지방세법 제107조 제1호, 제127조 제1항 제1호 등에 따르면 종교를 목적으로 하는 단체가 종교용에 사용하기 위하여 취득하는 부동산 및 그 부동산에 대한 등기는 취득세 및 등록세 비과세대상이나 부동산임대업 등 수익사업에 사용하였다면 비과세한 취득세 등은 추징하는 것이 타당하다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 교회설립, 매스컴·사회복지·교육·의료 선교사업, 찬양선교 등을 목적으로 하는 종교단체이다. 원고는 2009. 10. 16.

서대문세무서장에게 서울 영등포구 양평동2가 1-1 신동아하이팰리스 103동 1305호(이하 '1305호'라 한다),

같은 1306호(이하 ‘1306호’라 한다)를 사업장소재지로 하여 부동산임대사업자등록을 하였다.

나. 원고는

케이비부동산신탁 주식회사로부터, 2010. 5. 12. 1305호를, 2010. 7. 15. 1306호를 각 취득하였다. 원고는 피고에게 “종교목적사업에 직접 사용하기 위하여 1305호 및 1306호를 취득하였다”는 이유로, 취득세 등 비과세신고를 하였다.

다. 원고는 종전 소유자에 의하여 체결된 각 임대차계약을 승계하고, 기간만료 후 2011. 2. 26.

이영탁에게 1305호를, 2011. 3. 23.

송창민에게 1306호를 각 임대하였다.

라. 피고는 2011. 8. 10. 원고에게 “1305호, 1306호를 고유목적사업에 사용하지 아니하였다”는 이유로, ① 1305호에 관한 취득세 5,410,900원(가산세 포함), 농어촌특별세 541,070원(가산세 포함), 등록세 5,410,900원(가산세 포함), 지방교육세 994,930원(가산세 포함), ② 1306호에 관한 취득세 4,870,480원(가산세 포함), 농어촌특별세 487,040원(가산세 포함), 등록세 4,870,480원(가산세 포함), 지방교육세 895,090원(가산세 포함)을각 부과·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

마. 원고는 2011. 12. 1. 이의신청을 제기하였으나, 2012. 2. 24. 서울특별시장으로부터 기각결정을 받았다. 원고는 2012. 6. 1. 심판청구를 제기하였으나, 2012. 8. 24. 조세심판원으로부터 기각결정을 받았다.

[인정근거] 갑 제 1 내지 9호증, 을 제1 내지 6호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

취득일부터 3년 이내에 1305호 및 1306호를 고유목적사업에 사용하면 취득세 등 비과세대상인바, 취득일로부터 3년이 경과하지 않았음에도 고유목적사업에 사용하지 않았음을 이유로 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 판단

(1)

지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제107조 제1호,

제127조 제1항 제1호, 동

시행령(2010. 9. 20. 대통령령 제22395호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제78조의2 제1항,

제79조 제1항,

제94조 제1항,

법인세법(2013. 1. 1. 법률 제11607호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제3조 제3항 제1호,

동 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22577호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제2조 제1항의 규정내용을 종합하면, 종교를 목적으로 하는 단체가 종교용에 사용하기 위하여 취득하는 부동산 및 그 부동산에 대한 등기는 취득세 및 등록세 비과세대상이다. 그러나 ① 부동산임대업 등 수익이 발생하는 사업에 사용하거나, ② 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하거나, ③ 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분은 취득세 및 등록세 과세대상이다.

(2) 이 사건으로 돌아와 보건대, ① 원고는 1305호, 1306호 취득 전에 이를 사업장소재지로 하여 부동산임대사업자등록을 한 점, 원고는 종전 소유자에 의하여 체결된 각 임대차계약을 승계하고, 기간 만료 후 다시 임대한 점 등을 고려할 때, 원고는 1305호, 1306호를 수익사업에 사용하였다고 봄이 타당하고, ②

지방세법 제107조 단서,

제127조 제1항 단서의 세 가지 추징요건 중 어느 하나에만 해당하면 비과세한 취득세 등을 추징할 수 있는데, 위와 같은 사용행위는 수익이 발생하는 사업에 사용한 경우에 해당하므로(

지방세법 시행령 제78조의2 제1항에 의하여 준용되는

법인세법 제3조 제3항 제1호,

동 시행령 제2조 제1항, 한국표준산업분류에 의하여 부동산임대사업은 수익사업에 해당한다), 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.