1. 이 사건 처분의 경위

가. 원고는 서울 관악구 봉천동 729-1 지상에 지상 11층, 지하 6층 연면적 56,415.29㎡(전용면적 31,306.09㎡+공용면적 25,109.2㎡)의 건물(이하 이 사건 건물이라고 한다)을 신축하여 1995. 12. 28. 피고로부터 임시사용승인을 받았다.

나. 원고는 1996. 1. 19. 이 사건 건물 전부를 구 지방세법(1998. 12. 31. 법률 제5615호로 개정되기 전의 것, 이하 법이라고 한다) 제112조 제1항의 일반과세대상으로 하여 취득세 1,081,948,040원, 농어촌특별세 108,194,800원을 신고ㆍ납부하였다가, 본사 소속정보기술연구원이 1996. 4. 25. 입주하자 1996. 5. 18. 이 사건 건물 중 전용면적 6,664.14㎡ 부분을 법 제112조 제3항의 중과세대상으로 하여 취득세 1,018,099,620원, 농어촌특별세 101,809,960원을 추가로 신고ㆍ납부하고, 본사 소속 무선데이타 사업부서가 1997. 9. 29. 입주하자 1997. 10. 29. 전용면적 2,418.17㎡ 부분을 중과세대상으로 하여 취득세 350,455,180원, 농어촌특별세 35,045,510원을 추가로 신고ㆍ납부하였다.

다. 이에 피고는 1998. 3. 12. 본사 소속 수도권생산본부가 이 사건 건물 중 전용면적 18,701.34㎡ 부분을 사용하고 있다는 이유로 이를 중과세대상에 추가하여 취득세 3,322,365,310원, 농어촌특별세 301,629,710원(각 가산세 포함)을 부과ㆍ고지하였다가, 1999. 3. 5. 그 중 전용면적 936.55㎡ 부분을 중과세대상에서 제외하고 나머지 전용면적 17,764.79㎡(18,701.34㎡-936.55㎡) 부분만을 중과세대상으로 하여 취득세 3,159,492,630원, 농어촌특별세 286,699,720원(각 가산세 포함)을 부과ㆍ고지하는 감액경정처분을 하였다(이하 1998. 3. 12.자 당초처분 중 위와 같이 감액된 부분을 이 사건 처분이라고 한다).

[증거] 갑 제1호증, 을 제5호증의 1 내지 3, 을 제9 내지 11호증, 을 제15호증의 1 내지 3 및 변론의 전취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 관계 법령

법 제112조 제1항은 “취득세의 세율은 취득물건의 가액 또는 연부금액의 1,000분의 20으로 한다”고, 제3항은 “…수도권정비계획법 제6조의 규정에 의한 과밀억제권역 안에서 대통령령이 정하는 본점 또는 주사무소의 사업용 부동산을 취득할 경우의 취득세율은 제1항의 세율의 100분의 500으로 한다”고 규정하고 있고, 법시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제16081호로 개정되기 전의 것) 제84조의2 제3항은 “법 제112조 제3항에서 대통령령이 정하는 본점 또는 주사무소의 사업용 부동산이라 함은 법인의 본점 또는 주사무소의 사무소로 사용하는 부동산과 그 부대시설용 부동산(기숙사합숙소사택연수시설체육시설 등 복지후생시설과 향토예비군 병기고 및 탄약고를 제외한다)을 말한다”고 규정하고 있다.

한편 수도권정비계획법 제6조 제1항은 “수도권 안에서의 인구 및 산업의 적정배치를 위하여 수도권을 다음과 같이 구분한다”고 규정하면서, 제1호로 과밀억제권역, 제2호로 성장관리권역, 제3호로 자연보전권역을 열거하면서 이를 정의하고 있고, 같은법 제6조 제2항은 “과밀억제권역성장관리권역 및 자연보전권역의 범위는 대통령령으로 정한다”고 규정하고 있으며, 같은 법시행령 제9조 관련 [별표1]은 서울특별시를 과밀억제권역으로 분류하고 있다.

나. 원고의 주장

원고는, 피고가 중과세대상 전용면적으로 본 17,764.79㎡ 중 17,264.79㎡(이하 이 사건 건물부분이라고 한다)는 원고의 지점인 수도권지사의 일부인 수도권생산본부가 사용하고 있으므로, 본점 또는 주사무소의 사업용 부동산이라고 할 수 없어 법 제112조 제3항의 중과세대상에 해당하지 않는다고 주장한다.

다. 인정 사실

㈎ 원고(1997. 3. 21. 상호변경전 한국이동통신 주식회사)는 서울 중구 남대문로 5가 267을 본점 소재지로 하여 차량 및 휴대전화사업ㆍ무선호출사업 등을 목적으로 설립되어, 수도권지역에 2개의 교환국을, 지방 소재 지사에는 1개씩의 교환국을 설치하여 이를 연결하여 전국적인 이동전화 및 무선호출 통신망을 구축하여 그 서비스를 가입자 등에게 제공하고 있는데, 예컨대 일반 전화사용자가 일반전화기를 사용하여 이동전화기에 전화를 하는 경우 그 신호가 지역전화국을 거쳐 관문전화국으로 연결되고, 관문전화국에서 이동전화 관문교환기로 연결된 후, 관문교환기에서 주교환기에 접속되어 가입자의 정보 및 위치를 찾아 타지역 이동전화 관문교환기와 주교환기를 거친 뒤, 일반전화망으로 해당 기지국으로 연결되어 기지국에서 전파를 발송하여 이동전화기와 통화를 할 수 있게 된다.

㈏ 원고는 전국을 서울ㆍ강원ㆍ충남ㆍ충북ㆍ대구ㆍ부산ㆍ전남ㆍ전북ㆍ제주의 9개 지역으로 구분하여 각 지역별로 지사를 설치하여 지점등기 및 사업자등록을 하고, 지사별로 교환국ㆍ기지국을 운영하면서 통신시설의 설치관리운용 업무를 담당하는 등 인적ㆍ물적 설비를 갖추고 본점과 독립하여 영업활동 및 회계처리ㆍ세무신고 등을 하여 왔다.

㈐ 원고의 서울지사는 영업부ㆍ고객센터에서 영업활동을, 시설부ㆍ운용부ㆍ기술부 등에서 이동전화 및 무선호출 시설의 설치관리운용을 각 담당하고, 그 통신설비의 운용을 위하여 장안동교환국과 구로교환국을 운영하여 오던 중, 1994. 이후 수도권지역의 이동전화 가입자의 비중이 커지고 그 수가 증가하여 수도권에서의 영업규모가 계속 확대되기에 이르자, 원고는 1995. 3. 27. 조직관리규정을 개정하여 서울지사를 폐지하고 본사 조직을 사업지원부문ㆍ재무부문ㆍ마케팅부문(마케팅기획본부ㆍ마케팅지원본부ㆍ수도권마케팅본부)ㆍ지사총괄ㆍ서비스생산부문{엔지니어링본부ㆍ시설본부ㆍ운용지원본부ㆍ수도권운용본부(1996. 1. 15. 수도권생산본부로 명칭변경)ㆍ기간망구축본부}ㆍ디지탈사업본부ㆍPCS사업본부ㆍ중앙연구원ㆍ정보기술연구원ㆍ해외사업부문으로 개편하였는데, 수도권마케팅본부는 서울지사의 영업부ㆍ고객센터의 인원과 시설을 인계받아 수도권지역의 영업활동을, 수도권생산본부는 서울지사의 시설부ㆍ운용부ㆍ기술부의 인원과 시설을 인계받아 수도권지역에서 교환국ㆍ기지국ㆍ전송로 등 통신시설 및 장비의 설치관리운용 업무를 각 담당하여 오고 있다(한편 원고의 수도권생산본부가 이 사건 건물부분에 입주한 이후, 1999. 7. 1. 원고의 조직개편으로 본사 무선사업부문 산하에 수도권지사ㆍ부산지사ㆍ대구지사ㆍ서부지사ㆍ중부지사 및 수도권생산본부ㆍ부산생산본부ㆍ대구생산본부ㆍ서부생산본부ㆍ중부생산본부가 설치되었다).

㈑ 이에 원고는 1995. 6. 14. 서울지사(지점)의 소재지를 본점 소재지로 이전하고 그 명칭을 수도권지사마케팅본부로 변경하는 등기를 함과 동시에 본점 소재지에 수도권지사운용본부를 설치하는 지점등기를 하였고, 1996. 3. 26. 수도권지사마케팅본부의 명칭을 수도권지사로 변경함과 동시에 수도권지사운용본부를 폐지하는 등기를 하였으며(한편 원고의 수도권생산본부가 이 사건 건물부분에 입주한 이후, 1998. 3. 30. 이 사건 건물 소재지에 수도권생산본부를 설치하는 지점등기를 하였다), 1995. 7. 1. 본점 소재지에 수도권지사의 사업자등록을 하고 부가가치세를 납부하여 왔다.

㈒ 원고의 수도권생산본부에는 교환기(이동전화 서비스교환기 13식ㆍ관문교환기 4식, 무선호출 서비스교환기 3식ㆍ관문교환기 1식), 전송장비(디지털 회선분배장치 6식, 광단국 4식), 부대장비(항온항습기, 전원시설, 교환전송장비 운영관리스템) 등이 설치되어 있는데, 교환장비는 타 교환국과의 접속 및 한국통신망과의 접속, 수도권지역 내 1,200 기지국(이동전화 1,068, 무선호출 132) 통제 및 접속을 하는 기능을 수행하고, 전송장비는 교환기와 기지국간, 교환기 상호간, 한국통신 교환기와의 신호전송을 위한 장비이다.

㈓ 원고의 수도권생산본부는 1996. 4. 13. 이 사건 건물부분에 입주하였는데, 이 사건 건물 중 지하 1층 전용면적 4,924.77㎡ 부분에 이동전화교환기를, 지하 2층 중 전용면적 3,775.80㎡ 부분에 무선호출교환기 및 축전지를, 지상 3층 중 1,696.35㎡ 부분에 무선호출교환기를, 지상 4층 767.16㎡ 부분에 이동전화교환기를 각 설치하고 있고, 지상 8층 중 1,264.37㎡와 지상 9층 2,418.17㎡ 부분에는 사업지원팀, 본부장실, 무선호출팀, 운용 1ㆍ2ㆍ3팀, 엔지니어링팀의 각 사무실을 설치하고 있고, 그곳에 엔지니어링팀 36명, 운용 123팀 154명, 강남교환팀 85명, 강북교환팀 70명, 무선호출팀 28명, 사업지원팀 28명 등 402명의 수도권생산본부 소속 직원들이 근무하고 있다.

[증거] 갑 제3호증의 1, 2, 갑 제4호증의 1 내지 3, 갑 제5호증의 1, 2, 갑 제6호증의 1, 갑 제7호증의 1, 2, 갑 제8 내지 11호증, 갑 제12호증의 2, 3, 갑 제13호증, 갑 제16호증의 1 내지 32, 을 제1호증의 2, 을 제12, 13호증, 제1심 증인 김종형, 제1심법원의 현장검증결과 및 변론의 전취지

라. 판단

법 제112조 제3항이 수도권정비계획법 제6조의 규정에 의한 과밀억제권역 내에서 본점 또는 주사무소의 사업용 부동산을 취득한 경우에 취득세를 중과세하도록 규정하고 있는 취지는, 과밀억제권역 내에서 인구유입과 산업집중을 현저하게 유발시키는 본점 또는 주사무소의 신설 및 증설을 억제하려는 것이므로(대법원 1994. 3. 22. 선고 93누17690 판결 참조), 취득세 중과세 요건인 본점ㆍ주사무소의 사무소와 그 부대시설로 보기 위하여는 명칭의 여하나 지점등기의 유무를 떠나서 원고의 조직관리규정, 운영ㆍ활동상황 등을 종합하여 판단하여야 할 것이다.

그런데 위에서 인정한 바와 같이, 원고는 종래 서울지사를 설치하여 수도권 지역 내에서 이동전화 및 무선호출 서비스의 영업을 하여 오다가, 수도권지역의 가입자의 비중과 그 수가 급증하여 그 중요성이 커지자 이에 대응하여 수도권지역에서의 영업활동과 이동전화 및 무선호출 서비스를 더욱 강화하기 위하여 조직관리규정상 서울지사를 폐지하는 대신 본사 조직으로 수도권마케팅본부와 수도권생산본부를 설치하되 그 기능을 분리하여 종래의 수도권지사의 인원 및 시설을 그대로 승계하여 수도권 지역 내에서 영업활동과 통신시설의 설치관리운용 업무 등 실질적으로 종전의 서울지사로서의 역할을 그대로 수행하여 온 점, 원고는 조직관리규정상 서울지사를 폐지한 이후에도 상업등기부상 수도권지사 지점등기를 하고 수도권마케팅본부와 수도권생산본부를 합하여 본사와는 별도로 독립하여 회계처리와 세무신고를 하여 온 점, 수도권마케팅본부와 수도권생산본부는 수도권을 제외한 전국의 8개 권역에 설치된 지사들이 수행하는 바와 같은 영업활동과 통신시설 및 장비의 설치관리운용 업무를 수행하여 오고 있는 점 등에 비추어 보면, 비록 수도권생산본부가 이 사건 건물부분에 입주할 당시 조직관리규정상 본사의 서비스생산부문에 편입되어 있고 상법상의 지점등기나 사업자등록이 별도로 되어 있는 조직은 아니라 하더라도, 실질적으로는 지점등기나 사업자등록이 된 수도권지사의 일부라고 할 것이어서, 이 사건 건물부분은 본점 또는 주사무소의 사무소로 사용하는 부동산과 그 부대시설용 부동산에 해당하지 아니한다.

마. 중과세대상 과세면적

따라서 이 사건 건물의 전체 전용면적 31,306.09㎡ 중 중과세대상 전용면적은 9,582.31㎡(원고가 중과세대상으로 신고한 9,082.31㎡+피고가 중과세대상으로 결정한 17,764.79㎡-이 사건 건물부분 17,264.79㎡), 일반과세대상 전용면적은 21,723.78㎡(31,306.09㎡-9,582.31㎡)이라고 할 것인바, 중과세대상 전용면적이 건물의 일부에 해당하는 경우 건물의 전체 공용면적 중 중과세율을 적용할 공용면적의 범위에 관하여 지방세법령상 아무런 규정이 없으므로 살피건대, 법시행규칙(1998. 12. 31. 행정자치부령 제81호로 개정되기 전의 것) 제46조의2 제2항은 고급오락장이 건축물의 일부에 시설된 경우 그 부속토지는 그 건축물에 부속된 토지 중 건축물의 연면적에 대한 고급오락장용 건축물 면적의 비율에 해당하는 토지로 하도록 규정하고 있으므로, 위 조항을 준용하여 중과세대상 전용면적과 일반과세대상 전용면적을 제외한 건물의 전체 공용면적에 대하여는 중과세대상 전용면적과 일반과세대상 전용면적의 면적 비율로 전체 공용면적을 중과세대상 과세면적으로 안분 산정하여야 하고, 이 때 건물 전체 공용면적의 범위는 중과세대상 전용면적의 위치, 구조와 건물의 사용실태 등을 종합하여 중과세대상 전용면적과 일반과세대상 전용면적에 공용으로 이용되는 공용면적만을 의미한다고 볼 것이다(대법원 1997. 12. 12. 선고 97누7851 판결, 대법원 1997. 4. 11. 선고 97누1426 판결 참조).

그런데, 위 각 증거에 의하면 이 사건 건물의 전체 공용면적 25,109.2㎡가 중과세대상 전용면적과 일반과세대상 전용면적에 공용으로 이용되고 있는 사실을 인정할 수 있으므로, 이 사건 건물의 전체 공용면적 중 중과세대상 전용면적에 안분되는 면적은 7,685.53㎡(전체 공용면적 25,109.2㎡×중과세대상 전용면적 9,582.31㎡÷전체 전용면적 31,306.09㎡), 일반과세대상에 안분되는 면적은 17,423.67㎡(전체 공용면적 25,109.2㎡×일반과세대상 전용면적 21,723.78㎡÷전체 전용면적 31,306.09㎡)라고 할 것이고, 따라서 이 사건 건물의 중과세대상 과세면적은 17,267.84㎡(전용면적 9,582.31㎡+공용면적 7,685.53㎡), 일반과세대상 과세면적은 39,147.45㎡(전용면적 21,723.78㎡+공용면적 17,423.67㎡)이 된다.

마. 정당한 세액의 계산(국고금단수계산법 제1조 제1항에 의하여 세액 계산시 10원 미만은 버리고, 나머지 계산에서는 원 미만을 버림)

⑴ 취득세

㈎ 중과세

과세표준 17,358,700,629원(취득가액 56,712,138,288원×17,267.84㎡/56,415.29㎡)

세액 1,735,870,062원(과세표준 17,358,700,629원×100/1,000)

㈏ 일반과세

과세표준 39,353,437,658원(취득가액 56,712,138,288원×39,147.45㎡/56,415.29㎡)

세액 787,068,753원(과세표준 39,353,437,658원×20/1,000)

㈐ 합계

1,735,870,062원+787,068,753원=2,522,938,815원

㈑ 신고납부세액

1,081,948,040원+1,018,099,620원+350,455,180원=2,450,502,840원

㈒ 가산세

(2,522,938,815원-2,450,502,840원)×20/100=72,435,975원

㈓ 총세액

2,522,938,815원+72,435,975원=2,595,374,790원

㈔ 차감고지세액

2,595,374,790원-2,450,502,840원=144,871,950원

⑵ 농어촌특별세

㈎ 본세

2,522,938,815원×10/100=252,293,881원

㈏ 신고납부세액

108,194,800원+101,809,960원+35,045,510원=245,050,270원

㈐ 가산세

(252,293,881원-245,050,270원)×10/100=724,361원

㈑ 총세액

252,293,881원+724,361원=253,018,242원

㈒ 차감고지세액

253,018,242원-245,050,270원=7,967,970원

4. 결론

그렇다면 이 사건 처분 중 취득세 144,871,950원, 농어촌특별세 7,967,970원을 초과하는 부분은 위법하여 이를 취소할 것이나, 원고는 이 사건 처분 중 취득세 157,014,200원, 농어촌특별세 11,472,530원을 초과하는 부분의 취소를 구하고 있으므로, 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용할 것인바, 제1심판결은 이와 결론을 같이 하여 정당하므로 피고의 항소를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.