등록세 중과세 제외대상이 되는 물적 분할의 요건 중 포괄승계의 예외를 규정한 법인세법 시행령 제82조 제3항 제2호 단서는 기획재정부령이 정하는 것에 대하여 제한적으로 예외를 인정하고 있고 그 위임에 따라 법인세법 시행규칙 제41조의2는 포괄승계의 예외가 인정되는 자산부채의 범위를 정하고 있는 점 등에 비추어 보면 물적 분할 당시 쌍용양회로부터 인수하지 않은 자산인 29개 사업장 부지는 포괄승계의 예외가 인정되는 자산에 해당하지 않는다. 따라서 등록세 등의 부과처분은 타당하다.

1. 제1심 판결 인용

이 법원의 판결 이유는 아래와 같이 원고가 한 주장에 관한 판단을 추가하는 외에는 제1심 판결 해당 부분과 같다.

행정소송법 제8조 제2항,

민사소송법 제420조 본문에 따라 해당 부분을 인용한다.

2. 추가 판단

가. 우선 원고는, 이 사건과 같은 물적 분할의 경우 조세특례제한법상 등록세 면제 규정은 법인세법상 과세이연에 부수하는 것으로서 그 요건을 달리 볼 수 없는 점, 국세청 스스로 ’자산의 포괄적 승계 여부‘와 관련한 질의회신 등을 통하여 법인세 과세이연 요건을 충족한 것으로 확인한 점 등에 비추어 등록세 역시 면제된다고 봄이 상당하다고 주장한다.

살피건대, 이 사건에서 원고 측이 원고 회사의 물적 분할과 관련하여 ‘물적 분할시 일부 자산을 제외하고 승계한 경우 분할특례요건 충족 여부’를 국세청에 질의한 결과 국세청으로부터 “당해 토지의 임차 등을 통하여 분할신설법인이 독립된 사업을 계속하여 영위하는 것이 가능한 때에는

법인세법 시행령 제82조 제3항 제2호에 의한 요건을 충족한다.”는 회신(법인-1149, 2009. 10. 16.)을 받은 사실, 그 후 원고는 법인세 과세이연을 규정한

법인세법 제47조 제1항에 따라 물적분할로 인한 자산양도차익 상당액의 손금산입을 하여 법인세신고를 한 사실(다툼 없는 사실, 갑 제5호증)은 인정된다. 그러나, 이러한 국세청 질의회신이나 예규는 법적 효력이 없어 법원이나 납세의무자를 구속할 수 없는 점(

대법원 1980. 9. 9. 선고 80누47 판결 참조), 법인세는 신고납세방식의 조세로서 납세자가 법에 정한 방식에 의하여 과세표준과 세액을 신고하면 그 내용대로 확정되는 것에 불과하므로, 원고 스스로

법인세법 제47조 제1항에 따라 법인세신고를 하였다는 사정만으로는 과세관청이 과세이연요건이나 등록세면제요건을 확인하였다고 보기는 어려운 점, 관계법령상 등록세 면제요건 중 하나로 ‘분할하는 사업부문의 자산 및 부채가 포괄적으로 승계될 것’이라는 요건이 규정되어 있는데, 앞서 본 바와 같이 원고 회사가

쌍용양회로부터 소유권을 이전받지 못한 위 29개 사업장 부지는 원고의 사업부분에 필수적인 자산으로서 물적분할 당시 이를 이전받지 못한 이상 자산이 포괄적으로 원고에게 승계되었다고 볼 수 없는 점 등을 종합하여 보면, 원고가 내세우는 사정만으로는 원고가 등록세 면제 요건을 충족하였다고 볼 수는 없다. 이와 다른 전제에 선 원고 주장은 받아들일 수 없다.

나. 또한 원고는,

법인세법 시행령 제82조 제3항 제2호는 분할하기 어려운 자산으로서 기획재정부령이 정하는 것을 포괄승계의 예외로 규정하고 있고, 그 위임에 따라

법인세법 시행규칙(2010. 6. 30. 기획재정부령 제159호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제41조의2에서는 분할하기 어려운 자산과 부채 등을 예시적으로 규정하고 있다는 점에서 위 각 규정들에서는 자산 및 부채가 전부 이전될 필요가 없음을 예정하고 있으므로, 이 사건 부동산과 같이 분할 전 법인의 채무에 관하여 공동으로 담보가 제공되어 있어 이전이 어려운 경우에는 법인세법 시행규칙 제41조의2의 각 사유에 준하여 포괄승계의 예외를 인정하여야 한다고 주장한다.

조세특례제한법은 회사 분할시 발생하는 분할법인 및 신설법인 자산 양도에 관하여 등록세 및 취득세 면제를 규정하면서 분할등기일 현재 5년 이상 계속하여 사업을 영위한 내국법인이 ‘대통령령이 정하는 바에 따라 분할하는 것’일 것을 요건으로 삼고 있다. 이에 따라

법인세법 시행령 제82조 제3항 제2호는 ‘대통령령이 정하는 바에 따라 분할하는 것’에 해당하는 요건 중 하나로 사업부문 자산 및 부채가 포괄적으로 승계될 것을 들면서 다만 공동으로 사용하던 자산, 채무자 변경이 불가능한 부채 등 분할하기 어려운 자산과 부채 등으로 기획재정부령이 정하는 것은 예외로 하고 있다.

위와 같이 등록세 중과세 제외대상이 되는 물적 분할의 요건 중 포괄승계의 예외를 규정한

법인세법 시행령 제82조 제3항 제2호 단서는 공동으로 사용하던 자산, 채무자의 변경이 불가능한 부채 등 분할하기 어려운 자산과 부채 전체에 대하여 예외를 인정한 것이 아니라 기획재정부령이 정하는 것에 대하여 제한적으로 예외를 인정하고 있고, 그 위임에 따라

법인세법 시행규칙 제41조의2는 포괄승계의 예외가 인정되는 자산ㆍ부채의 범위를 정하고 있는 점, 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜 규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합하는 점 등에 비추어 보면,

법인세법 시행규칙 제41조의2의 법문에 충실하게 위 포괄승계의 예외가 인정되는 자산ㆍ부채의 범위를 제한적으로 인정할 수밖에 없으므로, 원고가 물적 분할 당시

쌍용양회로부터 인수하지 않은 자산인 위 29개 사업장 부지는 포괄승계의 예외가 인정되는 자산에 해당하지 않는다고 할 것이다(설령

법인세법 시행규칙 제41조의2의 각 사유를 예시적인 것으로 보더라도, 원고가 주장하는 바와 같이 위 29개 사업장의 부지로 담보된 부채가 물적분할로 인하여 차입조건이 불리하게 변경된다는 사정만으로는 위 각 사유에 준하는 ‘분할하기 어려운 자산’에 해당한다고 볼 수도 없다). 이 부분 원고 주장도 받아들일 수 없다.

다. 나아가 원고는, 분할의 경우 특례제도를 인정한 취지에 비추어 자산 전부를 이전받지 못함에 부득이한 사정이 있어 당해 법인에 그 책임을 돌릴 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 그 특례 적용을 배제하는 것은 부당하다고 주장하나, 앞서 본 바와 같이 원고가 내세우는 사정만으로는 원고에게 책임을 돌릴 수 없는 정당한 사유가 있다고 볼 수 없으므로, 이 부분 원고 주장도 받아들일 수 없다.

라. 또한 원고는, 설령 등록세 과세대상에 해당한다고 하더라도 분할 전후 인적·물적 시설에는 아무런 변동이 없음에도 등록세를 중과하는 것은 인구집중 억제 등을 위한 등록세 중과규정의 취지에 반하여 허용될 수 없다고 주장한다.

그러나,

지방세법 시행령(2010. 9. 20. 대통령령 제22395호로 개정되기 전의 것) 제102조 제6항에 의하면, 분할등기일 현재 5년 이상 계속하여 사업을 영위한 대도시내의 내국법인이 법인의 분할로 인하여 법인을 설립하는 경우라 하더라도

법인세법 시행령 제82조 제3항 제1호내지

제3호의 요건을 갖춘 경우에 한하여 중과세 대상으로 보지 아니하는 규정을 두고 있는 점,

지방세법(2010. 1. 1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것) 제138조 제1항은 대도시 내 인구유입에 따른 인구팽창을 막고 대도시의 인구 분산을 기하는 데 목적이 있는 것이나, 일단 위 규정에 정한 요건사실이 충족되면 일률적으로 규정을 적용하여야 하는 것이 원칙이고, 구체적인 사안에서 입법 목적과의 배치 여부를 따져 적용 여부를 결정할 수는 없는 점(

대법원 2011. 6. 10. 선고 2008두18496 판결 참조) 등에 비추어 보면, 이 부분 원고 주장 역시 받아들일 수 없다.

3. 결론

제1심 판결은 정당하다. 원고가 한 항소를 기각한다.