1. 각 과세처분의 경위

다음의 각 사실은 갑 제1 내지 6호증의 각 기재(가지번호 있는 경우, 각 가지번호 포함)와 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있다.

가. 원고는 전신인 대한주택공사와 한국토지공사가 2009. 10. 1. 합병되어 설립된 공법인으로, 2004. 9. 10. 구 국민임대주택건설 등에 관한 특별조치법에 따른 국민임대주택건설사업계획승인을 받아 제주시 애월읍 고성리 1488-1 지상 공동주택용 건축물 12,892.76㎡(이하 ‘이 사건 제1아파트’라 한다) 및 근린생활시설용 건축물 106.3299㎡(이하 ‘이 사건 제1상가’라 한다)를 각 신축하여 취득하였고(이하 ‘이 사건 제1사업’이라 한다), 2006. 4. 27. 같은 법률에 따라 국민임대주택건설사업계획승인을 받아 서귀포시 대정읍 하모리 1450 지상 아파트 21,195.319㎡(이하 ‘이 사건 제2아파트’라 한다) 및 근린생활시설 150.07㎡(이하 ‘이 사건 제2상가’라 한다)을 각 신축하여 취득하였다(이하 ‘이 사건 제2사업’이라 한다).

나. 원고는 이 사건 제1아파트 및 이 사건 제1상가에 대하여 지방세감면신청을 하였는데, 피고 제주시장은 이 사건 제1아파트는 지방세법 제269조 제1항 소정의 임대를 목적으로 하는 소규모 주택용 부동산으로 인정되어 취득세 등의 감면대상이나, 이 사건 제1상가는 취득세 등의 감면대상이 아니라고 하여 원고에게 2009. 5. 19. 취득세 4,141,000원, 농어촌특별세 414,000원, 등록세 1,656,000원, 지방교육세 331,000원의 각 부과처분을 하였다(이하 ‘이 사건 제1의 각 처분’이라 한다).

다. 원고는 이 사건 제2아파트 및 이 사건 제2상가에 대하여도 지방세감면신청을 하였는데, 피고 서귀포시장 역시 이 사건 제2아파트는 지방세법 제269조 제1항 소정의 임대를 목적으로 하는 소규모 주택용 부동산으로 인정되어 취득세 등의 감면대상이나, 이 사건 제2상가는 취득세 등의 감면대상이 아니라고 하여 2010. 5. 4. 원고에게 취득세 5,394,000원, 농어촌특별세 539,000원, 등록세 2,158,000원, 지방교육세 431,000원의 각 부과처분을 하였다(이하 ‘이 사건 제2의 각 처분’이라 한다).

라. 원고가 이 사건 제1의 각 처분 및 이 사건 제2의 각 처분에 대하여 각 이의신청을 하였으나 모두 기각결정을 받았고, 이 사건 제1의 각 처분에 대하여는 2009. 9. 3. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2010. 6. 24. 기각결정을 받았다.

2. 각 과세처분의 적법 여부

가. 당사자들의 주장

피고가 관계법령 및 처분사유를 들어 이 사건 각 처분이 적법하다고 주장함에 대하여, 원고는 ① 이 사건 제1아파트와 이 사건 제1상가, 이 사건 제2아파트와 이 사건 제2상가는 서로 주물과 종물의 관계에 있으므로, 이 사건 제1아파트 및 이 사건 제2아파트가 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것) 제269조 제1항의 소규모 공동주택에 해당되어 취득세 및 등록세의 감면대상이라면 그 종물인 이 사건 제1상가 및 이 사건 제2상가도 당연히 취득세 및 등록세의 감면대상이 되고, ② 설령 이 사건 제1상가 및 이 사건 제2상가가 구 지방세법 제269조 제1항에 따른 감면대상이 되지 않는다고 하더라도, 구 지방세법 제289조 제1항이 규정하고 있는 ‘국가 또는 지방자치단체의 계획에 따라 제3자에게 공급할 목적으로 대통령령이 정하는 사업에 사용하기 위하여 일시 취득하는 부동산’에 해당하므로 취득세 및 등록세의 감면대상이 되며, 취득세 및 등록세가 감면되는 이상 구 지방세법 제260조의 2 및 농어촌특별세법 제4조의 규정에 따라 지방교육세 및 농어촌특별세도 감면된다고 주장한다.

나. 이 사건 제1의 각 처분에 관한 판단

1) 관계법령

별지 1 기재와 같다.

2) 판단

(1) 취득세 및 등록세 부과처분

가) 이 사건 제1상가가 구 지방세법 제269조 제1항에 의한 감면대상인지 여부

살피건대, 종물이란 주물의 소유자가 그 상용에 공하기 위하여 자기소유인 다른 물건을 이에 부속한 것으로서, 종물은 주물의 처분에 따르게 되는데( 민법 제100조), 이 사건 제1아파트와 이 사건 제1상가는 완전히 분리ㆍ독립되어 있는 별개의 부동산으로 이 사건 제1상가가 이 사건 제1아파트의 부속된 건물이라고 볼 수도 없을 뿐만 아니라, 이 사건 제1아파트는 임대아파트이고, 이 사건 제1상가는 분양상가로서, 위 각 부동산은 얼마든지 각각 그 소유자를 달리할 수 있는 것이어서, 이 사건 제1상가가 이 사건 제1아파트의 종물이라고 볼 수는 없으므로, 이 사건 제1상가가 이 사건 제1아파트의 종물이라는 전제 위에 있는 원고의 이 부분 주장은 나머지 점에 대하여 더 나아가 살펴볼 필요 없이 이유 없다.

나) 이 사건 제1상가가 구 지방세법 제289조 제1항에 의한 감면대상인지 여부

(가) 이 사건 제1상가가 ‘국가 또는 지방자치단체의 계획에 따라’ 취득한 부동산에 해당하는지 여부

살피건대, 갑 제4호증의 1, 갑 제6호증의 1의 각 기재에 의하면, 원고가 2003. 12.경 건설교통부장관의 지시에 따라 제주시 애월읍 고성리에 국민임대주택 등을 건설하겠다는 내용의 2004년도 주택종합계획 수립 관련자료를 작성하여 건설교통부장관에게 제출한 사실, 이에 건설교통부장관은 제주지역에 임대주택 950호, 분양주택 2,560호 등을 건설하도록 하는 내용의 2004년도 주택종합계획을 수립하여 2004. 3. 11. 원고에게 통보한 사실, 이에 따라 원고는 제주시 애월읍 고성리 1488-1 지상에 국민임대아파트를 건축하겠다는 내용의 주택건설사업계획을 수립하였고, 2004. 9. 10. 승인을 받은 사실, 위와 같이 승인ㆍ고시된 주택건설사업계획에는 사업규모에 관하여 아파트 4층 9개동 207세대 및 부대ㆍ복리시설이라고 명시되어 있는 사실이 인정되는바, 구 주택법(2008. 2. 29. 법률 제8852호로 개정되기 전의 것) 제7조는 건설교통부장관이 국민의 주거안정과 주거수준의 향상을 도모하기 위하여 국민주택ㆍ임대주택의 건설 및 공급에 관한 사항이 포함된 주택종합계획을 수립·시행하여야 한다고 규정하고 있는 점, 구 국민임대주택건설 등에 관한 특별조치법(2008. 2. 29. 법률 제8852호로 개정되기 전의 것) 제4조 제1항 및 제23조 제1항은 국민임대주택건설사업은 국가ㆍ지방자치단체ㆍ대한주택공사 또는 지방공기업법 제49조의 규정에 의하여 주택사업을 목적으로 설립된 지방공사가 시행하며, 위 주택사업시행자는 국민임대주택건설에 대한 사업계획(부대시설 및 복리시설의 설치에 관한 계획을 포함한다)을 작성하여 건설교통부장관의 승인을 받도록 규정하고 있는 점 등을 아울러 고려하여 보면, 이 사건 제1사업과 관련된 주택종합건설계획은 구 국민임대주택건설 등에 관한 특별조치법 규정에 따라 수립된 행정계획으로서 국가의 계획에 해당한다고 보아야 할 것이고, 이 사건 제1상가의 신축 역시 위 계획에 포함되어 있다고 봄이 상당하다.

(나) 이 사건 제1상가의 취득이 ‘대통령령이 정하는 사업’에 포함되는지 여부

살피건대, 구 지방세법 제289조 제1항에 규정된 대통령령이 정하는 사업의 범위에는 대한주택공사가 집단적으로 주택을 건설ㆍ개량ㆍ공급 또는 관리하는 경우에 있어서 필요한 복리시설의 건설ㆍ개량ㆍ공급 또는 관리 업무가 포함되는 점은 앞서 1)항의 관계법령에서 본 바와 같고, 주택법 제2조 제9호의 규정에 따르면 복리시설이란 주택단지의 입주자 등의 생활복리를 위한 공동시설로서, 어린이놀이터, 근린생활시설, 유치원, 주민운동시설 및 경로당, 그 밖에 입주자 등의 생활복리를 위한 시설 등을 의미한다고 규정되어 있는바, 이 사건 제1상가는 이 사건 제1아파트를 위한 복리시설에 해당한다고 봄이 상당하므로, 원고가 이 사건 제1상가를 신축하여 취득한 것은 ‘대통령령이 정하는 사업’에 포함된다.

(다) 이 사건 제1상가가 ‘제3자에게 공급할 목적으로 일시 취득한 부동산’에 해당하는지 여부

살피건대, 이 사건 제1상가는 원고가 신축함으로써 원시취득한 부동산이고, 원고가 이 사건 상가를 소유할 목적으로 신축한 것이 아니라 제3자에게 분양할 목적으로 신축한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없으므로, 이 사건 제1상가는 원고가 일시 취득하는 부동산에 해당된다.

(라) 이 사건 제1아파트가 구 지방세법 제289조 제1항의 감면대상이어야 하는지 여부

피고 제주시장은 이 사건 제1상가가 구 지방세법 제289조 제1항에 의한 취득세 및 등록세의 감면대상에 해당하기 위해서는 이 사건 제1아파트가 위 규정에 의한 감면대상이 되어야 함이 전제되어야 하는데, 이 사건 제1아파트는 국민임대주택으로 제3자에게 공급하기 위해서 일시 취득하는 부동산으로 볼 수 없으므로, 이 사건 제1아파트의 복리시설인 제1상가 역시 위 규정에 의한 감면대상이 될 수 없다고 주장한다.

그러나 ① 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다 할 것인데( 대법원 2004. 5. 27. 선고 2002두6781 판결 등 참조), 구 지방세법 제289조 제1항의 규정 및 같은 법 시행령을 종합하여 살펴보아도, 주택의 복리시설인 상가용 건물이 감면대상이 되기 위해서는 당해 주택도 같은 규정에 의한 감면대상인 경우로 제한된다는 내용이 도출된다고 보기 어려운 점, ② 이 사건 제1아파트와 이 사건 제1상가가 이 사건 제1사업이라는 하나의 사업계획을 구성하고 있기는 하나 양자는 분리ㆍ독립한 별개의 부동산으로 서로 다른 규정에 의한 감면도 가능하다고 보아야 하는 점, ③ 이 사건 제1상가가 구 지방세법 제289조 제1항이 규정한 요건을 모두 충족하고 있는데도, 이 사건 제1아파트가 분양주택인지 임대주택인지 여부에 따라 취득세 및 등록세의 감면 여부가 달라지는 것은 불합리한 점 등에 비추어 피고 제주시장의 이 부분 주장은 받아들이지 않는다.

(마) 소결

따라서, 이 사건 제1상가는 구 지방세법 제289조 제1항에 규정된 요건을 충족하여 취득세 및 등록세가 감면되어야 하는데도, 피고 제주시장이 이에 대하여 취득세 4,141,000원, 등록세 1,656,000원을 부과한 것은 위법하다.

(2) 지방교육세 부과처분

살피건대, 지방교육세는 등록세 등의 납세의무자에게 부과되는 것임은 위 1)항의 관계법령에서 본 바와 같고, 이 사건 제1상가가 구 지방세법 제289조 제1항에 따라 등록세의 면제대상임은 위 2)의 (1) 중 나)항에서 본 바와 같으므로, 피고 제주시장이 이 사건 제1상가에 대하여 지방교육세 331,000원을 부과한 것은 위법하다.

(3) 농어촌특별세 부과처분

살피건대, 농어촌특별세는 지방세법에 따른 취득세 등의 납세의무자에게 부과되고, 취득세가 면제되는 경우라도 농어촌특별세법 제4조의 비과세 요건에 해당하지 않으면 같은 법 제5조의 과세표준 및 세율에 따라 농어촌특별세를 부담하여야 하는 점, 같은 법 제4조 제12호는 비과세 대상으로 ‘기술 및 인력개발, 저소득자의 재산형성, 공익사업 등 국가경쟁력의 확보 또는 국민경제의 효율적 운영을 위하여 농어촌특별세를 비과세할 필요가 있다고 인정되는 경우로서 대통령령으로 정하는 것’을 규정하고 있는데 같은 법 시행령 제4조 제6항 제5호에서 지방세법 제289조 제1항의 규정에 의한 감면을 비과세 대상으로 명시하고 있는 점은 위 1)항의 관계법령에서 본 바와 같고, 이 사건 제1상가가 구 지방세법 제289조 제1항에 따라 취득세의 면제대상임은 위 2)의 (1) 중 나)항에서 본 바와 같으므로, 피고 제주시장이 이 사건 제1상가에 대하여 농어촌특별세 414,000원을 부과한 것은 위법하다.

다. 이 사건 제2의 각 처분에 관한 판단

1) 관계법령

별지 2 기재와 같다.

2) 판단

(1) 취득세 및 등록세 부과처분

가) 이 사건 제2상가가 구 지방세법 제269조 제1항에 의한 감면대상인지 여부

살피건대, 주물과 종물의 관계는 앞서 이 사건 제1아파트와 이 사건 제1상가의 관계를 검토한 부분[나.의 2) 중 (1)의 가)항 참조]의 설시와 같은바, 완전히 분리ㆍ독립된 별개의 부동산으로서 양자가 법률적 운명을 같이하지 않는 이 사건 제2아파트와 이 사건 제2상가를 주물과 종물의 관계에 있다고 볼 수는 없으므로, 이 사건 제2상가가 이 사건 제2아파트의 종물이라는 전제 위에 있는 원고의 이 부분 주장은 나머지 점에 대하여 더 나아가 살펴볼 필요 없이 이유 없다.

나) 이 사건 제2상가가 구 지방세법 제289조 제1항에 의한 감면대상인지 여부

(가) 이 사건 제2상가가 ‘국가 또는 지방자치단체의 계획에 따라’ 취득한 부동산에 해당하는지 여부

살피건대, 갑 제4호증의 2, 갑 제6호증의 2의 각 기재에 의하면, 원고가 2005. 12.경 건설교통부장관의 지시에 따라 서귀포시 대정읍에 국민임대주택 300호를 건설하겠다는 내용의 2006년도 주택종합계획 수립 관련자료를 작성하여 건설교통부장관에게 제출한 사실, 이에 건설교통부장관은 2006년도 국민임대주택 건설계획을 수립하여 2006. 1. 31. 원고에게 통보하고, 2006. 4. 27. 원고의 국민임대주택 건설사업계획을 승인한 사실, 위와 같이 승인된 주택건설사업계획에는 아파트 9개동 327세대 및 재활용품보관소 2개동, 경비실 2개동, 전기실 1개동, 복지관리동 3개동 및 근린생활시설 1개동이 사업범위로 명시되어 있는 사실이 인정되는바, 구 주택법(2008. 2. 29. 법률 제8852호로 개정되기 전의 것) 제7조는 건설교통부장관이 국민의 주거안정과 주거수준의 향상을 도모하기 위하여 국민주택ㆍ임대주택의 건설 및 공급에 관한 사항이 포함된 주택종합계획을 수립·시행하여야 한다고 규정하고 있는 점, 구 국민임대주택건설 등에 관한 특별조치법(2008. 2. 29. 법률 제8852호로 개정되기 전의 것) 제4조 제1항 및 제23조 제1항은 국민임대주택건설사업은 국가ㆍ지방자치단체ㆍ대한주택공사 또는 지방공기업법 제49조의 규정에 의하여 주택사업을 목적으로 설립된 지방공사가 시행하며, 위 주택사업시행자는 국민임대주택건설에 대한 사업계획(부대시설 및 복리시설의 설치에 관한 계획을 포함한다)을 작성하여 건설교통부장관의 승인을 받도록 규정하고 있는 점 등을 아울러 고려하여 보면, 이 사건 제2사업과 관련된 주택종합건설계획은 구 국민임대주택건설 등에 관한 특별조치법 규정에 따라 수립된 행정계획으로서 국가의 계획에 해당한다고 보아야 할 것이고, 이 사건 제2상가의 신축 역시 위 계획에 포함되어 있다고 봄이 상당하다.

(나) 이 사건 제2상가의 취득이 ‘대통령령이 정하는 사업’에 포함되는지 여부

살피건대, 구 지방세법 제289조 제1항에 규정된 대통령령이 정하는 사업의 범위에는 한국토지주택공사의 주택(복리시설을 포함한다) 건설ㆍ개량ㆍ매입ㆍ비축ㆍ공급ㆍ임대 및 관리 업무가 포함되는 점은 앞서 1)항의 관계법령에서 본 바와 같고, 주택법 제2조 제9호의 규정에 따르면 복리시설이란 주택단지의 입주자 등의 생활복리를 위한 공동시설로서, 어린이놀이터, 근린생활시설, 유치원, 주민운동시설 및 경로당, 그 밖에 입주자 등의 생활복리를 위한 시설 등을 의미한다고 규정되어 있는바, 이 사건 제2상가는 이 사건 제2아파트를 위한 복리시설에 해당한다고 봄이 상당하므로, 원고가 이 사건 제2상가를 신축하여 취득한 것은 ‘대통령령이 정하는 사업’에 포함된다.

(다) 이 사건 제2상가가 ‘제3자에게 공급할 목적으로 일시 취득한 부동산’에 해당하는지 여부

살피건대, 이 사건 제2상가는 원고가 신축함으로써 원시취득한 부동산이고, 원고가 이 사건 상가를 소유할 목적으로 신축한 것이 아니라 제3자에게 분양할 목적으로 신축한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없으므로, 이 사건 제2상가는 원고가 일시 취득하는 부동산에 해당된다.

(라) 이 사건 제2아파트가 구 지방세법 제289조 제1항의 감면대상이어야 하는지 여부

피고 서귀포시장은 이 사건 제2상가가 구 지방세법 제289조 제1항에 의한 취득세 및 등록세의 감면대상에 해당하기 위해서는 이 사건 제2아파트가 위 규정에 의한 감면대상이 되어야 함이 전제되어야 하는데, 이 사건 제2아파트는 국민임대주택으로 제3자에게 공급하기 위해서 일시 취득하는 부동산으로 볼 수 없으므로, 이 사건 제2아파트의 복리시설인 제2상가 역시 위 규정에 의한 감면대상이 될 수 없다고 주장하나, 앞서 이 사건 제1상가의 경우에서 본 바[나. 2)의 (1) 중 나)의 (라)항 참조]와 마찬가지 이유로 피고 서귀포시장의 이 부분 주장은 받아들이지 않는다.

(마) 소결

따라서, 이 사건 제2상가는 구 지방세법 제289조 제1항에 규정된 요건을 충족하여 취득세 및 등록세가 감면되어야 하는데도, 피고 서귀포시장이 이에 대하여 취득세 5,394,000원, 등록세 2,158,000원을 부과한 것은 위법하다.

(2) 지방교육세 부과처분

살피건대, 지방교육세는 등록세 등의 납세의무자에게 부과되는 것임은 위 1)항의 관계법령에서 본 바와 같고, 이 사건 제2상가가 구 지방세법 제289조 제1항에 따라 등록세의 면제대상임은 위 2)의 (1) 중 나)항에서 본 바와 같으므로, 피고 서귀포시장이 이 사건 제2상가에 대하여 지방교육세 431,000원을 부과한 것은 위법하다.

(3) 농어촌특별세 부과처분

살피건대, 농어촌특별세는 지방세법에 따른 취득세 등의 납세의무자에게 부과되고, 취득세가 면제되는 경우라도 농어촌특별세법 제4조의 비과세 요건에 해당하지 않으면 같은 법 제5조의 과세표준 및 세율에 따라 농어촌특별세를 부담하여야 하는 점, 같은 법 제4조 제12호는 비과세 대상으로 ‘기술 및 인력개발, 저소득자의 재산형성, 공익사업 등 국가경쟁력의 확보 또는 국민경제의 효율적 운영을 위하여 농어촌특별세를 비과세할 필요가 있다고 인정되는 경우로서 대통령령으로 정하는 것’을 규정하고 있는데 같은 법 시행령 제4조 제6항 제5호에서 지방세법 제289조 제1항의 규정에 의한 감면을 비과세 대상으로 명시하고 있는 점은 위 1)항의 관계법령에서 본 바와 같고, 이 사건 제2상가가 구 지방세법 제289조 제1항에 따라 취득세의 면제대상임은 위 2)의 (1) 중 나)항에서 본 바와 같으므로, 피고 서귀포시장이 이 사건 제2상가에 대하여 농어촌특별세 539,000원을 부과한 것은 위법하다.

라. 소결론

따라서, 피고 제주시장의 이 사건 제1의 각 처분 및 피고 서귀포시장의 이 사건 각 처분은 모두 위법하다.

3. 결론

그렇다면, 이 사건 각 처분이 위법함을 전제로 한 원고의 이사건 청구는 모두 이유 있으므로, 이를 모두 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.