병원의 운영에 관한 한 의료법인 설립허가를 얻지 않았기에 종교목적 비영리 재단법인이 지방세법 제290조 제1항 제17호가 정한 의료법인에 해당하지 않는다는 이유로 조례 제6조가 정한 바에 따라 건축물을 종교법인이 운영하는 의료업용 부동산으로서 도시계획세와 공동시설세 각 50%만을 감액하고 각 나머지 세액을 부과한 재산세 등 부과처분은 타당하다.

1. 처분의 경위

다음 사실은 갑 제1호증, 갑 제2호증의 1 내지 4, 갑 제3호증의 1, 2, 3, 갑 제4, 5호증의 각 1, 2, 갑 제6, 7호증, 을 제1 내지 5호증의 각 기재를 종합하여 인정할 수 있다.

가. 원고는 1962. 10. 26. 천주교 부산교구에서 포교사업, 구료 및 자선사업을 목적으로 민법 제32조 등이 정한 바에 따라 주무관청의 허가를 얻어 설립된 비영리 재단법인으로서, 1963. 12. 7. 부산 중구 대청동 4가 81 지상에 메리놀 병원을 개설하고 1974. 4. 30. 피고로부터 종합병원 개설허가를 얻어 현재까지 운영해 왔다.

나. 한편 재단법인 부산 성베네딕도 수녀회(이하 수녀회라 한다.)는 1965. 11. 29. 부산 동구 초량동 31의 3 외 3필지 상에 성분도 병원(釜山 聖芬道 慈善病院)을 개설하고 1975. 5. 9. 부산직할시장으로부터 종합병원 개설허가를 얻어 계속 운영하여 오던 중, 1988. 8. 31. 원고에게 성분도 병원을 헌정하였고, 이에 원고는 1988. 9. 1. 수녀회로부터 성분도 병원의 사업에 관한 일체의 권리와 의무를 포괄적으로 양수하여 1989. 1. 4. 피고로부터 성분도 병원의 개설자 및 관리의사의 변경 허가를 받았고 1989. 2. 24. 증여를 원인으로 하여 성분도 병원 건물에 관하여 원고 앞으로의 소유권 이전등기를 마쳤으며 현재까지 성분도 병원을 운영해 왔다.

다. 이에 피고는 1998. 6. 5. 원고에 대하여, 원고가 운영하는 성분도 병원 건물 연면적 12,512.7㎡와 그 부대설비 및 구축물 12종(이하 이 사건 건축물이라 한다.)은 과세기준일인 1998. 5. 1. 현재 부산광역시세 감면 조례(이하 조례라 한다.) 제6조가 정한 종교법인이 운영하는 의료업용 부동산에 해당한다는 이유로 감액(50%)한 다음 도시계획세 2,079,780원 및 공동시설세 3,296,290원 합계 5,376,070원을 부과 고지하였다.

2. 부과처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

(1) 피고는, 원고가 구 의료법 시행령 부칙 제2항에 의하여 위 시행령 시행 당시 이미 개설한 메리놀 병원의 운영에 관하여는 의료법인 설립절차를 거치지 않더라도 위 시행령에 따른 의료법인 설립절차를 거친 것으로 간주된다 하더라도 위 시행령 시행 이후에 취득한 성분도 병원의 운영에 관하여는 위 부칙 제2항이 적용되지 않는다고 할 것인데, 원고가 성분도 병원 운영에 관하여 의료법이 정한 바에 따라 의료법인 설립절차를 거치지 않았고, 또한 원고가 수녀회로부터 성분도 병원의 운영권과 재산을 인수ㆍ취득한 것은 성분도 병원의 인적ㆍ물적 자산을 취득한 것이지 구 의료법 시행령 부칙 제2조에 의하여 성분도 병원의 당초 운영자인 수녀회에 부여된 의료법인의 법적 지위를 취득한 것은 아니라 할 것이므로, 원고가 성분도 병원의 운영에 관한 한 의료법에 의하여 설립된 의료법인의 지위에 있는 것이 아니라 민법 제32조에 의하여 설립된 재단법인인 종교단체에 해당하기에 성분도 병원으로 사용되는 이 사건 건축물에 대하여 지방세법 제290조 제1항 제17호에 의하여 도시계획세 및 공동시설세를 면제하지 아니하고 조례 제6조에 의하여 도시계획세 및 공동시설세의 50/100을 경감한 다음 각 나머지 세액을 부과한 이 사건 부과처분이 적법하다고 주장한다.

(2) 이에 대하여 원고는, 원고가 구 의료법 시행령 부칙 제2항에 의해 성분도 병원의 운영에 관하여 의료법인 설립절차를 거친 것으로 보는 수녀회로부터 성분도 병원의 고유사업 목적에 관한 일체의 권리와 의무를 포괄적으로 승계하여 종전의 인적ㆍ물적 시설 등을 그대로 이용하여 동일한 상호로 병원을 운영해 오고 있어서 이 사건 건축물이 지방세법 제290조 제1항 제17호가 정한 의료법인이 과세기준일 현재 그 고유 업무에 직접 사용하는 부동산에 해당하기에 이 사건 건축물에 대한 도시계획세와 공동시설세 전부가 면제되어야 하므로, 이 사건 부과처분이 위법하다고 주장한다.

나. 관계 법령

(1)

구 의료법(1975. 12. 31. 법률 제2862호로 개정되기 전의 것) 제30조 제2항은 의사, 치과의사, 한의사, 조산사, 국가, 지방자치단체 및 이 법에 의하여 의료업을 목적으로 설립된 법인(의료법인)이 아니면 의료기관을 개설할 수 없다(1975. 12. 31. 위 조항의 개정으로 민법 또는 특별법에 의하여 설립된 비영리법인도 의료기관을 개설할 수 있게 되었다.)고, 그 부칙 제1조는 이 법은 공포(1973. 2. 16.) 후 6월이 경과한 날로부터 시행한다고, 제5조는 이 법 시행 당시 종전의 규정에 의하여 개설된 종합병원ㆍ병원ㆍ치과병원 또는 제31조의 규정에 해당하는 의료기관(국공립의료기관은 제외한다.)은 이 법 시행일로부터 6월 내에 이 법의 절차에 따라 의료법인의 설립, 의료기관의 개설허가 기타 필요한 조치를 하여야 한다고 각 규정하고,

구 의료법(1994. 1. 7. 법률 제4732호로 개정되기 전의 것) 제41조 제1항,

구 의료법 시행령(1994. 12. 23. 대통령령 제14446호로 개정되기 전의 것) 제17조는 제30조 제2항의 규정에 의한 의료법인을 설립하고자 하는 자는 의료법인 설립허가 신청서에 정관 및 자산에 관한 서류와 보건사회부(현 보건복지부)령으로 정하는 서류를 첨부하여 그 소재지를 관할하는 도지사를 거쳐 보건사회부 장관에게 제출함으로써 보건사회부 장관의 허가를 받아야 한다고 규정하며, 경과조치로서

그 시행령(1976. 1. 21. 대통령령 제7960호로 개정되기 전의 것) 부칙 제2항은 이 영 시행(그 부칙 제1항에 의해 공포일인 1973. 9. 20.부터 시행) 당시 종합병원 또는 병원을 개설한 사립학교법에 의한 학교법인, 사회복지사업법에 의한 사회복지법인, 대학적십자사조직법에 의한 대한적십자사 및 민법 제32조의 규정에 의한 재단법인에 대하여는 이 영의 규정에 따른 의료법인 설립절차를 거친 것으로 한다고 규정하였다.

(2) 한편 지방세법 제290조 제1항 제17호(제5장 제6절에 해당)는 의료법에 의하여 설립된 의료법인이 그 고유 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(지방세법 제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다.)에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 그 고유 업무에 직접 사용하는 부동산에 대하는 재산세ㆍ종합토지세ㆍ도시계획세 및 공동시설세를 면제한다고, 지방세법(1997. 12. 13. 법률 제5454호로 개정되기 전의 것) 부칙 제2조는 제5장의 규정(이 법에 의하여 개정되지 아니한 부분을 포함한다.)은 2000. 12. 31.까지 적용한다고 각 규정하고 있다.

다. 판단

(1) 위

구 의료법 시행령(위 1976. 1. 21. 개정되기 전의 것) 부칙 제2항의 취지는 1973. 8. 17.부터 구 의료법(1975. 12. 31. 법률 제2862호로 개정되기 전의 것)이 시행됨에 따라 의료법인 설립절차를 거치지 않고 이미 병원 등을 개설ㆍ운영 중인 재단법인 등이 의료기관을 개설할 수 없게 됨으로써 더 이상 병원 등을 운영하지 못하게 되는 것을 막기 위하여 그 적용대상인 재단법인 등에 대하여는 위 구 의료법 시행령의 규정에 따른 별도의 절차가 없어도 위 규정의 적용에 의하여 당해 재단법인 등은 의료법인 설립절차를 거친 것으로 간주하여 그 후로는 종전에 이미 개설한 병원 등의 운영에 관한 한 의료법인과 같게 취급함으로써 동일한 법적 지위를 부여하려는데 있고(대법원 1991. 5. 10. 선고 90누4327 판결 참조), 위와 같이 기존에 개설한 병원 등의 운영에 관하여는 의료법인 설립절차를 거친 것으로 간주되는 재단법인 등이 구 의료법 시행령의 시행일인 1973. 9. 20. 이후에 새로 취득하게 될 병원 등의 운영에 관하여는 위 부칙 제2항이 적용된다고는 볼 수 없으므로, 1973. 9. 20. 이후 새로 취득한 병원 등의 운영에 관한 한 재단법인 등이 별도 의료법인 설립절차를 거치지 않았다면 의료법인과 동일한 법적 지위에서 그 병원을 운영하는 것이 아니라 의료법 제30조 제2항 제4호가 정한 민법 또는 특별법에 의하여 설립된 비영리 법인의 지위에서 병원 등을 개설ㆍ운영하는 것에 불과하다.

(2) 그런데 1항에서 살핀 바와 같이 원고는 구 의료법 시행령(1976. 1. 21. 대통령 제7960호로 개정되기 전의 것) 시행 이후인 1988. 9. 1. 수녀회로부터 성분도 병원의 사업에 관한 일체의 권리와 의무를 포괄적으로 양수하였고, 을 제1호증의 기재에 의하면 원고가 성분도 병원의 개설자를 수녀회로부터 원고로 변경하면서 의료법인 설립허가를 받지 않은 사실이 인정되며, 의료법인 및 의료인의 사명 등을 고려하여 2의 나 (1)에서 살핀 바와 같이 의료법인 설립절차를 엄격하게 규정하고 있는 취지에 비추어 원고가 성분도 병원의 사업에 관한 일체의 권리와 의무를 포괄적으로 양수하였다 하여도

구 의료법 시행령(위 1976. 1. 21. 개정되기 전의 것) 부칙 제2항에 의해 성분도 병원의 운영에 관하여 의료법인 설립절차를 거친 것으로 간주되어 수녀회가 취득한 성분도 병원의 운영에 관한 한 의료법인과 동일한 법적 지위까지 양수할 수는 없으므로, 원고는

의료법 제30조 제2항 제4호가 정한 민법에 의하여 설립된 비영리 재단법인으로서 성분도 병원을 개설ㆍ운영하고 있을 뿐이다.

(3) 한편 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세 요건 또는 조세감면 요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면 요건규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(

대법원 1998. 3. 27. 선고 97누20090 판결등 참조)고 할 것인데, 지방세법 제290조 제1항 제17호의 규정 취지가 공공법인의 하나인 의료법인이 수행하는 사업의 공익성을 고려하여 의료법인이 그 고유 업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여 한시적으로 재산세 등을 면제하려는 것이고, 의료법에 의하여 설립된 의료법인이 아닌 비영리 재단법인이 구호 차원에서 병원을 운영하고 있고 그 사업 목적이 공익 추구에 있다고 하여도 이러한 사정만으로

지방세법 제290조 제1항 제17호가 정한 의료법에 의하여 설립된 의료법인에

의료법 제30조 제2항 제4호가 정한 바에 따라 의료기관을 개설한 비영리 재단법인이 포함되는 것으로 유추 또는 확대해석할 수는 없다고 판단된다.

(4) 따라서 원고가 성분도 병원의 운영에 관한 한 의료법인 설립허가를 얻지 않았기에 원고법인이

지방세법 제290조 제1항 제17호가 정한 의료법인에 해당하지 않는다는 이유로 조례 제6조가 정한 바에 따라 이 사건 건축물을 종교법인이 운영하는 의료업용 부동산으로서 도시계획세와 공동시설세 각 50%만을 감액하고 각 나머지 세액을 부과한 이 사건 부과처분은 적법하므로, 원고의 주장은 이유 없고 달리 이 사건 부과처분에 위법을 발견할 수 없다.

3. 결론

결국 원고의 청구는 이유 없으므로 기각한다.