의료법에 의하여 설립된 의료법인이 의료업에 직접 사용하는 부동산에 대하여 재산세 등이 면제되나, 비영리 재단법인의 경우 민법상의 비영리법인이 설립, 운영하는 의료업에 직접 사용되는 부동산에 대하여는 재산세 등을 비과세 또는 면제하는 근거규정이 없어 과세하는것이 타당하다.

1.이 사건 각 처분의 경위

다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없다.

가. 원고는 최신 의료시설을 갖춘 종합병원 기타 의료기관의 설립 및 운영, 의료인 및 의료관계자의 양성 또는 보수교육의 실시, 의료 또는 의학에 관한 조사연구, 의료보험사업의 실시 등을 목적으로 설립된 비영리법인으로서, 1998. 5. 1. 현재 서울 송파구 풍납동 388과 388의 1 지상 각 건물 연면적 290,989.11㎡, 서울

용산구 이촌동 301의 160외 지상 건물 외 11동 건물 연면적 728.24㎡, 강원도

홍천군 홍천읍 갈마곡리 466의 1 지상 건물 연면적 7,953.26㎡, 강릉시 사천면 방동상리 415 지상 건물 66,919.36㎡, 전남 보성군 미력면 반용리 768 지상 건물 연면적 8,734.7㎡(이하 위 건물들을 이 사건 건물이라고 한다)를 소유하고 있다.

나. 피고들은 원고에 대하여 이 사건 건물에 관한 1998년도 재산세, 도시계획세, 공동시설세 등을 청구취지 기재와 같이 각 부과하였다(이하 이 사건 각 처분이라고 한다).

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 건물은 원고가 개설한 의료기관의 업무에 직접 사용되고 있고,

지방세법 제184조,

같은 법 시행령 제136조,

제79조,

제135조 제1항,

제78조의 2 제2항 제1호,

지방세법 제238조의 2 제1항,

제242조 제1항에 의하면 사립대학교의 의과대학부속병원이 의료업에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세, 도시계획세, 공동시설세 등(이하 “재산세 등”이라고 한다)이 비과세되고, 지방세법 제290조 제1항 제15호 내지 제17호에 의하면 국립대학교병원, 의료사업을 목적으로 설립된 지방공사, 의료법에 의하여 설립된 의료법인이 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여도 재산세 등을 면제하고 있다. 그러나 원고와 같은 비영리 재단법인이 설립한 의료기관은 의과대학부속병원, 국립대학교병원, 의료사업이 목적인 지방공사, 의료법인의 병원 등과 그 형태, 기능이 동일함에도 유독 재단법인에 대하여 의료업에 직접 사용하는 토지의 재산세 등을 비과세 내지 면제하지 아니하고 있는바, 그렇다면 위 각 법령은 헌법상의 평등원칙에 위반되므로 이에 기한 이 사건 각 처분은 위법하다.

나. 판단

먼저 이 사건 소 중 피고 강릉시장이 한 1998. 9. 2.자 재산세 113,180원, 공동시설세 101,810원, 교육세 22,630원의 부과처분(별지 2. 기재 11번)의 취소를 구하는 부분이 적법한지 여부를 살피건대, 지방세법 제72조 제1항, 제73조 제1항, 제74조 제1항, 제80조, 제81조 제1항의 각 규정에 의하면 지방세법에 의한 처분으로서 위법한 처분에 대하여는 적법한 이의신청 및 심사청구 또는 감사원법 소정의 심사청구를 거쳐야만 행정소송을 제기할 수 있고, 이의신청은 그 처분이 있은 것을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 통지를 받은 날)부터 60일 이내에 하여야 하는 것으로 되어 있다. 그런데 원고가 위 1998. 9. 2.자 부과처분에 대하여 이의신청을 하였다는 점을 알아 볼 아무런 자료가 없고, 단지 갑4호증의 5, 갑9호증의 1, 2, 갑13호증의 1, 2의 각 기재에 변론의 전취지를 합쳐 보면 원고는 1998. 6.경 피고 강릉시장으로부터 별지 2. 기재 1번 내지 10번의 1998. 6. 정기분 재산세 등의 부과처분을 받고 같은 해 7. 30. 이에 대하여는 이의신청을 제기하였으나 같은 해 9. 23. 그 신청이 기각된 사실, 원고는 같은 해 9.경 피고로부터 위 정기분 재산세 등의 부과시 과세대상 건물 중 엘피지 정압실 26.65㎡와 엘피지 저장시설 10㎡가 누락되었다는 이유로 수시분으로 위 1998. 9. 2.자 부과처분을 받자 같은 해 11. 30. 이의신청이 기각된 부과처분에 위 1998. 9. 2.자 부과처분까지 그 대상에 포함시켜 심사청구를 하였으나 1999. 1. 18. 그 전부에 대한 청구가 기각된 사실을 인정할 수 있는바, 이에 따르더라도 위 1998. 9. 2.자 부과처분은 그 과세대상 및 과세경위 등에 비추어 이의신청이 기각된 다른 부과처분과는 별개의 것으로, 이의신청 심사권자로 하여금 기본적 사실관계와 법률문제에 대하여 다시 판단할 수 있는 기회를 부여하였거나 납세의무자로 하여금 굳이 또 전심절차를 거치게 하는 것이 가혹하다고 보이는 등 정당한 사유가 있어 전심절차를 거치지 아니하고도 과세처분의 취소를 청구하는 행정소송을 제기할 수 있다고 보아야 할 경우(

대법원 1991. 5. 24. 선고 91누247 판결 참조)라고 볼 수 없으므로, 이 부분의 소는 적법한 전심절차를 거치지 아니하였다고 할 것이다.

다음 나머지 청부 부분의 적법 여부에 관하여 살펴 본다.

(1)

지방세법(1997. 8. 30. 법률 제5406호로 개정된 후의 것, 이하 법이라고 한다) 제184조는 “다음 각 호의 부동산(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 재산세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 다음 각 호의 부동산을 유료로 사용하거나 당해 부동산의 일부를 그 목적에 사용하지 아니하는 경우의 그 일부 부동산에 대하여는 그러하지 아니하다.”고 규정하면서 제1호에서 제사종교자선학술기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하는 부동산을 규정하고 있고, 법 시행령 제136조는 법 제184조 제1호에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 제79조의 규정에 의한 비영리사업자를 말한다고 규정하고 있으며, 제79조 제1항 제2호, 제3호에 의하면 교육법에 의한 학교를 경영하는 자, 사회복지사업법의 규정에 의하여 설립된 사회복지법인 등을 비영리사업자로 규정하고 있고, 한편 제135조 제1항은 법 제184조 단서에서 “대통령령이 정하는 수익사업”이라 함은 제78조의 2의 규정에 의한 사업을 말한다고 규정하고 있으며, 제78조의 2 제1항은 법 제107조 본문 단서에서 “대통령령이 정하는 수익사업”이라 함은 법인세법 제1조의 규정에 의한 수익사업을 말한다고 규정하고 있고, 제2항은 제1항의 규정에 불구하고 다음 각 호의 1에 해당하는 사업은 수익사업으로 보지 아니한다고 규정하면서 제1호에서 교육법 제85조 제1항의 규정에 의하여 설립된 의과대학 등의 부속병원이 경영하는 의료업을, 제2호에서 사회복지사업법에 의하여 설립된 사회복지법인이 경영하는 의료업을 규정하고 있다. 또한 법 제238조의 2 제1항과 제242조 제1항은 각 법 제184조를 도시계획세와 공동시설세에 준용하고 있고, 법 제290조 제1항에 의하면 다음 각 호의 법인이 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세, 종합토지세, 도시계획세 및 공동시설세를 면제한다고 규정하면서 제15호에서는 서울대학교병원설치법 및 국립대학교병원설치법에 의하여 설립된 서울대학교병원 및 국립대학교병원을, 제16호에서는 지방공기업법에 의하여 의료사업을 목적으로 설립된 지방공사를, 제17호에서는 의료법에 의하여 설립된 의료법인을 각 규정하고 있다.

한편 의료법 제30조 제2항은 의료기관을 개설할 수 있는 자로서 ① 의사, 치과의사, 한의사 또는 조산사(이하 의사 등이라고 한다), ② 국가 또는 지방자치단체, ③ 의료업을 목적으로 설립된 법인(의료법인), ④ 민법 또는 특별법에 의하여 설립된 비영리법인, ⑤ 정부투자기관관리기본법의 규정에 의한 정부투자기관지방공기업법에 의한 지방공사 또는 한국보훈복지공단법에 의한 한국보훈복지공단을 열거하고 있다.

(2) 위 각 법령에 의하면 의과대학부속병원, 사회복지법인의 의료기관, 국립대학교병원, 의료사업이 목적인 지방공사, 의료법인의 병원 등이 그 고유업무에 직접 사용하는 토지에 대하여는 재산세 등이 비과세 내지 면제된다고 할 것이나, 법 시행령 제79조 제1항 각 호, 법 제290조 제1항 각 호는 비과세 또는 면세대상인 사업자를 제한적으로 열거한 규정으로 보아야 할 것이어서 그 조항에 해당하지 아니하는 사업자라면 비록 공익을 목적으로 하는 비영리사업자라 하더라도 이를 재산세 등의 비과세 또는 면세대상에 해당한다고 할 수 없다 할 것이다(

대법원 1995. 5. 23. 선고 94누7515 판결 참조).

(3) 나아가 위 각 법령이 헌법상의 평등의 원칙에 위배된 규정인지 여부에 관하여 살피건대, 헌법상의 평등이란 배분적 정의에 기초한 상대적 평등을 의미하는 것으로서 합리적인 사유와 기준에 의한 차별대우까지를 금지하는 것은 아니라 할 것이다.

그런데 지방세법령이 위와 같이 재산세 등의 비과세 또는 면제대상을 규정한 이유는, 국립대학교병원이나 의료사업이 목적인 지방공사, 사회복지법인 또는 의료법에 의하여 설립된 의료법인 등은 자연인인 의사 등이나 민법 또는 특별법에 의하여 설립된 비영리법인에 비하여 그 설립목적이나 그에 대한 법적 규제 등의 측면에서 공공성과 공익성이 특히 강하여 그 고유업무에 직접 사용하는 토지에 대하여는 조세부담을 경감할 필요성이 훨씬 크다고 인정되기 때문이므로, 의료기관 개설자 가운데 그 공공성과 공익성이 비교적 적은 민법상의 비영리 재단법인과 자연인인 의사 등을 비과세 또는 면제대상에서 제외하였다고 하여 이를 불합리하거나 자의적인 차별이라고 할 수는 없다.

뿐만 아니라 의료기관을 운영하려는 법인의 설립자로서는 재산세 등의 면제 혜택을 받고자 하는 경우에는 비영리법인으로서 병원을 운영할 것이 아니라 의료법이 정한 바에 따라 의료법인을 설립하여 의료기관을 운영하면 그 목적을 달성할 수 있어 재산세 등의 면제를 받을 수 있는 길도 열려 있다 할 것이다.

따라서 위 지방세법령 규정이 헌법상의 평등원칙에 위배되었다는 원고의 주장은 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 이 사건 소 중 피고 강릉시장의 1998. 9. 2.자 부과처분의 취소를 구하는 부분은 부적법하므로 이를 각하하고, 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각한다.