1. 이 사건 처분의 경위

다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1호증, 갑 제7호증, 갑 제8 내지 14호증의 각 1, 2, 갑 제15, 16호증, 을 제1, 2, 3호증, 을 제6호증의 1, 2, 을 제7, 8, 9호증, 을 제14호증의 1 내지 9의 각 기재와 변론의 전취지에 의하여 이를 인정할 수 있고, 반증이 없다.

가. 소외 달성농지개량조합(이하 소외 조합이라 한다)은 구 농촌근대화촉진법에 의하여 설립된 비영리법인으로서 대구 달서구 용산동 647-1 구거 외 110필지 합계 52,395㎡를 소유하고 있었는데, 소외 한국토지개발공사가 1990. 11. 24. 택지개발촉진법에 의하여 건설교통부장관으로부터 대구성서지구택지개발사업(1단계)의 사업인가를 받고 위 각 토지를 수용함에 따라 1991. 12. 13. 위 각 토지에 대한 보상금 합계 5,200,000,000원을 지급받았다.

나. 소외 조합은 사옥신축용 부지를 마련하기 위하여 1992. 12. 31. 위 한국토지개발공사와 사이에 위 대구성서택지개발사업지구(1단계) 이곡동 167블록 2로트 대 3,306㎡(이하 이 사건 토지라 한다)를 5,123,000,000원에 매수하는 계약을 체결하였는데, 그 당시 이 사건 토지의 위치와 경계는 확정되었으나 그 면적은 정확하지 아니하였기 때문에 준공후 지적공부정리결과 면적의 증감이 있으면 정산하기로 약정하였고, 소외 조합은 매매계약서상의 잔금지급일인 1993. 5. 11. 잔금을 지급함으로써 5,123,000,000원을 모두 지급하였다.

다. 당시 소외 조합은 이 사건 토지가 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득한 부동산에 해당한다는 이유로 구 지방세법(1994. 12. 22. 법률 제4794호로 개정되어 1995. 1. 1.부터 시행되기 전의 것, 이하 법이라고 한다) 제110조의 3 제1항에 의하여 피고로부터 이 사건 토지에 대한 취득세를 면제받았다.

라. 위 한국토지개발공사는 1994. 12. 22. 원고에게 이 사건 토지에 대한 사용승낙을 하였고, 1995. 9. 30. 위 택지개발사업을 준공하였는데, 소외 조합은 1995. 9. 5.경 위 한국토지개발공사로부터 측량 결과 이 사건 토지의 면적이 14.9㎡ 증가하여 대구 달서구 이곡동 1252-2 대 3,320.9㎡로 확정되었음을 통보받고, 1995. 10. 26. 위 증가된 면적에 대한 정산금 23,089,140원을 납부하였다.

마. 그후 피고는 1999. 3. 10. 소외 조합이 이 사건 토지를 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 그 고유의 업무에 직접 사용하지 아니한 것으로 보고, 이 사건 토지는 납세의무 성립일 당시 시행중이던 법 제110조의 3 제1항 단서, 제112조 제2항 및 법 시행령(1994. 12. 31. 대통령령 제14481호로 개정되어 1995. 1. 1.부터 시행되기 전의 것) 제84조의 4 제1항에 의한 비업무용 토지에 해당한다는 이유로 위 매매대금 5,123,000,000원을 취득가액으로 보아 이에 법 제112조 제2항의 규정에 의한 중과세율을 적용하여 산출한 취득세와 가산세의 합계 금922,140,000원을 소외 조합에 대하여 부과고지(이하 이 사건 처분이라 한다)하였다.

바. 농업기반공사및농지관리기금법 부칙 제8조에 의하여 소외 조합은 2000. 1. 1. 설립된 원고 공사에게 합병되었고, 같은 법 부칙 제9조에 의하여 소외 조합의 권리의무는 원고 공사에게 포괄적으로 승계되었다.

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

피고는 위 처분사유와 관계 법령을 들어 이 사건 처분이 적법하다고 주장하고, 이에 대하여 원고는, ① 취득세에 있어서 토지의 취득시기는 실질과세의 원칙상 당해 토지를 실질적으로 인도받아 이를 사용수익할 수 있었던 때로 보아야 할 것인바, 소외 조합이 이 사건 토지의 잔대금을 지급한 1993. 5. 11. 당시에는 위 택지개발지구의 준공검사를 마치지 아니하였을 뿐만 아니라 매매계약서상으로도 이 사건 토지의 지번과 면적이 확정되지 아니하여 소외 조합이 이를 배타적으로 지배하여 실질적인 사용수익할 수 없었기 때문에 이 사건 토지의 취득시기는 위 택지개발사업의 준공검사 후로서 소외 조합이 정산금을 지급한 1995. 10. 26.이라고 보아야 할 것이고, 1994. 12. 22. 법률 제4794호로 개정되어 1995. 1. 1.부터 시행된 지방세법에는 종전의 법 제110조의 3 제1항이 삭제되어 있으므로 삭제된 법 규정을 적용하여 이 사건 취득세를 추징할 수 없고, ② 소외 조합은 이 사건 토지를 취득한 후 이를 타에 임대를 하였는데 소외 조합의 설립근거 규정인 구 농지개량조합법 제41조 제1항 제5호 및 같은 법 시행령 제11조 제1항에 의하면 토지의 임대는 수익사업으로서 소외 조합의 고유업무에 속하므로, 이 사건 토지는 취득세를 추징할 수 있는 비업무용 토지가 아니며, ③ 소외 조합은 공법인으로서 지방자치단체장의 인가와 지침에 따라서만 예산의 편성과 집행을 할 수 있는데 지방자치단체장의 예산편청지침 때문에 이 사건 토지를 당초의 취득목적인 사옥신축용으로 사용할 수 없었으므로 소외 조합이 취득일로부터 1년 이내에 이 사건 토지를 고유업무에 사용하지 못한 데 정당한 사유가 있다는 이유로, 이 사건 처분은 위법하다고 주장한다.

나. 관계 법령

⑴ 법 제110조의 3 제1항 본문은 다음 각 호의 법인이 그 고유의 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제한다고 규정하고, 그 단서는 다만 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 당해 부동산을 그 고유의 업무에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제된 취득세를 추징한다고 규정하면서, 같은 항 제4호에서 농촌근대화촉진법에 의하여 설립된 농지개량조합을 들고 있다. 위 법 제110조의 3 제1항은 1994. 12. 22. 법률 제4794호로 개정되어 1995. 1. 1.부터 시행된 구 지방세법에서 삭제되었으나, 위 개정된 구 지방세법 제6조는 “이 법 시행 당시 종전의 규정에 의하여 부과 또는 감면하였거나, 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 예에 의한다”고 규정하고 있다.

⑵ 법 제105조 제2항 본문은 부동산의 취득에 있어서는 민법 등 관계법령의 규정에 의한 등기등록 등을 이행하지 아니한 경우라도 사실상으로 취득한 때에는 각각 취득한 것으로 본다고 규정하고 있고, 법 시행령 제73조 제1항은 유상승계취득의 경우에는 그 계약상의 잔금지급일에 취득한 것으로 본다고 규정하고 있으며, 제3항 본문은 제1항의 규정에 의한 취득일 전에 등기 또는 등록을 한 경우에는 그 등기일 또는 등록일에 취득한 것으로 본다고 규정하고 있다.

⑶ 구 농촌근대화촉진법(1995. 12. 29. 법률 제5077호로 제정공포되어 1996. 6. 29.부터 시행된 농지개량조합법 부칙 제2조에 의하여 폐지된 것) 제9조는 농지개량조합은 그 조합구역 안의 농지개량시설을 효과적으로 유지관리하고 구획정리사업 또는 농사개량사업 등을 수행함으로써 조합원의 농업생산력의 증대에 기여하게 함을 목적으로 한다고 규정하고 있고, 제37조 제1항은 조합은 조합구역 내에서 다음 각 호의 사업을 시행한다고 규정하면서 제7호에서 수익사업을 들고 있고, 제2항은 제1항 제7호의 수익사업의 종류 및 범위는 대통령령으로 정한다고 규정하고 있고, 구 농촌근대화촉진법시행령(1996. 6. 29. 대통령령 제15089호로 제정되어 같은 달 30.부터 시행된 농지개량조합법시행령 부칙 제2조에 의하여 폐지된 것) 제5조의 3은 법 제37조 제2항의 규정에 의한 수익사업은 다음 각 호의 사업으로 한다고 규정하면서, 제1호에서 저수지 주변의 관광자원의 조성 및 개발사업과 임대업을 들고 있다.

⑷ 구 농촌근대화촉진법 제49조 제1항은 농지개량조합은 회계연도마다 사업계획과 수지예산을 작성하여 총회의 의결을 거쳐 연도 개시 1월 전까지 농림부장관의 인가를 받아야 한다고 규정하고 있으며, 제2항은 사업계획과 수지예산을 변경하고자 할 때에도 제1항과 같다고 규정하고 있고, 제54조는 조합은 회계연도마다 그 소관에 속하는 결산보고서를 작성하여 총회의 승인을 얻어 다음해 4월 30일까지 농림부장관에게 보고하고 그 결산개요를 공고하여야 한다고 규정하고 있으며, 제177조 제1항은 조합은 농림부장관이 감독한다고 규정하고 있고, 구 농촌근대화촉진법시행령 제12조 제1항은 법 제49조의 규정에 의한 조합의 예산편성은 농림부장관이 정하는 예산편성지침에 의하여야 한다고 규정하고 있으며, 제2항은 농림부장관은 매 회계년도 개시 3월 전에 제1항의 예산편성지침을 정하여 이를 조합에 통지하여야 한다고 규정하고 있고, 제68조 제1항은 조합은 제1차로 시도지사, 제2차로 농림부장관이 감독하되, 다만, 시도지사는 그가 감독하는 조합 중 일부의 조합에 대한 제1차 감독권을 시장군수 또는 구청장에게 위임할 수 있고, 이 경우에는 제1차로 시장군수 또는 구청장, 제2차로 시도지사, 제3차로 농림부장관이 감독한다고 규정하고 있다.

다. 판단

⑴ 취득시기 오인과 법령위반 주장에 대하여

첫째, 원고는 이 사건 토지의 취득시기는 위 택지개발사업의 준공된 후라고 주장하므로 살피건대, 위 관계법령에 따르면 법인의 비업무용 토지 판정의 기준이 되는 유예기간은 당해 토지를 취득한 날로부터 1년이고, 유상승계취득의 경우 계약상의 잔금지급일을 그 취득일로 규정되어 있을 뿐 그 외 달리 당해 토지를 실제로 사용할 수 있게 된 시점부터 기산할 수 있도록 하는 근거규정이 없으므로, 위 주장은 더 살필 필요 없이 이유 없다.

둘째, 원고는 이 사건 토지의 취득시기는 매매계약상의 잔금지급일이 아니라 정산금을 지급한 1995. 10. 26.로 보아야 한다고 주장하므로 살피건대, 위치 및 경계가 특정된 일정 토지를 일정한 금액을 매매대금으로 정하되 추후에 측량결과에 따라 면적의 증감이 있는 경우에는 대금을 정산하기로 하는 약정 하에 매수한 후 당초의 매매대금을 모두 지급하였다면, 당초의 매매대금이 모두 지급된 때가 사실상의 잔금지급일이라고 봄이 상당하므로 그 때가 위 토지의 취득시기가 된다고 할 것이고, 매매대금의 지급 후 면적증가가 밝혀져 정산금을 지급하였다고 하여 정산금이 지급된 때가 취득시기가 된다고 할 수는 없으므로(대법원 1998. 1. 23. 선고 97누7097 판결 참조), 위 주장은 이유 없다.

셋째, 원고는 이 사건 토지의 잔금지급일 무렵에 시행되다가 1994. 12. 22. 법률개정으로 인하여 삭제된 법 제110조의 3 제1항에 의하여 이 사건 취득세를 추징할 수 없다고 주장하므로 살피건대, 위 법 제110조의 3 제1항의 본문은 이 사건 취득세를 면제한 근거규정이었고 위 법 제110조의 3 제1항의 단서는 이 사건 처분의 근거규정인바, 앞서 본 바와 같이 위 법 제110조의 3 제1항이 1994. 12. 22. 법률 제4794호로 개정되어 1995. 1. 1.부터 시행된 지방세법에서 삭제되기는 하였으나 위 개정된 지방세법 부칙 제6조는 “이 법 시행 당시 종전의 규정에 의하여 부과 또는 감면하였거나, 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 예에 의한다”고 규정하고 있으므로, 위 부칙 제6조에 따라 종전의 규정인 위 법 제110조의 3 제1항 단서에 의하여 이 사건 취득세를 부과할 수 있다고 할 것이니, 위 주장도 이유 없다.

⑵ 업무용 토지라는 주장에 대하여

원고는, 소외 조합이 이 사건 토지의 취득일로부터 1년 이내에 이 사건 토지를 고유의 업무인 임대사업에 사용하였다고 주장하나, 이를 인정할 아무런 증거가 없고, 오히려 을 제10호증의 1, 2, 을 제11호증, 을 제12호증의 1, 2의 각 기재와 을 제13호증의 1 내지 6의 각 영상에 의하면, 소외 조합이 앞서 본 잔금지급일로부터 1년이 경과된 후인 1995. 2. 23.부터 현재까지 소외 강영민과 현대건설 주식회사에게 이 사건 토지 중 각 일부씩을 임대한 사실이 인정되고 위 임대기간은 이 사건 토지에 관한 1년의 유예기간이 경과된 후인 점은 역수상 명백하므로, 위 주장은 이유 없다.

⑶ 고유업무에 사용하지 못한 데 정당한 사유가 있다는 주장에 대하여

취득세가 중과되는 비업무용 토지인지 여부의 판단 기준이 되는 정당한 사유는 법령에 의한 금지, 제한 등 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적 사유는 물론, 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력과 추진을 다하였음에도 불구하고 유예기간을 넘긴 내부적 사유도 포함하는 것으로, 그 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는, 취득세를 중과하는 입법취지를 충분히 고려하면서 해당 법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지 여부, 토지의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 하는 것이다(대법원 1999. 6. 8. 선고 98두5309 판결 참조).

살피건대, 갑 제6호증, 갑 제17호증 내지 갑 제20호증의 각 1, 2, 갑 제21호증, 갑 제22호증의 1, 2, 갑 제23호증의 각 기재 및 원심 증인 서준국의 증언에 변론의 전취지를 종합하면, 소외 조합은 이 사건 토지에 관한 매매계약을 체결하기 전에 이 사건 토지의 구입비용을 예산에 편성하여 1차 감독기관인 경상북도지사로부터 추가경정예산승인을 얻은 후 위 예산에 근거하여 사옥신축용으로 이 사건 토지를 취득한 사실, 농림부장관은 1993년도부터 1997년도까지 사이에 업무용 고정자산의 취득이나 조성(청사의 신축, 증축, 개축, 차량구입 등)을 가급적 억제하고 최소한의 필요불가결한 비용만을 계상하라는 내용의 농지개량조합예산편성지침을 매년 통보한 사실, 소외 조합이 이 사건 토지를 취득한 후 위 예산편성지침에도 불구하고 감독기관의 담당공무원에게 사옥신축에 협조해 줄 것을 수 차례 구두로 요청 또는 협의를 한 사실은 인정되나, 한편 위 농림부장관의 예산편성지침은 전국의 농지개량조합을 대상으로 하는 일반적인 지침으로서 그 내용은 고정자산의 취득을 가급적 억제하라는 것일 뿐 이를 금지한 것은 아닌 점, 소외 조합은 이 사건 토지를 취득하기 전은 물론 그 후부터 현재에 이르기까지 이 사건 토지를 구입한 당초목적인 사옥건축을 달성하기 위하여 사업계획 또는 수지예산을 작성하여 총회의 의결을 얻어 감독기관의 인가를 요구한 적이 없었을 뿐 아니라, 건축시기, 건물의 용도ㆍ구조ㆍ면적, 건축비용의 조달방법 등에 관하여 구체적으로 검토한 적도 없는 점, 소외 조합은 1년의 유예기간 동안 이 사건 토지를 사옥신축 외의 다른 고유업무에 사용하기 위한 노력도 하지 아니한 점, 법인의 비업무용 토지에 대하여 취득세를 중과하는 것은 법인이 고유목적 이외의 토지를 취득보유함으로 인한 비생산적인 투기의 조장을 방지하여 토지의 효율적인 이용을 꾀하려는 데에 있는 점 등에 비추어 보면, 소외 조합이 이 사건 토지상를 고유업무에 사용하기 위하여 진지한 노력을 다하였다고 보기 어려우므로, 소외 조합이 이 사건 토지를 취득한 후 1년의 유예기간 내에 고유업무에 직접 사용하지 못한 데 정당한 사유가 있다고 볼 수 없다고 할 것이니, 이 점에 관한 원고의 주장도 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 이 사건 처분은 적법하므로 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 이와 결론을 달리한 원심판결은 부당하므로 이를 취소하고 소송비용은 제1, 2심 모두 패소자인 원고의 부담으로 하여 주문과 같이 판결한다.