1. 기초사실

가. 원고는 1980. 7. 25.경 부천시 원미구 역곡동 24-35 소재 공장건물 및 그 부지(이하 ‘제1공장’이라 한다)를 임차하여 조립금속제품 제조업을 운영하던 중 2010. 2. 4. 그 공장을 이전할 목적으로 화성시 장암면 석포리 785-196 소재 공장건물 및 그 부지(이하 ‘제2공장’이라 한다)를 경락받아 취득하였다.

나. 피고는 2010. 2. 4. 원고의 제2공장의 취득 및 그 이전등기에 대하여 구 지방세법(2010. 12. 27. 법률 제10416호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘지방세법’이라고만 한다) 및 구 농어촌특별세법(2010. 12. 30. 법률 제10422호로 개정되기 전의 것)의 관련 과세규정에 따라 취득세 29,470,000원, 등록세 29,470,000원과 지방교육세 5,894,000원 및 농어촌특별세 2,947,000원(이하 위 세목들을 통칭하여 ‘취득세 등’이라 한다)을 각 부과ㆍ고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

다. 이에 대하여 원고는 2010. 2. 22. 피고에게 지방세법 제275조 제1항에 의하면 원고의 위와 같은 공장이전은 공장의 지방이전에 따른 취득세 및 등록세 면제대상에 해당한다는 이유로 제2공장에 관한 취득세 등의 면제를 신청하였는데, 피고는 제1공장이 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률(이하 ‘산업집적활성화법’이라 한다)의 적용을 받는 산업단지 내에 위치하고 있는 관계로 그 공장의 이전이 지방세법 제275조 제1항의 적용대상에서 제외된다고 보아 위 신청을 반려하였다.

라. 원고는 이 사건 처분이 부당하다며 2010. 4. 9. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 그 청구는 2010. 11. 17. 기각되었다.

마. 한편, 부천시는 수도권정비계획법 제6조의 규정에 의하여 과밀억제권역으로 지정되어 있고, 제1공장의 소재지인 ‘부천시 원미구 역곡동 24-35’는 서울온수 일반산업단지 내에 위치하고 있다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 갑 제3호증의 1, 2, 갑 제5 내지 8호증, 을 제1호증의 1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

제1공장이 위치한 서울온수 일반산업단지는 2008. 12. 31.까지 그 산업단지의 지형도면이 고시된 바 없어 구 토지이용규제기본법(2005. 12. 7. 법률 제7715호로 제정된 것, 이하 제정 후 개정된 법률까지 포함하여 모두 ‘토지이용규제기본법’이라 한다) 부칙 제4조 제2항이 규정한 바에 따라 그 일반산업단지 지정의 효력이 상실되었기 때문에 지방세법 제275조 제1항의 지역적 적용범위에서 제외되는 ‘산업집적활성화법의 적용을 받는 산업단지’에 해당하지 아니한다. 그럼에도 불구하고 피고는 서울온수 일반산업단지가 ‘산업집적활성화법의 적용을 받는 산업단지’에 해당한다는 전제 하에 취득세 등의 면제규정인 지방세법 제275조 제1항의 적용을 배제하고 이 사건 처분을 한 것이므로, 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 지방세법 제275조 제1항 및 지방세법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22585호로 개정되기 전의 것) 제224조는 대도시 안에서 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 자가 그 공장을 폐쇄하고 대도시 외의 지역으로서 공장설치가 금지되거나 제한되지 아니한 지역으로 이전한 후 당해 사업을 계속 영위하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다고 규정하면서, 위 ‘대도시’의 범위에 관하여는 수도권정비계획법 제6조의 규정에 의한 과밀억제권역을 말하되 산업집적활성화법의 적용을 받는 산업단지는 제외한다고 규정하고 있다.

2) 이 사건의 쟁점은, 원고의 위 공장이전 당시에 있어 제1공장이 위치한 서울온수 일반산업단지가 지방세법 제275조 제1항의 지역적 적용범위에서 제외되는 ‘산업집적활성화법의 적용을 받는 산업단지’에 해당한다고 볼 수 있는지 여부이다.

3) 산업집적활성화법 제2조 제14호에 의하면 같은 법의 적용을 받는 산업단지란 산업입지 및 개발에 관한 법률(이하 ‘산업입지개발법’이라 한다) 제6조, 제7조, 제7조의2 및 제8조에 따라 지정ㆍ개발된 국가산업단지, 일반산업단지, 도시첨단산업단지 및 농공단지를 말하고, 산업입지개발법 제2조 제5호 나목에 의하면 일반산업단지는 산업의 적정한 지방분산을 촉진하고 지역경제의 활성화를 위하여 같은 법 제7조에 따라 지정된 산업단지를 말하며, 같은 법 제7조 제1항에 의하면 일반산업단지는 시ㆍ도지사가 지정한다고 규정하고 있다.

한편 토지이용규제기본법 부칙 제4조 제2항은 "이 법 공포 후 1년이 경과한 날 전에 지정된 지역ㆍ지구 등 가운데 지형도면을 고시하지 아니한 지역ㆍ지구 등은 제8조 제2항을 준용하여 2008. 12. 31.까지 지형도면 등을 고시하여야 하며, 2008. 12. 31.까지 고시하지 아니하는 경우에는 그 다음날부터 그 지역ㆍ지구 등의 지정의 효력을 잃는다"고 규정하고 있고, 같은 법 제2조, 제5조 제1호의 규정에 의하면 위 부칙 규정에서 말하는 ‘지역ㆍ지구 등’에 산업입지개발법 제7조에 의한 일반산업단지를 포함시키고 있다.

이상에서 본 법령의 규정들을 종합해 보면, 토지이용규제기본법 공포일 후 1년이 경과한 날인 2006. 12. 8. 전에 산업입지개발법 제7조에 따라 지정된 일반산업단지는 시ㆍ도지사가 2008. 12. 31.까지 그 지형도면을 고시하지 아니하게 되면 그 다음날부터 그 지정의 효력을 잃게 된다.

4) 이 사건에 관하여 보건대, 갑 제9호증, 을 제2, 4, 5호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 1970. 11. 25. 상공부장관이 서울 구로구 온수동 일원과 부천시 원미구 역곡동 일원을 사단법인 영등포기계공업공단으로 허가(상공부 허가 제161호)한 사실, 1990. 1. 13. 공업배치 및 공장설립에 관한 법률이 제정됨으로써 그 경과규정에 따라 위 영등포기계공업공단은 ‘공업단지’로 구분되었고 같은 법 제34조에 따라 1991. 6. 30. 경기도지사가 영등포기계공업단지의 면적 및 용도별 구획을 고시(경기도 고시 제245호)한 사실, 영등포기계공업단지는 1998. 3. 26. 당시 시행 중이던 산업입지개발법 제7조의 지방산업단지로 구분되어 그 명칭이 서울온수 일반산업단지로 변경된 사실, 서울온수 일반산업단지 중 부천시 원미구 역곡동 일원에 관하여 2008. 12. 31.까지 지형도면의 고시가 이루어지지 않다가 2010. 6. 3.에 이르러서야 경기도지사가 그 지형도면을 고시한 사실을 인정할 수 있다.

위 인정사실에 의하면, 서울온수 일반산업단지는 그 동안 시행되던 법령에 따라 수차례 명칭이 변경되어 왔으나 관련법령의 제정ㆍ개정에 따른 경과규정에 따라 1990. 1. 13.자 경기도 고시에 의하여 현행 산업입지개발법 제7조의 일반산업단지로 지정된 효력이 발생하였다고 할 것인데, 경기도지사가 2008. 12. 31.까지 그 지형도면을 고시하지 아니함으로써 토지이용규제기본법 부칙 제4조 제2항에 따라 그 다음날인 2009. 1. 1. 그 지정의 효력을 상실하였다고 봄이 상당하다.

그렇다면 제1공장이 위치한 서울온수 일반산업단지는 원고가 앞서 본 바와 같이 공장을 이전하기 전에 이미 그 지정의 효력이 상실되어 더 이상 산업입지개발법 제7조의 일반산업단지라고 볼 수 없고, 그 결과 지방세법 제275조 제1항의 지역적 적용범위에서 제외되는 ‘산업집적활성화법의 적용을 받는 산업단지’에도 해당한다고 볼 수 없다.

5) 이에 대하여 피고는 서울온수 일반산업단지가 오랜 기간 사실상 산업단지로 실재하여 온 점, 경기도지사가 서울온수 일반산업단지의 지정이 효력을 잃은 사실을 토지이용규제기본법 제8조 제5항에 따라 관보 또는 공보에 고시한 바 없는 점 등을 이유로 산업입지개발법 제7조에 의한 일반산업단지 지정의 효력은 유지되고 있는 것으로 보아야 한다고 주장하나, 오랜 기간 사실상 산업단지로 실재하여 왔다는 사정이 토지이용규제기본법 부칙 제4조 제2항의 명시적 법문에 반하는 해석을 할 수 있는 근거가 될 수는 없다 할 것이고, 또한 토지이용규제기본법 제8조 제5항에서 지역ㆍ지구 등의 지정이 효력을 잃은 사실을 관보 또는 공보에 고시하도록 한 것은 그러한 사실을 국민에게 명확히 알리기 위함이지 그러한 사실을 고시함으로써 지역ㆍ지구 등의 지정이 비로소 효력을 상실하게 되는 것이라고는 볼 수 없으므로, 피고의 위 주장은 이유 없다.

6) 결국 서울온수 일반산업단지가 ‘산업집적활성화법의 적용을 받는 산업단지’에 해당한다는 전제 아래 지방세법 제275조 제1항의 취득세 등 면제규정을 적용하지 아니하고서 피고가 이 사건 처분에 이른 것은 위법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.