1) 건축물을 신축하기 위하여 대출을 받아 토지를 취득하였다는 사정만으로는 당해 건설자금이자는 건축물의 취득가격에 포함될 수 없다.2) 대리사무보수료와 신탁보수료는 토지를 신탁받아 보전․관리하고 사업자금을 관리 및 집행하며 분양현황을 관리하는 등의 업무에 대한 대가이므로 건축물의 건축에 관한 비용이라기보다는 건축물의 분양에 관한 비용이라고 봄이 상당하다. 따라서 대리사무보수료와 신탁보수료가 건축물의 취득가격에 포함될 수는 없다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 2007. 9. 13. 원주시 단계동 853-1 대 349.7㎡, 같은 동 853-2 대 349.6㎡, 같은 동 853-8 대 349.4㎡ 및 같은 동 853-9 대 349.5㎡(이하 ‘이 사건 각 토지’라고 한다)에 업무시설 용도의 건축물(이하 ‘이 사건 건축물’이라고 한다)을 신축한 다음, 건축공사대금 등 15,981,026,840원을 과세표준으로 하여 취득세 등을 신고ㆍ납부하였다.

나. 피고는 원고에 대한 세무조사 결과 2004년부터 2007년까지 이 사건 건축물 취득과 관련하여 지급한 수수료(931,348,540원) 및 건설자금이자(3,348,120,511원) 합계 4,279,469,051원이 이 사건 건축물의 취득가격에서 누락되었다고 보고, 2009. 2. 10. 원고에 대하여 취득세 115,186,180원, 농어촌특별세 10,662,710원, 등록세 46,382,590원, 지방교육세 8,591,790원을 부과하는 이 사건 처분을 하였다.

다. 원고는 이에 불복하여 2009. 5. 4. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2010. 3. 22. 원고의 심판청구를 기각하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3, 9, 10호증, 을 제1, 2호증(가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재 및 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 원고는 금융기관으로부터 대출을 받아 이 사건 토지의 매입대금 및 그에 따른 부대비용, 대출이자 지급 등을 위하여 사용하였을 뿐이고, 이 사건 건축물의 건축공사비로 사용하지 아니하였으므로, 위 대출금에 대한 이자를 이 사건 건축물의 취득가격에 포함할 수 없다.

(2) 원고가 케이비부동산신탁 주식회사(이하 ‘ 케이비부동산신탁’이라고 한다)와 사이에, 부동산 담보신탁 약정과 사업 및 대리사무 약정을 체결하고 이에 근거하여 지급한 대리사무보수료와 신탁보수료는 이 사건 건축물의 분양 및 자금관리업무에 대한 대가로 지급된 비용으로, 이 사건 건축물의 건축을 위하여 지급한 비용이 아니므로, 위 각 비용을 이 사건 건축물의 취득가격에 포함할 수 없다.

나. 관계법령

별지와 같다.

다. 인정사실

(1) 원고는 2004. 3. 30. 이 사건 각 토지 및 원주시 단계동 853-3 대 349.5㎡ 토지(이하 ‘사업부지’라고 한다)상의 상가 및 오피스텔 신축사업(이하 ‘이 사건 사업’이라고 한다)의 원활한 추진을 위하여 관련자의 역할, 업무범위 및 책임을 명확히 하기 위하여 시공자인 명지건설 주식회사(이하 ‘명지건설’이라고 한다), 대출금융기관인 한국상호저축은행 주식회사(이하 ‘한국상호저축’이라고 한다) 및 경기상호저축은행 주식회사(이하 ‘경기상호저축’이라고 한다), 대리사무 수임자인 케이비부동산신탁과 사이에 사업 및 대리사무약정(이하 ‘이 사건 대리사무약정’이라고 한다)을 체결하였는데, 그 주요 내용은 다음과 같다.

(가) 원고는 ① 이 사건 사업의 분양수입금 등의 관리를 위한 신탁계좌 개설 및 계좌관리 및 운용, ② 분양대금 등 자금의 입금계좌 관리 및 일체의 공사비, 기타사업비 등 집행, ③ 원고의 한국상호저축 및 경기상호저축에 대한 차입금 상환관리, ④ 준공시의 보존등기 업무 일체, ⑤ 기타 분양계약서 관리 등 대리사무 업무수행에 필요하여 케이비부동산신탁이 요청하는 업무를 케이비부동산신탁에게 위임한다.

(나) 원고는 ① 사업부지에 대한 소유권 확보 및 제3자의 제한물권 설정 방지, ② 건축허가 등 각종 인ㆍ허가 업무 및 인ㆍ허가 조건의 이행, ③ 사업부지 전체에 대한 담보신탁 및 대출약정 체결, ④ 이사건 사업 관련 소요자금 조달, ⑤ 분양계약자 관리, 분양계약서 작성 및 계약 체결, 기체결 분양계약서의 관리ㆍ보관, ⑥ 분양사무소 확보, 분양광고ㆍ홍보, 분양ㆍ임대, 준공 후 입점ㆍ사후관리 운영책임 등의 업무를 수행한다.

(다) 명지건설은 ① 공사관련 인허가 조건 이행 및 원고의 인허가 조건사항 이행에 대한 협조, ② 공사계약에 의한 공사진행, 대관청 행정업무, 시공관련 민원업무 처리, ③ 공사도급계약에 따라 공사기간 내 이 사건 사업 목적물의 책임준공 및 이에 대한 분양계약서상 책임준공확인 명기 및 날인 등의 업무를 수행한다.

(라) 한국상호저축과 경기상호저축은 원고에게 사업부지 매입잔금 및 운영비로 총 59억 원을 대출금리 연 14%로 대출한다.

(마) 케이비부동산신탁은 ① 사업부지 일체 및 이 사건 사업 준공 후의 미분양건물을 담보신탁에 의한 수탁 및 수익권증서 발급, ② 원고 명의로 차입한 대출금 관리(대출원리금의 상환 등), ③ 분양계약 현황관리 및 점검, ④ 수입금(분양수입금 및 기타수입금 일체) 계좌관리 및 공사비 등의 사업비 지급 등 자금관리 업무 일체, ⑤ 미지급 공사비 지급을 위해 원고를 채무자로 하는 금융기관 차입 협조, ⑥ 수분양자에 대한 중도금 대출 우선 협상 등의 업무를 수행한다.

(바) 원칙적으로 케이비부동산신탁의 대리사무기간은 약정체결일로부터 24개월간이고, 원고가 케이비부동산신탁에게 지급할 대리사무보수는 3억 원이다.

(2) 원고는 2004. 3. 30. 케이비부동산신탁과 사이에, 사업부지의 소유권 관리와 원고가 부담하는 채무 내지는 책임의 이행을 보장하기 위하여 케이비부동산신탁이 사업부지를 보전ㆍ관리하고 채무불이행시 환가ㆍ정산하기 위하여 부동산담보신탁계약(이하 ‘이 사건 신탁계약’이라고 한다)을 체결하였는데, 그 주요 내용은 다음과 같다.

(가) 신탁기간은 2004. 3. 30.부터 2007. 3. 31.까지로 한다.

(나) 신탁원본의 우선수익자는 한국상호저축과 경기상호저축으로, 신탁원본 및 신탁수익의 수익자는 원고로 한다.

(다) 원고는 신탁계약 체결 후 지체없이 사업부지의 소유권 이전 및 신탁내용을 공시하기 위하여 신탁등기에 필요한 제반서류를 케이비부동산신탁에게 제공한다.

(라) 신탁재산에 속하는 금전은 운용방법을 같이하는 다른 신탁재산과 합동 또는 단독으로 금융감독위원장이 정하는 방법으로 케이비부동산신탁이 운용하기로 한다.

(마) 원고는 케이비부동산신탁에게 일정한 금액의 관리보수 및 처분보수를 지급한다.

(바) 케이비부동산신탁은 우선수익자와 원고 간에 체결한 여신거래계약 위반시, 신탁계약 위반시 및 기타 경제사정의 변화 등 상당한 사유로 신탁부동산으로부터 우선수익자의 채권확보가 불가능하다고 판단될 때에는 신탁기간 종료 전이더라도 우선수익자의 요청에 의하여 사업부지를 처분하여 정산할 수 있다.

(3) 원고는 2004. 4. 12. 권태진으로부터 이 사건 각 토지를 매수한 다음 같은 날 소유권이전등기를 마침과 동시에 케이비부동산신탁 앞으로 신탁등기를 마쳤고, 같은 날 원고는 이 사건 대리사무계약에 따라 한국상호저축으로부터 44억 원을, 경기상호저축으로부터 15억 원을 각 대출받았다. 원고는 이를 토지대금 및 취득세, 등록세, 등기비용, 대출수수료, 인지대, 신탁보수료 등으로 지출하였다.

(4) 원고는 한국상호저축은행으로부터 2004. 9. 9. 6억 원을, 2005. 10. 20. 15억 원을 각 대출받아 위 2004. 4. 12. 대출금에 대한 지급이자 및 운영비로 지출하였다.

(5) 명지건설은 원고와의 도급계약에 따라 2005. 3. 22. 이 사건 건축물 신축에 착공하였고, 2007. 9. 13. 원고는 이 사건 건축물의 사용승인을 받았다.

(6) 원고는 한국상호저축과 경기상호저축에 2004년부터 2007년까지 사이에 차입금 이자로 합계 3,348,120,511원을 지급하였고, 케이비부동산신탁에 2004년부터 2007년 사이에 대리사무보수료와 신탁보수료로 합계 931,348,540원을 각 지급하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제7, 8, 14 내지 16, 18, 19호증, 을 제4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

(1) 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제111조 제5항 제3호, 제130조 제3항, 지방세법 시행령(2010. 1. 1. 대통령령 제21975호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제82조의2 제1항 제2호, 제82조의3 제1항의 각 규정에 의하면, 취득세와 등록세의 과세표준이 되는 취득가격이라 함은 과세대상물건의 취득의 시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 거래상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접ㆍ간접으로 소요된 일체의 비용을 의미하나, 그것이 과세대상물건이 아닌 다른 물건이나 권리에 관하여 지급된 것이어서 과세대상물건 자체의 가격이라고 볼 수 없는 것이라면 과세대상물건을 취득하기 위하여 그 취득시기 이전에 그 지급원인이 발생 또는 확정된 것이라도 이를 과세대상물건의 취득가격에 포함된다고 보아 과세표준으로 삼을 수는 없다(대법원 1996. 1. 26. 선고 95누4155 판결 등 참조).

(2) 지급이자 부분

지방세법 제111조 제1항, 제5항, 법인세법 제28조 제1항 제3호, 같은 법 시행령 제52조 제1항의 규정을 종합하면, 과세대상물건의 취득자가 그 취득을 위하여 실질적으로 투자한 직접, 간접의 소요금액 자체를 취득세의 과세표준으로 삼는다고 해석할 것이므로 법인이 부동산의 취득을 위한 차입금이 있었다면 이에 대한 이자 즉 건설자금이자는 그 취득을 위하여 간접적으로 투자된 것이어서 취득세의 과세표준에 합산하여야 할 것이다.

그러나 실질과세의 원칙상 위와 같이 당해 부동산의 취득을 위한 차입금이 있음이 명백히 인정되지 아니하고 법인의 차입금이 그 부동산 취득에 소요된 여부가 분명하지 아니한 경우에는 법인세법 제28조 제1항 제3호, 같은 법 시행령 제52조 제1항의 규정을 준용할 수는 없고, 오히려 위 시행령 제52조 제1항은 괄호 부분에서 고정자산의 건설 등에 소요된 지의 여부가 분명하지 아니한 차입금은 제외한다고 규정하고 있으므로, 위와 같은 경우에 당해 차입금 이자를 위 취득세의 과세표준에 합산할 수 없다 할 것이다(대법원 1989. 1. 31. 선고 86누811 판결도 같은 취지).

이 사건에 관하여 보건대, 위 인정사실, 특히 이 사건 대리사무계약의 내용에 비추어 보면, 원고는 한국상호저축과 경기상호저축으로부터 대출받은 대출금을 이 사건 각 토지의 매입비용 및 운영비 등으로 사용한 것으로 보이고, 달리 위 대출금을 이 사건 건축물의 건축공사대금 등 이 사건 건축물을 취득하기 위한 비용으로 사용하였음을 인정할 자료가 없으므로, 위 대출금에 대한 이자가 이 사건 토지의 취득가격에 포함될 수 있음은 별론으로 하고, 단순히 원고가 이 사건 건축물을 신축하기 위한 일련의 절차로서 한국상호저축과 경기상호저축으로부터 대출을 받아 이 사건 각 토지를 취득하였다는 사정만으로는 이 사건 건축물의 취득가격에 포함될 수는 없다고 할 것이다.

(3) 대리사무보수료와 신탁보수료에 관하여

이 사건 대리사무계약 및 신탁계약은 케이비부동산신탁이 이 사건 각 토지의 소유권을 보전ㆍ관리하여 피분양자를 보호하고, 원고가 채무를 불이행할 경우 위 토지를 환가ㆍ처분하여 그 채무를 정산하기 위하여 체결된 것이고, 위 각 계약에 따른 대리사무보수료와 신탁보수료는 이 사건 각 토지를 신탁받아 보전ㆍ관리하고, 사업자금을 관리 및 집행하며, 분양현황을 관리하는 등의 업무에 대한 대가이므로, 이 사건 건축물의 건축에 관한 비용이라기보다는 이 사건 건축물의 분양에 관한 비용이라고 봄이 상당하고, 따라서 위 각 보수료가 이 사건 건축물의 취득가격에 포함될 수는 없다고 할 것이다(대법원 2011. 1. 13. 선고 2009두22034 판결 참조).

(4) 결국, 위 지급이자 및 보수료가 이 사건 건축물의 취득가격에 포함된다고 보아 한 이 사건 처분은 모두 위법하고, 원고의 주장은 이유 있다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 모두 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.