납세자가 등록세와 교육세를 납부하면서 신고한 토지의 가액에는 공장 영업권의 가액이 포함된 것이고, 법인장부에 기재된 토지와 건물의 취득가격이 사실상의 취득가격이라고 인정할 수 있다. 그렇다면 법인장부에 의하여 토지와 건물의 사실상의 취득가격이 입증되었다고 볼 수 있음에도 불구하고, 납세자의 장부 기재내용에 신빙성이 없다 하여 배척한 처분은 부당하다.

1. 원심은 다음과 같은 사실을 인정하였다.

가. 원고는 재무구조가 취약한

동부건설 주식회사(아래에서는 “

동부건설”이라고 한다)를 지원하기 위하여

동부건설이 운영하고 있던 이 사건 공장을 인수하기로 하고, 1997. 12. 31.

동부건설로부터 이 사건 토지와 그 지상의 이 사건 건물 및 구축물 등을 803억 5,210만 원에 매수한 뒤, 1998. 10. 10.경 이 사건 토지 일부와 그 지상의 건물 등 이 사건 공장의 자산 일체를 프랑스

라파즈(Lafarge)사에게 609억여 원에 매도하였는데, 그 가액에는 이 사건 공장의 영업권 가액 145억여 원이 포함되어 있었다.

나. 원고는

라파즈사와의 매매계약을 이행하기 위하여 1998. 11. 19. 이 사건 토지와 건물에 관하여 원고 앞으로 소유권이전등기를 경료하면서 피고에게 이 사건 토지의 가액을 627억 700만 원, 이 사건 건물의 가액을 145억 9,300만 원으로 신고하고, 이를 과세표준으로 하여 등록세와 교육세를 납부하였다.

다. 원고는 1998. 12. 19.경 이 사건 토지와 건물 등의 매매가격에는 이 사건 공장 영업권의 가액 204억 5천만 원이 포함되어 있었고, 이 사건 토지와 건물의 사실상 취득가격은 38,202,902,108원과 16,214,261,422원이라고 주장하면서, 그 주장에 따라 이 사건 토지와 건물에 대한 취득세와 농어촌특별세를 신고납부하는 한편, 피고에게 이미 납부한 이 사건 등록세와 교육세 가운데 과오납분에 해당하는 부분의 환급을 요청하였다.

2. 원심의 판단

원심은 위와 같은 사실을 인정하고, 원고의 담당직원이 착오로 이 사건 토지 위에 있는 이 사건 공장의 영업권 가액을 이 사건 토지의 가액에 포함하여 취득가액을 신고하였으나, 원고의 법인장부에 따라 이 사건 토지와 건물의 사실상 취득가격이 입증되었으므로, 과다하게 부과된 등록세와 교육세는 취소되어야 한다는 원고의 주장에 대하여, 원고의 장부 기재내용은 신빙성이 없어 그것만으로 이 사건 토지와 건물의 사실상의 취득가액이 입증되었다고 볼 수 없다는 이유로, 이를 배척하였다.

3. 이 법원의 판단

가.

지방세법 제130조 제1항과

제2항에 따라 부동산에 관한 등록세의 과세표준은 등기자가 신고한 등기 당시의 가액이 되지만,

지방세법 제130조 제3항,

제111조 제5항 제3호,

지방세법시행령 제82조의2 제1항 제2호에 따라 법인이 작성한 원장보조장 등 법인장부에 의하여 사실상의 취득가격이 입증되는 경우에는 그 취득가격이 과세표준이 된다.

나. 그런데 이 사건에서 보면 다음과 같은 사실이 인정된다.

(1) 이 사건 공장은 석고보드 공장으로서,

동부건설이 1995년경부터 석고보드 생산을 시작하여 영업 초기였던 1997년에는 110억 원 정도의 손실을 보고 있었지만, 국내에 경쟁업체가 많지 아니하고 석고보드 수요가 늘고 있어 곧 영업이익을 낼 수 있을 것으로 전망되고 있었고, 삼일회계법인과 제일감정평가법인도 1997. 12. 31.을 기준으로 하여 이 사건 공장 영업권의 가액을 204억 5,600만 원과 215억 9,900만 원으로 평가하였다.

(2) 이 사건 토지의 공시지가는 213억 1,271만 원이고,

한국감정원의 1997. 12. 4.을 기준으로 한 감정가격은 약 228억 607만 원이었으며, 이 사건 건물에 대한

한국감정원의 감정가격은 약 145억 9,300만 원이었다.

(3) 원고는

동부건설로부터 이 사건 토지와 건물을 매수하면서 원재료 등을 포함한 이 사건 공장의 생산시설 일체와 이 사건 공장에서 일하는

동부건설 소속 생산인력도 인수하기로 하였다. 그런데 원고와

동부건설이 위 매매계약을 체결할 당시 이 사건 공장의 영업권에 대한 평가액이 확정되지 아니하였으므로, 이 사건 건물의 가격은 감정가격에 따라 145억 9,300만 원으로 하되, 영업권 가액은 이 사건 토지의 가격에 포함시켜 그 가격을 총 627억 700만 원으로 하고, 나머지 구축물 등의 가격을 14억 4,800만 원으로 정하였다. 그 뒤 이 사건 공장 영업권에 대한 감정결과가 나오자, 원고와

동부건설은 그 영업권의 가액을 204억 5천만 원으로 정하고, 이 사건 토지의 가액을 38,202,902,108원, 이 사건 건물의 가액을 16,214,261,422원, 나머지 구축물 등의 가액을 1,608,870,728원으로 확정하였다.

(4) 원고는 법인장부에도 이 사건 토지와 건물의 가액을 위와 같이 최종 확정된 대로 기재하였다.

다. 원심이 인정한 사실과 이 사건에서 인정되는 위와 같은 사정 등을 종합하여 보면, 원고가 피고에게 등록세와 교육세를 납부하면서 신고한 이 사건 토지의 가액에는 이 사건 공장 영업권의 가액이 포함된 것이고, 원고의 법인장부에 기재된 이 사건 토지와 건물의 취득가격이 사실상의 취득가격이라고 인정할 수 있다.

그렇다면 원고의 법인장부에 의하여 이 사건 토지와 건물의 사실상의 취득가격이 입증되었다고 볼 수 있음에도 불구하고, 원심이, 원고의 장부 기재내용에 신빙성이 없다 하여 이 사건 토지와 건물의 사실상의 취득가액이 입증되었다고 볼 수 없다고 판단한 것은 채증법칙을 위배하여 판결에 영향을 미친 잘못을 저지른 것이고, 이를 지적하는 상고이유는 이유가 있다.

4. 결론

그러므로 주문과 같이 원심판결을 파기하여 사건을 원심법원에 환송하기로 판결한다.

2002. 7. 23.