1. 처분의 경위

가. 원고는 천주교 성직자 양성사업, 수원교구에 속하는 제교회의 유지경영, 유치원과 탁아소, 유아원의 설치 및 운영 등을 목적으로 하는 종교법인으로서 2009. 7. 27. 시흥시 능곡동 708 대 766㎡(이하 ‘이 사건 토지’라고 한다)를 취득하였다.

나. 원고는 2009. 7. 30. 피고에게 이 사건 토지를 시흥 능곡성당의 유치원 부지로 이용할 목적으로 취득한 것이라는 이유로 구 지방세법(2010. 1. 1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제272조 제5항의 규정에 따른 취ㆍ등록세 감면신청을 하여, 그 무렵 피고로부터 이 사건 토지의 취득에 따른 취ㆍ등록세 등을 면제받았다.

다. 한편 이 사건 토지는 2011. 6. 21. 당시 주위 경계가 펜스로 둘러싸여 있는 채 원고의 취득 이래로 아무런 건축행위도 이루어진 바 없는 나대지 상태로 유지되고 있었다.

라. 이에 피고는, 원고가 부동산 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유없이 이 사건 토지를 유치원의 설치ㆍ운영 등 용도에 사용하지 않았다는 이유로 구 지방세법 제272조 제5항 단서에 의하여 면제된 취ㆍ등록세 등을 추징하기로 하여, 2011. 9. 7. 원고에게 취득세 27,720,000원, 농어촌특별세 2,772,000원, 등록세 27,720,000원, 지방교육세 5,124,000원(각 가산세 포함)을 부과ㆍ고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증, 을 제4, 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 원고는 종교 및 제사를 목적으로 하는 비영리사업자로서 종교 사업의 일환으로서 유치원 운영에 사용하기 위하여 이 사건 토지를 취득한 것이다. 따라서 원고의 비과세신청 여부에 상관없이 구 「지방세법」제107조 제1호 및 제127조 제1항 제1호가 적용되어 취득세와 등록세 등이 비과세되어야 하고 그 유예 기간은 3년이므로, 이 사건 토지의 취득일로부터 3년이 경과되기 전에 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.

(2) 설령, 유치원 운영이 종교 사업에 해당하지 않는다고 하더라도 원고가 이 사건 토지를 유치원 부지의 용도로 사용하지 못한 것은 설계 및 감리업자의 업무수행 중단에서 비롯된 것으로서 정당한 사유가 있다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 판단

(1) 종교사업을 위하여 이 사건 토지를 취득한 것인지 여부

구 「지방세법」제107조 제1호, 제127조 제1항 제1호에 의하면, 종교를 목적으로 하는 단체가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득이나 부동산에 관한 등기에는 취득세 및 등록세를 부과할 수 없으나, 이러한 취득세, 등록세의 비과세는 종교의식, 예배, 축전, 종교교육, 선교 등 종교단체 고유의 목적에 직접 사용되는 부동산에 한정된다고 봄이 상당하다.

그런데 원고는 유치원 부지로 이용하기 위해 이 사건 토지를 취득한 것으로서 종교단체 고유의 목적에 사용하는 경우에 해당하지 않아 구 「지방세법」제107조 제1호 및 제127조 제1항 제1호의 비과세 규정이 적용될 여지는 없고, 원고의 정관에 유치원의 설치 및 운영 등이 사업목적 중 하나로 포함되어 있다 하더라도 달리 볼 것은 아니다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(2) 이 사건 토지를 유치원 용도로 사용하지 못한 데 정당한 사유가 있는지 여부

구 지방세법 제272조 제5항 단서는 ‘유아보육법에 의한 영유아보육시설 및 유아교육법에 의한 유치원을 설치ㆍ운영하기 위하여 취득한 부동산을 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유없이 당해 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 그 해당부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다’고 규정하고 있다. 여기서 ‘정당한 사유’라 함은 법령에 의한 금지 및 제한 등 비영리사업자가 마음대로 할 수 없는 외부적 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적 사유도 포함하고, 그 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 그 목적사업에 직접 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령상ㆍ사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 비영리사업자가 부동산을 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것이다(대법원 1996. 1. 26. 선고 95누13104 판결 등 참조).

그러나 원고가 주장하는 설계 및 감리업자의 업무 중단 등의 사정만으로 이 사건 토지를 유치원의 용도에 사용하지 못한 정당한 이유가 된다고 보기 어렵다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

(3) 소결론

따라서 원고가 종교사업의 목적이 아니라 유치원을 설치ㆍ운영하기 위한 용도로 이 사건 토지를 취득하였음을 전제로 그 취득한 때로부터 1년 이내에 정당한 사유없이 당해 용도에 사용하지 않았다고 보아 감면된 취ㆍ등록세 등을 부과한 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.