1. 처분의 경위가. 매매계약의 체결원고는 토지거래허가구역 내에 있는 00시 00구 00동 일대 토지에서 공동주택건설사업을 시행하기 위하여, 아래 표 기재와 같이 토지를 매수하는 내용의 매매계약을 체결하고(이하 아래 표의 순번에 따라 ‘이 사건 제○계약’이라 하고, 그 매수토지는 매매계약별로 묶어 위 순번에 따라 ‘쟁점○토지’라 한다), 아래 표 기재 잔금지급일에 그 매매대금의 지급을 모두 완료하였다.나. 쟁점1토지 취득세 등 부과 경위1) 원고는 2008. 7.경 00구청장에게 쟁점1토지에 관한 토지거래허가를 신청하면서, 그 신청서의 토지이용계획설명란에 "도시개발법에 의한 도시개발사업 구역지정 후 환지에 대한 공동주택사업 추진계획, 도시개발사업 구역지정 이전 주택사업 관련 자재 등 야적창고 활용"이라고만 기재하여 이를 제출하였고, 이에 00구청장은 2008. 8. 11. 원고에게 토지이용계획을 구체적으로 소명하라는 내용의 보완요청을 하였는데, 그 보완을 요청한 기한까지 원고가 구체적인 소명을 하지 아니하자 2008. 8. 25. 위 토지거래허가신청을 반려하였다.2) 원고는 2008. 9. 26. 쟁점1토지의 매도인인 0000지역주택조합에게 ‘쟁점1토지에 관한 토지거래허가신청이 2008. 8. 25. 반려되어 위 토지의 소유권이전이 불가하고, 쟁점1토지의 면적 중 78%가 수용될 예정이어서 위 토지를 당초 계약목적대로 이용하는 것이 불가능하다는 점이 판명되었으므로 이 사건 제1계약의 해제를 요청한다’는 내용의 계약해제요청서를 보냈다.3) 그 뒤 2009. 1. 30. 쟁점1토지는 토지거래허가구역에서 해제(국토해양부 공고 제2009-48호)되었고, 2009. 7. 31. 00시는 0000지역주택조합으로부터 쟁점1토지 중 00시 00구 동천동 170-3 임야 342㎡(나머지 171㎡는 2009. 6. 5. 같은 동 170-17로 분할되었다) 및 같은 동 170-5 도로 148㎡를 협의취득하였다.4) 원고는 2009. 8. 24. 0000지역주택조합과 사이에, 이 사건 제1계약 중 분할 전 00시 00구 동천동 170-3 임야 513㎡와 같은 동 170-16 창고용지 472㎡(같은 동 170-4에서 2007. 11. 22. 분할된 토지이다) 및 같은 동 170-5 도로 148㎡(이하 통틀어 ‘쟁점1-1토지’라 한다)에 관한 부분을 합의해제하고 나머지 토지인 같은 동 170-4 창고용지 428㎡(이하 ‘쟁점1-2토지’라 한다)만을 매매대금 1,393,420,000원으로 정하여 매수하기로 합의하였고, 이에 따라 0000지역주택조합으로부터 기존 계약에 따라 지급한 매매대금 3,116,000,000원과 쟁점1-2토지에 관한 매매대금 1,393,420,000원의 차액인 1,722,580,000원을 반환받은 뒤 2009. 8. 25. 쟁점1-2토지에 관하여 원고 앞으로 소유권이전등기를 마쳤다.5) 원고는 2009. 9. 23. 쟁점1-2토지의 취득에 따른 취득세 27,868,400원 및 농어촌특별세 2,786,840원을 신고·납부하였으나, 피고는 2010. 4. 13. 원고가 이 사건 제1계약에 따른 잔금지급일인 2006. 12. 28. 쟁점1토지 전체를 매매대금 3,116,000,000원에 취득하였음을 전제로 ① 쟁점1-1토지에 대한 취득세 53,393,808원(본세 34,451,600원 + 신고불성실가산세 6,890,320원 + 납부불성실가산세 12,051,160원) 및 농어촌특별세 3,789,670원(본세 3,445,160원 + 신고불성실가산세 344,510원)과 ② 쟁점1-2토지에 대한 취득세의 가산세 13,666,660원(신고불성실가산세 5,573,680원 + 납부불성실가산세 8,092,980원) 및 농어촌특별세의 신고불성실가산세 278,680원을 부과하였다(이하 위 ①, ②항의 처분을 모아 ‘이 사건 제1처분‘이라 한다).다. 쟁점2, 3토지 취득세 등 부과 경위1) 쟁점2토지의 매도인인 이00은 이 사건 제2계약에 따른 위 토지의 처분업무를 수행하게 할 목적으로 2007. 6. 20. 주식회사 생보부동산신탁(이하 ‘00신탁’이라 한다)과 사이에 쟁점2토지에 관하여 이00을 위탁자 겸 수익자, 원고를 우선수익자, 00신탁을 수탁자로 한 처분신탁계약을 체결한 다음, 같은 날 00신탁 앞으로 위 토지에 관하여 신탁을 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳐 주었다.한편, 쟁점3토지의 매도인인 노00은 이 사건 제3계약에 따른 위 토지의 처분업무를 수행하게 할 목적으로 2008. 6. 13. 00신탁과 사이에 쟁점3토지에 관하여 노00을 위탁자 겸 수익자, 원고를 우선수익자, 00신탁을 수탁자로 한 처분신탁계약을 체결한 다음, 2008. 6. 16. 00신탁 앞으로 위 토지에 관하여 신탁을 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳐 주었다.2) 그 뒤 쟁점2, 3토지는 2009. 1. 30. 토지거래허가구역에서 해제되었으며, 원고는 2009. 11. 25. 00신탁과 쟁점2, 3토지에 관하여 이 사건 제2, 3계약과 같은 매매대금으로 매매계약을 체결하고 2009. 12. 21. 원고 앞으로 소유권이전등기를 마쳤다.3) 원고는 쟁점2, 3토지를 00신탁과의 위 매매계약 체결일인 2009. 11. 25. 취득한 것으로 보아 2009. 12. 23. 쟁점2토지의 취득에 따른 취득세 49,600,000원 및 농어촌특별세 4,960,000원, 쟁점3토지의 취득에 따른 취득세 91,884,000원 및 농어촌특별세 9,188,400원을 신고·납부하였는데, 피고는 2010. 4. 13. 원고가 00신탁으로부터의 위와 같은 취득과는 별개로 쟁점2토지는 이 사건 제2계약에 따른 잔금지급일인 2007. 6. 20.에, 쟁점3토지는 이 사건 제3계약의 잔금지급일인 2008. 6. 25.에 취득하였다는 전제 아래 ① 쟁점2토지에 대한 취득세 74,310,720원(본세 49,600,000원 + 신고불성실가산세 9,920,000원 + 납부불성실가산세 14,790,720원) 및 농어촌특별세 7,431,070원(본세 4,960,000원 + 신고불성실가산세 992,000원 + 납부불성실가산세 1,479,070원)과 ② 쟁점3토지에 대한 취득세 128,707,090원(본세 92,802,000원 + 신고불성실가산세 18,560,400원 + 납부불성실가산세 17,344,690원) 및 농어촌특별세 12,870,700원(본세 9,280,200원 + 신고불성실가산세 1,856,040원 + 납부불성실가산세 1,734,460원)을 부과하였다(이하 위 ①항의 처분을 ‘이 사건 제2처분’, 위 ②항의 처분을 ‘이 사건 제3처분‘이라 한다).라. 쟁점4토지 취득세 등 부과 경위1) 쟁점4토지의 매도인인 00건설 주식회사(이하 ‘00건설’이라 한다)는 이 사건 제4계약에 따른 위 토지의 처분업무를 수행하게 할 목적으로 2006. 12. 27. 00신탁과 사이에 쟁점4토지에 관하여 00건설을 위탁자 겸 수익자, 원고를 우선수익자, 00신탁을 수탁자로 한 처분신탁계약을 체결한 다음, 2006. 12. 28. 00신탁 앞으로 위 토지에 관하여 신탁을 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳐 주었다.2) 00건설은 2007. 12. 20. 쟁점4토지 중 00시 00구 동천동 155-5 대 1,807㎡의 일부인 161㎡를 00시에 기부채납하기로 하여, 그 부분에 해당하는 토지가 2008. 1. 29. 같은 동 155-6 구거 142㎡ 및 같은 동 155-7 도로 19㎡로 분할되었고(이하 위 분할된 155-6, 155-7 토지를 ‘쟁점4-1토지’라 한다), 2008. 2. 18. 00시가 위 분할된 쟁점4-1토지에 관하여 기부채납을 원인으로 소유권이전등기를 마쳤다(이하 ‘이 사건 기부채납’이라 한다).3) 원고는 2008. 3. 21. 00건설과 사이에 이 사건 기부채납에 따라 쟁점4-1토지의 소유권이전이 불가능해졌음을 이유로 이 사건 제4계약 중 쟁점4-1토지에 관한 부분을 실효시키기로 합의하면서, 쟁점4토지 중 쟁점4-1토지를 제외한 나머지 부분(이하 ‘쟁점4-2토지’라 한다)만을 매수하고 그 매매대금은 당초의 9,736,000,000원에서 9,414,580,000원으로 감액하는 내용의 변경계약을 체결한 뒤, 00건설로부터 그 차액에 해당하는 321,420,000원을 반환받았다.4) 그 후 쟁점4토지는 2009. 1. 30. 토지거래허가구역에서 해제되었다.5) 피고는 2010. 4. 13. 원고가 이 사건 제4계약에 따른 잔금지급일인 2006. 12. 28. 쟁점4토지를 취득하였음을 전제로 쟁점4토지에 대한 취득세 302,078,820원(본세 194,914,720원 + 신고불성실가산세 38,982,940원 + 납부불성실가산세 68,181,160원) 및 농어촌특별세 21,440,610원(본세 19,491,470원 + 신고불성실가산세 1,949,140원)을 부과하였다(이하 ‘이 사건 제4처분‘이라 한다).마. 조세심판원의 결정원고는 이 사건 제1 내지 4처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였는데, 조세심판원은 2011. 1. 7. ‘쟁점2, 3토지에 관하여 00신탁에서 원고 명의로 소유권이전등기가 마쳐진 것은 당초 이 사건 제2, 3계약 및 그에 따른 처분신탁계약 당시 예정되어 있던 것으로서 그 실질은 매도인으로부터 취득한 행위의 이행행위에 불과하므로, 원고가 2009. 12. 23. 쟁점2, 3토지에 관하여 취득세 및 농어촌특별세를 신고·납부한 것은 이 사건 제2, 3처분에 있어 동일한 물건의 취득에 대한 이중과세에 해당한다’는 이유로 이 사건 제2, 3처분의 부과세액에서 원고가 2009. 12. 23. 신고·납부한 취득세 및 농어촌특별세 상당액을 차감하는 것이 타당하다고 판단하여 이 사건 제2처분의 부과세액을 취득세 24,710,720원(신고불성실가산세 9,920,000원 + 납부불성실가산세 14,790,720원) 및 농어촌특별세 2,471,070원(신고불성실가산세 992,000원 + 납부불성실가산세 1,479,070원)으로, 이 사건 제3처분의 부과세액을 취득세 36,823,090원(본세 918,000원 + 신고불성실가산세 18,560,400원 + 납부불성실가산세 17,344,690원) 및 농어촌특별세 3,682,300원(본세 91,800원 + 신고불성실가산세 1,856,040원 + 납부불성실가산세 1,734,460원)으로 각 경정하고(이하부터는 이 사건 제2, 3처분 중 위와 같이 감액경정된 부분만을 ‘이 사건 제2, 3처분’이라 한다), 나머지 심판청구는 기각하는 내용의 결정을 하였다.[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 갑 제2호증의 1 내지 15, 갑 제3호증의 1 내지 9, 갑 제4호증의 1 내지 7, 갑 제5호증의 6, 갑 제6호증, 을 제4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지2. 원고의 주장가. 이 사건 제1처분에 관하여1) 이 사건 제1계약은 국토의 계획 및 이용에 관한 법률(이하 ‘국토계획법’이라 한다)상 토지거래허가를 받아야 하는 매매계약으로서 관할관청으로부터 그 허가를 받거나 토지거래허가구역에서 해제되기 전까지는 유동적 무효의 상태에 있게 되어 해당 토지를 유효하게 취득하였다고 할 수 없으므로 취득세 등을 부과함에 있어 그와 같은 토지의 취득시기는 잔금지급일이 아닌 토지거래허가일 또는 토지거래허가구역 해제일로 보아야 한다. 그런데 이 사건 제1계약에 대한 토지거래허가신청이 2008. 8. 25. 반려됨으로써 위 계약은 확정적으로 무효가 되었고, 그 후 2009. 1. 30. 쟁점1토지가 토지거래허가구역에서 해제되고 나서 원고는 2009. 8. 24. 새로이 체결한 매매계약에 따라 쟁점1-2토지만을 취득하였으므로, 결국 원고는 쟁점1-1토지를 취득하였다고 볼 수 없어 그에 대한 취득세 등(가산세 포함)을 납부할 의무가 없음에도 이를 부과한 이 사건 제1처분은 위법하다.2) 또한 가산세 부과와 관련하여, 토지거래허가구역 내 토지의 취득시기는 토지거래허가일 또는 토지거래허가구역 해제일로 보아야 하므로 잔금지급일이 아닌 토지거래허가일 또는 토지거래허가구역 해제일로부터 30일 이내에 취득세 등의 신고·납부의무를 다하지 아니한 경우에 신고·납부불성실가산세를 부과하여야 한다. 설령 원고가 쟁점1토지 전부를 잔금지급일에 취득한 것으로 보더라도 토지거래허가구역 내 토지의 매매계약에 관한 유동적 무효의 법리와 그에 따른 취득에 관하여 토지거래허가일을 기준으로 과세하여 온 과세관청의 실무 내지 관행 등에 비추어 원고가 취득세의 신고·납부를 늦게 하게 된 데에는 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 할 것이므로, 쟁점1토지에 관한 납부불성실가산세는 토지거래허가구역지정이 해제된 2009. 1. 30.로부터 30일이 경과된 2009. 3. 2.부터 기산되어야 할 것이어서 그 전의 기간에 대한 납부불성실가산세 부과는 위법하다.나. 이 사건 제2, 3처분에 관하여위 가의 2)항과 같은 이유로 쟁점2, 3토지에 관한 취득세 등의 납부불성실가산세는 토지거래허가구역지정이 해제된 2009. 1. 30.로부터 30일이 경과된 2009. 3. 2.부터 기산되어야 할 것이고, 그 전의 기간에 대한 납부불성실가산세 부과는 위법하다.다. 이 사건 제4처분에 관하여1) 이 사건 제4계약에 관한 토지거래허가를 받지 아니하여 위 계약이 유동적 무효의 상태에 있던 중 2008. 3. 21. 원고가 앞서 본 바와 같이 이 사건 기부채납의 대상이 된 쟁점4-1토지는 제외하고 쟁점4-2토지에 한하여 새로이 매매계약을 체결함으로써 당초의 이 사건 제4계약은 확정적으로 무효가 되었고, 위와 같이 쟁점4-2토지에 관하여 새로이 체결한 매매계약만이 유동적 무효의 상태에 있다가 2009. 1. 30. 위 토지가 토지거래허가구역에서 해제됨으로써 그 계약체결일에 소급하여 확정적으로 유효가 되었으므로, 결국 원고는 쟁점4-2토지만을 취득하였다고 할 것인데, 피고는 원고가 쟁점4토지 전체를 취득한 것으로 보아 취득세 등을 부과하였으므로, 이 사건 제4처분 중 쟁점4-1토지에 관하여 취득세 및 농어촌특별세를 부과한 부분은 위법하다.2) 또한 위 가의 2)항 기재와 같은 이유에서 쟁점4-2토지에 관한 납부불성실가산세는 토지거래허가구역지정이 해제된 2009. 1. 30.로부터 30일이 경과된 2009. 3. 2.부터 기산되어야 할 것이고, 그 전의 기간에 대한 납부불성실가산세 부과는 위법하다.3. 관계법령■ 구 지방세법 (2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부개정되기 전의 것)제29조 (납세의무의 성립시기)① 지방세를 납부할 의무는 다음 각호의 시기에 성립한다.1. 취득세 : 취득세 과세물건을 취득하는 때2. 등록세 : 재산권 기타 권리를 등기 또는 등록하는 때제30조의4 (부과의 제척기간)① 지방세는 부과할 수 있는 날부터 다음 각호에 정하는 기간이 만료되는 날까지 부과하지 아니하는 경우에는 이를 부과할 수 없다. 이 경우 지방세를 부과할 수 있는 날은 대통령령으로 정한다.1. 납세자가 사기 그 밖의 부정한 행위로 지방세를 포탈하거나 환부 또는 경감받은 경우에는 10년2. 납세자가 법정신고기한 내에 소득세 또는 법인세의 과세표준신고서를 제출하지 아니하여 해당 주민세 소득세할 또는 법인세할을 부과할 수 없는 경우에는 7년3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 5년제104조 (정의)취득세에서 사용하는 용어의 의의는 다음 각호와 같다.8. 취득 : 매매, 교환, 상속, 증여, 기부, 법인에 대한 현물출자, 건축, 개수, 공유수면의 매립, 간척에 의한 토지의 조성등과 기타 이와 유사한 취득으로서 원시취득, 승계취득 또는 유상무상을 불문한 일체의 취득을 말한다.제105조 (납세의무자등)① 취득세는 부동산·차량·기계장비·입목·항공기·선박·광업권·어업권·골프회원권·승마회원권·콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권의 취득에 대하여 당해 취득물건 소재지의 도(골프회원권·승마회원권·콘도미니엄회원권 및 종합체육시설이용회원권은 골프장·승마장·콘도미니엄 및 종합체육시설 소재지의 도를 말한다)에서 그 취득자에게 부과한다.② 부동산·차량·기계장비·입목·항공기·선박·광업권·어업권·골프회원권·승마회원권·콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권의 취득에 있어서는 민법·광업법·수산업법·선박법·「산림자원의 조성 및 관리에 관한 법률」·건설기계관리법·자동차관리법 또는 항공법등 관계법령의 규정에 의한 등기·등록등을 이행하지 아니한 경우라도 사실상으로 취득한 때에는 각각 취득한 것으로 보고 당해 취득물건의 소유자 또는 양수인을 각각 취득자로 한다. (단서생략)제111조 (과세표준)① 취득세의 과세표준은 취득당시의 가액으로 한다. (단서생략)⑤ 다음에 게기하는 취득(증여·기부 그 밖의 무상취득 및 「소득세법」 제101조 제1항 또는 「법인세법」 제52조 제1항에 따른 거래로 인한 취득을 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항의 규정에 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액에 의한다.1. 국가·지방자치단체 및 지방자치단체조합으로부터의 취득2. 외국으로부터의 수입에 의한 취득3. 판결문·법인장부중 대통령령이 정하는 것에 의하여 취득가격이 입증되는 취득4. 공매방법에 의한 취득제112조 (세율)① 취득세의 표준세율은 취득물건의 가액 또는 연부금액의 1,000분의 20으로 한다.제120조 (신고 및 납부)① 취득세 과세물건을 취득한 자는 그 취득한 날부터 30일[상속으로 인한 경우는 상속개시일부터, 실종으로 인한 경우는 실종선고일부터 각각 6월(납세자가 외국에 주소를 둔 경우에는 각각 9월)] 이내에 그 과세표준액에 제112조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액을 대통령령이 정하는 바에 의하여 신고하고 납부하여야 한다.제121조 (부족세액의 추징 및 가산세)① 취득세 납세의무자가 제120조의 규정에 의한 신고 또는 납부의무를 다하지 아니한 때에는 제111조 및 제112조의 규정에 의하여 산출한 세액(이하 이 조에서 "산출세액"이라 한다) 또는 그 부족세액에 다음 각호의 가산세를 합한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법에 의하여 징수한다.1. 제120조의 규정에 의하여 신고하지 아니하였거나 신고한 세액이 산출세액에 미달하는 때에는 당해 산출세액 또는 부족세액의 100분의 20에 상당하는 신고불성실가산세2. 제120조의 규정에 의하여 납부하지 아니하였거나 산출세액에 미달하게 납부한 때에는 그 납부하지 아니하였거나 부족한 세액에 금융기관의 연체이자율을 참작하여 대통령령이 정하는 율(이하 "가산율"이라 한다)과 납부지연일자를 곱하여 산출한 납부불성실가산세② 취득세납세의무자가 취득세과세물건을 사실상 취득한 후 그 취득일로부터 2년 내에 제120조의 규정에 의한 신고 및 납부를 하지 아니하고 매각하는 경우에는 제1항의 규정에 불구하고 산출세액에 100분의 80을 가산한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법에 의하여 징수한다. 다만, 대통령령으로 정하는 과세물건에 대하여는 그러하지 아니하다.■ 구 지방세법 시행령 (2010. 12. 30. 대통령령 제22586호로 일부 개정되기 전의 것)제14조의2 (제척기간의 기산일)① 법 제30조의4 제1항 단서의 규정에 의한 지방세를 부과할 수 있는 날은 다음 각호의 1에 해당하는 날을 말한다.1. 법령에서 신고납부하도록 규정된 지방세에 있어서는 당해 지방세에 대한 신고납부기한의 다음날. 이 경우 중간예납기한 및 수정신고기한은 신고납부기한에 포함되지 아니한다.2. 제1호의 규정에 의한 지방세 외의 지방세에 있어서는 당해 지방세의 납세의무 성립일② 다음 각호의 날은 제1항의 규정에 불구하고 지방세를 부과할 수 있는 날로 한다.1. 특별징수의무자 또는 납세조합에 대하여 부과하는 지방세에 있어서는 당해 특별징수세액 또는 납세조합징수세액의 납입기한의 다음날2. 신고납부기한이 연장된 경우에는 그 연장된 납기한의 다음날3. 비과세 또는 감면받은 세액등에 대한 추징사유가 발생하여 추징하는 경우에는 그 신고납부기한의 다음날제73조 (취득의 시기등)① 유상승계취득의 경우에는 다음 각호에 정하는 날에 취득한 것으로 본다.1. 법 제111조제5항제1호 내지 제4호의 어느 하나에 해당하는 유상승계취득의 경우에는 그 사실상의 잔금지급일2. 제1호에 해당하지 아니하는 유상승계취득의 경우에는 그 계약상의 잔금지급일(계약상 잔금지급일이 명시되지 아니한 경우에는 계약일부터 30일이 경과되는 날). 다만, 취득후 30일 이내에 「민법」제543조 내지 제546조의 규정에 의한 원인으로 계약이 해제된 사실이 화해조서ㆍ인낙조서ㆍ공정증서 등에 의하여 입증되는 경우에는 취득한 것으로 보지 아니한다.제86조의2 (납부불성실가산세)법 제121조 제1항 제2호에서 "대통령령이 정하는 율"이라 함은 1일 10,000분의 3을 말한다.■ 구 농어촌특별세법 (2006. 12. 30. 법률 제8139호로 일부 개정되기 전의 것)제3조 (납세의무자)다음 각호의 1에 해당하는 자는 이 법의 규정에 의하여 농어촌특별세를 납부할 의무를 진다.5. 지방세법에 의한 취득세 또는 레저세의 납세의무자제5조 (과세표준과 세율)

호별 6

과세표준 지방세법에 의하여 납부하여야 할 취득세액

세율 100분의 10

① 농어촌특별세는 다음 각호의 과세표준에 대한 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.제11조 (가산세)세무서장·세관장 및 시장·군수는 제7조의 규정에 의하여 농어촌특별세를 신고·납부하거나 거래징수 또는 원천징수하여 납부하여야 할 자가 이를 기한 내에 납부하지 아니하거나 미달하게 납부한 경우에는 그 납부하지 아니하거나 미달한 세액의 100분의 10에 해당하는 금액을 가산세로 가산하여 징수한다.■ 구 농어촌특별세법 (2010. 12. 30. 법률 제10422호로 일부 개정되기 전의 것)제3조 (납세의무자)다음 각호의 1에 해당하는 자는 이 법의 규정에 의하여 농어촌특별세를 납부할 의무를 진다.5. 지방세법에 의한 취득세 또는 레저세의 납세의무자제5조 (과세표준과 세율)① 농어촌특별세는 다음 각호의 과세표준에 대한 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

호별 6

과세표준 지방세법에 의하여 납부하여야 할 취득세액

세율 100분의 10

■ 국토의 계획 및 이용에 관한 법률제118조 (토지거래계약에 관한 허가)① 허가구역에 있는 토지에 관한 소유권·지상권(소유권·지상권의 취득을 목적으로 하는 권리를 포함한다)을 이전하거나 설정(대가를 받고 이전하거나 설정하는 경우만 해당한다)하는 계약(예약을 포함한다. 이하 "토지거래계약"이라 한다)을 체결하려는 당사자는 공동으로 대통령령으로 정하는 바에 따라 시장·군수 또는 구청장의 허가를 받아야 한다. 허가받은 사항을 변경하려는 경우에도 또한 같다.⑥ 제1항에 따른 허가를 받지 아니하고 체결한 토지거래계약은 그 효력이 발생하지 아니한다.4. 처분의 적법 여부가. 토지거래허가구역 내 토지의 취득에 따른 취득세 부과에 관하여1) 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제105조 제2항은 ‘부동산은 관계법령의 규정에 의한 등기·등록 등을 이행하지 아니한 경우라도 사실상으로 취득한 때에는 이를 취득한 것으로 본다’고 규정하고 있다. 이는 취득세가 본래 재화의 이전이라는 사실 자체를 포착하여 거기에 담세력을 인정하고 부과하는 유통세의 일종으로 취득자가 재화를 사용·수익·처분함으로써 얻을 수 있는 이익을 포착하여 부과하는 것이 아니어서 취득자가 실질적으로 완전한 내용의 소유권을 취득하는가의 여부에 관계없이 사실상의 취득행위 자체를 과세객체로 한다는 것이다(대법원 1995. 1. 24. 선고 94누10627 판결 참조).그리고 여기서 ‘취득’이란 권리 이전의 원인행위가 유효하게 이루어졌으나 권리의 이전을 위한 법률상의 성립요건으로서 등기·등록 등만을 갖추지 못하고 있을 때를 의미한다고 보는 것이 타당하고, 원인행위인 계약이 처음부터 무효이거나 나중에 취소되는 등으로 효력이 없는 때에는 취득세의 과세대상인 취득이 있다고 볼 수 없다.2) 국토계획법상의 토지거래허가구역 안에 있는 토지에 관하여 장차 그 허가를 받을 것을 전제로 매매계약이 체결된 경우, 그 계약은 토지거래허가를 받기 전까지는 물권적 효력은 물론 채권적 효력도 발생하지 아니하여 무효이므로, 매수인이 대금을 전액 지급하였다 하더라도 토지거래허가를 받지 아니한 상태에서는 토지를 취득했다고 할 수 없으나(대법원 1997. 11. 11. 선고 97다8427 판결 등 참조), 위와 같은 대금지급 후에 토지거래허가를 받거나 토지거래허가구역에서 해제되면 그 계약은 소급하여 유효하게 되므로, 이로써 유효한 원인행위에 따른 사실상의 취득, 즉 취득세의 과세대상이 있게 된다.반면 위와 같이 매수인이 대금을 전액 지급한 상태에서 토지거래허가에 관하여 관할관청으로부터 불허가처분이 있거나 당사자 쌍방이 허가신청협력의무의 이행거절의사를 명백히 표시한 경우 또는 매매계약상 일방의 채무가 이행불능임이 명백하고 나아가 그 상대방이 매매계약의 존속을 더 이상 바라지 않고 있는 경우에는 그 계약이 확정적으로 무효가 되므로(대법원 2010. 8. 19. 선고 2010다31860 판결 등 참조), 취득의 원인행위가 효력이 없는 때에 해당하여 취득세의 과세대상인 취득이 있다고 볼 여지는 없게 된다.나아가 위와 같은 과세대상의 존재를 전제로 취득세를 부과함에 있어서는, 구 지방세법 시행령(2010. 9. 20. 대통령령 제22395호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제73조 제1항이 유상승계취득의 경우 사실상 또는 계약상의 잔금지급일을 취득시기로 보도록 규정하고 있으므로, 그 취득시기는 위 규정에 따라 사실상 또는 계약상의 잔금지급일로 보아야 한다.3) 한편 위와 같은 매매계약이 토지거래허가를 받지 아니하여 무효인 상태에 있다면 그 대금 전액이 먼저 지급되었다 하더라도 아직은 취득세의 과세대상인 취득이 존재하지 않으므로 매수인에게 취득세의 신고·납부의무가 발생하였다고 할 수 없고, 토지거래허가를 받거나 토지거래허가구역에서 해제된 이후에야 취득세의 과세대상인 취득이 인정되어 취득세의 부과가 가능하므로, 이 경우 구 「지방세법」제120조 제1항에서 취득세 신고·납부의무의 발생일로 정한 ‘취득한 날’은 구 「지방세법 시행령」제73조 제1항에서 정한 취득시기와 같이 볼 것이 아니라 그 계약이 확정적으로 유효하게 된 토지거래허가일 또는 토지거래허가구역 해제일로 보는 것이 타당하다. 또한 구 「지방세법 시행령」제14조의2 제1항 제1호에서 지방세 부과제척기간의 기산일로 규정하고 있는 ‘신고·납부기한의 다음날’ 역시 위와 같은 신고·납부의무의 발생을 전제로 정하여야 할 것이다.나. 개별적인 판단1) 이 사건 제1처분 중 쟁점1-1토지에 관한 취득세 등 부과의 적법 여부앞서 본 바와 같이 토지거래허가구역 내에 있는 토지를 매수하고 그 대금을 모두 지급한 후에 토지거래허가를 받거나 토지거래허가구역이 해제된 경우 취득세를 부과함에 있어서 토지의 취득시기는 잔금지급일로 보아야 하지만, 토지거래허가신청이 불허되어 그 매매계약이 확정적으로 무효가 되면 매매대금을 전액 지급하였어도 취득의 원인행위가 효력이 없는 때에 해당하여 취득세의 과세대상인 취득이 있다고 할 수 없다.원고는 쟁점1토지에 관한 토지거래허가신청이 2008. 8. 25. 반려됨으로써 이 사건 제1계약은 확정적으로 무효가 되었다고 주장하므로 살피건대, 토지거래허가를 받지 아니하여 유동적 무효의 상태에 있는 매매계약이라고 하더라도 일단 토지거래허가신청을 하여 불허가되었다면 특별한 사정이 없는 한 불허가된 때로부터 그 매매계약은 확정적으로 무효가 되지만, 그 불허가의 취지가 미비된 요건의 보정을 명하는 데에 있고 그러한 흠결된 요건을 보정하는 것이 객관적으로 불가능하지도 아니한 경우라면 그 불허가로 인하여 매매계약이 확정적으로 무효가 되는 것은 아니다(대법원 1998. 12. 22. 선고 98다44376 판결 참조).그런데 앞서 본 바에 의하면, 토지이용계획을 ‘도시개발사업 구역지정 후 공동주택사업 추진계획, 도시개발사업 구역지정 전 주택사업 관련 자재 등 야적창고 활용’이라고 기재한 원고의 토지거래허가신청에 대하여 관할관청이 토지이용계획을 구체적으로 소명하라는 내용으로 보완요청을 하였으나, 그 보완을 요청한 기한까지 원고가 아무런 소명을 하지 아니하여 위 신청이 반려되었음을 알 수 있고, 이 경우 원고로서는 그 추진을 계획하고 있는 공동주택사업의 규모와 일정 등을 보다 구체적으로 소명하여 그 보완요청에 응하는 것이 객관적으로 불가능하였다고는 보이지 아니하므로, 앞서 본 법리에 비추어 보면 관할관청의 토지이용계획 보완요청에 응하지 아니하여 토지거래허가신청이 반려된 위와 같은 경우는 그 신청이 불허가되어 이 사건 제1계약이 확정적으로 무효가 된 경우로 볼 수 없다.그렇다면 이 사건 제1계약은 2009. 1. 30. 쟁점1토지가 토지거래허가구역에서 해제됨으로써 소급하여 유효한 계약이 되었다고 할 것이므로 이로써 원고는 쟁점1-1토지를 취득하였다고 보아야 하고, 원고가 쟁점1-1토지를 그와 같이 적법하게 취득한 후인 2009. 8. 24. 합의에 의하여 그에 관한 계약을 해제하고 그 재산을 반환하였다고 하더라도 이미 성립한 조세채권의 행사에 영향을 줄 수 없다(대법원 1988. 10. 11. 선고 87누377 판결 등 참조).한편, 앞서 본 바와 같이 국토계획법상 토지거래허가구역 내의 토지에 관하여 장차 허가를 받을 것을 전제로 매매계약을 체결하고 그 잔금을 지급한 다음 허가를 받은 경우 취득세의 신고·납부의무 발생일의 기준이 되는 ‘취득한 날’은 토지거래계약이 확정적으로 유효가 된 날로 보는 것이 타당하므로, 원고가 이 사건 제1계약이 확정적으로 유효가 된 토지거래허가구역 해제일로부터 30일 이내에 취득세 등 신고·납부의무를 다하지 않은 경우에 한하여 신고 및 납부불성실가산세를 부과할 수 있다. 그런데 원고는 토지거래허가구역 해제일인 2009. 1. 30.을 기준으로 신고·납부기한인 30일 이내에 쟁점1-1토지에 대한 취득세 등을 신고·납부한 바 없으므로, 이 사건 제1처분 중 쟁점1-1토지에 대한 취득세 45,507,118원(= 본세 34,451,600원 + 신고불성실가산세 6,890,320원 + 납부불성실가산세 4,165,198원) 및 농어촌특별세 3,789,670원(= 본세 3,445,160원 + 신고불성실가산세 344,510원)의 부과 부분은 적법하고, 이를 넘어서는 부분은 위법하다.2) 이 사건 제1처분 중 쟁점1-2토지에 관한 취득세의 신고·납부불성실가산세 부과 및 이 사건 제2, 3처분 중 납부불성실가산세 부과의 적법 여부앞서 본 법리와 인정사실에 비추어 보면, 이 사건 제1 내지 3계약은 2009. 1. 30. 쟁점1-2토지 및 쟁점2, 3토지가 토지거래허가구역에서 해제됨으로써 소급하여 모두 유효한 계약이 되었으므로 그 취득에 따른 취득세 부과에 있어 위 각 토지의 취득시기는 그 각 잔금지급일로 보아야 하지만, 취득세 신고·납부의무는 토지거래계약이 확정적으로 유효가 된 날부터 발생하므로 토지거래허가구역 해제일을 기준으로 30일 이내에 취득세 등을 신고·납부하였으면 가산세를 부과할 수 없다.그런데 원고는 쟁점1-2토지가 토지거래허가구역에서 해제된 2009. 1. 30.로부터 30일을 도과한 2009. 9. 23. 위 토지에 대한 취득세 등을 신고·납부한 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 이 사건 제1처분 중 쟁점1-2토지에 대한 취득세 7,283,896원(= 신고불성실가산세 5,573,680원 + 납부불성실가산세 1,710,216원) 및 농어촌특별세에 대한 신고불성실가산세 278,680원의 부과 부분은 적법하고, 이를 넘어서는 부분은 위법하다.또한 원고는 쟁점2, 3토지가 토지거래허가구역에서 해제된 2009. 1. 30.로부터 30일을 도과한 2009. 12. 23. 위 각 토지에 대한 취득세 등을 신고·납부한 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 이 사건 제2처분 중 취득세 14,324,480원(= 신고불성실가산세 9,920,000원 + 납부불성실가산세 4,404,480원) 및 농어촌특별세 1,432,440원(= 신고불성실가산세 992,000원 + 납부불성실가산세 440,440원)의 부과 부분은 적법하고 이를 넘어서는 부분은 위법하며, 이 사건 제3처분 중 취득세 27,719,200원(= 본세 918,000원 + 신고불성실가산세 18,560,400원 + 납부불성실가산세 8,240,800원) 및 농어촌특별세 2,771,910원(= 본세 91,800원 + 신고불성실가산세 1,856,040원 + 납부불성실가산세 824,070원)의 부과 부분은 적법하고 이를 넘어서는 부분은 위법하다.3) 이 사건 제4처분의 적법 여부국토계획법상의 토지거래허가를 받기 전까지는 매매계약이 유동적 무효의 상태에 있고 일단 허가를 받으면 그 계약은 소급하여 유효한 계약이 되지만, 매매계약상 일방의 채무가 이행불능임이 명백하고 나아가 그 상대방이 매매계약의 존속을 더 이상 바라지 않고 있는 경우에는 그 계약이 확정적으로 무효가 되고(앞서 든 대법원 2010. 8. 18. 선고 2010다31860 판결 등 참조), 그와 같은 사유로 매매계약이 확정적으로 무효가 되면 매매대금을 전액 지급하였어도 취득의 원인행위가 효력이 없는 때에 해당하여 취득세의 과세대상인 취득이 있다고 할 수 없다.앞서 본 바에 의하면, 원고는 2006. 12. 26. 00건설로부터 쟁점4토지를 대금 9,736,000,000원에 매수하는 매매계약을 체결하고 같은 날 그 대금을 지급하였으나, 00건설이 2008. 2. 18. 쟁점4-1토지를 00시에 기부채납하여 그 소유권을 00시에 이전함으로써 원고에 대한 소유권이전등기의무의 이행이 불가능해졌고, 원고도 쟁점4-1토지에 대한 기존 매매계약의 존속을 바라지 않아 쟁점4토지가 토지거래허가구역에서 해제되기 전인 2008. 3. 21. 쟁점4토지 중 쟁점4-1토지를 제외한 나머지 쟁점4-2토지만을 매수하는 것으로 매매계약서를 새로이 작성하고 그에 따라 매매대금을 9,414,580,000원으로 감액하여 정산하였음을 알 수 있는바, 이에 의하면 이 사건 제4계약 중 쟁점4-1토지에 관한 부분은 계약상 일방의 채무가 이행불능임이 명백하고 나아가 그 상대방이 계약의 존속을 더 이상 바라지 않고 있는 경우에 해당하여 확정적으로 무효가 되었다고 봄이 상당하다. 그렇다면 원고는 쟁점4-1토지를 취득하였다고 볼 수 없으므로 피고는 쟁점4토지 중 쟁점4-1토지를 제외한 나머지 쟁점4-2토지에 대하여만 그 잔금지급일인 2006. 12. 26. 이를 취득한 것으로 보아 취득세를 부과하여야 한다.한편, 앞서 본 바와 같이 취득세 신고·납부의무는 토지거래계약이 확정적으로 유효가 된 날부터 발생하므로, 원고가 쟁점4-2토지에 관한 매매계약이 확정적으로 유효하게 된 토지거래허가구역 해제일로부터 30일 이내에 취득세 등 신고·납부의무를 다하지 않은 경우에 한하여 신고 및 납부불성실가산세를 부과할 수 있는데, 원고는 토지거래허가구역 해제일인 2009. 1. 30.을 기준으로 신고·납부기한인 30일 이내에 쟁점4-2토지에 대한 취득세 등을 신고·납부한 바 없으므로, 결국 쟁점 4-2토지에 관한 취득세를 산정하면 취득세 249,197,750원(= 본세 188,486,320원 + 신고불성실가산세 37,697,260원 + 납부불성실가산세 23,014,170원) 및 농어촌특별세 20,733,490원(= 본세 18,848,630원 + 신고불성실가산세 1,884,860원)이 되고, 따라서 이 사건 제4처분 중 이를 넘어서는 부분은 위법하다.4) 소결따라서 피고가 2010. 4. 13. 원고에 대하여 한, ① 이 사건 제1처분 중 취득세 67,059,740원의 부과처분에서 52,791,014원(= 쟁점1-1토지에 관한 취득세 45,507,118원 + 쟁점1-2토지에 관한 취득세 7,283,896원)을 초과하는 부분, ② 이 사건 제2처분 중 취득세 24,710,720원의 부과처분에서 14,324,480원을 초과하는 부분 및 농어촌특별세 2,471,070원의 부과처분에서 1,432,440원을 초과하는 부분, ③ 이 사건 제3처분 중 취득세 36,823,090원의 부과처분에서 27,719,200원을 초과하는 부분 및 농어촌특별세 3,682,300원의 부과처분에서 2,771,910원을 초과하는 부분, ④ 이 사건 제4처분 중 취득세 302,078,820원의 부과처분에서 249,197,750원을 초과하는 부분 및 농어촌특별세 21,440,610원의 부과처분에서 20,733,490원을 초과하는 부분은 위법하므로 취소되어야 한다.5. 결론그렇다면 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.