토지를 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 그 고유의 업무에 직접 사용하지 않은 경우 구 지방세법 제110조의 3 제1항 등에 따라 법인의 비업무용 토지로 보아 취득세를 중과하는 것이므로 종합적으로 살펴보아 사옥신축을 위해 행정청에 협조를 요청하는 등의 적극적 모습을 보였다면 정당한 사유가 있다고 보아 취득세를 추징할 수 없다.

1. 처분의 경위

다음과 같은 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1호증, 제7호증, 제8호증 내지 제14호증의 각 1, 2, 제15호증, 제16호증, 을 제1호증 내지 제3호증, 제7호증 내지 제9호증의 각 기재 및 변론의 전취지에 의하여 이를 인정할 수 있고, 반증이 없다.

가.

소외 달성농지개량조합(이하 소외 조합이라 한다)은 구 농촌근대화촉진법에 의하여 설립된 비영리법인으로서 대구 달서구

용산동 647-1 구거 외 110필지 합계 52,395㎡를 소유하고 있었는데,

소외 한국토지개발공사가 택지개발촉진법에 따라 1990. 11. 24. 건설교통부장관으로부터 위 각 토지를 포함한 대구성서지구택지개발사업(1단계)의 사업인가를 받고 위 각 토지를 수용함에 따라 1991. 12. 13. 위 한국토지개발공사로부터 위 각 토지에 대한 보상금 합계 금 5,200,000,000원을 지급받았다.

나. 소외 조합은 수용된 위 각 토지에 대체할 토지로서 사옥신축용 부지를 마련하기 위하여 1992. 12. 31. 위

한국토지개발공사로부터 위 대구성서택지개발사업지구(1단계)

이곡동 167블록 2로트 대 3,306㎡(이하 이 사건 토지라 한다)를 금 5,123,000,000원에 매수하였는데, 당시 그 위치와 경계는 확정되었으나 면적은 준공전 가분할한 것으로서 준공후 지적공부정리결과 면적의 증감이 있는 경우에는 그 증감분에 대하여 정산하기로 약정한 뒤 1993. 5. 11. 약정된 잔금을 지급함으로써 위 대금을 모두 지급하였는데, 이 사건 토지가 소외 조합의 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득한 부동산에 해당한다는 이유로

구 지방세법(1994. 12. 22. 법률 제4794호로 개정되어 1995. 1. 1.부터 시행되기 전의 것) 제110조의 3 제1항에 의하여 피고로부터 이 사건 토지에 대한 취득세를 면제받았다.

다. 그 후 소외 조합은 1995. 9. 5.경 위

한국토지개발공사로부터 확정측량결과 이 사건 토지의 면적이 14.9㎡ 증가하여 대구 달서구

이곡동 1252-2 대 3,320.9㎡로 확정되었으니 증가된 면적에 대한 대금 23,089,140원을 납부하라는 통보를 받고 1995. 10. 26. 증가된 면적에 대한 위 대금을 지급하였고, 위 택지개발사업은 1995. 9. 30. 준공되었다.

라. 그런데, 피고는 1999. 3. 10. 소외 조합이 이 사건 토지를 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 그 고유의 업무에 직접 사용하지 않았다고 하여

구 지방세법 제110조의 3 제1항,

제112조 제2항 및

구 지방세법시행령(1994. 12. 31. 대통령령 제14481호로 개정되어 1995. 1. 1.부터 시행되기 전의 것) 제84조의 4 제1항에 의한 법인의 비업무용 토지에 해당한다고 보고, 위 취득가액 금 5,123,000,000원에 구 지방세법 제112조 제2항의 규정에 의한 중과세율을 적용하여 산출한 취득세 금 922,140,000원(가산세 포함)을 소외 조합에 대하여 부과고지(이하 이 사건 처분이라 한다)하였다.

마. 한편, 소외 조합은 농업기반공사및농지관리기금법에 의하여 2000. 1. 1. 원고 공사가 설립됨으로써

같은 법 부칙 제8조에 따라 원고 공사에게 합병되고, 원고 공사는 같은 법 부칙 제9조에 따라 소외 조합의 권리의무를 포괄적으로 승계하였다.

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

피고는 위 처분사유와 관계 법령을 들어 이 사건 처분이 적법하다고 주장하고, 이에 대하여 원고 공사는, ① 1994. 12. 22. 법률 제4794호로 개정되어 1995. 1. 1.부터 시행된 지방세법은

구 지방세법 제110조의 3 제1항을 삭제함으로써 소외 조합의 이 사건 토지에 대하여 면제된 취득세를 추징할 수 없게 되었고, 법인의 비업무용 토지에 대한 취득세감면유예기간의 기산점인 토지의 취득시기는 실질과세의 원칙상 당해 토지를 실질적으로 인도받아 이를 사용수익할 수 있었던 때로 보아야 할 것인바, 소외 조합이 1993. 5. 11. 이 사건 토지의 잔대금을 지급하였으나 당시로서는 이 사건 토지를 포함한 위 택지개발지구는 준공검사를 마치지 아니하였을 뿐만 아니라 매매계약서상으로도 이 사건 토지의 지번과 면적이 확정되지 아니한 상태여서 이 사건 토지를 배타적으로 지배하여 실질적인 사용수익을 할 수도 없었기 때문에 이 사건 토지의 취득시기는 준공검사 후 정산금을 지급한 1995. 10. 26.이라고 보아야 할 것이므로 개정된 지방세법의 규정에 따라 면제된 취득세를 추징할 수 없다 할 것이고, ② 가사 이 사건 토지의 취득시기가 잔대금 지급일인 1993. 5. 11.이라고 하더라도, 소외 조합은 관할 관청의 지침으로 인하여 이 사건 토지의 취득 후 사옥신축이 유보된 상태에 놓이게 됨에 따라 조합원의 이익이나 국민경제적 관점에서 관리행위로서 일정기간을 정하여 이 사건 토지를 타에 임대를 하였던바, 소외 조합의 설립근거 규정인

농지개량조합법 제41조 제1항 제5호 및

같은법시행령 제11조 제1항에 의하면 이 사건 토지의 임대는 수익사업으로서 소외 조합의 고유업무에 속한다고 보아야 하므로 이 사건 토지는 소외 조합의 업무용 토지라 할 것이며, ③ 소외 조합은 공법인으로서 지방자치단체장의 인가와 지침에 따라서만 예산의 편성과 집행을 할 수 있는데, 이 사건 토지의 취득시에도 지방자치단체장의 사전인가와 지침에 따라 편성된 예산에 근거하여 이를 취득하였을 뿐만 아니라 당초의 취득목적인 사옥신축이 지연된 것 역시 지방자치단체장의 지침에 의한 것이므로, 소외 조합이 이 사건 토지의 취득일로부터 1년 이내에 고유업무에 사용하지 못한 것은 정당한 사유에 기인한 것이라 할 것이어서, 이 사건 처분은 위법하다고 주장한다.

나. 관계 법령

(1)

구 지방세법 제109조 제1항은 토지수용법, 도시계획법 등 관계 법령의 규정에 의하여 토지 등을 수용할 수 있는 사업인정을 받은 자…에게 부동산이 매수 또는 수용되거나 철거된 자…가 당해 사업인정고시일… 이후에 계약을 체결하거나 건축허가를 받고 그 보상금을 마지막으로 받은 날(사업인정을 받은 자의 사정으로 대체취득이 불가능할 경우에는 취득이 가능한 날을…말한다)부터 1년 이내에 이에 대체할 부동산을 취득한 때…에는 그 취득에 대한 취득세를 부과하지 아니하되, 다만, 새로 취득한 부동산가액의 합계액이 종전의 부동산가액의 합계액을 초과하는 경우에 그 초과액에 대하여는 취득세를 부과하며, 초과액의 산정기준과 방법 등은 대통령령으로 정한다고 규정하고 있고, 제2항은 제1항의 규정에 불구하고

제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 취득한 경우…에는 취득세를 부과한다고 규정하고 있으며,

제110조의 3 제1항은 다음 각 호의 법인이 그 고유의 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(

제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 취득하는 경우를 제외한다)에 대하여는 취득세를 면제하되, 다만, 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 당해 부동산을 그 고유의 업무에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제된 취득세를 추징한다고 규정하면서, 제4호에서 농촌근대화촉진법에 의하여 설립된 농지개량조합을 들고 있다(1994. 12. 22. 법률 제4794호로 개정되어 1995. 1. 1.부터 시행된 지방세법은

구 지방세법 제110조의 3 제1항을 삭제하는 대신에

제290조를 신설하여 규정하고 있으나, 농지개량조합에 대하여 면제된 취득세를 추징한다는 규정을 두고 있지는 않다).

구 지방세법 제112조 제1항은 취득세의 세율은 취득물건의 가액…의 20/1000으로 한다고 규정하고 있고, 제2항 전문은 대통령령으로 정하는 … 법인의 비업무용 토지 …를 취득한 경우의 취득세율은 제1항의 세율의 750/100으로 한다고 규정하고 있으며,

구 지방세법시행령 제84조의 4 제1항은

법 제112조 제2항의 규정에 의한 법인의 비업무용 토지는 법인이 토지를 취득한 날로부터 1년… 이내에 정당한 사유 없이 그 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 토지를 말한다고 규정하고 있다.

(2)

구 지방세법 제105조 제2항 본문은 부동산…의 취득에 있어서는 민법…등 관계법령의 규정에 의한 등기등록 등을 이행하지 아니한 경우라도 사실상으로 취득한 때에는 각각 취득한 것으로 보고 당해 취득물건의 소유자 또는 양수인을 각각 취득자로 한다고 규정하고 있고,

구 지방세법시행령 제73조 제1항은 유상승계취득의 경우에는 그 계약상의 잔금지급일(계약상 잔금지급일이 명시되지 아니한 경우에는 계약일로부터 30일이 경과되는 날)에 취득한 것으로 보되, 다만, 잔금을 계약상의 지급일전에 사실상 지급한 경우…에는 그 사실상의 잔금지급일에 취득한 것으로 본다고 규정하고 있으며, 제3항 본문은 제1항…의 규정에 의한 취득일전에 등기 또는 등록을 한 경우에는 그 등기일 또는 등록일에 취득한 것으로 본다고 규정하고 있다.

(3) 구 농촌근대화촉진법(1995. 12. 29. 법률 제5077호로 제정공포되어 1996. 6. 29.부터 시행된

농지개량조합법 부칙 제2조에 의하여 폐지된 것)

제9조는 농지개량조합(이하 “조합”이라 한다)은 그 조합구역 안의 농지개량시설을 효과적으로 유지관리하고 구획정리사업 또는 농사개량사업 등을 수행함으로써 조합원의 농업생산력의 증대에 기여하게 함을 목적으로 한다고 규정하고 있고, 제10조 제1항은 제5조의 규정에 의한 자격을 가진 20인 이상의 자는 농림부장관의 인가를 얻어 그가 소유하는 토지를 포함하는 일정한 지역을 구역으로 하는 조합을 설립할 수 있다고 규정하고 있으며, 제11조 제1항은 농림수산부장관은 조합설립의 인가신청을 받은 때에는 당해 사업계획과 정관을 심사하여 그 적부를 결정하고 그 취지를 당해 신청인에게 통지하여야 한다고 규정하고 있고, 제13조 제1항은 농림부장관은 제12조 제1항의 규정에 의한 기간 안에 이의신청이 없거나 이의신청이 이유 없다고 기각한 때에는 조합의 설립을 인가하여야 한다고 규정하고 있으며, 제37조 제1항은 조합은 조합구역 내에서 다음 각 호의 사업을 시행한다고 규정하면서, 수익사업(제7호)을 포함하여 제1호에서 제8호까지 일정한 사업을 들고 있고, 제2항은 제1항 제7호의 수익사업의 종류 및 범위는 대통령령으로 정한다고 규정하고 있으며, 제47조는 조합의 회계연도는 국가의 회계연도에 따른다고 규정하고 있고, 제49조 제1항은 조합은 회계연도마다 사업계획과 수지예산을 작성하여 총회의 의결을 거쳐 연도 개시 1월 전까지 농림부장관의 인가를 받아야 한다고 규정하고 있으며, 제2항은 사업계획과 수지예산을 변경하고자 할 때에도 제1항과 같되, 다만, 이 법에 의한 사업시행인가 또는 사업계획의 변경승인을 근거로 사업부 예산을 추가경정하는 경우에는 그 추가경정예산서를 농수산부장관에게 제출함으로써 제1항의 인가를 받은 것으로 본다고 규정하고 있고, 제54조는 조합은 회계연도마다 그 소관에 속하는 결산보고서(사업보고서 재산 목록을 포함한다)를 작성하여 총회의 승인을 얻어 다음해 4월 30일까지 농림부장관에게 보고하고 그 결산개요를 공고하여야 한다고 규정하고 있으며, 제177조 제1항은 조합…은 농림부장관이 감독한다고 규정하고 있다.

구 농촌근대화촉진법시행령(1996. 6. 29. 대통령령 제15089호로 제정되어 같은 달 30.부터 시행된 농지개량조합법시행령 부칙 제2조에 의하여 폐지된 것) 제5조의 3은

법 제37조 제2항의 규정에 의한 수익사업은 다음 각 호의 사업으로 한다고 규정하면서, 제1호에서 저수지 주변의 관광자원의 조성 및 개발사업과 임대업을, 제2호에서 토지시설물 및 저수지를 이용한 부대수입원 개발사업을, 제3호에서 기타 농림부장관이 조합목적의 달성에 지장을 주지 아니하는 범위 내에서 조합발전을 위하여 특히 필요하다고 인정하는 사업을 각 들고 있고, 제12조 제1항은 법 제49조의 규정에 의한 조합의 예산편성은 농림부장관이 정하는 예산편성지침에 의하여야 한다고 규정하고 있으며, 제2항은 농림부장관은 매 회계년도 개시 3월 전에 제1항의 예산편성지침을 정하여 이 를 조합에 통지하여야 한다고 규정하고 있고, 제68조 제1항은 조합은 제1차로 시도지사, 제2차로 농림부장관이 감독하되, 다만, 시도지사는 그가 감독하는 조합 중 일부의 조합에 대한 제1차 감독권을 시장군수 또는 구청장에게 위임할 수 있고, 이 경우에는 제1차로 시장군수 또는 구청장, 제2차로 시도지사, 제3차로 농림부장관이 감독한다고 규정하고 있다.

다. 원고 공사의 첫째 주장에 대한 판단

지방자치단체가 조성하여 공급하는 토지 중 위치 및 경계가 특정된 일정 토지를 일정한 금액을 매매대금으로 정하되 추후에 측량결과에 따라 면적의 증감이 있는 경우에는 대금을 정산하기로 하는 약정 하에 매수한 후 당초의 매매대금을 모두 지급하였다면, 당초의 매매대금이 모두 지급된 때가 사실상의 잔금지급일이라고 봄이 상당하므로 그 때가 위 토지의 취득시기가 된다고 할 것이고, 매매대금의 지급 후 면적증가가 밝혀져 청산금을 지급하였다고 하여 청산금이 지급된 때가 취득시기가 된다고 할 수는 없고(

대법원 1998. 1. 23. 선고 97누7097 판결 참조), 위 관계법령에 따르면, 법인의 비업무용 토지 판정의 기준이 되는 유예기간은 당해 토지를 취득한 날로부터 1년이고 유상승계취득의 경우 계약상의 잔금지급일을 그 취득일로 규정하고 있을 뿐 그 외 달리 당해 토지를 실제로 사용할 수 있게 된 시점부터 위 기간을 기산할 수 있도록 하는 근거규정이 없으므로 과세요건에 관하여 엄격하게 문리해석하여야 하는 세법해석의 원칙상 청산금 지급일을 위 관계 법령 소정의 유예기간의 기산점이 되는 토지의 취득시기로 의제할 수는 없다고 할 것이다(1998. 1. 23. 선고 96누14920 판결 및

서울고법 1998. 8. 25. 선고 98누8430 판결 참조).

이 사건에 관하여 보건대, 이 사건 토지의 위치와 경계는 잔금지급일인 1993. 5. 11.경에 특정되어 있는 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 소외 조합은 적어도 위 1993. 5. 11.경에는 이 사건 토지를 사용수익함에 있어 아무런 장애가 없는 상태에 있었던 것으로 보이고, 다만 위

한국토지개발공사가 1995. 9. 30. 이 사건 토지 등에 대한 위 택지개발사업을 준공한 사실은 앞서 본 바와 같고, 또 을 제6호증의 1, 2의 기재에 의하면, 위

한국토지개발공사가 1994. 12. 22. 소외 조합에게 이 사건 토지에 대한 사용승낙을 한 사실은 인정되나, 위 사용승낙은 위 소외 조합의 신청에 의한 것이 아니라 위

토지개발공사가 위 택지개발지구 안의 모든 토지에 대하여 일괄하여 사용승낙을 한 것으로 보이는 점 등에 비추어 볼 때, 이 사건 토지의 취득일은 위 택지사업준공일이나 사용승낙일에 관계 없이 잔금지급일인 1993. 5. 11.이라 할 것이고, 따라서 위 관계 법령 소정의 1년 이내의 유예기간은 위 잔금지급일부터 진행하여 1994. 5. 11.에 경과하였으므로 소외 조합에 대하여는 취득세 추징규정이 삭제되기 전의 구 지방세법이 적용된다 할 것이어서, 원고 공사의 위 부분 주장은 이유 없다.

라. 원고 공사의 둘째 주장에 대한 판단

소외 조합이 이 사건 토지의 취득일인 1993. 5. 11.부터 1년 이내의 유예기간 내에 이 사건 토지를 타에 임대하였다는 점에 관하여는 이를 인정할 아무런 증거가 없고, 오히려, 을 제10호증의 1, 2, 제11호증, 제12호증의 1, 2의 각 기재 및 을 제13호증의 1 내지 6의 각 영상에 변론의 전취지를 종합하면, 소외 조합은 1995. 2. 23.부터 현재에 이르기까지

소외 강영민과

현대건설 주식회사에게 이 사건 토지 중 각 일부씩을 임대해 온 사실을 인정할 수 있는바, 이 사건 토지의 임대가 소외 조합의 고유업무로서 업무용 토지에 해당되는지 여부는 별론으로 하더라도 소외 조합은 이 사건 토지의 취득일로부터 1년의 유예기간 내인 1994. 5. 11.에 이르기까지 이 사건 토지를 임대한 바가 없으므로, 원고 공사의 위 부분 주장 역시 이유 없다.

마. 원고 공사의 셋째 주장에 대한 판단

취득세가 중과되는 법인의 비업무용 토지인지 여부의 판단 기준이 되는 정당한 사유는 법령에 의한 금지, 제한 등 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적 사유는 물론, 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력과 추진을 다하였음에도 불구하고 유예기간을 넘긴 내부적 사유도 포함하는 것으로, 그 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는, 취득세를 중과하는 입법취지를 충분히 고려하면서 해당 법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지 여부, 토지의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 하는 것이다(

대법원 1999. 6. 8. 선고 98두5309 판결 참조).

살피건대, 갑 제6호증, 제17호증 내지 제20호증의 각 1, 2의 각 기재 및 증인

서준국의 증언에 변론의 전취지를 종합하면, 소외 조합은 이 사건 토지에 관한 매매계약을 체결할 당시 관할 지방자치단체장으로부터 이에 관하여 사전인가를 얻고 예산편성지침에 의하여 편성된 예산에 근거하여 이 사건 토지를 취득한 사실, 농림부장관은 소외 조합에게 1993년도부터 1997년도까지의 농지개량조합예산편성지침에 의하여 줄곧 업무용 자산취득이나 조성(청사의 신축, 증축, 개축 등), 차량 등의 신규구입을 가급적 억제하고 최소한의 필요불가결한 비용만을 계상하라는 내용의 지침을 통지해 온 사실, 소외 조합은 이 사건 토지를 취득한 이후 위 각 예산편성지침에도 불구하고 사옥신축을 위하여 주무부서인 지방자치단체의 담당공무원에게 위 각 예산편성지침 때문에 사옥신축을 할 수 없으니 협조해 달라는 내용으로 구두에 의하여 수 차례 요청하거나 협의를 하였고, 또 농림부에 대하여 사옥신축을 할 수 있도록 예산편성지침을 변경해 달라는 취지로 수 차례 질의도 하였으나 그 승인을 얻지 못한 사실, 이에 따라 소외 조합은 사옥신축에 대한 승인을 얻기 위하여 계속 노력하는 한편, 잠정적으로 구 농촌근대화촉진법, 농지개량조합법 및 농지개량조합비국고보조관리요령에 근거하여 이 사건 토지를 위와 같이 임대해 온 사실을 각 인정할 수 있고, 반증이 없는바, 이 사건 토지의 취득 경위와 그 목적, 농림부장관의 위 1993년도 및 1994년도 농지개량조합예산편성지침의 내용, 이 사건 토지 위에 사옥신축을 하기 위한 소외 조합의 노력정도, 소외 조합은 비영리 법인으로서 관계 법령 등에 의거하여 예산의 편성과 집행 등 전반적인 업무에 대하여 농림부장관 등으로부터 감독을 받아 수행해야만 할 뿐만 아니라 사실상 감독기관의 지침에 반하여 이 사건 토지 위에 사옥을 신축하기가 어렵다고 보이는 점 및 법인의 비업무용 토지에 대하여 취득세를 중과하는 것은 법인이 고유목적 이외의 토지를 취득보유함으로 인한 비생산적인 투기의 조장을 방지하여 토지의 효율적인 이용을 꾀하려는 데에 있는 점 등을 종합하면, 소외 조합은 이 사건 토지를 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력과 추진을 다하였음에도 위와 같은 사유로 유예기간 내에 고유목적에 사용하지 못한 것이므로, 전체적으로 보아 소외 조합이 이 사건 토지를 취득한 후 1년의 유예기간 내에 즉시 고유업무에 직접 사용하지 못한 데에는 정당한 사유가 있다고 보아야 할 것이다.

따라서, 소외 조합이 이 사건 토지를 취득일로부터 1년 내에 정당한 이유 없이 고유업무에 직접 사용하지 않았다 하여 한 이 사건 처분은 위법하다고 할 것이다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.