00시가 공영주차장부지 조성사업에 대한 사업인정을 받은 여부와 관계없이 이 또한 공익사업법 제2조 제2호 등에 규정한 사업으로 보아야 하며, 사업시행자인 00시에 토지가 수용되어 부동산을 대체취득한 사실이 확인되는 이상 해당 법인을 감면대상에서 배제하여 취득세 등을 부과한 처분은 타당하지 않다.

1. 처분의 경위

가. 포항시는 2009. 12. 16. 원고로부터 ‘

북구 항구동 공영주차장 조성공사(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)‘의 부지조성을 위하여 원고 소유의 포항시 북구

항구동 17-128 대 255㎡ 및 지상 건물(이하 ’이 사건 협의취득부동산‘이라 한다)을 협의취득 하였다.

나. 원고는 2010. 1. 1. 포항시 북구

항구동 17-162 대 222㎡ 및 지상 건물(이하 ‘이 사건 대체취득부동산’이라 한다)을 대금 250,000,000원에 매수하여 같은 달 27. 그 소유권이전등기를 마쳤다.

다. 원고는 2010. 1. 27. 피고에게 이 사건 대체취득부동산에 관하여

지방세법 제109조 제1항에 따라 취득세 및 등록세 감면신청을 하였으나, 피고는 이 사건 사업이 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률(이하 ‘공익사업법’이라 한다)에서 정한 사업인정고시를 받지 아니한 피고시 자체추진사업으로

지방세법 제109조 제1항이 적용되지 아니한다는 이유로, 2010. 2. 2. 원고에 대하여 취득세 4,411,160원, 농어촌특별세 558,870원, 등록세 4,411,160원, 지방교육세 882,230원, 농어촌특별세 117,760원을 부과(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증, 을 제1호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

(1) 원고의 주장

(가) 피고가 2009. 11. 30. 이 사건 사업을 인가하고, 이후 원고로부터 이 사건 협의취득부동산을 공익사업법에 따라 협의취득하고 보상금을 지급하였으므로, 지방세법 제109조 제1항이 적용되거나 유추 적용되어야 한다.

(나) 이 사건 협의취득부동산에 관한 협의 과정에서 피고시 담당공무원이 원고에게 부동산을 대체 취득할 경우 취득세ㆍ등록세가 면제된다고 안내하고, 수용 및 대체취득물건내역, 수용근거, 보상금지급내역 등이 기재된 국세ㆍ지방세 감면용 ‘토지수용(협의매수)확인서’를 발급하여 주었는데, 이는 대체취득부동산에 대하여 취득세ㆍ등록세를 감면하여 줄 것이라는 신뢰를 부여한 것이므로 이 사건 처분은 신뢰보호의 원칙에 위반되어 위법하다.

(2) 피고의 주장

(가)

지방세법 제109조 제1항은 사업인정을 받은 자에게 부동산을 매도한 경우에만 적용되는바, 이 사건 사업은

공익사업법 제19조,

제20조에 의하여 국토해양부장관으로부터 사업인정고시를 받아 시행된 사업이 아니라 피고시가 자체 추진한 사업이므로

지방세법 제109조 제1항이 적용되지 아니한다.

(나) 설령 담당공무원이 부동산을 대체 취득하는 경우 취득세ㆍ등록세가 면제되는 것으로 안내하였다 하더라도 관계 법령에 어긋나는 것이 명백한 경우에는 신뢰보호를 이유로 정당한 과세부과가 허용되지 않는 것으로 볼 수 없으므로 이 사건 처분은 적법하다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 법리

지방세법 제109조 제1항은 공익사업법 등 관계법령의 규정에 의하여 토지 등을 수용할 수 있는 사업인정을 받은 자에게 부동산이 매수ㆍ수용ㆍ철거된 자가 위 조항에서 정한 바에 따라 부동산을 대체 취득한 경우에는 취득세가 면제된다고 규정하면서, ‘공익사업법이 적용되는 공공사업에 필요한 부동산 등을 당해 공공사업의 시행자에게 매도한 자’나 ‘공익사업법에서 정한 이주대책의 대상이 되는 자’의 경우에도 대체취득부동산에 관하여 취득세가 면제된다고 정하고 있는바, 이는 관계법령의 규정에 의하여 토지 등을 수용할 수 있는 사업인정을 받지 아니한 자에게 토지 등이 매수된 자라 하더라도 위와 같은 경우에는 취득세가 면제된다는 취지이다.

이에 대하여 피고는

지방세법 제109조 제1항에서 정하고 있는 ‘토지 등을 수용할 수 있는 사업인정을 받은 자에게 부동산이 매수된 자’에 있어서 ‘매수’란 공익사업의 시행자가 사업인정고시일 이후에 수용권을 바탕으로 피수용자와 협의에 의하여 수용목적물을 취득하는 협의에 의한 취득만을 뜻하고, 토지 등을 수용할 수 있는 사업인정을 받지 아니한 자에게 공익사업법 등의 규정에 의하여 토지 등이 매수된 경우는 취득세면제대상이 되지 아니한다는 취지로 주장하나, 피고가 위와 같은 주장의 근거로 삼고 있는

대법원 1995. 12. 5. 선고 95누4889 판결은 오히려 사업인정을 받지 아니한 자에게 토지 등이 매수된 자의 경우라 하더라도 이주대책대상자의 경우 등 명문으로 인정한 예외적인 경우에는 대체취득이 취득세의 비과세 대상이 된다는 취지로 판시하고 있을 뿐 아니라, 위 대법원판결 당시 적용된

구 지방세법(1993. 12. 27. 법률 제4611호로 개정되기 전의 것) 제109조 제1항에는 그 예외적인 경우로서

공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법 제8조의 규정에 의한 이주대책의 대상이 되는 자만이 규정되어 있었으나, 이후 위

구 지방세법이 1995. 12. 6. 법률 제4995호로 개정되면서 ‘공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법(현행 공익사업법)이 적용되는 공공사업에 필요한 부동산 등을 당해 공공사업의 시행자에게 매도한 자’의 경우에도 대체취득에 있어 취득세가 면제되는 것으로 규정되었으므로, 피고의 위 주장은 이유 없다.

그리고

지방세법 제127조의2에서는

같은 법 제109조에 의하여 취득세가 비과세되는 경우에는 등록세 역시 면제된다고 규정하고 있다.

(2) 이 사건의 경우

피고시가 공영주차장조성을 목적으로 포항시 북구 항구동 소재 이 사건 협의취득부동산 외 2필지를 사업대상지로 하여 이 사건 사업을 시행한 사실, 이 사건 사업에 관하여

공익사업법 제19조,

제20조에 따른 국토해양부장관의 사업인정을 받지는 아니한 사실, 피고는 공익사업법에 따라 보상협의절차를 거친 다음

공익사업법 제16조,

같은 법 시행령 제8조 제1항에 따라 원고에게 2009. 12. 24. 이 사건 협의취득부동산(토지 및 건물)에 대한 보상금 명목으로 637,344,390원을, 2010. 6. 8. 영업권에 대한 보상금 55,950,000원, 이주정착금 10,000,000원, 주거이전비 5,421,070원, 이사비 329,450원 등 합계 71,700,520원을 각 지급한 사실(원고가 이 사건 협의취득부동산 중 일부를 식당으로, 일부를 주택으로 사용한 것으로 보인다)은 당사자 사이에 다툼이 없거나 을 제2호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있다.

위 인정사실을 위 법리에 비추어 보건대, 원고가 공익사업법에 의하여 토지 등을 수용할 수 있는 사업인정을 받은 자에게 부동산이 매수 또는 수용된 자에 해당되지는 않지만, 이 사건 사업은

공익사업법 제2조 제2호,

제4조 제2호 또는

제3호에 의한 공익사업에 해당된다 할 것이고, 이 사건 협의취득부동산은 이 사건 사업에 필요한 주차장부지로서 사업시행자인 피고에게 제공된 것이므로 원고는 공익사업법이 적용되는 공공사업에 필요한 부동산 등을 당해 공공사업의 시행자에게 매도한 자에 해당된다(이는

공익사업법 제19조,

제20조에 의한 국토해양부장관의 사업인정을 받았는지 여부와는 무관하다).

나아가 위 인정사실 및 갑 제3호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고가 이 사건 협의취득부동산의 일부를 주거용으로 사용하여 왔고 이 사건 사업의 시행으로 생활의 근거를 상실하게 된 것으로 보이는바, 원고는

공익사업법 제78조 제1항 등의 규정에 의한 이주대책의 대상이 되는 자에도 해당되는 것으로 보인다.

따라서 원고의 이 사건 대체취득부동산의 취득은 어느 모로 보나

지방세법 제109조 제1항,

제127조의2에 의하여 취득세 및 등록세 등이 면제되는 경우라 할 것이므로, 이 사건 처분은 위법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.