1. 인정사실

가. 기본협약서의 체결에 이르기까지의 경과

피고는 1997. 4. 11. 학교법인 성지학원과 사이에 김해시 삼계동 산 79-1 일원 자연녹지지역 1,126,000㎡에 부산외국어대학교를 유치하기 위한 협약을 체결하고, 1998. 7. 25. 위 녹지지역을 학교로 도시계획시설결정을 하는 등 학교이전사업을 추진하였으나, 학교법인 성지학원 측 재단, 교수진, 학생회, 동창회의 의견분열로 위 협약의 추진이 계속 지연되자, 2001년경 위 협약을 파기하고 원고가 설립운영하는 가야대학교를 위 부지에 유치하는 대책을 수립추진하였다.

원고는 2001. 10. 18. 피고와 사이에 ‘ 가야대학교 김해캠퍼스설립에 따른 김해시와 가야대학교의 기본협약서’(이하 ’기본협약서‘라고 한다)를 작성체결하였는데, 기본협약서의 주요내용은 아래와 같다.

기본협약서

제1조 목적

본 협약은 원고가 김해시 삼계동 일원에 가야대학교 김해캠퍼스를 설립함에 있어 김해시와 원고 사이에 대학설립사업을 분명하고 책임 있게 이행하도록 규정함에 있다.

제2조 설립개교

① 위치 : 김해시 삼계동 산 38-1 일원

② 면적 : 1,126,472㎡

③ 개교 및 학부증설 : 2003년 3월 개교하고 단계별로 학부를 증설한다.

1단계 4개년 계획 : 대학기초화단계(2003년부터 2006년까지), 2003년 입학정원 200명에서 2006년 800명까지 매년 200명씩 증원

2단계 4개년 계획 : 대학특성화단계(2007년부터 2010년까지), 2008년 입학정원 900명, 2010 년 입학정원 1,000명으로 증원하고, 일부 학부 및 대학원 이전 및 신설

제5조 협약업무의 범위

제2의 다항 원고는 학교건립을 하면서 부지내 녹지 등 자연훼손을 최소화하고, 저층위주의 건축 계획을 수립하여 환경친화적인 개발 및 캠퍼스를 조성한다.

제6조 학교부지의 매입

원고는 학교부지 중 김해시유지를 2001. 10. 31.까지 매입한다. 협의매수가 불가능한 토지에 대하여는 2008. 12. 31.까지 토지수용법에 의한 수용절차이행을 완료한다. 국방부 소유인 토지는 김해시가 소유권을 이양받은 날로부터 6개월 이내에 원고가 매입한다.

나. 학교부지의 매입

위 기본협약에 따라 원고는 피고로부터, 2001. 10. 30. 별지 목록 기재 토지들(이하 ‘이 사건 각 임야’라고 한다, 단 김해시 삼계동 67-1은 같은 동 67에서 분할되었다)을 포함한 시유지 32필지 면적 합계 541,062.8㎡(편입면적은 합계 571,089㎡)를 매매대금 51억 141,220원에 매수하되, 계약금은 계약일, 4차에 걸친 중도금 및 잔금은 2002. 12. 30.부터 2006. 12. 30.까지 매년 12. 30. 지급하기로 하는 공유재산 매매계약을 체결하고, 같은 날 김해시 삼계동 126-1등 12필지를 매매대금 139,246,500원에, 2002. 12. 30. 김해시 삼계동 1429-4 등 2필지를 805,000,000원에 매수하기로 하는 공유재산 매매계약을 체결하였다. 원고는 위 매매계약에 따라 이 사건 각 임야의 매매대금을 지급하고 2005. 1. 24. 별지 목록 ① 내지 ⑥ 임야에 관하여, 2006. 1. 11. ⑦ 임야에 관하여 각 소유권이전등기를 마쳤다.

다. 도시계획시설( 가야대학교) 조성계획 변경결정의 경과

원고는 2001. 11. 6. 김해도시계획( 가야대학교) 사업 세부조성계획 결정신청을 하였는데, 그 주요내용은 아래와 같다.

- 위치 및 면적 : 김해시 삼계동 산 79-1일원 면적 1,126,472㎡

- 시설의 개요 : 녹지 959,252㎡ 등

- 입지여건분석 중 자연환경 : 사업대상지의 최저표고는 50m이고, 최고표고는 403m로 353m의 표고차를 나타냄, 동고서저의 지형을 나타내고 있으며, 동측 경계부는 수림이 양호한 급경사지역으로 형성되어 보존이 요구됨

피고는 2001. 11.경 기존에 부산외국어대학교를 유치하기 위하여 고시된 경상남도 고시 1998-191호(최초 결정일 1998. 7. 27.)를 김해시 고시 제2001-62호로, 원고가 신청한대로 위치 및 면적 김해시 삼계동 산 79-1일원 면적 1,126,472㎡(기존의 고시와 동일한 면적, 이하 ‘이 사건 대학교 부지’라고 한다), 녹지 959,252㎡, 나머지 부분에 교육기본시설을 설치하는 내용으로 도시계획시설(학교 : 대학) 세부시설에 대한 조성계획(이하 ‘이 사건 조성계획’이라고 한다)을 변경하는 결정을 하고 지형도면을 고시하였다.

이 사건 조성계획은 교육기본시설, 복지시설 등 확충으로 인하여 세부시설 조성계획이 변경됨에 따라 변경결정 및 고시가 이루어지면서 녹지의 면적이 시설부지와 연동하여 그 면적과 형태가 변경되었는데, 녹지의 면적은 2002. 5. 8. 952,134㎡, 2005. 2. 3. 961,944㎡, 2006. 4. 13. 958,214㎡, 2007. 11. 29. 954,624㎡, 2009. 7. 2. 901,778㎡(녹지가 공간시설로 변경됨)로 순차 변경되었다.

라. 사업의 추진

원고는 2001. 10. 23. 김해도시계획시설 사업시행자로 지정받고, 2001. 11. 30. 사업부지 중 41,929㎡에 대한 1단계 사업실시계획 인가를 받았고, 2002. 6. 14. 사업면적을 66,200㎡로 하는 변경인가를 받아 1단계 사업을 준공하였으며, 2005. 3. 24. 사업부지 27,464㎡에 대한 2단계 사업실시계획 인가를 받았고, 2006. 6. 26. 사업면적을 33,771㎡로, 2008. 1. 24. 사업면적을 40,391㎡로, 2009. 9. 3. 사업면적을 49,520㎡로 하는 변경인가를 받아 강의동 외 19동의 건물(건축면적 12,251.88㎡, 건축연면적 39,920.91㎡, 준공예정일 2010. 12. 31.)을 조성하는 공사를 시행하였다.

마. 이 사건 각 임야의 현황

이 사건 각 임야는 동편의 가파른 임야지대에서 서편의 낮은 구릉지대까지 전체적으로 동고서저의 경사지를 이루는 이 사건 대학교부지의 중간지대에 위치하는 경사지로 현재 자연림 상태의 임야인데, 대부분 급경사로 인하여 건축부지로서는 부적합하고, 현재 김해시 도시계획조례가 정한 개발행위 허가시 산지입지경사도1)1) 피고는 2010. 12. 31. 개발행위 허가시 산지입지경사도의 제한조건을 25도 이하에서 11도 미만으로 강화하는 내용으로 김해시 도시계획조례를 개정하였다. 또한 원고가 신청한 실습동 부지조성공사(산 79-1 일원)를 위한 도시계획시설사업 실시계획변경인가신청을 ‘성토로 인한 산지훼손이 심히 우려되고, 기본협약서가 정한 자연환경 친화적인 개발에 위배된다’는 이유로 이를 반려하였다.

를 초과한다.

원고가 이 사건 각 임야를 취득할 무렵 고시된 별지 가야대학교조성계획도면에 의하면, 김해시 삼계동 산 38-1, 산 67, 산 78-2 임야 등(이하에서는 지번을 표시함에 있어 ‘김해시 삼계동’의 표시는 생략한다) 서편 낮은 구릉지역을 중심으로 강의동, 도서관 등 학교시설물을 설치하고, 급경사지인 동쪽 지대와 그에 이은 이 사건 각 임야는 대부분 녹지공간으로 남겨두는 것으로 계획되어 있었다.

다만 원고는 산 81-4 임야 82,214㎡ 중 원고의 지분에 해당하는 74,048㎡(별지 목록 ④ 임야)와 인접한 산 89 토지에 걸쳐 교수연구동 5동k을 신축하되, 산 81-4 임야 하단에 교수연구동 1동을 신축할 계획이었으나 계획대로 신축하지 않았고, 2008. 9.경 산 81-4 임야의 공유자들을 상대로 창원지방법원 2008가단52614호로 공유물분할소송을 제기하였다(2011. 8. 12. 원고 승소판결을 받았으나, 현재 항소심 계속 중이다).

바. 관련 쟁송의 경과

피고가 원고에 대하여 ‘정당한 사유 없이 취득일로부터 법정기간 내에 그 용도에 직접 사용하지 않고 있다’는 이유로 이 사건 대학교부지 중 산 87-8, 산 87-10, 산 86-1, 산 86-2, 산 87-7, 898, 899 임야에 대하여 취득세 등 추징과세예고를 하였는데, 경상남도지사는 이에 대한 과세 전 적부심사 청구사건에서 당초 사업계획상 학교 녹지공간으로 지정되어 있었던 부지였으므로 개발행위가 없었다고 하여 당해 목적사업으로 사용되지 않았다고 볼 수 없다는 이유로 심사청구를 채택하였다.

원고가 위 심사청구 사건에서 불채택된 산 38-1, 산 67, 산 181에 대한 과세처분에 대하여 제기한 과세처분취소소송에서, 산 38-1(이 사건 각 임야보다 낮은 지대에 위치하고 있다)에 대하여는 학교시설물이 설치된 부분 외에 녹지공간으로 남겨진 부분도, 당초 고시된 대학교 캠퍼스 조성계획에 따른 것으로 캠퍼스 부속녹지로서 활용되고 있으므로 전체가 학교사업의 용도로 사용된 것으로 봄이 상당하다는 이유로 그 처분이 취소되었고, 나머지 임야들에 대한 원고의 청구는 기각되었다.

사. 이 사건 처분의 경위

피고는 이 사건 각 임야의 취득이 학교사업에 사용하기 위한 부동산 취득에 해당한다는 이유로 취득세, 등록세 등을 부과하지 아니하였으나, 2009. 6. 3. 그 현황을 확인한 결과 정당한 사유 없이 취득일로부터 법정기간 이내에 학교용지의 용도에 직접 사용하지 않는다고 보아서 이 사건 각 임야에 대하여 지방세 추징 과세예고 통보를 하였다.

원고는 2009. 6. 30. 이에 대한 과세 전 적부심사를 청구하였는데, 경상남도지사는 2009. 8. 10. 불채택결정을 하였다.

피고는 2009. 9. 10. 별지 목록 ① 내지 ⑥ 임야에 대하여 취득세 19,679,590원, 농어촌특별세 1,967,950원, 등록세 19,679,590원, 지방교육세 3,648,380원, 별지 목록 ⑦ 임야에 대하여 취득세 13,882,890원, 농어촌특별세 1,388,270원, 등록세 13,882,890원, 지방교육세 2,557,410원의 각 부과처분을 하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 21호증, 을 제1 내지 7호증의 각 기재 또는 영상(각 가지번호 포함), 당심 증인 이현수의 증언, 제1심 법원의 현장검증결과, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 각 임야는 당초부터 녹지로 이용될 계획이었고, 현재도 그 취득목적대로 녹지공간으로 이용하고 있으므로 학교사업의 용도에 직접 사용되고 있다고 보아야 한다.

가사 그렇지 않다고 하더라도, 피고는 원고에게 이 사건 대학교부지를 일괄매도하여 원고는 필요한 부지만을 선택하여 매수할 수 없었고, 이 사건 각 임야는 대부분 급경사지여서 학교 시설물을 설치하는 것이 사실상 불가능한 부지이므로 이를 용도대로 사용하지 못한 것은 정당한 사유가 있다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 구 지방세법(2009. 5. 21. 법률 제9685호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘지방세법’이라고 한다) 제107조, 제127조에서 비영리사업자가 당해 부동산을 ‘그 사업에 사용’한다고 함은 현실적으로 당해 부동산의 사용용도가 비영리사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻하고, ‘그 사업에 사용’의 범위는 당해 비영리사업자의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 하며(대법원 2005. 12. 23. 선고 2004다58901 판결 참조), 위 규정에서 말하는 ‘정당한 사유’라 함은 법령에 의한 금지제한 등 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적 사유는 물론 고유 업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적 사유도 포함되고, 그 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 비영리사업자의 성격, 토지의 취득 목적에 비추어 고유 목적에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 고유 목적에 사용할 수 없는 법령사실상의 장애사유와 장애 정도, 당해 사업자가 토지를 고유 업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 고려하여야 한다(2002. 9. 4. 선고 2001두229 판결 참조).

(2) 위 법리에 비추어 이 사건 각 임야가 학교사업의 용도에 직접 사용하는 경우에 해당하는지에 관하여 본다.

위 인정사실 및 이를 통해 인정되는 다음과 같은 사정들, ① 당초 피고는 이 사건 대학교부지에 부산외국어대학교를 유치하려다가 여의치 않자 원고가 운영하는 가야대학교를 유치하면서 이 사건 기본협약을 체결하였는데, 원고는 매수과정에서 이미 부산외국어대학교의 부지로 도시계획시설 조성계획이 고시된 토지를 일괄하여 취득하게 된 점, ② 최초 조성계획에서부터 학교시설물 설치가 용이한 서편 낮은 구릉지역을 제외한 부분은 급경사로 인하여 건축부지로 적합하지 않아 녹지로 조성계획이 되어 있었고, 이후 가야대학교가야대학교의 입학정원이 증원되고 시설물이 추가로 건립됨에 따라 녹지의 면적이 시설부지와 연동하여 일부 변경이 되었으나 그 면적이 크게 변동되지는 않았던 점, ③ 원고는 당초 계획에 따라 학부정원을 증원하고 학교시설물을 증설하는 등 대학설립사업을 차질 없이 추진해 온 점, ④ 이 사건 각 임야의 대부분은 경사가 급한 임야여서 사실상 학교시설물을 설치하는 것이 불가능한 곳에 입지하고 있고, 그런 연유로 기본협약서 제5조에 의하더라도 녹지 등 자연훼손을 최소화하고 환경친화적인 개발을 하도록 되어 있었으며, 이 사건 조성계획에서도 ‘동측 경계부는 수림이 양호한 급경사지역으로 형성되어 보존이 요구됨.’ 이라고 기재되어 있었던 점, ⑤ 비록 이 사건 대학교 부지 중 녹지의 면적이 일반적인 대학교 부지 내의 녹지공간으로는 비교적 과다한 측면이 없지는 않지만, 대학교 부지는 상당한 규모의 녹지 공간을 포함하고 있는 것이 일반적이고 반드시 그 부지의 대부분에 걸쳐 학교시설물이 설치되어야 학교부지의 용도에 직접 사용되고 있다고 볼 수는 없으며, 이 사건 대학교부지가 경사도가 심한 자연림을 다수 포함하고 있는 점에 비추어 일반적인 경우보다 녹지의 비율이 다소 높은 것은 부지의 현황에 비추어 어쩔 수 없는 측면이 있는 점, ⑥ 인정사실 바항에서 본 바와 같이, 종전 과세전 적부심사 청구사건에서 산 87-8 등 7필지 임야는 당초 사업계획상 학교 녹지공간으로 지정되어 있던 부지였으므로 개발행위가 없었다고 하여 당해 목적사업으로 사용되지 않았다고 볼 수 없다고 결정한 점, ⑦ 이 사건 각 임야 중 학교시설물 설치가 예정되어 있는 부분은 교수연구동 1동이 신축될 예정인 산 81-4 임야 중 하단부분 일부(원고는 산 81-4 임야의 원고 지분 74,048㎡ 중 5,000㎡에 해당하는 원고 지분이라고 주장한다, 이하 ‘연구동 설치예정부분’이라고 한다)에 불과한 점, ⑧ 농어촌특별세는 취득세를 전제로, 지방교육세는 등록세를 전제로 부과되는 세금인 점 등을 종합하면, 이 사건 각 임야 중 연구동 설치예정부분을 제외한 나머지 임야는 학교사업의 용도에 직접 사용되고 있다고 봄이 옳다.

또한 연구동 설치예정부분에 관하여 보더라도, 산 81-4 임야는 공유물분할과 관련하여 다른 공유자들과의 분쟁이 계속되고 있는 임야로서 원고가 임의로 교수연구동을 신축하는 것이 법률상 가능한지 의문이고, 설령 신축이 가능하다고 하더라도 전체 임야 중 어느 부분이 학교부지의 용도로 사용되지 않았는지를 특정할 수 없으므로, 산 81-4 임야와 관련된 조세부과처분 역시 그 전체를 취소함이 상당하다.

따라서 이 사건 각 임야가 학교사업 용도에 직접 사용하지 않는 경우에 해당함을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하므로, 그 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 있다.

가사 달리 보더라도, 앞서 본 바와 같은 이 사건 대학교 부지의 매수경위, 대학설립 사업의 추진경과, 이 사건 임야의 현황 등 제반사정에 비추어 볼 때, 원고가 이 사건 각 임야를 그 용도에 직접 사용하지 아니한 것에는 정당한 사유가 있다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있어 인용할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 이를 취소하고, 원고의 항소를 받아들여 이 사건 처분을 취소하기로 하여 주문과 같이 판결한다.