건설회사 사이에 체결된 석고보드공장매매계약은 단지 과세대상 부동산 등 물적 시설에 대한 매매가 아니고 영업양수도계약으로서 그 대금에는 영업권 가액 및 그에 대한 금융비용 등이 포함되어 있고, 1차 계약에서는 그에 대한 가액평가가 완료되지 않은 탓에 가액을 구체적으로 명시하지 못했던 것을 2차계약에서 부속합의를 하면서 그 가액을 구체화한 것이라고 봄이 상당하여 신고한 가액을 과세표준하여 등록세를 부과한 처분은 정당하다.

1. 처분 경위

다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑1 내지 5호증, 을1호증의 1, 2, 을3호증의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하여 인정된다.

가. 원고는 1997. 12. 31.

동부건설 주식회사(이하

동부건설이라 한다)와 사이에,

동부건설이 소유하여 운영하고 있던 울산 남구 여천동(이하 여천동으로 특정한다) 소재 석고보드공장(이하 이 사건 공장이라 한다)의 별지 ‘부동산의 표시’ 기재 토지(이하 이 사건 토지라 한다)와 같은 별지 기재 공장건물(이하 이 사건 건물이라 한다) 및

여천동 363-49외 쓰레기소각장 등 구축물에 관하여, 대금으로, (1) 이 사건 토지 62,707,000,000원, (2) 이 사건 건물 14,593,000,000원, 부가가치세 1,459,300,000원, (3) 위 구축물 1,448,000,000원, 부가가치세 144,800,000원으로 정하여 총매매대금 80,352,100,000원에 원고가 이를 매수하기로 하는 내용의 매매계약을 체결하고, 그 매매대금은 1998. 12. 31.까지 나누어 지급하되 소유권이전등기에 필요한 서류는 계약금조로 교부된 약속어음의 만기일인 같은 해 3. 31. 교부하기로 약정(이하 이 사건 매매계약이라 한다)하였다.

나. 원고는 이 사건 토지 및 건물에 대하여 소유권이전등기를 마치기에 앞서 1998. 11. 19. 피고에게, 이 사건 토지의 취득가액을 위 가.(1)항 판시의 62,707,000,000원, 이 사건 건물의 가액을 그 (2)항 판시의 14,593,000,000원으로 신고하고, 이를 과세표준으로 삼아 관계 법령 소정의 세율에 따라 산출된 등록세 2,319,000,000원, 교육세 463,800,000원을 납부하였다.

다. 원고는 1999. 2. 13.경 피고에게, 위 나.항 판시의 신고내용과는 달리 이 사건 토지의 가액이 38,202,902,108원, 이 사건 건물의 가액이 16,214,261,422원이므로 그 신고납부에 오류가 있다고 하여 정당한 등록세 1,623,514,910원 및 교육세 326,502,980원을 초과하는 부분의 취소를 구하는 내용의 이의신청서를 제출하였다(이하 위 나.항 판시의 등록세 및 교육세 신고납부를 이 사건 처분이라 한다).

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는, 아래와 같은 여러 사정을 고려하면 이 사건 처분은 위법하다고 주장하면서, 그 취소를 구하고 있다.

(1) 원고는 자신이 속한 동부그룹의 구조조정차원에서 계열회사인

동부건설로부터 이 사건 공장을 양수하기로 하고, 그 대금총액은 787억 4,800만원[위 1.가.항 판시의 총매매대금 중 그 (2),(3)항 판시의 부가가치세를 제외한 금액을 가리킴]으로 합의한 바 있으나, 각 자산의 개별가액의 결정과 관련하여 이 사건 매매계약시까지 그 영업권 가액에 대한 평가가 완료되지 않아, 잠정적으로 영업권 가액을 토지가액에 포함시켜 이 사건 매매계약을 체결하였다.

(2) 원고와

동부건설은 1998. 2. 28., 이 사건 매매계약 제7조에서, ‘이 계약의 해석에 관하여 이의가 있거나 이 계약에 규정되지 아니한 사항에 대하여서는 갑과 을이 협의하여 결정한다’고 규정된 바에 따라, 이 사건 토지 및 건물, 구축물, 영업권 등의 개별가액을 확정하는 부속합의서(이하 이 사건 부속합의라 한다)를 작성하여 이 사건 토지 가액을 38,202,902,108원, 이 사건 건물 가액을 16,214,261,422원, 구축물의 가액을 1,608,870,728원, 영업권의 가액을 20,450,000,000원으로 각 정하였고, 이 사건 공장의 양도와 관련하여 역삼세무서장이 원고에게 부과한 법인세의 부과처분취소사건에서, 국세심판원은 위와 같은 내용의 이 사건 부속합의가 정당하다고 인정한 바 있다.

(3) 원고의 담당직원은, 위 1.나.항 판시와 같이 등록세 및 교육세를 신고납부함에 있어서, 담당부서간의 의사소통이 제대로 되지 않아 위 (2)항 판시와 같은 이 사건 부속합의가 존재하는 사실을 간과한 채, 당초의 이 사건 매매계약의 내용에 따라 등록세 및 교육세를 신고납부하였다.

(4) 원고가 작성한 법인장부에 의하면, 이 사건 토지 및 건물의 사실상 취득가액은 54,417,163,530원(토지가액 38,202,902,108원 + 건물가액 16,214,261,422원)인 사실이 인정되어 이에 해당하는 세액만이 정당하므로, 이 사건 처분 중 이를 초과하는 부분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 사실관계

위에서 든 증거에 갑6 내지 13, 17, 20, 23호증, 갑15, 19, 27호증의 각 1, 2, 갑25호증의 1 내지 7, 을4호증의 각 기재와 원심증인

김지장,

최운학의 증언 또는 일부 증언을 더하여 보면, 아래 사실이 인정된다.

(가) 원고는 1997년 말경 당시 같은

동부그룹에 속하는

동부건설의 재무구조가 취약하여 금융기관으로부터의 자금조달에 어려움을 겪을 가능성이 있자, 특수관계인의 지위에서

동부건설을 지원할 목적으로 시가보다 고가로 이 사건 공장의 자산을 매수하기로 하고, 별지 ‘부동산의 표시’ 해당란 기재와 같이 개별공시지가가 210여 억원에 불과한 이 사건 토지를 627억 여원으로 계상하는 등 위 1.가.항 판시와 같이 이 사건 토지 및 건물의 가액을 정하여 이 사건 매매계약을 체결하였다.

(나)

동부건설은 1998. 5.경 서울중부세무서장에게 당시의 조세감면규제법 등에 근거하여 이 사건 토지 및 건물 등 이 사건 공장의 자산양도에 따른 특별부가세의 면제를 신청하면서, 이 사건 토지 및 건물 가액에 대하여 이 사건 매매계약 내용과 동일하게 적시하여 위 면제신청서를 제출하였다.

(다) 원고는 같은 해 10. 10.경 프랑스

라파즈(LAFARGE)사와 사이에, 이 사건 공장의 자산일체(다만, 이 사건 토지 중

여천동 363-45 등 일부 토지 제외)를 매도하기로 계약을 체결하고, 같은 해 11. 26.경까지 대금지급 및 이전등기 등 쌍방의 의무이행을 마치기로 약정하였다.

(라) 원고는

라파즈사와의 위 (다)항 판시 계약의 이행을 위해, 같은 해 11. 13. 이 사건 매매계약서에 대하여 검인을 받은 다음, 이에 기하여 같은 달 19. 위 1.나.항 판시와 같이 이 사건 등록세 등을 자진신고, 납부한 다음, 그 무렵 이 사건 토지 및 건물에 대하여 소유권이전등기까지 마쳤다.

(마) 원고는 같은 해 11. 26.

라파즈사와 사이에, 위 (다)항 판시 매매계약의 총매매대금 609억여 원 중 이 사건 공장의 영업권의 가액으로 145억여 원을 배분하기로 합의하였다.

(바) 원고는 이 사건 토지 및 건물에 대한 취득세 및 농어촌특별세를 신고납부할 무렵인 같은 해 12. 19.경, 이 사건 토지 및 건물의 취득가액이 이 사건 부속합의의 내용과 같다고 주장하면서, 위 부속합의 내용에 맞추어 취득세 등을 신고납부하는 한편, 이미 납부한 이 사건 등록세 및 교육세 가운데 과오납분에 해당하는 부분의 환급을 요청하면서, 같은 달 29. 피고에게 아래 내용과 같은 자료 등을 첨부하여 과오납분의 환급을 요청하는 서류를 발송하였다.

1) 이 사건 매매계약서 사본 및 위 가.(2)항 판시와 같은 내용을 담은 1998. 2. 28.자의 이 사건 부속합의서

2) 원고가 작성한 장부 중, ‘건설중인 자산 계정(건설가계정)’에서 이 사건 부속합의 내용과 같이 1998. 2. 28.자로 이 사건 토지 및 건물의 가액이 정정되었다가, 같은 해 11. 20.자로 토지 등의 계정으로 대체된 장부사본

3) 이 사건 공장의 영업권의 가치에 대하여 204억 5,600만원으로 평가한 1998. 1. 10.자

삼일회계법인의 평가보고서와 215억 9,900만원으로 평가한 1998. 2. 5.

자제일감정평가법인의 평가보고서

4) 기타 토지 감정평가서 및 공시지가확인원 등

(사) 역삼세무서장은 1999. 9. 13.경 원고에 대하여, 특수관계자인

동부건설로부터 시가를 초과해 이 사건 공장의 자산을 매입하였다는 이유로, 관계 법령 소정의 부당행위계산 부인 규정에 따라 이 사건 매매계약상 가액을 기준으로 하여 법인세 55억여 원을 부과하였는데, 국세심판원은 2001. 1. 27.경 원고가 불복하여 제기한 심판절차에서, 원고와

라파즈사와의 거래에서 위 (마)항 판시와 같이 영업권이 인정된 점 등을 들어 이 사건 부속합의 내용과 같이 이 사건 공장의 영업권 가액이 204억 5,000만원 상당이라는 원고의 주장을 받아들여, 위 부과처분을 취소한 바 있다.

(2) 판단

(가) 1) 별지 기재

지방세법(이하 법이라 한다) 제130조 제1항 및

제2항은, 부동산 등의 등록세 과세표준은 등기등록 당시의 가액으로 하되, 그 과세표준은 등기자 등이 신고한 바에 따르고, 다만, 신고가 없거나 신고가액이 시가표준액에 미달하는 경우에는 시가표준액을 과세표준으로 하도록 규정하고 있고, 그 제3항은,

법 제111조 제5항의 규정에 해당하는 경우에는 제2항의 규정에 불구하고 동조 동항의 규정에 의한 사실상의 취득가액을 과세표준으로 한다고 규정하면서,

법 111조 제5항은, ‘판결문법인장부 중 대통령령이 정하는 것에 의하여 취득가격이 입증되는 취득’(제3호)을 사실상의 취득가액에 의할 수 있는 경우의 하나로 명시하고 있으며,

법 시행령 제82조의2 제1항 제2호는 법인장부 중 대통령령이 정하는 것으로, 법인이 작성한 원장보조장출납전표결산서를 들고 있다.

2) 위 1)항 판시와 같이

법 제130조 제1항에서 말하는 등기 당시의 가액은 원칙적으로 부동산을 취득함에 소요된 사실상의 취득가액을 의미한다 할 것이므로, 신고된 가액이 사실상의 취득가액과 상이하고, 그 사실상의 취득가액이

법 제111조 제5항 제3호,

법 시행령 제82조의2 제1항 제2호에서 드는 법인장부에 의하여 입증되는 경우라면 그 입증된 가액이 등록세 등의 과세표준이 될 수도 있다 할 것이나(

대법원 1988. 1. 12. 선고 87누953 판결,

1996. 12. 6. 선고 95누1491 판결 등 참조), 이 경우 법인의 장부가액은 실제의 취득가격에 부합하는 것으로 볼 수 있는 신빙성이 있어야 할 것이다(

대법원 1993. 4. 27. 선고 92누15895 판결 참조).

(나) 위 (가)항 판시의 법리와 별지 기재 관계 법령의 규정, 위 1.항 및 위 (1)항 판시의 사실관계를 종합하여 살피건대, 이 사건 매매계약의 내용과는 달리 이 사건 토지 및 건물의 가액을 배분한 이 사건 부속합의서(갑6호증)가 작성된 사실 및 원고가 작성한 계정원장의 건설가계정에서, 위 부속합의 내용과 같이 1998. 2. 28자로 이 사건 토지 및 건물의 가액이 정정되었다가, 같은 해 11. 20.자(이상의 일자는 모두 장부상 기재된 일자를 가리킨다)로 토지 등의 계정으로 대체된 사실 등은 인정된다 할 것이나, 위에서 살핀 사실관계나 위에서 든 증거에 의하여 알 수 있는 아래와 같은 여러 사정에 비추어 보면, 원고가 이 사건 토지 및 건물을 등기할 당시 위 부속합의 및 그에 부합하는 장부가 이미 작성되어 존재하였다고 보기는 어렵다 할 것이다.

1) 원고와

동부건설은 이 사건 토지 및 건물의 가액을 특정하여 이 사건 매매계약을 체결하면서도, 그 매매계약서에 잠정적으로 토지 가액에 영업권 가액을 포함시켰다거나, 장차 영업권 가액이 확정되는 즉시 토지 가액을 조정하기로 한다는 등에 관한 아무런 명시적 규정도 두지 아니하였고, 영업권에 관한 평가액 여하에 따라 이 사건 토지의 가액이 변동된다는 것은 이 사건 매매계약이 토지, 건물, 구축물 등 그 매매대상을 특정하고 있는 점에서 보아 일반적인 거래현실이나 사회통념에 어긋난다 할 것이며, 그 문면의 내용이나 형식을 거래통념과 건전한 상식에 비추어 판단하면, 위 가.(2)항 판시와 같은 내용의 이 사건 매매계약 제7조는, 계약의 해석이나 예상하지 못한 흠결 사항에 관한 보완을 위해 둔 것이라고 볼 수 있을지언정, 가.(1)항 판시의 주장과 같이 이미 영업권에 관한 평가를 의뢰한 상태에서 그 가액의 확정시에 대비한 추가 부속합의의 근거규정이 된다고 보기는 어렵다.

2)

동부건설은 1998. 5.경 서울중부세무서장에게 이 사건 토지 및 건물 등의 양도에 따른 특별부가세 면제신청시 그 신청서에 이 사건 매매계약의 내용과 동일한 내역으로 이 사건 토지 및 건물의 가액을 기재(을4호증)하고 있으므로, 같은 해 2. 28.자의 이 사건 부속합의는 적어도 위 면제신청일 이후에 일자를 소급하여 이루어졌을 가능성이 농후하다.

3) 갑17호증의 기재에 의하면,

삼일회계법인은 원고의 의뢰로 영업권평가 등을 통해 이 사건 공장의 매매로 인한 세금절감대책을 수립하는 용역을 의뢰받은 사실이 인정되는 점에서 보면, 이 사건 부속합의서는 영업권에 대한 감정평가를 기초로 조세부담을 줄이기 위해 그 근거자료로서 일자를 소급하여 작성되고, 회사의 장부 역시 그에 맞추어 이 사건 처분 이후에 작성된 것이 아닌가 하는 강한 의심이 든다.

4) 원고와

라파즈사 사이의 위 (1)(마)항 판시와 같은 매매대금 중 영업권 가액의 배분에 관한 합의는, 조세부담 등을 고려한 당사자들 사이의 합의에 불과하므로, 그것만으로 이 사건 공장의 영업권 가치가 그 정도에 이른다고 단정할 수 없고, 국세심판원이 위 (1)(사)항 판시와 같이 법인세 부과와 관련하여 이 사건 부속합의와 같은 내용으로 영업권 가액을 인정하는 판단을 내린 바 있다 하더라도, 조세종목, 부과근거 등을 달리하는 이 사건 처분이 그에 기속된다고 볼 아무런 근거가 없을 뿐더러, 이 사건 공장은 매각연도인 1997년에 110억원 이상의 영업손실을 낸 점,

삼일회계법인은 위 3)항 판시와 같이 원고로부터 영업권평가 등을 통한 세금절감방안에 대해 용역을 의뢰받고 있었던 점 등을 고려하면, 영업권의 가액이 200억원 이상에 이른다는

삼일회계법인 및

제일감정평가법인의 위 (1)(바)3)항 판시의 감정평가 내용은 믿기 어렵다.

5) 이 사건 처분 당시 이 사건 부속합의 및 장부 등이 이미 제대로 갖추어진 상태였다면, 사회통념에 비추어 당초의 이 사건 매매계약 내용에 기초하여 이 사건 등록세 등을 신고납부할 가능성은 거의 없다고 보여지고, 회사내 부서간 의사소통에 문제가 있어 과오납하였다는 원고의 주장은, 이미 제대로 된 장부가 존재하였다는 주장과, 1998. 11. 16. 원고회사 내부에서 이 사건 토지 및 건물의 소유권이전등기에 필요한 비용의 집행건에 대해 담당자, 팀장, 사장 등의 결재를 거치면서도 이 사건 매매계약 내용에 따라 이 사건 토지 및 건물의 가액을 산정하여 비용을 계상한 점(갑20호증)에 비추어 선뜻 납득하기 어려우며, 같은 달 13.경 이 사건 매매계약서에 대해 검인을 받으면서도 그와 일체를 이루는 이 사건 부속합의서에 대하여서는 검인을 받지 아니한 점 역시 납득하기 어렵다.

6)

산동회계법인은 원고회사에 대하여 1998. 1. 1.부터 같은 해 6. 30.까지의 반기재무제표에 대한 검토보고서(갑18호증)을 작성하면서, 그 기간동안 원고의 건설중인 자산의 가액이 99,041,608,686원이라는 내용이 포함된 반기대차대조표를 작성하고, 2000. 1. 7.에는 이 사건 부속합의 내용에 맞춘 1998. 6. 30. 현재의 건설중인자산명세서를 제시하고 있으나, 위 회계법인이 위 검토보고서를 작성한 시기가 불명할뿐더러(위 반기대차대조표를 반드시 작성하였어야 할 이유도 명확히 해명되지 아니한다), 위 반기대차대조표상의 건설중인 자산 가액의 총액표시만으로 이 사건 토지 및 건물의 가액이 이 사건 부속합의와 동일한 내용으로 장부상 기재되어 있었다고 단정할 수 없고, 2000. 1.경에 제출된 위 건설중인자산명세서 역시 그 제출시기에 비추어 1998. 6. 30. 당시의 장부기재내용을 반영하고 있다고 보기 어렵다.

(다) 위 (나)항 판시와 같이, 이 사건 토지 및 건물의 취득가액과 관련된 원고 작성의 장부내용이 그 신빙성이 없거나, 이 사건 처분 이후 세금부담을 덜기 위한 방편으로 사후에 소급하여 작성되었을 가능성이 엿보이고, 그렇지 않다는 점에 대한 납득할 만한 충분한 자료가 없는 이상, 그것만으로 이 사건 토지 및 건물에 대한 사실상의 취득가액이 입증되었다고 보기는 어렵다 할 것이므로, 이 사건 토지 및 건물의 등록세 등의 과세표준은 결국,

법 제130조 제1항,

제2항의 규정에 의한 원칙으로 돌아가, 원고가 신고한 가액을 기초로 하여야 할 것이다.

(라) 따라서, 원고가 신고한 가액을 과세표준으로 삼은 이 사건 처분은 적법하다 할 것이므로, 원고의 주장은 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없어 기각할 것인바, 원심판결은 이와 결론을 달리 하여 부당하므로, 피고의 항소를 받아들여 원심판결을 취소하고, 원고의 청구를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.