1. 처분 경위

다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑1 내지 5, 13호증, 을1호증의 1, 2, 3, 을2호증의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하여 인정된다.

가. 원고는 1998. 12. 19., 동부건설 주식회사(이하 동부건설이라 한다)로부터 같은 해 11. 19.자로 별지 ‘부동산의 표시’ 기재 토지(이하 이 사건 토지라 한다)를 38,202,902,108원에, 같은 별지 기재 건물(이하 이 사건 건물이라 한다)을 16,214,261,422원에 각 취득하였다고 신고하고, 위 각 금액을 과세표준으로 삼아, 관계 법령 소정의 세율에 따라 산출된 취득세 1,088,343,270원 및 농어촌특별세 108,834,320원을 납부하였다.

나. 피고는 1999. 8. 10. 원고에 대하여, 이 사건 토지의 취득가액이 62,707,000,000원, 이 사건 건물의 취득가액이 14,593,000,000원으로 인정된다는 이유로, 이를 과세표준으로 삼아 산출된 세액에서 위 가.항 판시와 같이 신고ㆍ납부된 세액을 공제한 취득세 549,188,060원 및 농어촌특별세 50,342,230원(각 가산세 포함)을 부과(이하 이 사건 부과처분이라 한다)하였다.

2. 처분의 적법 여부

가. 관계 법령

별지 기재와 같다.

나. 판단

(1) 사실관계

위에서 든 증거에 갑6, 9 내지 12, 24호증, 갑26호증의 1 내지 7, 갑28호증, 을6호증의 각 기재를 더하여 보면, 아래 사실이 인정된다.

(가) 원고는 1997년 말경, 당시 같은 동부그룹에 속하는 동부건설의 재무구조가 취약하여 금융기관으로부터의 자금조달에 어려움을 겪을 가능성이 있자, 특수관계인의 지위에서 동부건설을 지원할 목적으로, 동부건설이 소유하여 운영하고 있던 울산 남구 여천동(이하 여천동으로 특정한다) 소재 석고보드공장(이하 이 사건 공장이라 한다)의 토지 등 자산에 대하여 시가보다 고가에 매수하기로 하고, 같은 해 12. 31. 동부건설과 사이에, 별지 ‘부동산의 표시’ 해당란 기재와 같이 개별공시지가 합계액이 210여 억원에 불과한 이 사건 토지를 62,707,000,000원으로 계상하고, 그밖에 이 사건 건물을 14,593,000,000원, 그 부가가치세로 1,459,300,000원으로, 여천동 363-49외 소재 쓰레기소각장 등 구축물을 1,448,000,000원, 그 부가가치세로 144,800,000원으로 각 정하는 등 총매매대금을 80,352,100,000원으로 하여 매매계약(이하 이 사건 매매계약이라 한다)을 체결하였다.

(나) 동부건설은 1998. 5.경 서울중부세무서장에게 당시의 조세감면규제법 등에 근거하여, 이 사건 토지 및 건물 등 이 사건 공장의 자산양도에 따른 특별부가세의 면제를 신청하면서, 이 사건 토지 및 건물 가액에 대하여 이 사건 매매계약 내용과 동일하게 적시하여 위 면제신청서를 제출하였다.

(다) 원고는 같은 해 11. 13. 이 사건 매매계약서에 대하여 검인을 받은 다음, 같은 달 19. 이 사건 매매계약상의 이 사건 토지 및 건물 가액을 기준으로 산출된 등록세 및 교육세를 자진신고, 납부하였다.

(라) 원고는 이 사건 취득세와 농어촌특별세를 신고ㆍ납부할 무렵 피고에게, 원고와 동부건설 사이에는 1998. 2. 28.자로, 이 사건 공장의 영업권 가액을 감안하여 위 1.가.항 판시의 원고 신고내역과 같이 이 사건 토지 및 건물의 가액을 정하는 부속합의(이하 이 사건 부속합의라 한다)가 있었다고 주장하면서, 그 증거로 이 사건 매매계약서(갑5호증), 부속합의서(갑6호증), 이 사건 공장의 영업권을 200여 억원으로 평가한 삼일회계법인 및 제일감정평가법인의 감정평가서, 이 사건 부속합의 내용에 부합하는 건설가계정 원장 등 법인장부 등을 제시하고, 원고가 이미 신고ㆍ납부한 위 (다)항 판시의 등록세 등이 과오납된 것이라며 그 환급을 요구하는 한편, 이 사건 부속합의 내용에 맞추어 위 1.가.항 판시와 같이 이 사건 취득세 및 농어촌특별세를 신고ㆍ납부하였다.

(마) 피고는, 이 사건 부속합의나 영업권의 평가내용, 장부 등이 위 (나)항 판시의 사정 등에 비추어 모두 믿을 수 없거나 소급 작성된 것이고, 이 사건 매매계약에 따른 이 사건 토지 및 건물 가액이 사실상의 취득가액에 해당한다고 하여, 이 사건 부과처분을 하였다.

(바) 원고가 신고한 위 1.가.항 판시의 이 사건 토지 및 건물의 각 취득가액은, 그 시가표준액을 각 상회하고 있다.

(2) 판단

(가) 별지 기재 지방세법(이하 법이라 한다) 제111조 제1항은 취득세의 과세표준은 취득당시의 가액으로 하고, 그 제2항은, 제1항의 규정에 의한 취득당시의 가액은 취득자가 신고한 가액에 의하되, 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 시가표준액에 미달하는 때에는 그 시가표준액에 의하도록 규정하고 있으며, 그 제5항은, ‘국가ㆍ지방자치단체 및 지방자치단체조합으로부터의 취득(제1호)’, ‘외국으로부터의 수입에 의한 취득(제2호)’, ‘판결문ㆍ법인장부 중 대통령령이 정하는 것에 의하여 취득가격이 입증되는 취득(제3호)’, ‘공매방법에 의한 취득(제4호)’의 경우에는 제2항 단서 및 제3항의 규정에 불구하고 사실상의 취득가격에 의한다고 규정하고 있는바, 이러한 법 제111조 제5항의 취지는, 같은 항 각호 해당 취득에 있어서는 그 취득가액이 명백하게 드러나는 것이어서 이 경우에는 취득자의 신고에 관계없이 사실상의 취득가액에 의하여 그 과세표준을 정한다는 것을 규정한 것으로 풀이되나(대법원 1988. 1. 12. 선고 87누953 판결 참조), 그와 같이 사실상의 취득가액에 의하여 과세표준을 정하는 것은 같은 조 제1항 및 제2항의 규정에 따라 취득자의 신고에 의하여 과세표준을 정하는 원칙적인 방법에 대한 예외에 해당하는 것인 만큼, 같은 조 제5항 각호에 해당되는 취득의 경우에만 한정하여 적용된다고 보아야 할 것이다.

(나) 위 (가)항 판시의 법리와 별지 기재 관계 법령의 규정 및 위 1.항 및 위 (1)항 판시의 사실관계를 종합하여 살피건대, 피고는 위 (1)(마)항 판시와 같이 이 사건 부과처분에 대하여, 원고가 이 사건 토지 및 건물에 대한 등록세 등을 신고할 때 근거로 삼은 이 사건 매매계약의 내용을 기초로 한 것인바, 그와 같이 당사자 사이의 매매계약서를 근거로 삼아 사실상의 취득가액을 입증하는 방법으로 과세표준을 산정하는 것은, 법 제111조 제5항 각호에 나열된 경우에 해당하지 아니함이 해석상 명백하고, 달리 원고의 이 사건 토지 및 건물의 취득이 위 각호의 취득에 해당한다고 볼 아무런 증거가 없으며, 원고가 위 (1)(다)항 판시와 같이 등록세 등을 신고ㆍ납부함에 있어서는, 이 사건과 달리 취득가액을 신고한 바 있다 하여 달리 볼 수 없다(물론 이 사건 매매계약에 따른 이 사건 토지 및 건물의 가액이 사실상의 취득가액에 해당한다는 점에 대한 명백한 입증이 있다고 보기도 어렵다).

(다) 따라서, 위 (1)(바)항 판시와 같이 원고가 신고한 이 사건 토지 및 건물의 취득가액이 시가표준액을 상회하는 이상, 원고가 신고한 가액을 기준으로 과세표준을 산정하여야 할 것이므로, 이 사건 매매계약을 기초로 과세표준을 산정한 이 사건 부과처분은 위법하여 취소되어야 할 것이다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 있어 인용할 것인바, 원심판결은 이와 결론을 같이 하여 정당하므로, 피고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.