고와 같은 법인 사업자를 포함하는 내용으로 개정되어

같은 법 부칙 제2조에 의하여 원고에게도 이 사건 시행령 조항이 적용되게 된 점, 원고가 사용한 동탄 제1, 2 물류센터는 부가가치세법에서 규정하는 재화의 보관관리시설에 해당하여 사업자가 하치장설치신고서를 하치장 관할세무서장에게 제출한 경우는 사업장에 해당하지 않는데, 원고는 특별한 장애가 없었음에도 부가가치세법에 따른 사업자등록을 하거나 하치장설치신고를 하지 않았던 점 등의 사정은 인정된다.

그러나, 이 사건 법률 조항의 대체취득에 따른 취득세, 등록세 등의 비과세대상에서 제외되는 “대통령령이 정하는 부재부동산 소유자”에 대하여 보건대, 이 사건 법률 조항은 그 위임대상을 “부재부동산 소유자”로 구체적으로 한정하고 있는바, “부재부동산 소유자”라는 법문은 그 개념과 범위가 상당한 정도로 특정되어 있어 통상인이라면 누구라도 “부재부동산 소유자”가 무엇인지, 그 범위가 어디까지인지 대강 예측할 수 있어 이 사건 법률 조항은 대체취득에 따른 취득세 등의 비과세대상에서 제외되는 토지의 종류를 구체적으로 한정하면서 그 범위 내에서 세부적, 기술적 사항만을 대통령령에 위임한 것이라고 할 것이고, 그로써 대통령령에 위임될 내용과 범위를 통상인의 경우 누구라도 예측할 수 있도록 하였다고 할 것이므로, 이 사건 법률 조항은 조세법률주의나 포괄위임입법 금지 원칙에 위반되지 않는다.

여기에 더하여 이 사건에서, ① 이 사건 법률 조항이 취득세 비과세의 제외대상인 부재부동산 소유자에 관하여 대통령령에 그 세부기준을 위임함에 있어서 명시적으로 ‘실질적으로 사업을 하고 있지 않은 사업자’라고 규정하지 않은 점, ② 사회통념상 사업자등록은 실질적으로 사업이 영위되고 있는지 여부를 판단하는 중요한 근거가 되고 있는 점, ③ 사실상 사업을 하고 있는지 여부만을 기준으로 부재부동산 소유자인지 여부를 정하는 것은 매 과세대상마다 사실상 사업을 하고 있는지 여부를 판단하여 비과세 여부를 결정하여야 하므로 과대한 행정비용이 발생할 뿐만 아니라 오히려 그 한계가 명확하지 않아 과세요건 명확성의 원칙에 반할 여지가 있는 점, ④ ‘사업자등록’이 조세 가중이나 감면사유로 요구되는 판례(

대법원 1993. 6. 11. 선고 92누10029 판결 등 참조)에 비추어 중첩적 요건이 조세법의 일반원칙에 반한다고 볼 수 없는 점, ⑤ 각 지방자치단체에 귀속되는 지방세 비과세 기준으로 특정 지방자치단체 등의 관할구역 내 사업자등록을 요구하는 것이 실질과세원칙에 반한다고 볼 수 없는 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 법률 조항은 대통령령에 사실상 사업을 영위하고 있는지 여부만을 기준으로 부재부동산 소유자 요건을 정하도록 위임한 것이 아니라 사업자등록 등을 합리적으로 판단하여 부재부동산 소유자 여부를 정하는 기준으로 삼는 것도 배제하지 않았다는 점을 예측할 수 있다고 할 것이다.

그러므로 이 사건 시행령 조항이 이 사건 법률 조항의 위임범위를 벗어나 취득세 등 비과세 범위를 축소한 것으로서 조세법률주의에 반하여 무효라고 볼 수 없다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(2) 실질과세원칙위반 주장에 관한 판단

위 인정 사실에 의하면, 원고는 이 사건 토지에 동탄물류센터를 설치하고 물류창고시설 등으로 사용하는 등 이 사건 토지를 원고의 사업에 사용한 사실은 인정할 수 있다.

그러나 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적인 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다(

대법원 1994. 2. 22. 선고 92누18603 판결 등 참조).

따라서 지방세법 시행령 제79조의3 제2항이 부재부동산 소유자에 관하여 “계약일 또는 사업인정고시일 현재 1년전부터 계속하여 수용부동산 소재지 구시읍면 및 그와 연접한 구시읍면 지역에 사업자등록을 하지 아니한 자“라고 규정하고 있는 이상 실제로 수용부동산의 소재지에서 사업을 하고 있었다 하더라도 사업자등록을 하지 않았다면 부재부동산소유자라고 보아야 할 것이므로, 위에서 본 바와 같이 원고가 이 사건 수용부동산의 계약일 또는 사업인정고시일 현재 1년전부터 계속하여 이 사건 수용부동산 소재지 구시읍면 및 그와 연접한 구시읍면 지역에 사업자등록을 하지 않은 이상 지방세법 소정의 부재부동산 소유자에 해당한다 할 것이다.

그러므로 원고가 부재부동산 소유자임을 전제로 하여 피고가 원고에 대하여 한 이 사건 처분은 적법하다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(3) 신의성실원칙위반 주장에 관한 판단

조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위해서는, 첫째 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명하여야 하고, 둘째 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 넷째 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하고, 과세관청의 공적인 견해표명은 원칙적으로 일정한 책임 있는 지위에 있는 세무공무원에 의하여 이루어짐을 요한다(

대법원 1995. 6. 16. 선고 94누12159 판결 등 참조).

갑 제5, 9호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 이 사건 토지가 화성 동탄2지구 사업구역으로 편입되거나 한국토지공사에 의해 수용되는 것을 피하고자 하였으나 결국 이 사건 토지를 협의매도한 사실, 원고가 그 후 이 사건 대체물을 취득하는 데 피고가 특별한 도움을 주지는 않은 사실은 인정된다.

그러나 위 인정사실만으로는 과세관청인 피고가 원고에게 이 사건 취득세나 등록세 등의 과세에 관하여 어떤 공적인 견해를 표명하였다고 보기는 어려울 뿐만 아니라, 원고가 ‘부재부동산 소유자’와 관련하여 당시 시행되던 지방세법 시행령의 내용을 신뢰하여 이 사건 토지를 취득하였다는 점을 인정할 만한 증거가 없으므로, 이 사건 처분이 신의성실에 위배되어 위법하다고 볼 수 없다. 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

(4) 소결

따라서 원고가

지방세법 시행령 제79조의3 제2항 소정의 부재부동산 소유자임을 전제로 하여 취득세 등을 부과한 피고의 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하여야 할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 원고의 항소를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.