건설회사 사이에 체결된 석고보드공장매매계약은 단지 과세대상 부동산 등 물적 시설에 대한 매매가 아니고 영업양수도계약으로서 그 대금에는 영업권 가액 및 그에 대한 금융비용 등이 포함되어 있고, 1차 계약에서는 그에 대한 가액평가가 완료되지 않은 탓에 가액을 구체적으로 명시하지 못했던 것을 2차계약에서 부속합의를 하면서 그 가액을 구체화한 것이라고 봄이 상당하다. 따라서 법인 장부에 의한 과세대상 부동산 가액을 초과한 부분에 대한 세액은 취소되어야 한다.

1. 처분의 경위

아래의 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑제1, 5호증, 갑제27호증의 1, 2, 을제1호증의 1, 2의 각 기재와 증인 김지장의 증언에 변론의 전취지를 종합하면 이를 인정할 수 있다.

원고는 1997. 12. 31.

동부건설 주식회사(이하

동부건설이라고 한다)로부터 석고보드사업부분을 양수하기로 하고 1998. 11. 19. 별지 목록 기재 부동산(이하 이 사건 과세대상 부동산이라 한다)에 대한 소유권이전등기를 하면서 취득가액을 773억원(토지 : 627억 700만원, 건물 : 145억 9,300만원)으로 하여 지방세법 소정의 등록세율 1,000분의 30을 적용하여 산출한 취득세 23억 1,900만원[과세표준 773억원×세율 30/1,000] 및 그에 대한 교육세(세율 100분의 20) 4억 6,380만원, 합계 27억 8,280만원을 자진신고납부하였다(이하 이 사건 과세처분이라 한다).

2. 관련법규

가. 등록세

(1) 납세의무의 성립

지방세법 제124조

(2) 과세표준

같은 법 제130조 제1항은 『부동산……에 관한 등록세의 과세표준은 등기……당시의 가액으로 한다.』라고 규정하고 있고, 이어 제2항 본문은 『제1항의 규정에 의한 과세표준은 조례가 정하는 바에 의하여 등기……자의 신고에 의한다.』라고 규정하고 있으나, 한편 같은 조 제3항 본문은 『제111조 제5항의 규정에 해당하는 경우에는 제2항의 규정에 불구하고 동조동항의 규정에 의한 사실상의 취득가액을 과세표준으로 한다.』라고 되어 있고, 제111조 제5항 본문은 『다음에 게기하는 취득……에 대하여는……사실상의 취득가격……에 의한다.』라고 하고, 제3호에서 『……법인장부 중 대통령령이 정하는 것에 의하여 취득가격이 입증되는 취득』을 그 하나로 규정하고 있다. 그런데 그 위임을 받은 지방세법시행령 제82조의2 제1항 제2호는 그 법인장부로 법인이 작성한 원장보조장출납전표결산서를 들고 있다.

(3) 세율

같은 법 제131조 제1항 제3호의 (2) : 1,000분의 30

(4) 신고납부의무

구 지방세법 (1998. 12. 31. 법률 제5615호로 개정되기 전의 것) 제120조 제1항

나. 교육세

(1) 납세의무의 성립

구 교육세법(1998. 12. 28. 제정 조세특례제한법에 의하여 개정되기 전의 것) 제3조 제5호

(2) 과세표준 및 세율

같은 법 제5조 제1항 제5호 : 100분의 20

(3) 신고납부의무

같은 법 제9조 제2항

3. 처분의 적법성

가. 당사자의 주장

(1) 원고는, 1997. 12. 31. 그룹 내의 구조조정차원에서 원고가 계열회사인

동부건설로부터 석고보드사업을 양수하기로 하면서 그 대금총액에 관하여는 787억 4,800만원으로 합의하였으나 그 개별적 내역에 관하여는 동부건설의 결산 기준일인 당시까지 영업권 가액에 대한 평가가 완료되지 않아 잠정적으로 영업권을 토지가액에 포함시켜 토지 627억 700만원, 건물 145억 9,300만원(부가가치세 14억 5,930만원 별도), 구축물 14억 4,800만원(부가가치세 1억 4,480만원 별도)으로 정하여 1차 계약을 체결하였으나, 그 후 영업권에 대한 평가가 완료되어 1998. 2. 28. 이를 바탕으로 매각대금의 개별적 내역을 토지 38,202,902,108원, 건물 16,214,261,422원, 구축물 1,608,870,728원, 영업권 204억 5,000만원, 금융비용 2,271,965,742원으로 하는 부속합의서를 작성하게 되었는데도 담당직원이 1차계약에서 정한 이 사건 과세대상 부동산에 분담시킬 가액이 위 부속합의서를 작성하면서 54,417,163,530원으로 변경된 것을 모르고 1차 계약상의 이 사건 과세대상 부동산 가액인 773억원을 그대로 취득가액으로 신고한 것인데, 원고 작성의 법인장부에 의하면 이 사건 과세대상 부동산 가액이 54,417,163,530원임이 입증되므로 그 차액인 22,882,836,470원에 대하여 신고납부한 세액은 취소되어야 한다고 주장한다.

(2) 이에 대하여 피고는, 이 사건 과세대상부동산의 취득가액은 1997. 12. 31. 원고와 동부건설 사이에서 작성된 석고보드공장매매계약서에 기재된 바와 같이 토지 627억 700만원, 건물 145억 9,300만원, 합계 773억원이 맞고, 원고가 사실상의 취득가격에 대한 입증자료로 주장하는 법인장부는 원고가 이 사건 등록세 자진신고납부 후에 조세회피를 목적으로 허위로 조작한 것이므로 이를 근거로 하여 이 사건 등록세 등을 산정할 수는 없고, 따라서 당초 원고가 신고한 내용대로 조세채무가 확정되어야 한다는 취지로 주장한다.

나. 판단

따라서 이 사건의 쟁점은 이 사건 과세대상 부동산의 취득가격이 원고가 작성한 법인장부 등에 의하여 입증될 수 있느냐 하는 점에 달려 있다고 할 것이다.

(1) 인정사실

아래의 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑제5, 6 내지 14, 17, 18, 21, 24, 26호증, 갑제25호증의 1 내지 7, 갑제15, 27호증의 각 1, 2의 각 기재와 증인

김지장의 증언에 변론의 전취지를 종합하면 이를 인정할 수 있다.

(가) 원고는, 1997. 12. 31. 동부건설로부터 별지 목록 기재 부동산 및 같은 곳에 건립된 구축물(쓰레기소각장, 주차시설)로 구성된 석고보드공장을 총대금 787억 4,800만원에 양수하기로 하면서 대금의 내역별 금액에 관하여는 토지 627억 700만원, 건물 145억 9,300만원(부가가치세 14억 5,930만원 별도), 구축물 14억 4,800만원(부가가치세 1억 4,480만원 별도)으로 정하였다(이하 1차 계약이라 한다).

(나) 원고와

동부건설 사이에 같은 날 작성된 매매계약서 제4조(제품, 인력 및 생산기술등의 인계인수)에는 『(1) 갑(

동부건설을 지칭)은 생산 원재료 및 생산 중인 제품과 갑 소유의 생산시설 일체를 이 계약 체결일부로 을(원고를 지칭)에게 인계하며 계약일 이후부터 발생되는 관련 제비용……은 을이 부담하며, 생산제품은 을에게 귀속된다. (2) 갑 소속의 공장 생산인력 및 관리인력은 공장의 인수과정에서 을이 판단하여 전원 또는 일부 인수받을 수 있으며, 갑은 이에 대하여 협조한다. (3) 갑은 설비에 대한 설계도서 및 생산에 필요한 제품사양서, 품질관리지침서, 품질규격승인서, KS인증서 및 기타 생산기술에 관한 제반서류를 을에게 인계하여 을의 제품생산에 차질이 발생하지 않도록 협조한다.』라고 규정되어 있다.

(다) 그런데, 원고 및

동부건설은 1997. 12.경에 서울 용산구

한강로 2가 191 국제센터빌딩 21층 소재 삼일회계법인과 안양시 동안구

관양동 1490-49 협성빌딩 4층 소재 제일감정평가법인에 각 동부건설 석고보드사업부에 대한 영업권 평가 의뢰를 하였는데, 1997. 12. 31. 기준 영업권 가치를 삼일회계법인은 1998. 1. 10. 영업권을 기업의 미래 초과수익력의 현재가치로 보아 위 석고보드사업으로부터 발생하는 미래의 순현금흐름의 현재가치에서 평가일 현재 순자산액을 차감하는 방식으로 204억 5,600만원으로, 제일감정평가법인은 현금흐름할인법, 초과수익환원법, 경제적부가가치법을 평균하는 방식으로 215억 9,900만원으로 각 평가하였다.

(라) 이에 원고는 1998. 2. 28. 동부건설과 사이에 위 두 영업권 평가보고서를 바탕으로 매매대금의 구체적 개별내역을 토지 38,202,902,108원, 건물 16,214,261,422원, 구축물 1,608,870,728원(이상 모두 이자비용 포함), 영업권 204억 5,000만원(평가금액이 낮은 삼일회계법인의 평가보고서에 의함), 영업권에 대한 금융비용 2,271,965,742원으로 새로이 합의하였다(이하 2차 계약이라 한다).

(마) 그 후 원고는 2차 계약상의 대금내역을 건설중인자산 명세서(갑제14호증 참조)와 계정원장(갑제25호증의 2 내지 7)에 기입하고 이를 1998. 반기 대차대조표 등에 반영하였다가 소유권이전등기를 마친 후 이를 본계정인 토지 계정원장(갑제11호증) 등에 계상하였다(토지계정원장의 차변 40,418,875,418원은 취득가격 38,202,902,108원에 세금 등 제반비용이 포함된 것으로 보임)

(마) 한편, 한국 감정원은 이 사건 과세대상 부동산의 대부분에 해당하는 석고보드공장용지 및 공장건물에 대하여 1997. 12. 4. 기준으로 그 가액을 36,802,958,300원으로 감정하였다.

(2) 소결론

위 인정사실에 의하면 원고와 동부건설 사이에 체결된 석고보드공장매매계약은단지 이 사건 과세대상 부동산 등 물적 시설에 대한 매매가 아니고 영업양수도계약으로서 그 대금 787억 4,800만원에는 영업권 가액 204억 5,000만원 및 그에 대한 금융비용 2,271,965,742원 등이 포함되어 있고, 1차 계약에서는 그에 대한 가액평가가 완료되지 않은 탓에 가액을 구체적으로 명시하지 못했던 것을 2차계약에서 부속합의를 하면서 그 가액을 구체화한 것이라고 봄이 상당하며, 따라서 원고가 작성한 건설중인자산 명세서 및 계정원장, 1998. 반기 대차대조표, 토지 계정원장 등은 위와 같은 거래내역에 따라 진실되게 작성된 것이라고 하지 않을 수 없는 바, 원고가 동부건설로부터 취득한 이 사건 과세대상 부동산의 실제 취득가격 54,417,163,530원(토지 : 38,202,902,108원, 건물 : 16,214,261,422원)은 원고 작성의 법인장부에 의하여 충분히 입증되었다고 할 것이다.

따라서 원고가 실제 부담할 세금은 이 사건 과세대상 부동산의 실제 취득가격인 54,417,163,530원을 과세표준으로 하여 산정된 등록세 금1,632,514,910원[(토지 38,202,902,108원 ＋ 건물 16,214,261,422원) × 등록세율 30/1,000], 교육세 금326,502,981원[(토지분 등록세 1,146,087,063원 ＋ 건물분 등록세 486,427,843원) × 교육세율 20/100]이므로 이를 초과하여 원고가 자진신고납부한 부분은 과세근거가 없는 것으로서 취소되어야 할 것이다.

(3) 피고의 주장에 대한 판단

피고가 원고 작성의 법인장부가 조작되었다고 주장하는 근거는 다음과 같다.

(가) 먼저 영업권평가보고서(갑제9, 10호증)에 관하여, 그 기재에 의하면

동부건설의 석고보드사업부문의 97년도 영업손실규모가 무려 111억 8,900만원 정도에 이르러 그 영업권 가치는 거의 전무하다고 할 것임에도 204억원 이상의 가치가 있는 것으로 평가한 것은 거래관념상 선뜻 신뢰하기 어렵다.

(나) 원고는 1997. 12. 31. 이 사건 과세대상 부동산을 매수하기로 한 이후 1998. 11. 19. 잔금청산 후 소유권이전등기를 하기까지는 물론 그로부터 1개월 뒤인 1998. 12. 18.경 이 사건 등록세 자진신고납부 때까지도 위 부속합의서는 한 번도 현출된 바가 없다.

(다) 이 사건 과세대상 부동산의 매도인인 동부건설이 1998. 5. 경 조세감면규제법 상의 특별부가세면제를 위하여 서울중부세무서에 제출한 세액면제신청서에도 이 사건 과세대상 부동산의 매매대금은 1차계약과 완전히 동일하며 후에 변경되었다고 인정할 만한 어떤 자료도 제출하지 않았다.

(라) 위 부속합의서에는 확정일자는 물론

부동산등기특별조치법 제3조 소정의 검인 등을 받은 사실이 전혀 없다.

(마) 통상 계약체결시 가까운 장래에 계약내용의 변경이 예정되어 있는 경우에는 유보조항 등을 두어 그 뜻을 명확히 하여야 할 것인데도 1차 계약서상 그러한 유보조항을 둔 사실이 없을 뿐 아니라 대금 내역에 관하여도 확정적으로 정하였다.

(바) 소유권이전에 소요되는 비용집행을 위하여 소유권이전등기 직전인 1998. 11. 16.경 작성된 원고회사 내부문서인 내부품의서(갑제205호증) 문서도 이 사건 과세대상 부동산의 가액을 773억원으로 하여 그 필요비용을 산정하였다.

(사) 산동회계법인 작성의 1998년 반기재무재표에 대한 검토보고서(갑제18호증) 및 확인서(갑제14호증) 역시 산동회계법인은 분식회계를 일삼던 회계법인인데다가 기업회계기준에 의하면 특수관계자와의 중요한 거래내용 및 재무재표에 중대한 영향을 미치는 사항과 재무재표의 이해를 위하여 필요한 사항은 주석을 달아 표시하도록 규정되어 있는데도 건설중인 자산란에 영업권 204억 5,000만원을 계상하면서도 아무런 주석을 달아 놓지 않은 점 등에 비추어 객관성을 인정할 수 없다.

그러나, 위와 같은 피고의 주장과 을제1호증의 1, 2, 을제4, 7호증, 을제6호증의 1, 2, 3, 4의 각 기재만으로는 위 영업권평가보고서, 부속합의서 및 그 관련 법인장부들이 모두 사후에 조작되었다고 인정하기에는 부족할 뿐 아니라, 통상 영업양도를 함에 있어서는 그 대금에 영업권 가액이 포함되는 것이 일반적이고, 게다가 갑제19호증의 1, 2, 을제2호증의 각 기재에 의하면 원고가 다시 위 석고보드사업을

라파즈 코리아에 넘김에 있어서도 영업권 가액을 따로 평가하여 포함시킨 사실을 인정할 수 있고, 이 사건 과세대상 부동산에 대한 1997. 12. 4. 기준 감정평가액이 368억 상당으로 773억에 훨씬 못미치는 사실은 이미 위에서 본 바와 같은 바 이러한 사정을 종합하여 고려하면 삼일회계법인 및 제일감정평가법인에 의하여 평가된 영업권 가액은 비교적 객관성이 보장된 것이라고 하지 않을 수 없다. 따라서 피고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

4. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.