1. 처분의 경위

가. 피고 광주시장의 취득세 및 등록세 등 부과처분의 경위

(1) 합병 전 주식회사 루멘스(이하 ' 구 루멘스'라고 한다)는 반도체 소자를 이용한 광원개발 및 유통업 등을 목적으로 하여 2004. 4. 26. 설립된 회사로서, 2006. 2. 8.경 그 사업을 영위하기 위하여 광주시 회덕동 237-5공장용지 2,995㎡ 외 2필지 토지 및 위 237-5 토지 지상 건물(이하 ‘이 사건 공장’이라고 한다)을 취득한 다음, 피고 광주시장에게 창업벤처중소기업이 취득하는 사업용재산 및 그에 관한 등기임을 이유로 취득세 및 등록세 등의 면제신청을 하여 이를 면제받았다.

(2) 이후 구 루멘스는 이 사건 공장에서 반도체 소자를 이용한 광원 제조업을 영위하다가 2008. 1. 7.경 원고(당시 상호는 주식회사 엘.씨텍이었으나, 2008. 1. 16. 현재와 같이 상호가 변경되었다)에 흡수합병되었고, 원고는 반도체 소자를 이용한 광원개발 제조 및 유통업 등을 사업목적으로 추가한 다음, 2008. 6.경까지 이 사건 공장에서 반도체 소자를 이용한 광원 제조업을 계속하였다.

(3) 피고는, 구 루멘스가 이 사건 공장을 최초 사용일부터 2년간 당해 사업에 직접 사용하지 아니하고 다른 목적으로 원고에게 처분하였다는 이유로, 2008. 8. 4. 별지 부과처분 내역표의 1 내지 4항 기재와 같이 면제받은 취득세 및 등록세 등을 부과하는 처분(이하 ‘이 사건 1처분’이라고 한다)을 하였다.

나. 피고 군포시장의 취득세 및 등록세 등 부과처분의 경위

(1) 합병 전 원고는 이동통신기기 설계 및 제조업, 전자제품 및 전자부품 제조업 등을 영위하는 중소기업으로서 그 사업에 사용하기 위하여 2004. 9.경 군포시 당정동 522외 2필지 토지 지상에 신축된 아파트형공장인 에스케이벤티움 102동 501호 내지 503호, 601호 내지 605호를 취득한 다음, 피고 군포시장에게 경기도도세감면조례(이하 ‘조례’라고 한다) 제21조 제1항 제3호에 기하여 위 각 건물 및 그 부속토지에 대하여 취득세 및 등록세 등의 면제신청을 하여 이를 면제받았다.

(2) 원고는 위 에스케이벤티움 건물에 본점소재지를 두고 사업을 영위하다가 구 루멘스를 흡수합병한 후 2008. 6.경 원고의 본점 소재지를 현재의 본점 소재지로 옮기면서 위 에스케이벤티움 102동 501호 내지 503호, 601호, 603호 내지 606호(이하 ‘이 사건 건물 부분’이라고 한다)를 2008. 6.경부터 2008. 9.경까지 주식회사 나담 등에게 임대한 다음, 피고 군포시장에게 2008. 6. 30. 별지 부과처분내역표의 13 내지 20항 기재와 같이 면제받은 취득세 및 등록세 등을 신고(이하 ‘이 사건 3처분’이라고 한다)하였고, 2008. 9. 10.에 별지 부과처분 내역표의 5 내지 12항 기재와 같이 면제받은 취득세 및 등록세 등을 신고(이하 ‘이 사건 2처분’이라고 한다)한 후 각 그 납기일 무렵에 이를 모두 납부하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증의 각 1, 2, 갑 제6, 7호증, 갑 제8호증의 1, 2, 갑 제9호증, 갑 제11호증의 1 내지 6, 을가 제1호증의 1 내지 4, 을나 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 소 중 이 사건 3처분의 취소를 구하는 부분의 적법 여부에 관한 판단

먼저 이 사건 소 중 이 사건 3처분의 취소를 구하는 부분이 제소기간을 준수한 것인지 여부에 관하여 보건대, 「지방세법」제72조 제1항은 신고납부를 한 경우에는 그 신고납부를 한 때에 처분이 있었던 것으로 본다고 규정하고 있는바, 납부가 수반되지 않은 신고도 위 규정에서 말하는 처분에 해당하므로, 이 사건 3처분은 그 신고일인 2008. 6. 30.에 그 처분이 있었다고 할 것이고, 원고는 같은 날 그 처분이 있었음을 알았다고 할 것인데, 이 사건 소는 그로부터 제소기간 90일이 경과한 2008. 9. 30. 비로소 제기된 것이므로 이 사건 소 중 이 사건 3처분의 취소를 구하는 부분은 부적법하다.

3. 관계법령

별지 기재와 같다.

4. 이 사건 1처분의 적법 여부에 관한 판단

가. 원고의 주장

구 루멘스가 원고에 합병됨으로써 이 사건 공장이 원고의 소유로 된 것은 조세특례제한법 제119조 제3항및 제120조 제3항의 ‘처분’에 해당하지 않을 뿐만 아니라, 구 루멘스와 원고가 합병한 것은 관련 산업간의 효율성을 높이기 위한 것이고, 이후 원고는 이 사건 공장에서 구 루멘스가 영위하던 사업을 계속하였으므로 구 루멘스가 이 사건 공장을 처분하였다고 하더라도 정당한 사유가 있는 경우에 해당한다.

나. 판 단

(1) 조세특례제한법(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것. 이하 ‘조특법’이라고 한다) 제119조 제3항 제1호, 제120조 제3항은 창업벤처중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일부터 2년 이내에 취득하는 사업용재산 및 그에 관한 등기에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제하되, 정당한 사유 없이 최초 사용일부터 2년간 당해 사업에 직접 사용하지 아니하고 처분하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다고 규정하고 있다.

(2) 그러므로, 먼저 구 루멘스가 원고에 합병되어 이 사건 공장이 원고의 소유로 된 것이 위 각 규정에서 말하는 ‘처분’에 해당하는지 여부에 관하여 살피건대, 「지방세법」제110조 제4호는 법인의 합병으로 인한 취득을 형식적인 소유권의 취득으로 규정하면서 취득세를 비과세하면서도, 법인의 합병으로 인하여 취득한 과세물건이 합병 후에 제112조의2 소정의 사치성재산에 해당하게 되는 경우에는 취득세를 과세하는 것으로 규정하고 있는 점, 또한 위 「지방세법」제104조는 취득세에서 사용하는 용어의 정의는 다음 각 호와 같다고 규정하면서, 제8호에서 ‘취득：매매, 교환, 상속, 증여, 기부, 법인에 대한 현물출자…… 등과 기타 이와 유사한 취득으로서 원시취득, 승계취득 또는 유상무상을 불문한 일체의 취득을 말한다.’고 규정하고 있는 점, 한편 취득세 과세대상인 취득은 취득자가 실질적으로 완전한 내용의 소유권을 취득하는가의 여부에 관계없이 소유권이전의 형식에 의한 취득의 모든 경우를 포함하는 것이므로, 지방세법은 합병법인이 피합병법인으로부터 소유권을 이전받는 형식을 취하고 있는 것에 착안하여 그 이전을 취득세 과세대상으로 파악하고 있는 점 등에 비추어 보면, 구 루멘스가 합병되면서 이 사건 공장이 원고에게 이전된 것은 원고가 이 사건 공장을 취득한 것이라고 할 것이고, 따라서 구 루멘스는 원고에게 이 사건 공장을 처분하였다고 봄이 상당하다.

(3) 다음으로, 구 루멘스가 원고에게 이 사건 공장을 합병으로 인하여 처분한 것이 위 각 규정상의 정당한 사유에 해당하는지 여부에 관하여 살피건대, 앞서 든 각 증거 및 을가 제2호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 신규사업인 반도체 소자를 이용한 광원개발사업에 진출하여 지속적인 성장과 경쟁력 강화, 경영의 효율성 제고를 도모하기 위하여 이 사건 공장에서 반도체 소자를 이용한 광원개발사업을 영위하고 있던 구 루멘스를 흡수합병하였고, 이후 이 사건 공장에서 구 루멘스가 하던 사업을 계속적으로 영위한 사실을 인정할 수 있는바, 이러한 사실관계에 비추어 보면, 구 루멘스가 원고에 흡수합병됨으로써 이 사건 공장이 처분되게 된 것은, 구 루멘스가 이 사건 공장을 취득하면서 영위하던 사업을 원고가 승계하여 이를 계속 영위하기 위한 것이었고, 그와 같은 처분이 당초 취득세 및 등록세 등을 면제한 취지를 몰각하는 것이라고 할 수도 없으므로, 그 처분에 정당한 사유가 있는 경우에 해당한다고 봄이 상당하다고 할 것이다.

(4) 따라서 이 사건 1처분은 위법하고 이 부분 원고의 주장은 이유 있다.

5. 이 사건 2처분의 적법 여부에 관한 판단

가. 당사자의 주장

원고는, 구 루멘스를 흡수합병하게 되면서 원고의 생산시설과 구 루멘스의 생산시설을 통합하여 운영할 필요성이 커져 부득이하게 생산설비 및 본사를 이전하게 된 후 이 사건 건물 부분을 임대하게 된 것이므로 원고가 위 건물 부분을 임대하게 된 데는 정당한 사유가 있다고 주장함에 대하여, 피고 군포시장은, 원고가 이 사건 건물 부분을 취득한 후에 정당한 사유 없이 취득한 날부터 5년 이내에 다른 용도에 사용한 경우에 해당하므로 조례 제21조 제2항 제3호에 기하여 면제된 취득세 및 등록세 등을 신고ㆍ납부하여야 한다고 주장한다.

나. 판 단

조례 제21조 제1항 제3호, 제2항 제3호는 산업집적활성화및공장설립에관한법률 제제28조의5 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의하여 아파트형공장에 입주하여 사업 또는 벤처기업을 영위하고자 하는 중소기업이 당해 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제하되, 부동산을 취득한 후에 정당한 사유 없이 취득한 날부터 5년 이내에 다른 용도에 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있는바, 여기서 정당한 사유라 함은 법령에 의한 금지ㆍ제한 등 기업이 마음대로 할 수 없는 외부적 사유이거나 고유 업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 피할 수 없었던 내부적 사유를 말한다고 할 것이다.

앞서 든 증거에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 산업집적활성화및공장설립에관한법률 제28조의5 제1항 제1호 소정의 제조업을 영위하는 중소기업으로서, 2004. 9. 경 그 사업에 직접 사용하기 위하여 이 사건 건물 부분 및 그 부속토지를 취득하면서 조례에 따라 취득세 및 등록세를 면제받았다가, 그로부터 5년 이내인 2008. 6.경부터 2008. 9.경까지 사이에 임대 수익을 목적으로 이 사건 건물 부분 및 그 부속토지를 주식회사 나담 등에게 임대하였고, 그로 인하여 이 사건 건물 부분 및 그 부속토지는 취득 당시 목적 사업인 제조업에 직접 사용되지 않게 되었으므로, 조례 제21조 제2항 제3호의 취득한 날부터 5년 이내에 다른 용도에 사용하는 경우에 해당한다고 할 것이고, 한편, 원고 주장과 같은 사정만으로는 이 사건 건물 부분을 다른 용도에 사용하게 된 데에 정당한 사유가 있다고 보기 어렵고, 달리 이를 인정할 만한 증거도 없으므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

6. 결 론

그렇다면, 원고의 피고 군포시장에 대한 소 중 이 사건 3처분의 취소를 구하는 부분은 부적법하여 이를 각하하고, 원고의 이 사건 청구 중 이 사건 1처분의 취소를 구하는 부분은 이유 있어 이를 인용하며, 이 사건 2처분의 취소를 구하는 부분은 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.