의료법에 의하여 설립된 의료법인이 의료업에 직접 사용하는 부동산에 대하여 , 지방세법 제184조 등에 의해 재산세 등이 면제되나, 의료기관을 설립·운영하는 비영리 재단법인이라 하더라도 민법상의 비영리법인이 설립, 운영하는 의료업에 직접 사용되는 부동산에 대하여는 재산세 등을 비과세 또는 면제하는 근거규정이 없어 과세하는것이 타당하다.

1.이 사건 각 처분의 경위

다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없다.

① 원고 재단은 최신 의료시설을 갖춘 종합병원 기타 의료기관의 설립운영, 의료인 및 의료관계자의 양성 또는 보수교육의 실시, 의료 또는 의학에 관한 조사연구, 의료보험사업의 실시 등을 목적으로 하여 1977. 7. 21. 보건복지부장관의 허가를 받아

민법 제32조에 의하여 설립된 비영리 재단법인이다.

② 원고 재단은 1998. 5. 1. 현재 서울

송파구 풍납동 388과 388의 1 지상 각 건물 연면적 290,989.11㎡, 서울 용산구 이촌동 301의 160 등 지상 건물 외 11동 건물 연면적 728.24㎡, 강원 홍천읍 갈마곡리 466의 1 지상 건물 연면적 7,953.26㎡, 강릉시

사천면 방동상리 415 지상 건물 66,919.36㎡, 전남 보성군 미력면 반용리 768 지상 건물 연면적 8,734.7㎡(이하 “이 사건 각 건물”이라 한다)를 소유하면서 이 사건 각 건물에서 의료기관(병원)을 설립운영하고 있다.

③ 피고들은 원고에 대하여 이 사건 각 건물에 관한 1998년도분 재산세, 도시계획세, 공동시설세 등(이하 “재산세 등”이라 한다)을 청구취지 기재와 같이 각 부과하였다(이하 “이 사건 각 처분”이라 한다).

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

피고들은, 이 사건 각 처분은 각 처분사유와 관계 법령에 따라 이루어진 것이므로 적법하다고 주장함에 대하여, 원고는 다음과 같이 주장한다.

“이 사건 각 건물은 원고가 개설한 의료기관(병원)의 업무에 직접 사용되고 있고 있는데,

지방세법 제184조,

같은 법 시행령 제136조ㆍ

제79조ㆍ

제135조 제1항ㆍ

제78조의2 제2항,

지방세법 제238조의2 제1항ㆍ

제242조 제1항에 의하면 사립대학교의 의과대학부속병원이나 사회복지법인이 의료업에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세 등이 비과세되고,

지방세법 제290조 제1항 제15호 내지

제17호에 의하면 국립대학교병원, 의료사업을 목적으로 설립된 지방공사, 의료법에 의하여 설립된 의료법인이 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여도 재산세 등을 면제하고 있다. 그러나 원고와 같은 비영리 재단법인이 설립한 의료기관은 의과대학부속병원, 사회복지법인의 의료기관, 국립대학교병원, 의료사업이 목적인 지방공사, 의료법인의 의료기관과 그 형태나 기능이 동일함에도 유독 재단법인에 대하여는 의료업에 직접 사용하는 토지의 재산세 등을 비과세 내지 면제하지 아니하고 있는바, 그렇다면 위 각 법령은 헌법상의 평등원칙에 위반되므로 이에 기한 이 사건 각 처분은 위법하다.”

나. 관련법령

지방세법(이하 “법”이라 한다)

제184조【용도구분에 의한 비과세】 다음 각 호의 부동산(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 재산세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 다음 각 호의 부동산을 유료로 사용하거나 당해 부동산의 일부를 그 목적에 사용하지 아니하는 경우의 그 일부 부동산에 대하여는 그러하지 아니하다.

1. 제사종교자선학술기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하는 부동산

제238조의2【재산세등의 준용】① 재산세의 부과징수 등에 관한 규정 중

제183조,

제184조,

제189조 및

제191조의 규정은 건축물분 도시계획세에 이를 준용한다.

제242조【재산세등의 준용】① 재산세의 부과징수 등에 관한 규정 중

제183조,

제184조,

제189조및

제191조의 규정은 건축물 및 선박분 공동시설세에 이를 준용한다.

제290조【공공법인에 대한 과세면제】① 다음 각 호의 법인이 <중략> 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세종합토지세도시계획세 및 공동시설세를 면제한다.

1. 내지 14.<생략>

15. 서울대학교병원설치법 및 국립대학교병원설치법에 의하여 설립된 서울대학교병원 및 국립대학교병원

16. 지방공기업법에 의하여 의료사업을 목적으로 설립된 지방공사

17. 의료법에 의하여 설립된 의료법인

지방세법 시행령(이하 “시행령”이라 한다)

제136조【비영리사업자의 범위】

법 제184조 제1호에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 제79조의 규정에 의한 비영리사업자를 말한다.

제79조【비영리사업자의 범위】① <본문 생략>

2. 교육법에 의한 학교를 경영하는 자 및 사회교육법에 의한 사회교육시설을 운영하는 사회교육단체

3. 사회복지사업법의 규정에 의하여 설립된 사회복지법인

ㄷ제135조【수익사업의 범위등】① 법 제184조 단서에서 “대통령령이 정하는 수익사업”이라 함은

제78조의2의 규정에 의한 사업을 말한다.

제78조의2【수익사업의 범위】 ①

법 제107조본문 단서에서 “대통령령이 정하는 수익사업”이라 함은 법인세법 제1조의 규정에 의한 수익사업을 말한다.

② 제1항의 규정에 불구하고 다음 각 호의 1에 해당하는 사업은 수익사업으로 보지 아니한다.

1.

교육법 제85조 제1항의 규정에 의하여 설립된 의과대학 등의 부속병원이 경영하는 의료업

2. 사회복지사업법에 의하여 설립된 사회복지법인이 경영하는 의료업

의료법

제30조【개설】① <생략>

② 다음 각 호의 1에 해당하는 자가 아니면 의료기관을 개설할 수 없다.<단서 생략>

1. 의사, 치과의사, 한의사 또는 조산사

2. 국가 또는 지방자치단체

3. 의료업을 목적으로 설립된 법인(이하 “의료법인‘이라 한다)

4. 민법 또는 특별법에 의하여 설립된 비영리법인

5. 정부투자기관관리기본법의 규정에 의한 정부투자기관지방공기업법에 의한 지방공사 또는 한국보훈복지공단법에 의한 한국보훈복지공단

다. 판 단

(1) 의료기관을 개설운영하는 재단법인에 대한 비과세 내지 면세 여부

㈎ 위 각 법령에 의하면, 의과대학부속병원, 사회복지법인의 의료기관, 국립대학교병원, 의료사업이 목적인 지방공사, 의료법에 의한 의료법인이 그 고유 업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세 등이 비과세 내지 면제된다고 할 것이나, 법 제290조 제1항 각 호와 시행령 제79조 제1항 각 호는 비과세 또는 면세 대상인 사업자를 제한적으로 열거한 규정으로 보아야 할 것이어서 그 조항에 해당하지 아니하는 사업자의 경우에는 비록 원고 재단과 같이 의료기관을 설립운영하는 비영리 재단법인이라 하더라도 재산세 등의 비과세 또는 면세 대상에 해당한다고 할 수는 없다(

대법원 1995. 5. 23. 선고 94누7515 판결 참조).

㈏ 공익법인의설립

운영에관한법률 제15조는, ‘공익법인에 출연 또는 기부한 재산에 대한 지방세 등은 조세감면규제법(현행 조세특례제한법)이 정하는 바에 의하여 이를 감면할 수 있다’고 규정하고 있고, 1998. 12. 28. 법률 제5584호로 개정되기 전의 구 조세감면규제법 제3조는, ‘조세감면규제법, 국세기본법 및 조약과 다음 각 호의 법률에 의하지 아니하고는 조세특례를 정할 수 없다’고 규정한 다음 제12호에서 지방세법을 열거하고 있으나 지방세법에서는 위에서 본 바와 같이 의료기관을 설립운영하는 비영리법인에 대하여는 조세특례를 규정하고 있지 아니하고 나아가 구 조세감면규제법 자체에서도 원고 재단과 같은 공익법인의 재산세 등 감면에 관하여 더 이상 아무런 규정을 두고 있지 아니하다.

(2) 현행 법령의 위헌 여부

나아가, 원고 재단과 같이 의료기관을 설립운영하는 비영리법인에 대하여는 의료법에 의한 의료법인 등과 달리 재산세 등을 비과세 또는 면세하지 아니하도록 규정한 위 각 법령이 헌법상의 평등의 원칙에 위배된 규정인지 여부에 관하여 본다.

① 위 각 법령이 위와 같이 재산세 등의 비과세 또는 면제 대상을 규정한 취지가 국립대학교병원이나 의료사업이 목적인 지방공사, 사회복지법인 또는 의료법에 의하여 설립된 의료법인은 자연인인 의사나 민법 또는 특별법에 의하여 설립된 비영리법인에 비하여 그 설립 목적이나 그에 대한 법적 규제 등의 측면에서 공공성과 공익성이 특히 강하여 그 고유 업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 조세 부담을 경감할 필요성이 훨씬 크다고 인정되기 때문인 점, ②

의료법 제42조에 의하면 의료법인이 의료업무 외에 할 수 있는 사업은 의료관계자의 양성 교육이나 의료 또는 의학에 관한 조사연구에 한정되어 있으나, 원고 재단의 정관(갑 제17호증)에 의하면 원고 재단은 의료기관의 설립운영 외에도 사회복지사업이나 장학사업 등 의료법인이 할 수 없는 다른 사업을 목적 사업으로 정하고 있어 의료법상의 순수한 의료법인과는 그 설립 목적이 달라서 그에 따른 운영 형태 및 행정적인 규제 내용이 같다고 할 수 없는 점, ③ 의료기관을 운영하려는 법인의 설립자로서는 재산세 등의 비과세 내지 면제 혜택을 받고자 하는 경우에는 민법상의 비영리법인으로서 병원을 운영할 것이 아니라 의료법에 의한 의료법인을 설립하여 의료기관을 운영하면 그 목적을 달성할 수 있어 재산세 등의 면제를 받을 수 있는 길도 열려 있는 점, ④ 원고 재단의 경우 이른바 의료취약지에 개설한 병원에 대하여는 비과세 내지 면세 관행에 따라 그 설립 후 5년 동안은 재산세 등이 비과세 내지 면제되었던 점(대법원 1996. 1. 23. 선고 95누13746 판결 참조), ⑤ 법인이 아닌 의료인이 의료기관을 개설하는 경우에도 원고 재단과 같이 그 공공성에도 불구하고 재산세 등을 비과세 내지 면제하지 아니하고 있는 점 등에 비추어 보면, 위 각 법령이 의료법에 의한 의료법인 등과 의료기관을 설립운영하는 비영리법인을 구분하여 의료기관 개설자 가운데 그 공공성과 공익성이 비교적 적다고 보이는 민법상의 비영리 재단법인과 자연인인 의사를 재산세 등 비과세 또는 면제 대상에서 제외하였다고 하여 이를 불합리하다거나 자의적인 차별이라고 할 수는 없다.

따라서 위 각 법령 규정이 헌법상의 평등원칙에 위배된다는 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

3. 결 론

그렇다면, 이 사건 청구는 모두 이유 없어 이를 기각할 것인바, 이와 결론을 같이 한 원심판결은 정당하고 항소는 모두 이유 없으므로 주문과 같이 판결한다.