수도권마케팅본부와 수도권생산본부는 수도권을 제외한 전국의 8개 권역에 설치된 지사들이 수행하는 바와 같은 영업활동과 통신시설 및 장비의 설치, 관리, 운용 업무를 수행하여 오고 있는 점 등을 보면 수도권생산본부는 실질적으로 수도권지사의 일부이므로 부동산 부분이 본점 또는 주사무소의 사업용 부동산에 해당한다고 볼 수 없다. 따라서 이를 본점 또는 주사무소의 사업용 부동산이라는 전제에서 한 취득세 등의 부과처분 중 정당 세액을 초과하는 부분은 부당하다.

1. 처분의 경위

[증거] 다툼 없는 사실, 갑1, 갑2의 1, 2, 을1의 1, 2, 을2, 5의 각 1 내지 3, 을6의 1, 2, 을7, 을10, 11, 을14의 1 내지 4, 을15의 1 내지 3의 각 기재 및 변론의 전취지

가. 원고는 1991. 5. 31. 서울특별시장으로부터 건축허가를 받아 서울 관악구

봉천동 729의 1 대 7,106㎡ 지상에 지상 11층, 지하 6층 전용면적 31,306.09㎡(공용면적 25,109.2㎡) 규모의 업무시설용 건물(이하 이 사건 건물이라 한다)을 건축하여 1995. 11. 28. 건축물 임시 사용승인을 받은 뒤 1996. 4. 13. 이 사건 건물 중 전용면적 17,264.79㎡ 부분(이하 이 사건 부동산 부분이라고 한다)을 수도권운용본부(1996. 3. 1. 수도권생산본부로 명칭 변경, 이하 수도권생산본부라고 한다)의 통신기계실 및 사무실로, 전용면적 936.55㎡ 부분을 수도권마케팅본부의 사무실로, 전용면적 500㎡ 부분 등을 디지털사업본부의 시험장비실로 각 사용하여 왔다.

나. 원고는 1996. 1. 27. 그 과세표준액을 금54,097,402,288원으로 계산하고, 이 사건 건물 56,415.29㎡ 전부를 일반과세대상으로 하여 이에 대한 취득세 금1,081,948,040원, 농어촌특별세 금108,194,800원을 신고 납부하였고, 같은 해 5. 27. 그 과세표준을 금56,712,138,288원으로 증액하여 신고하면서, 본점 조직인 정보기술연구원이 사용하게 된 지하2층 793㎡, 지상 6, 7층 각 2,418.17㎡ 및 8층 1,034.8㎡ 등 합계 전용면적 6,664.14㎡를 중과세대상으로 하고, 나머지는 일반과세대상으로 하여 추가로 취득세 금1,018,099,620원, 농어촌특별세 금101,809,960원을 신고 납부하였으며, 1997. 10. 29. 이 사건 건물 중 5층 전용면적 2,418.17㎡에 수도권지사 무선데이타 및 PCS 교환기계실(그 후 본사 소속 정보기술연구원의 사무실로 변경되었다.)이 설치되었음을 이유로 그 부분을 중과세대상으로 하여 추가로 취득세 금350,455,180원, 농어촌특별세 금35,045,510원을 신고 납부하였다.

다. 그런데 피고는, 원고가 이 사건 건물 중 수도권운용본부, 수도권마케팅본부 및 디지털 사업본부 시험장비실 등으로 사용하여 온 전용면적 합계 18,701.34㎡(공용면적 14,999.5㎡) 부분을

수도권정비계획법 제6조의 규정에 의한 과밀억제권역 안에서 본점 또는 주사무소의 사업용 부동산을 취득한 것으로 보아

지방세법(1998. 12. 31. 법률 제5615호로 개정되기 전의 것, 이하 법이라고 한다) 제112조 제3항,

같은법시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15982호로 개정되기 전의 것, 이하 영이라고 한다) 제84조의2 제3항에 의한 중과세율에 따라 이 사건 부동산에 대한 취득세 및 농어촌특별세를 산출하고, 그 세액에서 원고가 이미 납부한 금액을 공제한 다음, 1998. 3. 12. 원고에 대하여 취득세 금3,322,365,310원(가산세 포함) 및 농어촌특별세 금301,629,710원(가산세 포함)을 각 부과고지하였다.

라. 이에 대하여 원고가 감사원에 심사청구를 한 결과, 1999. 2. 2. 수도권마케팅 본부가 사용하는 전용면적 936.55㎡(공용면적 751.16㎡) 부분은 당초 본사 소속 홍보실에서 역사관을 설치할 계획을 세웠으나, 빈 상태로 관리되어 오다가 1997. 11. 12.보라매지점이 설치되어 1998. 2. 1. 이후 그 영업에 사용되고 있어 본점 또는 주사무소의 사업용 부동산이 아니라는 이유로 이에 대한 취득세 및 농어촌특별세 등을 취소하라는 내용의 결정이 내려졌고, 피고는 1999. 3. 5. 위 결정에 따라 취득세 금 금162,872,680원(가산세 포함) 및 농어촌특별세 금14,929,990원을 감액하였다{이하 피고의 1998. 3. 12.자 당초 부과 처분 중 위와 같이 감액되고 남은 취득세 3,159,492,630원(3,322,365,310 - 162,872,680), 농어촌특별세 금286,699,720원(301,629,710 - 14,929,990)원을 이 사건 처분이라고 한다.}.

2. 처분의 적법 여부

가. 관련 규정

법 제112조 제3항은 “…수도권정비계획법 제6조의 규정에 의한 과밀억제권역 안에서 대통령령이 정하는 본점 또는 주사무소의 사업용 부동산을 취득할 경우의 취득세율은 제1항의 세율의 100분의 500으로 한다”고 규정하고 있고, 영 제84조의2 제3항은 “법 제112조 제3항에서 ‘대통령령이 정하는 본점 또는 주사무소의 사업용 부동산’이라 함은 법인의 본점 또는 주사무소의 사무소로 사용하는 부동산과 그 부대시설용 부동산(기숙사합숙소사택연수시설체육시설 등 복지후생시설과 향토예비군 병기고 및 탄약고를 제외한다)을 말한다”고 규정하고 있다.

한편 수도권정비계획법 제6조 제1항은 “수도권 안에서의 인구 및 산업의 적정배치를 위하여 수도권을 다음과 같이 구분한다”고 규정하면서, 제1호로 과밀억제권역, 제2호로 성장관리권역, 제3호로 자연보전권역을 열거하면서 이를 정의하고 있고, 같은법 제6조 제2항은 “과밀억제권역성장관리권역 및 자연보전권역의 범위는 대통령령으로 정한다”고 규정하고 있으며, 같은법시행령 제9조 관련 [별표1]은 서울특별시를 과밀억제권역으로 분류하고 있다.

나. 판 단

⑴ 인정사실

[증거] 갑3, 4, 5의 각 1, 2, 갑6의 1 내지 3, 갑7의 1, 2, 갑8 내지 11, 갑12의 1 내지 3, 갑13, 갑14의 1 내지 14, 갑15, 갑16의 1 내지 32, 갑17의 1 내지 10, 갑18의 1, 2, 갑19의 1 내지 5, 을1의 2의 각 기재, 증인 김종형의 증언, 이 법원의 검증결과 및 변론의 전취지

㈎ 한국이동통신 주식회사(1994. 6. 4. 원고로 그 상호가 변경되었다. 이하 원고라고 한다)는 1984. 3. 29. 무선호출사업, 차량 및 휴대전화사업 등을 목적으로 설립되어 서울을 비롯한 전국을 9개 지역별로 구분하여 각 지역별로 지사를 설치하여 그 관할 구역 내에서 그 영업활동을 함과 동시에 통신 시설의 설치관리운용 업무를 담당하도록 하여 왔는데, 지방에 소재한 지사들은 영업활동을 함과 동시에 지사별로 1개의 교환국사를 운영하여 왔고, 서울지사(1996. 3. 14. 수도권지사로 명칭 변경, 이하 수도권지사라 한다)는 1994. 이전에는 고객센타와 영업부에서 영업활동을 담당하고, 시설부, 운용부, 기술부 등에서 이동전화 및 무선호출 시설의 설치관리운용을 담당하여 오면서 그 통신설비의 운용을 위하여 장안동교환국사와 구로교환국사를 운영하여 왔다.

㈏ 그런데 1994. 이후 수도권지역의 이동전화 가입자의 비중이 커지고 그 수가 증가하여 수도권에서의 영업 규모가 계속 확대되기에 이르자, 원고는 1995. 3. 27. 그 조직관리규정을 개정함에 있어서, 종래 본사의 사업별로 구성되어 있던 본사 조직을 통신서비스 생산부문, 마케팅 부문, 사업지원 부문 및 재무부문 등으로 개편하고 그와 아울러 수도권마케팅본부와 수도권생산본부를 본사 조직의 하나로 신설하면서 서울지사를 폐지하여 전국의 8개 지역에 각각 1개의 지사를 두기로 하였다.

㈐ 원고의 수도권마케팅본부는 종래 수도권지사의 영업부 및 고객센타의 인원과 시설을 인계받아 본사의 마케팅기획본부와 마케팅지원본부의 업무지시를 받으며 수도권지역의 영업활동을 총괄하여 오고 있고, 수도권생산본부는 종래 수도권지사의 시설부, 운용부, 기술부의 인원과 시설을 인계받아 본사의 시설본부, 운용지원본부, 기간망구축본부 등으로부터 업무지시를 받아가며 수도권지역에서 교환국사, 기지국, 전송로 등 통신시설 및 장비의 설치관리운용 업무를 담당하여 오고 있으며, 전국에 소재한 지사들도 각각 사업자등록을 하고 사업장별로 구분하여 회계처리와 세무신고를 하여 오면서 고객을 모집하기 위하여 영업조직을 구성하여 영업활동을 하고, 교환국과 기지국 등 통신시설 및 장비를 설치관리운용하여 오고 있다.

㈑ 원고는 1995. 6. 7. 수도권지사를 원고의 본점 소재지인 서울 중구 남대문로5가 267로 이전하여 그 등기를 마쳤고, 같은 해 7. 1. 사업자등록을 마친 뒤, 1996. 1. 25. 무선호출 사업으로 인한 약 444억의 매출에 대한 부가가치세를 신고납부하는 등 수도권지사 명의로 세무 신고를 하여 오고 있으며, 소요 비용 및 수입을 본사와는 분리하여 회계처리를 하여 오고 있다.

㈒ 원고는 1998. 1. 12. 본사의 생산기획본부가 통신시설의 설치 및 운용 업무를 총괄하되, 수도권을 비롯한 전국을 4개 권역으로 구분하여 4개의 생산본부를 두어 그곳에서 위 업무를 담당하고, 수도권마케팅본부를 폐지하는 대신 수도권을 비롯한 전국을 5개 권역으로 구분하여 5개의 지사를 두어 그 영업활동을 하도록 조직관리규정을 개정하였다.

㈓ 원고의 수도권생산본부에는 이동전화용 주교환기 13식, 관문교환기 5식, 무선호출용 주교환기 3식, 관문교환기 1식 등 교환장비, 디지털 회선분배장치 6식, 광단국 4식 등 전송장비, 항온항습기, 정류기와 축전기 등 전원시설 및 교환전송 장비 운영관리스템 등이 설치되어 있는 바, 교환장비는 다른 교환국과 한국통신의 통신망과 접속하고, 수도권 내 1,200여개의 기지국의 통제와 접속을 수행하는 장비이고, 전송장비는 기지국간, 교환기상호간, 한국통신 교환기에 신호를 전송하는 장비이다. 원고는 수도권지역에 2개의 교환국을, 지방 소재 지사에는 1개씩의 교환국을 설치하여 이를 연결하여 전국적인 이동전화 및 무선호출 통신망을 구축하여 그 서비스를 가입자 등에게 제공하고 있는데, 예컨대 일반 전화사용자가 일반전화기를 사용하여 이동전화기에 전화를 하는 경우 그 신호가 지역전화국을 거쳐 관문전화국으로 연결되고, 관문전화국에서 이동전화 관문교환기로 연결된 후, 관문교환기에서 주교환기에 접속되어 가입자의 정보 및 위치를 찾아 타지역 이동전화 관문교환기와 주교환기를 거친 뒤, 일반전화망으로 해당 기지국으로 연결되어 기지국에서 전파를 발송하여 이동전화기와 통화를 할 수 있게 된다.

㈔ 원고의 수도권생산본부는 별지 1 층별 용도 및 면적 표 기재와 같이 이 사건 건물 중 지하 1층 전용면적 4,924.77㎡ 부분에 이동전화교환기를 설치하고 있고, 지하 2층 중 전용면적 3,775.80㎡ 부분에 무선호출교환기 및 축전지를 설치하고 있으며, 지상 3층 중 1,696.35㎡ 부분에 무선호출교환기를 설치하고 있고, 지상 4층 767.16㎡ 부분에 이동전화교환기를 설치하고 있으며, 지상 8층 중 1,264.37㎡와 지상9층 2,418.17㎡ 부분에는 사업지원팀, 본부장실, 무선호출팀, 운용1, 2, 3팀, 엔지니어링팀의 각 사무실을 설치하고 있고, 그곳에 엔지니어링팀 36명, 운용123팀 154명, 강남교환팀 85명, 강북교환팀 70명, 무선호출팀 28명, 사업지원팀 28명 등 402명의 수도권생산본부 소속 직원들이 근무하고 있다.

⑵ 위 인정한 바와 같이, 원고는 종래 수도권지사를 설치하여 수도권 지역 내에서 이동전화 및 무선호출 서비스의 영업을 하여 오다가, 수도권지역의 가입자의 비중과 그 수가 급증하여 그 중요성이 커지자 이에 대응하여 수도권지역에서의 영업 활동과 이동전화 및 무선호출 서비스를 더욱 강화하기 위하여 조직관리규정상 수도권지사를 폐지하는 대신에 본사 조직으로 수도권마케팅본부와 수도권생산본부를 설치하면서 그 기능을 분리하여 그 이후 수도권마케팅본부와 수도권생산본부가 종래의 수도권지사의 인원 및 시설을 그대로 승계하여 본사로부터의 업무 지시 아래 수도권 지역 내에서 영업 활동과 통신시설의 설치관리운용 업무 등 실질적으로 종전의 지사로서의 역할을 그대로 수행하여 온 점, 원고는 조직관리규정상 수도권지사를 폐지한 이후에도 그 지사를 법인등기부상 등재하여 두고서 수도권마케팅본부와 수도권생산본부를 합하여 원고의 본사와는 별도로 독립하여 회계처리와 세무신고를 하여 온 점, 수도권마케팅본부와 수도권생산본부는 수도권을 제외한 전국의 8개 권역에 설치된 지사들이 수행하는 바와 같은 영업활동과 통신시설 및 장비의 설치관리운용 업무를 수행하여 오고 있는 점에 앞서 본 지방세법 및 같은법시행령의 각 규정의 취지가 과밀억제권역 내에서 인구유입에 따른 인구팽창과 산업집중을 막고, 인구와 산업의 분산을 촉진하여 국민경제의 균형있는 발전과 국토의 효율적인 이용개발 및 보전을 위하여 인구팽창과 산업집중을 유발시키는 본점 또는 주사무소의 신설 및 증설을 억제하려는 것인 점(

대법원 1994. 3. 22. 선고 93누17690 판결 참조) 등을 모두어 보면, 수도권생산본부는 형식적으로는 본사의 조직으로 편입되어 있으나, 실질적으로는 수도권지사의 일부라고 할 것이어서, 이 사건 부동산 부분이 본점 또는 주사무소의 사업용 부동산에 해당한다고 볼 수 없으므로, 이를 본점 또는 주사무소의 사업용 부동산으로 보고서 한 이 사건 처분은 위법하다.

다. 정당 세액의 계산

위에서 본 바와 같이, 이 사건 건물 중 수도권생산본부가 통신기계실 및 사무실로 사용하는 이 사건 부동산 부분을 본점 또는 주사무소의 사업용 부동산에서 제외하여 정당한 세액을 계산하면, 별지 2 세액계산표 기재와 같이 취득세 금157,014,200원, 농어촌특별세 금11,427,530원(다만, 정당한 농어촌특별세액은 금11,427,520원이 되나, 원고가 구하는 바에 따른다.)이 되므로, 이 사건 처분 중 위 정당 세액을 초과하는 부분은 위법하다 할 것이다.

3. 결 론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.