상고인들의 각 상고이유는 상고심절차에관한특례법 제4조 소정의 심리불속행사유에 해당하므로 위 법 제5조에 의하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

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【하급심-대전고등법원 1999. 5. 7. 선고 97구1264 판결】

【주문】 처분청일부승소

1. 피고가 1996. 9. 9. 원고에 대하여 한 취득세 부과처분 중 금39,072,505원을 초과하는 부분, 농어촌특별세 부과처분 중 금3,581,646원을 초과하는 부분, 등록세 부과처분 중 금8,132,084원을 초과하는 부분, 교육세 부과처분 중 금1,626,416원을 초과하는 부분을 각취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용은 이를 2분하여 그 1은 원고의, 나머지는 피고의 각 부담으로 한다.

【이유】

1. 이 사건 처분의 경위

아래 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑제1호증, 갑제2호증, 을제1호증의 1, 2, 을제2호증의 1 내지 3, 을제3호증, 을제4호증의 1, 2, 을제5호증, 을제6호증의 1, 2, 을제7호증의 1, 2, 을제8호증의 1 내지 3의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하여 이를 인정할 수 있다.

가. 원고는 1976. 7. 4. 청주시 ○○○동 230의 21 소재 2층 건물에서 종교사업을 목적으로 설립된 감리교단 소속 교회로서, 1979. 11. 26. 청주시 ○○○동 718의 1 소재 2층 건물로 교회를 이전하였다.

나. 원고는 교회건물 및 노유자복지시설 신축부지를 마련하기 위하여, 1994. 12. 3. 소외 ○○○과 사이에 청주시 개신동 산 16의 3 임야 2,454㎡ 및 위 같은 동 산 16의 5 임야 808㎡(이하 이 사건 16의 3 토지 및 16의 5 토지라고 한다)에 관하여 대금을 금431,904,000원으로 정하여 매매계약을 체결한 뒤, 1994. 12. 20. 그 소유권이전등기를 경료하였는데, 그후 1994. 12. 15. 이 사건 16의 3 임야는 위 같은 동 1의 16 임야 2,380㎡로, 이 사건 16의 5 임야는 위 같은 동 1의 18 임야 736㎡(이하 이 사건 1의 18 토지라고 한다)로 각 등록전환되었고, 이어 위 개신동 1의 16 임야 2,380㎡는 1995. 6. 23. 같은 지번의 임야 818㎡(이하 이 사건 1의 16 토지라고 한다) 및 위 개신동 1의 25 임야 1,538㎡(이하 이 사건 1의 25 토지라고 한다)로 분할되었다.

다. 원고는 1995. 7. 7. 이 사건 1의 16 토지에 관하여 1995. 6. 20. 매매를 원인으로 하여 소외 주식회사 ○○건설(이하 ○○건설이라고 한다) 명의로 소유권이전등기를 경료하였고, 이어 1995. 8. 23. ○○건설로부터 위 개신동 1의 24임야 221㎡(이하 이 사건 1의 24 토지라고 한다)에 관하여 1995. 7. 23. 매매를 원인으로 하여 원고 명의로 소유권이전등기를 경료받은 뒤, 1995. 11. 14. 소외 청주시장에게 이 사건 1의 24 및 1의 25 토지 상에 교회 및 보육원 건물 신축에 관한 건축계획사전결정신청을 하였고, 그후 여러 차례의 신청보완절차를 거쳐, 1996. 3. 22. 피고로부터 그 건축허가를 받았다.

라. 피고는 1994. 12. 15. 원고의 지방세 면제신청에 따라 이 사건 16의 3 및 16의 5 토지의 취득에 관하여 취득세 및 등록세를 부과하지 아니하였다가, 그후 원고가 이 사건 토지의 잔금청산일인 1994. 12. 12.로부터 1년 이내에 건축공사에 착공하지 아니하였다는 이유로, 이 사건 토지를 원고의 비업무용 토지에 해당한다고 보아 1996. 9. 9. 구 지방세법(1994. 12. 22. 법률 제4794호로 개정되기 전의 것) 제112조 제2항 소정의 중과세율을 적용하여 가산세를 포함한 취득세 금77,742,720원을 부과한 것을 비롯하여, 농어촌특별세 금7,126,410원, 등록세 금15,548,540원, 교육세 금2,850,560원을 부과고지(이하 이 사건 처분이라고 한다)하였고, 원고는 이에 불복하여 1996. 9. 23. 충청북도지사에게 이의신청을 하였으나 1996. 11. 27. 기각되었으며, 이에 다시 1996. 12. 26. 내무부장관에게 심사청구를 한 결과, 내무부장관은 이에 관하여 1997. 1. 29. 위 등록세 및 교육세에서 각 가산세 금2,591,420원 및 금259,140원을 제외하여 등록세를 금12,957,120원, 교육세를 금2,591,420원으로 감액하는 내용의 경정결정을 하였으며, 이에 따라 피고는 1997. 2. 14. 원고에게 이 사건 등록세 및 교육세에서 각 가산세 부분을 감액하는 것으로 이 사건 부과처분을 변경고지하였다.

2. 이 사건 처분의 적법여부

가. 원고의 주장

(1) 원고의 실체는 권리능력 없는 사단으로서 이 사건 각 토지는 원고 소속 교인들의 총유에 속함에도 불구하고, 피고가 원고를 법인으로 보아 세금을 부과한 이 사건 처분은 위법하다.

(2) 이 사건 1의 18 토지에 대하여는, ○○건설이 1995. 7. 5.부터 도로공사에 착공하여 현재는 도로가 완성되어 통행로로 사용되고 있으므로, 이 부분은 유예기간인 1년 내에 공사에 착수한 것에 해당하고, 위와 같이 토지의 일부에 대하여 유예기간 내에 공사에 착수한 경우에는 토지 전체에 대하여 공사착공이 있는 것으로 보아야 하므로, 결국 이 사건 각 토지는 비업무용 토지에 해당하지 아니한다.

(3) 가사 그렇지 않다고 하더라도, 원고는 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체에 해당하므로, 법령상 토지의 취득일로부터 3년 이내에 이를 그 직접 목적에 사용하지 아니한 경우에 한하여 취득세 등 부과대상이 됨에도 불구하고, 원고가 이 사건 각 토지의 취득일로부터 1년 이내에 이를 그 직접 목적에 사용하지 아니하였음을 이유로 세금을 부과한 이 사건 처분은 위법하다.

(4) 가사 그렇지 않다고 하더라도, 원고가 이 사건 각 토지의 취득일로부터 1년 이내에 교회 신축공사에 착수하지 못한 데에는 다음과 같이 정당한 사유가 있으므로, 이 사건 부과처분은 위법하다.

(가) 원고는 위와 같이 교회신축을 위하여 건축계획사전결정신청을 함에 있어, 확보하여야 할 주차공간을 주차장법의 규정에 의한 주차대수에 맞추어 적법하게 산정하였음에도 불구하고, 피고는 특별한 근거 없이 여러 차례에 걸쳐 이에 대한 보완을 요구하는 바람에 결국 1년의 유예기간을 도과하게 되었다.

(나) 이 사건 토지에 관한 원고의 형질변경허가신청에 대하여 청주시청 도시과에서는 1995. 12. 7. 그 주택과로 토지형질변경허가를 통보하였으나, 위 주택과에서 이유 없이 이를 다시 위 도시과로 반송하는 바람에 결국 위 1년의 유예기간을 도과하게 되었다.

(다) 원래 이 사건 각 토지 상에는 유연, 무연의 분묘가 여러 기 산재하였기 때문에 교회건축을 위하여 이를 이장하는 절차가 필요하였고, 아울러 이 사건 16의 3 토지는 삼각형 모양으로 그 이용가치가 떨어졌기 때문에, 부득이 이를 분할한 뒤 이 사건 1의 16 토지와 ○○건설 소유의 이 사건 1의 24 토지를 교환하느라 상당한 시일이 소요되었다.

나. 관계 법령

[지방세법 : 1994. 12. 22. 법률 제4794호로 개정되기 전의 것]

제65조 (국세기본법 등의 준용)

지방세의 부과와 징수에 관하여 이 법 및 기타 법령으로 규정한 것을 제외하고는 국세기본법과 국세징수법를 준용한다.

제107조 (용도구분에 의한 비과세)

다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 취득물건의 전부 또는 일부를 그 사업에 직접 사용하지 아니한 경우에는 그 부분에 대하여는 취득세를 부과한다.

1. 제사종교자선학술기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하기 위한 부동산의 취득

제112조 (세율)

① 취득세의 세율은 취득물건의 가액 또는 연부금액의 1,000분의 20으로 한다.

② 대통령령으로 정하는 별장. 골프장. 고급주택. 고급오락장. 법인의 비업무용 토지.고급선박을 취득할 경우의 취득세율은 제1항의 세율의 100분의750으로 한다.

제112조의 3 (법인의 비업무용 토지에 대한 세율적용)

법인이 토지를 취득한 후 5년 이내에 당해 토지가 그 법인의 비업무용 토지가 된 경우(5년 이내에 정당한 사유 없이 이를 매각하는 경우를 포함한다)에는 제112조 제2항의 규정에 의한 세율을 적용하여 취득세를 추징한다.

제121조 (부족세액의 추징 및 가산세)

① 취득세 납세의무자가 제120조의 규정에 의한 신고납부를 하지 아니하거나, 신고납부세액이 제111조 및 제112조의 규정에 의한 산출세액에 미달한 때에는 제111조 및 제112조의 규정에 의하여 산출한 세액 또는 그 부족세액에 100분의 20을 가산한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법에 의하여 징수한다.

제124조 (납세의무자)

등록세는 재산권 기타 권리의 취득. 이전. 변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기 또는 등록(등재를 포함한다. 이하 같다)하는 경우에 그 등기 또는 등록을 받는 자에게 부과한다.

제127조 (용도구분에 의한 비과세)

① 다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기 또는 등록일로부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 전부 또는 일부를 그 사업에 사용하지 아니한 경우에는 그 부분에 대하여는 등록세를 부과한다.

1. 제사종교자선학술기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로

정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기

제130조 (과세표준)

① 부동산. 선박. 항공기. 자동차 및 건설기계에 등록세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다.

제131조 (부동산등기의 세율)

① 부동산에 관한 등기를 받을 때에는 다음 각호의 구분에 의하여 등록세를 납부하여야 한다.

3. 제1호 및 제2호 이외의 원인으로 인한 소유권의 취득 (1) 농지 : 부동산 가액의 1,000분의 10

[국세기본법 : 1994. 12. 22. 법률 제4180호로 개정되기 전의 것]

제13조 (법인으로 보는 단체)

① 법인격이 없는 사단. 재단 기타 단체(이하 "법인격이 없는 단체"라 한다) 중 대통령령이 정하는 것에 대하여는 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다.

② 제1항의 규정에 의하여 법인으로 보는 사단. 재단 기타 단체 외의 법인격이 없는 단체 중 다음 각호의 요건을 갖춘 것으로서 대표자 또는 관리인이 관할세무서장에게 신청하여 승인을 얻은 것에 대하여도 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 당해 사단. 재단 기타 단체의 계속성 및 동질성이 유지되는 것으로 본다

1. 사단. 재단 기타 단체의 조직과 운영에 관한 규정을 가지고 대표자 또는 관리인을 선임하고 있을 것

2. 사단. 재단 기타 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유. 관리할 것

3. 사단. 재단 기타 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것

[농어촌특별세법 : 1994. 12. 22. 법률 제4794호로 개정되기 전의 것]

제3조 (납세의무자)

다음 각호의 1에 해당하는 자는 이 법의 규정에 의하여 농어촌 특별세를 납부할 의무를 진다.

5. 지방세법에 의한 취득세 또는 경주.마권세의 납세의무자

제5조 (과세표준과 세율)

① 농어촌특별세는 다음 각호의 과세표준에 해당 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

6.지방세법에 의하여 납부하여야 할 취득세액 : 100분의 10

제11조 (가산세)

세무서장. 세관장 및 시장. 군수는 제7조의 규정에 의하여 농어촌특별세를 신고. 납부하거나 거래징수 또는 원천징수하여 납부하여야 할 자가 이를 기한 내에 납부하지 아니하거나 미달하게 납부한 경우에는 그 납부하지 아니하거나 미달한 세액의 100분의 10에 해당하는 금액을 가산세로 가산하여 징수한다.

[교육세법 : 1994. 12. 22. 법률 제호로 개정되기 전의 것]

제3조 (납세의무자)

다음 각호의 1에 해당하는 자는 이 법의 규정에 의하여 교육세를 납부할 의무를 진다.

4. 지방세법의 규정에 의한 등록세의 납세의무자

제5조 (과세표준과 세율)

① 교육세는 다음 각호의 과세표준에 해당 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

4.지방세법의 규정에 의하여 납부하여야 할 등록세액 : 100분의 20

[지방세법시행령 : 1994. 12. 31. 대통령령 제14481호로 개정되기 전의 것]

제73조 (취득의 시기 등)

① 유상승계취득의 경우에는 그 계약상의 잔금지급일(계약상 잔금지급일이 명시되지 아니하는 경우에는 계약일로부터 30일이 경과되는 날)에 취득한 것으로 본다.

제79조 (비영리사업자의 범위)

① 법 제107조제1호에서 "대통령령으로 정하는 비영리 사업자"라 함은 다음 각호에 게기하는 자를 말한다.

1. 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체

제84조의 4 (법인의 비업무용 토지의 범위, 위 개정된 시행령임)

① 법 제112조 제2항의 규정에 의한 법인의 비업무용토지는 법인이 토지를 취득한 날로부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 그 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 토지를 말한다.

1. 법인이 토지를 취득한 날부터 다음 각목에 정하는 기간 내에 정당한 사유 없이 당해 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 토지. 이 경우 건축공사에 착공한 때에는 고유업무에 직접 사용하는 것으로 보되, 정당한 사유 없이 공사를 중단한 기간을 합한 기간이 1년을 초과하는 경우에는 그러하지 아니하다.

라. 제79조의 규정에 의한 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하기 위하여 취득한 토지는 3년

2. 법인이 토지를 취득한 날부터 5년 이내에 정당한 사유 없이 매각한 토지. 다만, 당해 법인의 고유업무에 직접 사용한 날을 합한 기간이 2년을 초과하는 토지는 그러하지 아니하다.

② 제1항에서 "법인의 고유업무"라 함은 다음 각호의 업무를 말한다

1. 법령에서 개별적으로 규정한 업무

2. 법인 등기부상 목적사업으로 정하여진 업무

3. 행정관청으로부터 인.허가를 받은 업무

③ 다음 각호에 정하는 토지는 제1항 및 제2항의 규정에 불구하고 법인의 비업무용 토지로 본다. 다만, 정당한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.

4. 내무부령이 정하는 농업. 축산업 또는 산림업을 주업으로 하지 아니하는 법인 이 취득하는 전. 답. 과수원. 목장용지 및 임야. 다만, 취득한 날로부터 1년 이내에 그 지목을 변경하여 당해 법인의 고유업무에 해당하는 용도에 직접 사용하는 경우와 농업협동조합법. 축산업협동조합법의 규정에 의하여 설립된 조합(중앙회를 포함한다)이 농민지도사업을 위하여 취득하는 경우를 제외한다.

<위와 같이 개정된 시행령 부칙>

제1조 : 이 령은 1995. 1. 1.부터 시행한다.

제4조 : 제84조의 4 개정규정은 이 령 시행일 현재 비업무용 토지의 유예기간이 경과하지 아니한 토지에 관한 취득세부터 적용한다.

다. 판단

(1) 원고가 과세대상인 ‘법인’에 해당하는지 여부

위 관련 법령의 규정에 의하면, 어떤 단체가 법령에 의하여 주무관청에 등록한 사단에는 해당하지 아니하더라도 사단으로서의 독립된 실체를 갖추고 관할세무서장으로부터 승인을 받아 수익과 재산을 소유관리하는 경우에는 세법상 법인으로 간주된다 할 것인바, 이 사건에서 보건대, 갑제57 내지 61호증의 각 기재에 의하면, 원고는 복음전파와 이웃에 대한 봉사 등을 목적으로 설립된 교회로서, 정관을 갖추고 의사결정기관인 총회 외에 임원 및 대표자를 두어 독자적으로 재정 및 재산관리를 하면서 종교활동을 하고 있고, 1989. 5. 4. 부동산등기법에 의하여 청주시에 교회등록을 하였을 뿐만 아니라, 국세기본법에 의하여 ○○○세무서장의 승인을 받아 활동하고 있는 사실을 인정할 수 있으므로, 원고 교회는 법인격 없는 사단으로서의 실체를 갖추고 세법의 적용을 받는 법인으로 간주된다고 할 것이고, 따라서 원고가 단지 법인격이 없다는 이유만으로 세법의 적용대상에서 제외됨을 전제로 한 이 부분 주장은 이유 없다.

(2) 원고에게 적용되는 유예기간

이 사건 토지의 취득일(잔금지급일)은 1994. 12. 12.이므로, 위 개정된 지방세법시행령 부칙 제4조에 의하여 그 개정된 지방세법시행령 제84조 제1항 라목의 적용을 받아, 일반적으로는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득한 토지인 경우 3년의 유예기간을 두게 되나, 이 사건에서와 같이 대상 토지가 임야인 경우에는 위 규정의 적용을 받지 않고 위 개정된 지방세법시행령 제83조 제3항 제4호의 규정에 의하여, 내무부령이 정하는 농업. 축산업 또는 산림업을 주업으로 하지 아니하는 법인이 이를 취득하는 한, 그 취득한 날로부터 1년 이내에 그 지목을 변경하여 당해 법인의 고유업무의 용도에 직접 사용하는 경우 외에는 법인의 비업무용 토지로서 취득세 중과대상이 되는바, 이 사건에서 원고가 종교단체로서 농업. 축산업 또는 산림업을 주업으로 하는 법인에 해당하지 함은 명백하므로, 그 유예기간은 3년이 아니라 1년이라고 할 것이고, 따라서 이 부분에 관한 원고의 위 주장 또한 이유 없다.

(3) 정당한 사유의 존부

(가) 법인의 비업무용 토지의 범위를 규정하고 있는 위 지방세법 및 시행령의 규정에 의하여, 원고가 이 사건 토지를 취득한 날로부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 그 고유업무에 이를 직접 사용하지 아니하는 경우에는 취득세 중과대상에 해당하게 되는바, 위 규정의 취지에 비추어 법인이 정상적인 노력과 추진을 다하였음에도 불구하고 고유업무에 직접 사용될 건물의 신축공사 시행에 불가피하게 소요되는 기간 때문에 유예기간을 도과하였다면, 고유업무에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있는 것으로 보아 비업무용 토지의 범위에서 제외하여야 할 것이고, 여기서의 정당한 사유란 법령에 의한 금지, 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 비업무용 토지에 대한 취득세 중과취지가 법인이 고유목적 이외의 토지를 취득보유함으로 인한 비생산적인 투기의 조장을 방지하여 토지의 효율적인 이용을 꾀하려는 데에 있다는 것을 충분히 고려하면서 해당법인이 영리법인인지, 비영리법인인지 여부, 토지의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것이며, 특히 건물신축을 위한 업무추진과정에서 사소한 절차상의 하자가 있더라도 그 과정을 전체적으로 관찰하여 정상적인 노력을 하였다고 볼 여지가 있다면 정당한 사유가 있는 것으로 보아야 할 것이다.

(나) 사실관계

갑제4호증, 갑제6호증, 갑제7호증의 1 내지 3, 갑제8 내지 10, 12 내지 16호증, 갑제11호증의 1, 2, 갑제18호증의 1 내지 4, 갑제19호증의 1 내지 5, 갑제27 내지 30호증, 을제10호증의 1, 을제14 내지 21호증, 을제22호증의 1 내지 3, 을제23호증의 1 내지 7, 을제24호증의 1 내지 7, 11 내지 15, 을제27 내지 29호증, 을제31호증, 을제32호증, 을제34호증, 을제35호증, 을제37호증, 을제53 내지 56호증, 을제61호증, 을제62호증의 1 내지 4의 각 기재 및 영상, 증인 양현택, 정흥채의 각 증언 및 원고 대표자 본인신문결과에 변론의 전취지를 종합하면 다음과 같은 사실을 인정할 수 있고, 반증이 없다.

1) 원고는 당초 이 사건 16의 3 토지를 매입하여 그곳에 교회를 건축하려고 마음먹고 있던 중, ○○건설이 이에 인접한 위 개신동 1의 22 임야 2,180㎡(이하 분할 전 1의 22 토지라고 한다)를 중심으로 아파트를 건립하려고 계획하고 있는 것을 알고 ○○건설과 접촉한 결과, 원고와 ○○건설이 각기 구입할 토지 중 일부 토지를 거래하여 각 그 용도에 사용하기로 상호간에 의견이 일치되어, 원고는 이 사건 16의 3 및 16의 5 토지를 매수하기 전인 1994. 11. 2. 위 ○○건설과 사이에 이 사건 1의 16 토지 부분(별지 도면 표시 ㉢부분)에 관하여 매매계약을 체결하면서, 원고는 위 ㉢ 부분 약 212평을 위 ○○○으로부터 매입하여 이를 ○○건설에게 소유권이전하고, 위 ○○건설은 위 도면 표시 ㉣ 부분 약 89평을 소외 ○○○로부터 매입하여 원고에게 소유권이전하기로 하되, 그 면적차이 123평을 매매목적으로 하여 평당 105만원으로 계산한 대금 130,000,000원을 ○○건설이 원고에게 지급하는 한편, 원고는 이 사건 16의 5 토지(위 도면 ㉠ 부분)를 위 ○○○으로부터 매입하여 이를 ○○건설에 증여하고, ○○건설은 위 ㉠ 부분 및 위 개신동 1의 21 토지에 도로를 개설한 뒤 포장공사를 시행하여 이를 국가에 기부채납하며, 위 토지 상에 있는 위 ○○○의 종중 분묘는 모두 신규 이장지로 이전하기로 약정하였다.

2) 그후 원고는 앞서 본 바와 같이 이 사건 16의 3 및 16의 5 토지를 매입한 후 등록전환 및 분할절차를 마치고, 그 중 이 사건 1의 16 토지에 관하여 ○○건설 명의로 소유권이전등기를 경료하였으며, 한편 ○○건설은 1995. 5. 31. 위 ○○○로부터 분할 전 1의 22 토지를 매입하여 이를 위 개신동 1의 22 임야 1,959㎡(이하 이 사건 1의 22 토지라고 한다) 및 이 사건 1의 24 토지로 분할한 뒤 그 소유권이전등기를 경료하였고, 이어 1995. 8. 23. 이 사건 1의 24 토지에 관하여 앞서 본 바와 같이 원고 명의로 다시 소유권이전등기를 경료하였다.

3) 위 ○○○은 1995. 3. 경부터 이 사건 각 토지 상에 있는 자신의 종중 분묘의 이장을 시작하였고, 한편 원고는 1995. 6. 23. 청주시장으로부터 이 사건 1의 25 토지 상에 있는 분묘 3기에 대한 분묘개장공고허가을 받아 1995. 6. 27.부터 1995. 7. 28.에 걸쳐 일간지에 개장공고를 한 뒤, 1995. 8.경 토목 및 건축설계를 거쳐 1995. 11. 14. 청주시장에게 위 교회 신축을 위한 토지형질변경허가 및 건축계획사전결정신청을 하면서, 그 주차공간을 법정 주차대수 18대를 초과하여 지상 12대, 지하 10대로 표시하였으나, 청주시장은 1995. 11. 16. 원고에게 지상주차 12대에 비하여 차로폭이 좁다는 이유로 신청보완을 명하였고, 이에 원고는 1995. 12. 4. 이를 보완하여 다시 신청보완서를 제출하였으나, 청주시장은 1995. 12. 19. 원고에게 주차계획이 부적정하여 지방건축위원회로부터 재심의결정이 내려졌다는 통보를 하였으며, 이에 원고는 1996. 1. 10. 청주시장에게 지상 1대, 지하 30대로 주차대수를 대폭 늘려 다시 신청서를 제출하였으나, 청주시장은 1996. 1. 26. 원고에게 위 교회건물의 규모에 비하여 주차대수가 현저히 부족하여 인근 주민의 민원이 예상된다는 이유로 보완을 요구하였고, 이에 원고는 1996. 1. 29. 건축계획 등 변경절차를 거쳐 건축연면적을 3,528㎡에서 1,927㎡로 대폭 축소한 뒤, 1996. 2. 14. 피고에게 복합민원으로 다시 건축허가 및 토지형질변경허가신청을 하였으나, 피고는 1996. 2. 16. 및 1996. 2. 29. 2회에 걸쳐 원고에게 진입도로 및 배수처리계획의 보완을 요구하였고, 이에 원고가 1996. 3. 5. 이를 보완하여 다시 보완신청서를 제출하자, 피고는 1996. 3. 22. 비로소 원고에게 건축허가를 하였다.

4) 그후 원고는 1996. 9. 14. 청주시장에게 착공계를 제출한 뒤 위 교회 신축공사를 시작하였고, 이어 1996. 10. 12. 위 분묘 3기에 대한 개장신고를 하였다.

5) 한편 ○○건설은 1995. 7. 4. 청주시장에게 착공계를 제출한 뒤, 이 사건 1의 18 토지 및 위 개신동 1의 21 토지에 진입도로를 개설하여 위 아파트 신축공사를 시작하였고, 그후 1996. 3. 4. 청주시장에게 이 사건 1의 18 토지 및 위 개신동 1의 21 토지를 국가에 무상귀속하겠다는 취지의 토지조서를 작성제출하였으며, 이에 따라 1997. 3. 25. 원고로부터 이 사건 1의 18 토지에 관하여 같은 날 증여를 원인으로 한 소유권이전등기를 경료받은 뒤, 1997. 4. 8. 국가 명의로 기부채납을 원인으로 한 소유권이전등기를 경료하였다.

(다) 이 사건 1의 25 토지

위 인정사실에 의하면, ① 원고는 오로지 종교활동을 목적으로 설립된 교회로서, 이 사건 1의 25 토지는 그 교회건물의 신축을 위하여 취득한 것이므로 이를 다른 용도로 전용할 여지는 없는 것으로 보이고, ② 이 사건 1의 25 토지를 매수한 후 교회 신축공사의 착공이 다소 늦어지기는 하였지만, 분묘의 이장 등 사실상 건물 신축에 필요한 절차를 개시한 이후 착공에 이르기까지의 과정을 전체적으로 파악할 때, 원고는 나름대로 일련의 필요한 절차를 꾸준히 진행하였던 것으로 보이며, ③ 특히 원고가 건축계획사전결정신청을 함에 있어 위 신축건물의 주차대수와 관련하여 법정의 기준에 부합하게 노력하였음에도 불구하고, 청주시장 및 피고는 교통체증방지 등의 공익적인 이유를 들어 원고에게 여러 차례에 걸쳐 보완을 요구하는 등의 사유가 원인이 되어 상당한 기간 동안 절차가 지연된 점 등의 제반 사정 및 위에서 본 바와 같은 비업무용 토지에 대한 취득세 중과의 근본취지에 비추어 볼 때, 원고가 이 사건 토지를 그 유예기간 내에 고유업무에 직접 사용하지 못한 데에는 정당한 사유가 있다 할 것이고, 따라서 이 사건 1의 25 토지는 법인의 비업무용 토지에 해당하지 아니한다 할 것이므로. 이 사건 부과처분 중 이 사건 1의 25 토지에 관한 부분은 위법하다 할 것이다.

(라) 이 사건 1의 16 및 1의 18 토지

앞서 본 증거 및 사실관계에 의하여 인정되는 바와 같이, ① 원고는 처음부터 이 사건 1의 16 및 1의 18 토지를 위 교회 신축부지의 용도로 구입한 것이 아니라, ○○건설에게 매도하기 위한 목적에서 이를 매수하였고, ② 그 이용가치의 면에서 보더라도, 원고가 이 사건 1의 16 및 1의 18 토지를 ○○건설에 매도하지 아니한 채 이 사건 1의 25 토지와 함께 교회부지로 사용하는 경우에는, 그 면적이 거의 2배 가까이 넓어질 뿐만 아니라, 별지 도면에서 알 수 있는 바와 같이 이 사건 1의 18 토지 양쪽 옆부분 및 이 사건 1의 25 토지 촤측 부분을 통하여 이미 공로로 연결되어 있기 때문에 따로 통행로를 확보할 필요 없이 이를 전적으로 교회부지로 사용할 수 있을 것으로 보이는 반면, ○○건설로부터 취득한 이 사건 1의 24 토지는 그 면적도 이 사건 1의 16 및 1의 18 토지 면적에 비하여 불과 7분의 1도 채 안되는 아주 작은 토지일 뿐만 아니라, 이 사건 1의 25 토지의 하단에 삼각형 끝부분 형태로 붙어 있어 별로 쓸모가 없고, 실제 위 교회 신축건물의 설계도면에 의하더라도 반드시 필요한 부분의 토지라고는 보이지 아니하며, 오히려 이 사건 1의 16 및 1의 18 토지를 그대로 보유하는 것이 훨씬 더 효용이 컸을 것으로 보이고, ③ 원고는 이 사건 1의 16 및 1의 18 토지를 ○○건설에 이전하는 대가로 ○○건설로부터 이 사건 1의 24 토지 외에 따로 금130,000,000원의 거액을 받았으므로, 이를 단순히 교회 건축목적을 위하여 꼭 필요한 부분에 한정된 토지의 교환이라고 단정하기 어려우며, ④ 한편 위 ○○건설의 입장에서 보면, 이 사건 1의 24 토지는 별지 도면에서 보는 바와 같이 이 사건 1의 22 토지와 함께 삼각형을 이루면서 그 왼쪽 끝부분에 위치하고 있기 때문에 별로 쓸모가 없는 반면, 이 사건 1의 16 토지는 이 사건 1의 22 토지와 함께 사용할 경우 직사각형의 반듯한 형태를 이루어 아주 요긴한 토지가 되고, 아울러 이 사건 1의 18 토지를 취득하여 여기에 도로를 개설하지 못하는 경우에는 위 신축할 아파트의 통행로가 마땅치 않게 되므로, 결국 이 사건 1의16 및 1의 18 토지는 ○○건설의 아파트건립을 위하여 반드시 필요한 토지로 보이고, ⑤ 실제로도 ○○건설은 이 사건 1의 18 토지에 도로를 개설하는 것이 위 아파트 건축허가의 조건이었기 때문에, 여기에 도로를 개설하고 그 명의로 소유권이전등기를 경료한 뒤 이를 국가에 기부채납한 점 등의 제반 사정에 비추어 볼 때, 원고가 ○○건설에게 이 사건 1의 16 및 1의 18 토지를 양도하고, 대신 위 ○○건설로부터 이 사건 1의 24 토지를 취득한 것은 원고의 고유 목적사업 수행에는 별다른 도움이 되지 아니한 반면, 오히려 ○○건설의 아파트건립을 위하여 필수불가결하였던 것으로 보이므로, 결국 이는 법인이 토지를 취득한 날로부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 지목을 변경하여 그 고유목적에 직접 사용하지 아니하였을 뿐만 아니라, 나아가 토지를 취득한 날부터 5년 이내에 정당한 사유 없이 토지를 매각한 경우로서 이 사건 1의 16 및 1의 18 토지는 비업무용 토지에 해당한다고 할 것이고, 따라서 이 사건 부과처분 중 이 사건 1의 16 및 1의 18 토지에 관한 부분은 적법하다고 할 것이다.

(마) 정당한 세액

관계 법령에 따라 이 사건 1의 16 및 1의 18 토지의 취득에 관하여 부과하여야 할 정당한 세액을 산출하면 다음과 같다.

1) 취득가액

가) 이 사건 1의 16, 1의 18, 1의 25 토지 전체의 취득가액 : 금431,904,000원

나) 이 사건 1의 16, 1의 18, 1의 25 토지 전체의 면적 : 3,092㎡(= 818 + 736 + 1,538)

다) 이 사건 1의 16, 1의 18 토지의 취득가액 : 금217,069,474원{= 431,904,000원 x 1,554(= 818 + 736)/3,092, 원미만 버림, 이하 같다}

2) 취득세

가) 본세 : 217,069,474원 x 20/1000 x 750/100 = 금32,560,421원

나) 가산세 : 32,560,421원 x 20/100 = 금6,512,084원

다) 합계 : 금39,072,505원

3) 농어촌특별세

가) 본세 : 32,560,421원 x 10/100 = 금3,256,042원

나) 가산세 : 3,256,042원 x 10/100 = 금325,604원

다) 합계 : 금3,581,646원

4) 등록세

271,069,474원 x 30/1000 = 금8,132,084원

5) 교육세

8,132,084원 x 20/100 = 금1,626,416원

3. 결 론

그렇다면, 이 사건 부과처분 중 취득세 금39,072,505원, 농어촌특별세 금3,581,646원, 등록세 금8,132,084원, 교육세 금1,626,416원을 초과하는 부분은 위법하므로, 이 사건 부과처분의 취소를 구하는 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.