구 지방세법 제269조의2 제3항, 부칙(제9669호, 2009. 5. 13.) 제3조에 의하면 2009년 1월 1일 이후 최초로 납세의무가 성립하는 분부터 부동산투자회사법 제2조 제1호 다목에 따른 기업구조조정부동산투자회사가 대통령령에 따라 직접 취득하는 주거용 건축물 및 그 부속토지에 대하여는 2011년 12월 31일까지 취득세와 등록세를 면제한다고 규정하고 있고, 그 위임을 받은 구 지방세법 시행령 제223조의2 제3항에서는 구 지방세법 제269조의2 제3항에서 기업구조조정부동산투자회사가 취득하는 부동산이 주택법 제38조에 따른 사업주체로부터 직접 최초로 취득하는 미분양 주택일 때의 그 미분양주택 및 그 부속토지를 말한다고 규정하고 있으므로 취득세 및 등록세 부과가 위법한 이상 등록세액을 과세표준으로 하는 지방교육세의 부과와 취득세 및 등록세와 함께 면제되어야 하는 농어촌특별세의 부과도 위법하다.

1. 처분의 경위

다음의 각 사실들은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 1, 2호증, 3호증의 1, 2, 3, 4, 4호증의 1, 2, 3, 4, 을 제1호증의 1, 2, 을 3호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있다.

가. 원고는 기업구조조정용 부동산(미분양 아파트)의 매입·운용 및 처분 등의 사업을 영위할 목적으로 설립된

부동산투자회사법 제2조 제1호 다목에 규정된 기업구조조정 부동산투자회사로서, 2009. 3. 3.

부동산투자회사법 제9조,

제49조의2에 따라 국토해양부로부터 영업인가를 받았다.

나. 원고는 2009. 3. 19.

주식회사 생보부동산신탁(이하 ‘

생보부동산신탁’이라 한다)과 사이에

주식회사 삼우디앤씨(이하 ‘

삼우디앤씨’라 한다)가

생보부동산신탁에 처분신탁한 진주시 금산면 장사리 768 소재 진주금산

e-편한세상아파트 중 미분양 117세대(이하 ‘이 사건 아파트’라고 한다)에 관하여 매매대금을 35,118,550,000원으로 하는 매매계약을 체결하고 이를 취득하였다.

다. 원고는 2009. 3. 20. 피고에게 이 사건 아파트에 관하여 취득세 327,488,930원, 농어촌특별세 31,344,640원, 등록세 327,488,930원, 지방교육세 65,497,780원을 신고ㆍ납부하였다(이하 ‘이 사건 제1처분’이라 한다).

라. 피고는 원고가 이 사건 아파트를 매수하는 과정에서 제3자에게 감정평가 수수료, 법률자문 수수료, 금융주선 수수료, 회계자문 수수료, 매입 수수료 등 502,761,007원을 지급한 사실이 있음에도 이를 누락한 채 신고를 하였다는 이유로 본세와 가산세를 합한 취득세 6,708,810원, 농어촌특별세 642,110원, 등록세 6,756,060원 및 지방교육세 1,250,240원을 추징하였다(이하 '이 사건 제2처분'이라 한다).

2. 본안 전 항변에 대한 판단

가. 피고의 주장

이 사건 소 중 제1처분의 취소를 구하는 부분은 그 처분일인 2009. 3. 20.로부터 90일이 이미 경과한 후에 제기된 것이어서 부적법하다.

나. 판단

1) 이 사건 제2처분이 누락한 세액을 추징하는 형식의 처분임은 앞서 본 바와 같다. 그러나 위 인정사실에 나타난 다음과 같은 사정, 즉, 이 사건 제2처분 역시 원고와

생보부동산신탁 사이에 2009. 3. 19. 체결된 이 사건 아파트에 관한 매매계약이 과세의 원인으로서 이 사건 제1처분의 과세 원인과 다르지 아니한 점, 하나의 매매계약을 근거로 한 이 사건 제1처분과 제2처분을 전혀 별개의 처분으로 보기도 어려운 점, 더욱이 이 사건 제1처분은 신고납부방식의 처분이어서 이로써 처분이 완결되는 것이 아니라 같은 방식의 처분에 통상적으로 수반되는 오류 때문에 과오납하거나 누락한 세액에 대한 경정처분이 예정되어 있었던 점 등을 모두 참작하면, 이 사건 제2처분은 비록 누락한 세액을 추징하는 형식이나, 실제로는 이 사건 제1처분에 앞서 이 사건 아파트의 취득가격을 산정하면서 누락하였던 매매와 관련된 각종 비용 등을 취득가격에 추가로 포함시켜 취득세를 당초 327,488,930원에서 334,194,720원으로, 농어촌특별세를 당초 31,344,640원에서 31,986,460원으로, 등록세를 당초 327,488,930원에서 334,242,990원으로, 지방교육세를 당초 65,497,780원에서 66,748,020원으로 각 증액하는 처분을 한 것으로 봄이 상당하다.

2) 한편,

국세기본법 제22조의2의 시행 이후에도 증액경정처분이 있는 경우 당초 신고나 결정은 증액경정처분에 흡수됨으로써 독립된 존재가치를 잃게 된다고 보아야 할 것이므로, 원칙적으로는 당초 신고나 결정에 대한 불복기간의 경과 여부 등에 관계없이 증액경정처분만이 항고소송 의 심판대상이 되고, 납세의무자는 그 항고소송에서 당초 신고나 결정에 대한 위법사유도 함께 주장할 수 있다(

대법원 2009. 5. 14. 선고 2006두17390 판결, 2008두17134 판결 참조).

이에 따르면, 당초 처분은 증액경정처분에 흡수ㆍ소멸되므로 취소소송의 제소기간 준수 여부도 증액경정처분을 기준으로 판단하여야 할 것이고, 이 사건 제2처분의 세액이 제1처분 세액의 2%에 불과하다고 하여 달리 볼 것은 아니라고 할 것이다.

나아가, 증액경정처분인 이 사건 제2처분이 있었던 2010. 7. 9.로부터 90일이 경과하기 전인 2010. 8. 24. 이 사건 소가 제기된 사실은 기록상 명백하다. 따라서, 이 사건 소 중 제1처분의 취소를 구하는 부분이 제소기간 도과한 후 제기된 것이어서 부적법하다는 취지의 피고의 위 본안 전 항변은 이유 없다.

3. 이 사건 제2처분의 적법 여부에 관한 판단

가. 원고의 주장

이 사건 아파트의 실질적인 소유자는 위탁자인

삼우디앤씨이고, 신탁회사에 신탁등기가 된 이후 위탁자에게 복귀하는 등기절차를 거치지 아니하고 신탁회사인

생보부동산신탁으로부터 직접 부동산투자회사인 원고에게 이 사건 아파트가 양도되었다 하더라도 그 실질에 있어서는 위탁자인

삼우디앤씨에서 원고에게 직접 처분된 것이므로, 피고는

지방세법 제269조의2 제3항에 따라 이 사건 아파트에 대한 취득세 등을 면제하여야 함에도 원고에게 취득세 및 등록세 등을 부과한 이 사건 제2처분은 위법하다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 판단

1)

구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제269조의2 제3항,

부칙(제9669호, 2009. 5. 13.) 제3조에 의하면 2009년 1월 1일 이후 최초로 납세의무가 성립하는 분부터

부동산투자회사법 제2조 제1호다목에 따른 기업구조조정부동산투자회사가 대통령령에 따라 직접 취득하는 주거용 건축물 및 그 부속토지에 대하여는 2011년 12월 31일까지 취득세와 등록세를 면제한다고 규정하고 있고, 그 위임을 받은

구 지방세법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22586호로 개정되기 전의 것) 제223조의2 제3항에서는

법 제269조의2 제3항에서 "

부동산투자회사법 제2조 제1호 다목에 따른 기업구조조정부동산투자회사가 대통령령에 따라 직접 취득하는 주거용 건축물 및 그 부속토지"란 그 기업구조조정부동산투자회사가 취득하는 부동산이

주택법 제38조에 따른 사업주체로부터 직접 최초로 취득하는 미분양 주택일 때의 그 미분양주택 및 그 부속토지를 말한다고 규정하고 있다.

2) 한편, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다 할 것인바(

대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 참조), 결국 이 사건의 쟁점은 조세법률주의의 원칙상 원고가

생보부동산신탁으로부터 취득한 이 사건 아파트를 사업주체인

삼우디앤씨로부터 직접 취득한 것으로 볼 수 있는지 여부이므로 이 점에 관하여 살펴본다.

3) 위 관련법령과 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉, ①

구 지방세법 제110조 제1호,

제128조 제1호,

제183조 제2항 제5호의 규정에 의하면, 신탁법에 의한 신탁으로서 신탁등기가 병행되는 경우 위탁자로부터 수탁자에게 신탁재산을 이전하여도 취득세를 부과하지 않고, 위탁자로부터 수탁자에게 이전하는 경우의 재산권 취득의 등기ㆍ등록에는 등록세를 부과하지 않으며, 수탁자 명의로 등기ㆍ등록된 신탁재산에 대하여 위탁자에게 재산세 납부 의무를 부과하는 등 신탁법에 의한 신탁재산 이전을 실질적인 소유권의 취득으로 보고 있지 아니하는 점, ② 소위 프로젝트 파이낸싱 방식의 주택사업에서 미분양 아파트를 신탁등기 하는 것은 주택건설사업과 무관한 사업주체의 다른 채무보다 시공사의 공사비 채권 및 대출금융기관의 대출금채권을 우선적으로 확보하기 위한 것으로써 이와 같은 방식의 주택사업에서는 일반적으로 채택되는 제도인 점, ③ 부동산투자회사 제도는 금융위기 및 건설경기의 불황으로 미분양 아파트가 증가하여 건설업체들이 시행사로부터 공사대금을 지급받지 못하여 도산될 위기에 이르자, 건설사의 유동성 부족으로 인한 흑자도산 문제를 해소하기 위하여 도입된 것인데, 원고는 위와 같은 정부의 정책에 따라 설립된 후 이 사건 아파트를 매입한 것으로 보이는 점, ④

구 지방세법 제269조의2 제3항은 그 입법취지가

부동산투자회사법 제2조 제1호 다목에 따른 기업구조조정부동산투자회사가 대통령령에 따라 직접 취득하는 주거용 건축물 및 그 부속토지에 대하여는 한시적으로 취득세와 등록세를 면제하여 미분양부동산으로 인한 건설사들의 유동성 위기 문제를 해결하고자 하는 데 있는 것으로써, 앞서 도입된 부동산투자회사 제도를 지방세 측면에서 지원하기 위한 것으로 보이는 점, ⑤ 행정안전부의 ‘미분양주택 취득세·등록세 감면관련 운영기준’(을 제2호증)의 기재에 의하면, 신탁관계가 해지되지 않은 상태에서 신탁회사와 수분양자 간에 매매계약이 체결된 경우에는 감면되지 아니한다고 그 기준을 정하고 있으나, 위 운영기준은 행정기관 내부적 지침으로 대외적인 구속력을 인정하기 어렵고, 신탁회사와 일반 수분양자 사이의 매매를 전제로 한 것으로써 신탁회사와 부동산투자회사 사이의 매매가 문제되는 이 사건에 직접 적용하기에는 적절하지 아니한 점 등을 종합하면, 원고는 형식적으로는 수탁자인

생보부동산신탁으로부터 이 사건 아파트를 취득하였다 하더라도 실질적으로 위탁자인

삼우디앤씨로부터 이를 취득한 것으로 봄이 상당하다.

따라서 원고는

구 지방세법 시행령 제223조의2 제3항이 규정하는 ‘사업주체로부터 미분양아파트를 직접 최초로 취득한 경우’에 해당하므로 이 점을 지적하는 원고의 주장은 이유 있다.

4) 이에 대하여 피고는 이 사건 아파트는 시공사인

주식회사 삼호의 소유이므로 원고가

생보부동산신탁 또는

삼우디앤씨로부터 이를 취득한 것은 '사업주체로부터 미분양아파트를 직접 최초로 취득한 경우'에 해당하지 않는다는 취지의 주장을 한다.

살피건대, 갑 제2호증, 을 제3 내지 9호증의 각 기재에 의하여,

삼우디앤씨와

생보부동산신탁 사이에 2008. 12. 22. 체결된 이 사건 아파트에 관한 신탁계약에서

주식회사 삼호만을 우선수익자로 지정하고, 우선수익자가 신탁부동산에 대한 보존 및 관리행위를 하며, 위탁자와의 협의 없이 임의로 신탁부동산을 처분할 수 있고, 위탁자는 신탁부동산을 처분한 대금의 관리를 우선수익자에게 위임하며, 그 대금을 우선수익자가 지정한 계좌에 납부하도록 하는 것에 대하여도 동의한 사실, 실제로도

주식회사 삼호가 자신의 명의로 이 사건 아파트에 관한 분양계약을 체결하고, 분양대금을 자신 명의의 계좌로 송금받은 사실 등은 인정되나, 이는 모두 이 사건 아파트의 시공사인

주식회사 삼호가 공사비채권을 우선적으로 확보하기 위한 수단으로 보일 뿐, 위와 같은 사정만을 근거로 시공사인

주식회사 삼호를 이 사건 아파트에 관한 사업주체로 보기는 어렵다고 할 것이어서 피고의 위 주장도 받아들이지 아니한다.

5) 결국, 이 사건 아파트에 대한 취득세, 등록세는

구 지방세법 제269조의2 제3항에 따라 면제되어야 할 것임에도, 원고에게 취득세 및 등록세 등을 부과한 이 사건 제2처분은 실질과세의 원칙에 반하여 위법하고, 위와 같이 취득세 및 등록세 부과가 위법한 이상 등록세액을 과세표준으로 하는 지방교육세의 부과와 취득세 및 등록세와 함께 면제되어야 하는 농어촌특별세의 부과도 위법하다.

4. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 피고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.